* Apariții și goluri pentru echipa de club doar în cadrul campionatului intern la data de 23:41, 18 august 2024 (UTC) # Selecții și goluri la națională până la data de 23:07, 6 iulie 2024 (UTC)
Pe 15 aprilie 2015, a fost anunțat că Akanji se va transfera la Basel pentru sezonul 2015-2016 din Superliga Elvețiană. Și-a făcut debutul în competiție pe 26 septembrie 2015. Cu antrenorul Urs Fischer, Akanji a câștigat campionatul elvețian în sezonul 2015–16 și 2016–17 pentru a doua oară. Pentru club, acesta a fost al optulea titlu la rând și al 20-lea titlu de campionat în total. Au câștigat și Cupa Elveției pentru a doisprezecea oară, ceea ce a însemnat dubla pentru a șasea oară în istoria clubului.[4]
Akanji a fost transferat la Borussia Dortmund pe 15 ianuarie 2018 în perioada de transferuri de iarnă pentru o sumă raportată de 18 milioane de euro. A semnat un contract de patru ani și jumătate, până în iunie 2022.[5] Pe 27 septembrie, Akanji a marcat primul său gol pentru club și primul său gol în Bundesliga într-o victorie cu 7-0 împotriva lui FC Nürnberg.[6] Akanji a fost criticat pentru erorile sale costisitoare în timpul provocării eșuate a lui Dortmund cu Bayern în sezonul 2019-20. Akanji a fost unul dintre principalii jucători evidențiați ca o verigă slabă în echipă.[7]
La 1 septembrie 2022, Akanji s-a alăturat campionilor din Premier League, Manchester City, semnând un contract până în 2027[8] pentru o sumă de 15 milioane de lire sterline.[9] Și-a făcut debutul pentru City cinci zile mai târziu, începând cu o victorie de 4-0 în deplasare cu Sevilla în faza grupelor de UEFA Champions League. Și-a făcut debutul în Premier League pe 17 septembrie, începând cu o victorie cu 3-0 în deplasare împotriva lui Wolverhampton Wanderers.[10]