Tem sim. Em JPA você usa unidades de persistência, que representam bancos específicos. Se você quiser especificar mais de um banco é só declarar mais de uma unidade de persistência (PU) e criar os entity managers para cada uma delas. O arquivo persistence.xml que declara as PUs ficaria assim:
<persistence-unit name="pu1">
<properties>
<property name="javax.persistence.jdbc.url" value="jdbc:postgresql://localhost/banco1" />
<property name="javax.persistence.jdbc.user" value="admin" />
<property name="javax.persistence.jdbc.password" value="123456" />
<persistence-unit name="pu2">
<properties>
<property name="javax.persistence.jdbc.url" value="jdbc:postgresql://localhost/banco2" />
<property name="javax.persistence.jdbc.user" value="admin" />
<property name="javax.persistence.jdbc.password" value="123456" />
Aí para referenciar uma entidade que está no banco 1 você só precisa instanciar a pu1 na criação do entity manager:
EntityManager emPU1 = Persistence.createEntityManagerFactory("pu1").createEntityManager();
Já para a entidade que está no banco 2 é só referenciar a pu2:
EntityManager emPU2 = Persistence.createEntityManagerFactory("pu2").createEntityManager();
Depois de consultar ambas as entidades, você pode fazer o seu DE-PARA e persistir como desejar o resultado final. Espero ter ajudado ^^