Sei que já passou tempo mas a pergunta tem uma resposta clara: um arquivo texto nada mais é do que um sequencial de caracteres. Assim sendo, não apresenta qualquer característica que permita fazer nada além de armazenar tais sequenciais de caracteres que podem ser lidos perfeitamente por quaisquer programas.
A exceção, pra não dizer que não tem, fica com a permissão de leitura/execução/escrita de arquivos de acordo com usuários de um dispositivo ou aplicação, onde cada usuário manda e desmanda em seus próprios arquivos. Por exemplo: [email protected] não lê e-mails de [email protected] a menos que este permita. Mas essa gerência de arquivos é outro tema completamente diferente e que não se aplica ao caso.
Para você atingir seu objetivo, pode seguir uma das sugestões que te deram na pergunta: desde criar um ZIP (ou equivalente) com o arquivo texto puro. Claro que não seria tão trivial quanto simplesmente manipular um simples arquivo de texto.
Outra alternativa é criar seu próprio modelo de arquivo com sua criptografia. Assim, só seu programa conseguiria descriptografar
.zip
por exemplo) e depois bloquear com uma senha, pode ser que ajude ;)