Ernest Papa Arko inledde sin karriär i Ocean Stars från Medina, en förort till Ghana. Han upptäcktes av den före detta spelaren Sly Tetteh, då ordförande i Liberty Professionals, som lockade honom till sitt lag. I Liberty slog igenom under säsongen 2003 och hjälpte det unga laget till en fjärdeplats i Ghana Premier League.[1][2]
Den unga anfallaren kontrakterades inför säsongen 2004 av den egyptiska storklubben Zamalek, men lånades snart ut till ligakonkurrenten El Gaish på grund av sin unga ålder.[1] Övergången gjordes senare permanent och Arko åtnjöt stor framgång under sina år i klubben. Säsongen 2008/2009 vann han skytteligan i Egyptiska Premier League med sina tolv gjorda mål.[3] Efter en kort lånesejour i qatariska Al-Arabi spelade han för ytterligare två klubbar i Egypten,[4] innan han återvände hem till Ghana och Liberty Professionals inför säsongen 2017.[5]