Fundamentos Básicos de Sistemas

Biológicos A célula é a menor unidade de um organismo vivo e a

maioria dos organismos vivos são organismos celulares,
que apresentam estruturas distintas. Os vírus são
organismos vivos não celulares.
Aula 1

Vamos contextualizar vários conceitos para entender

metabolismo, regulação e biologia molecular.

A maior parte das células tem diâmetro entre 5 e 100

limnômetros, ou seja, a maioria são invisíveis a olho nu.
Possuem algumas estruturas comuns:
Ele quis dizer que na verdade, não existem diferenças
do ponto de vista molecular entre sistemas biológicos e Região delimitada ou não, onde o material genético está
não-biológicos, a não ser algumas particularidades. organizado.
Supramoleculares ou organelas: agregados proteicos de
massa molar muito grande
O que a Bioquímica Estuda?
Citosol: Solução (gel) onde tudo está imerso.
A Bioquímica descreve, em termos moleculares, as
estruturas, mecanismos e processos químicos
compartilhados por todos os organismos vivos, e propõe
princípios organizatórios que são comuns a todas as
distintas formas de vida...
A Bioquímica tenta entender como a vida funciona do
ponto de vista molecular.
Se estamos interessados em Sistemas Vivos, como
definimos esses Sistemas? Temos que ter algum
conjunto de características que aplicamos há um sistema
desconhecido e se esses conjuntos de características
forem preenchidos, a gente define esses sistemas
desconhecidos como um sistema de ser vivo. E quais Todos os organismos celulares são classificados em
são essas características? filos, de acordo com características comuns.
Organismos vivos (obrigatoriamente) apresentam: Eubactéria
Archaebactéria
1. Alto grau de complexidade química e
organização estrutural Eucariontes
2. Sistemas para extrair e converter energia do
ambiente
3. Capacidade para auto replicação e Em número de espécies, os Eucariontes são muito
automontagem (de uma maneira fiel) menores que os demais. Em relação a massa, os
4. Mecanismos para perceber e responder a Eucariotos são infinitamente menores.
alterações no ambiente
5. Funções definidas para cada componente e
interações reguladas entre eles As células são compostas de estruturas complexas, mas
6. História de mudança evolutiva (interrelações do ponto de vista químico, os componentes básicos são
evolutivas) moléculas pequenas e simples. Ex.: núcleo cheio de
cromossomos, que são compostas por DNA, que é um Moléculas que quando são isoladas e examinadas
Polímero composto por Nucleotídeos. individualmente, estão em conformidade com todas as
leis físicas e químicas que descrevem o comportamento
Todas as Proteínas conhecidas são compostas por
da matéria não animada, assim como todos os processos
apenas 20 aminoácidos. Aminoácidos são moléculas
que ocorrem nos organismos vivos. As Leis que se
muito simples. Todos os 20 aminoácidos possuem a
aplicam a Sistemas Não Biológicos também se
mesma estrutura, o que varia é o Radical.
aplicam a Sistemas Biológicos.
Se formos olhar componentes de membranas e de
Biomoléculas são constituídas basicamente de C, H, O
paredes, como os Polissacarídeos, que são polímeros de
e N (99% da massa da maioria das células). Os átomos
açúcar. A maior parte dos Açúcares encontrados nos
são muito pequenos.
sistemas biológicos, são açúcares de 4/5/6 carbonos, ou
seja, são moléculas simples.
Aí que está a grande beleza dos Sistemas Biológicos: Aula 2
são sistemas extremamente organizados, altamente
complexos, mas que são constituídos por um número
pequeno de moléculas simples. E as reações que
mantém essa estrutura que são o interesse da Toda química das biomoléculas é baseada na química
Bioquímica. do carbono, que representa sozinho cerca de metade da
massa seca dos organismos vivos. Se a gente secasse, o
que sobraria de mim, fazendo uma análise elementar,
50% do meu peso seria carbono.
Carbono pode fazer 4 ligações. As ligações simples são
livres, significa que elas podem rodar. As ligações
duplas ou triplas são fixas no plano.

Mapa Metabólico

Cada uma dessas coisinhas é um composto e cada

flechinha é uma reação. Mas numa célula, tudo isso está
acontecendo ao mesmo tempo. Então voltamos ao
conceito em que os componentes básicos são simples,
mas a organização, a estrutura e a regulação são muito Então o carbono pode fazer ligações simples com o
complexas. hidrogênio.
Como estudar algo específico no meio de tudo isso? É
praticamente impossível, então um dos enfoques de
Bioquímica é separar os componentes para conseguir
estudar cada uma dessas reações individualmente, para
Simples e duplas com o oxigênio.
depois que entender que isso acontece, juntar todas as
peças novamente.
In Vitro – No vidro, enfoque reducionista, que reduz o
Sistema aos mínimos componentes necessários para que
consiga estudar de maneira mais química.
In Vivo – Em vida, estuda propriedades no próprio
Sistema Biológico.
Simples e duplas com o nitrogênio.
 Os sistemas biológicos são estéreos seletivos. A gente
sabe isso porque se pegarmos duas moléculas idênticas
quimicamente, porém são isômeros (tem conformação
espacial distinta), faz uma enorme diferença.
Uma molécula que só tem ligações simples de Carbono,
pode assumir várias conformações, que não são fixas,
estão sempre girando.
E ligações com ele próprio, simples, duplas e triplas.

Essas moléculas tem exatamente a mesma composição

química, só que tem funções biológicas (são usadas)
de forma totalmente distintas uma da outra. Fazem
Cadeias carbônicas em Biomoléculas podem ser
coisas na célula completamente distintas. Então as
lineares, podem ter ramificações, podem ser cíclicas. A
Biomoléculas reconhecem a conformação espacial das
diversidade de possíveis ligações é muito grande.
coisas, e não simplesmente a constituição química. As
A ligação de grupos contendo átomos diferentes ao interações são específicas.
carbono, cria o que chamamos de Grupos Funcionais
CIS – Ácido maleico
que tem propriedades químicas distintas.
TRANS – Ácido Fumárico
Grupos funcionais ligados ao Hidrogênio tem uma
propriedade específica. Se contém oxigênio, contendo
nitrogênio, fósforo, enxofre, a gente cria propriedades Se for sintetizar no laboratório, sintetiza 100% de um ou
químicas distintas. Pois esses grupos tem propriedades de outro? Não. É uma particularidade de Sistemas
de polaridade, de carga, que são diferentes do Carbono Biológicos. Uma simples mudança de Conformação é
ligado ao Hidrogênio. E isso cria variedade molecular. muito importante.
Não precisamos ter apenas um Grupo Funcional em
cada molécula. Ter um monte de Grupos Funcionais Todos os 20 aminoácidos que compões as proteínas são
diferentes que tem, obviamente, reatividade diferente. L Isômeros.
Resulta num aumento de possibilidade de interações de Todos os carboidratos, açúcares, são D Isômeros.
reações ou com moléculas de outros grupos distintos,
aumentando a diversidade. Reflete a Estero especificidade das enzimas que estão
envolvidas em catalisar essas reações.
As moléculas tem uma Conformação Espacial - ocupam
um certo lugar no espaço. E essa conformação é Então, são componentes simples, mas que interagem e
essencial para a sua função em um sistema Biológico. formam estruturas complexas. E quais são as interações
que mantém as estruturas das biomoléculas?
Os monômeros são ligados por ligações covalentes para
formar os polímeros. A energia de dissociação são altas,
pois para serem quebradas precisam de muita energia.
Os polímeros são estáveis, pois, os monômeros estão
ligados uns aos outros por ligações covalentes, que são
fortes. Acontece que os diferentes polímeros integram
entre si por interações não covalentes, que são
principalmentes:
a) Ligações iônicas
b) Ligações de hidrogênio
 c) Interações hidrofóbicas (com grau de organização muito grande), manter o
d) Ligações de van der Walls conteúdo informacional requer energia. Os Sistemas
Biológicos para manter esse grau de organização, esse
Ou seja, ligações mais fracas do que as covalentes, e
grau de informação, requerem um conteúdo de energia
que, portanto, necessitam de menos energia para serem
enorme.
quebradas, sendo menos estáveis. Podem mudar muito
mais facilmente do que a que mantém a estrutura do Essas características únicas dos Sistemas Biológicos são
polímero. uma Função do complemento molecular de cada célula
e de todas as interações entre as moléculas do sistema,
Resultado: maior plasticidade molecular, ou seja,
e da compartimentalização espacial de cada conjunto de
formar interações diferentes. Uma mesma biomolécula
moléculas. Que é o que a Bioquímica estuda.
tem capacidade de fazer interações com outras
biomoléculas e que se quebradas (de acordo com o Termodinâmica de Sistemas Biológicos (Energia) – Os
ambiente, com o ph...), ela pode agora interagir com sistemas biológicos são altamente organizados e isso
outra molécula, aumentando a diversidade de funções. requer energia para manter essa organização.
Os organismos vivos são sistemas abertos; trocam
energia e matéria com o ambiente.
Aula 3
Isso permite a organização dos sistemas vivos em duas
grandes categorias:
É fácil manter coisas muito complexas organizadas do
ponto de vista energético? Não. Tentar manter uma
célula com 20 mil proteínas diferentes, cada uma
organizada no seu lugarzinho., ou seja, manter a alta
organização molecular dos sistemas biológicos requer
muita energia.
Entropia – é o grau de desorganização de energia de
um determinado sistema.

Reação de Glicose que é oxidada a Co2 e H2O. Fazemos o tempo

inteiro enquanto estamos gerando energia aqui no nosso
organismo.

Fototrópicos - obtém energia da luz do Sol.

Podem ser subdivididos de acordo com onde obtém
carbono:
Autotróficos – obtém carbono de CO2
Heterotróficos – obtém carbono de compostos
orgânicos.
Quimiotróficos - obtém energia de compostos
Se a gente olhar no lado do substrato, temos uma
químicos. Então são sempre heterotróficos.
molécula de Glicose e 6 de oxigênio. Tenho 7
Podem ser divididos em duas categorias, dependendo do
moléculas.
que produzem como produto da degradação do carbono:
Se a gente olhar o lado dos produtos, a gente tem 6 Litotróficos – utilizam compostos inorgânicos
moléculas de Co2 e 6 moléculas de H2O. tenho 12 Organotróficos – utilizam compostos orgânicos
moléculas.
Qual dos dois está mais desorganizado? O que tem 12
Todas as duas reações que estão envolvidas em captar
moléculas. Todos os gradientes tendem a se
energia e utilizar energia.
desorganizar. Se a gente pensa em Sistemas Biológicos
 Se a concentração dos produtos for maior que a
concentração dos substratos ( > 1.0), a reação acontece
de forma espontânea

Constante de ΔGº’ Reação

Equilíbrio
>1.0 Negativa Naturalmente
1.0 Zero Está no
Equilíbrio
<1.0 Positiva Sentido
Reverso

São reações reversas.

1) Fixando energia
2) Liberando energia
A glicose é o intermediário que carrega essa energia na
forma de um composto altamente reduzido.

O resultado é que na verdade é o fluxo de elétrons da

água para a glicose (1) com a energia gerada pela luz.
E da glicose para o oxigênio (2) que faz com que a
energia captada do Sol fique disponível aos organismos.
Se fossemos ser reducionistas, isso é metabolismo.
Todas as reações de fixação e de utilização de energia,
são reações de oxirredução, em que elétrons vão de uma
molécula para outra.

Alguns princípios de Bioenergética:

G = a quantidade de energia necessária para uma reação
em temperatura e pressão constantes
H = entalpia, função do numero e tipo de ligações
químicas envolvidas na reação
S = entropia, ou grau de desorganização da energia em
um sistema reacional
ΔG = variação de energia livre de um sistema reacional
(entre substratos e produtos)
ΔGº = ΔG de uma reação acontecendo em condições
“standard” (T 298k = 25ºC; [ ] substratos e produtos =
1 M). Condições padrão.
ΔGº’ = ΔGº em ph 7 [H+] = 10-7 M (Delta G em ph 7)