Tymidín

	Tymidín
	Tymidín
	Tymidín
	Všeobecné vlastnosti
Sumárny vzorec	C10H14N2O5
Synonymá	Deoxytymidín, deoxyribozyltymidín, tymínový deoxyribozid
	Fyzikálne vlastnosti
Molárna hmotnosť	242,231 g/mol
Teplota topenia	185 °C
	Ďalšie informácie
Číslo CAS	50-89-5
	Pokiaľ je to možné a bežné, používame jednotky sústavy SI. ; Ak nie je hore uvedené inak, údaje sú za normálnych podmienok.
	Chemický portál

Tymidín (dT alebo dThd) je pyrimidínový deoxynukleozid. Predpona deoxy- sa často vynecháva, pretože tymínové nukleotidy sa neúčastia syntézy RNA (kde sú namiesto toho nahradené uracilovými nukleotidmi). Tymidín je DNA nukleozid T, kde sa páruje s deoxyadenozínom (A) v dvojzávitnici DNA. V bunkovej biológii sa používa na synchronizáciu buniek v G1/počiatočnej S fáze.

Kedysi pochádzala väčšina produkcie tymidínu zo sledích spermií,^[1] až kým sa tymidín nezačal vo veľkom používať na tvorbu antiretrovirotika azidotymidínu (AZT). Tymidín sa nachádza prakticky výhradne v DNA, ale môže sa objaviť v T-slučke tRNA.

Štruktúra a vlastnosti

Tymidín je nukleozid zložený z pentózy deoxyribózy a bázy tymínu. Jeho fosforyláciou potom vzniká dTMP, dTDP a dTTP.

Je to biely prášok alebo malé biele kryštáliky.

Tymidín je netoxický, keďže je to jeden zo štyroch nukleozidov tvoriacich DNA a prirodzene sa náchadza vo všetkých živých organizmoch a DNA vírusoch. RNA obsahuje namiesto tymidínu uridín (uracilový nukleozid). Uracil je veľmi podobný tymínu, ktorý sa takisto nazýva 5-metyluracil. Keďže tymínové nukleotidy sú prekurzorom DNA, ale nie RNA, predpona „deoxy“ sa často vynecháva.

Tymidín je vedený ako chemický teratogén.^[2]

Modifikované analógy

Azidozymidín (AZT) sa používa ako liek na HIV. AZT inhibuje proces reverznej transkripcie, čo je kritický krok životného cyklu vírusu.

Radioznačený tymidín (TdR), napríklad tríciovaný tymidín (³H-TdR), sa bežne používa hodnotenie proliferácie buniek. Tymidín sa zabudováva do deliacich sa buniek a úroveň zabudovania, ktorá sa meria kvapalinovou scintilačnou spektrometriou, je úmerný množstvu deliacich sa buniek. Takýmto spôsobom je možné merať proliferáciu lymfocytov u lymfoproliferatívnych porúch.

Mnoho tymidínových analógov sa používa na sledovanie bunkových procesov:

Jódodeoxyuridín je rádiosenzitívny a zvyšuj množstvo poškodenia DNA kvôli iónizujúcemu žiareniu.
Brómodeoxyuridín (BrdU) sa takisto používa na detekciu deliacich sa buniek v živom tkanive.
5-Etynyl-2'-deoxyuridín (EdU) je analóg, ktorý sa zabudováva do DNA deliacich sa buniek používaný na hodnotenie syntézy DNA v bunkových kultúrach alebo živých tkanivách. Da sa vizualizovať naviazaním fluorescentného azidu použitím click chémie, ktorá je menej drsná, než podmienky potrebné na odhalenie epitopu BrdU pre protilátky.

Jedným z antivirotík je aj edoxudín.

Mutagenita tymidínu

Počas rastu bakteriofágu T4 spôsobuje vyššia dostupnosť tymidínu mutácie.^[3]^[4] Nedostatok tymidínu takisto spôsobuje mutácie.^[3] Tymidylátový auxotrof diploidnej kvasinky Saccharomyces cerevisiae bol kultivovaný pod rôznymi podmienkami a koncentráciami tymidylátu od nadbytku až po nedostatok.^[5] Vysoké koncentrácie tymidylátu boli mutagénne i rekombinogénne, nedostatok bol rekombinogénny, ale len slabo mutagénny.

Referencie

↑ Makoto Ishii; Hideyuki Shirae; Kenzo Yokozeko, Enzymatic Production of 5-Methyluridine from Purine Nucleosides and Thymine by Erwinia carotovora AJ-2992, Agricultural and Biological Chemistry
↑ The following list of chemicals known or believed to be teratogens is drawn primarily from Dangerous Properties of Industrial Materials, 7th Ed., by N. Irving Sax and Richard J. Lewis.
↑ ^a ^b Bernstein C, Bernstein H, Mufti S, Strom B. Stimulation of mutation in phage T 4 by lesions in gene 32 and by thymidine imbalance. Mutat Res. 1972 Oct;16(2):113-9. doi: 10.1016/0027-5107(72)90171-6. PMID: 4561494
↑ DeVries JK, Wallace SS. Reversion of bacteriophage T4rII mutants by high levels of pyrimidine deoxyribonucleosides. Mol Gen Genet. 1982;186(1):101-5. doi: 10.1007/BF00422919. PMID: 7050620
↑ Eckardt F, Kunz BA, Haynes RH. Variation of mutation and recombination frequencies over a range of thymidylate concentrations in a diploid thymidylate auxotroph. Curr Genet. 1983 Sep;7(5):399-402. doi: 10.1007/BF00445881. PMID: 24173422

Zdroj

Tento článok je čiastočný alebo úplný preklad článku Thymidine na anglickej Wikipédii.

[1] Makoto Ishii; Hideyuki Shirae; Kenzo Yokozeko, Enzymatic Production of 5-Methyluridine from Purine Nucleosides and Thymine by Erwinia carotovora AJ-2992, Agricultural and Biological Chemistry

[2] The following list of chemicals known or believed to be teratogens is drawn primarily from Dangerous Properties of Industrial Materials, 7th Ed., by N. Irving Sax and Richard J. Lewis.

[Bernstein1972-3] Bernstein C, Bernstein H, Mufti S, Strom B. Stimulation of mutation in phage T 4 by lesions in gene 32 and by thymidine imbalance. Mutat Res. 1972 Oct;16(2):113-9. doi: 10.1016/0027-5107(72)90171-6. PMID: 4561494

[4] DeVries JK, Wallace SS. Reversion of bacteriophage T4rII mutants by high levels of pyrimidine deoxyribonucleosides. Mol Gen Genet. 1982;186(1):101-5. doi: 10.1007/BF00422919. PMID: 7050620

[5] Eckardt F, Kunz BA, Haynes RH. Variation of mutation and recombination frequencies over a range of thymidylate concentrations in a diploid thymidylate auxotroph. Curr Genet. 1983 Sep;7(5):399-402. doi: 10.1007/BF00445881. PMID: 24173422

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]