Segundo esse thread no suporte do CKEditor, é necessário alterar uma configuração para que os &
não sejam "escapados" quando dentro de links:
CKEDITOR.config.forceSimpleAmpersand = true;
Após ativar essa configuração (que também pode ser feita para um editor individual, em vez de globalmente na página) os editores criados não converterão &
em &
dentro de links, mas continuarão a fazê-lo no conteúdo normal da página (como esperado). Não sei dizer em que outras circunstâncias esse comportamento também ocorre, se algum.