3 - TranscriçãoEProcessamentoRNA PDF
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TRANSCRIÇÃO E
PROCESSAMENTO DO RNA
“O BOM FILHO A CASA
TORNA”
30/05/2013
Cada célula trabalha com um conjunto de genes, os quais estão relacionados com a sua
função. Então, apesar de todas as células compartilharem o mesmo genoma, cada célula
possui o seu potencial genético, fazendo com que ela expresse apenas os genes
correlacionados com a sua função e todo o resto sofre uma regulação negativa, ou seja,
não vão sofrer a transcrição. Além disso, a função celular também sofre variações, visto
que as células não vão produzir todas as proteínas referentes às suas funções
constantemente. Na verdade, irão existir momentos em que a produção de determinado
tipo de proteína irá decair e em outros aumentar.
Células que sofrem mitoses são os principais tipos celulares que vão dar origem aos
outros que por sua vez irão se diferenciar, o que gera a regulação de sua função devido à
expressão de determinados genes. Todavia toda a célula tem um tempo de vida, o qual
geralmente é definido quando os mecanismos regulatórios começam a sofrer problema,
ou seja, a célula esta tendo dificuldades em regular o seu genoma devido ao
envelhecimento e a condições de ambiente inadequado, o que fará que ela seja induzida
à apoptose para que sejam evitados erros que possam ser prejudiciais para a saúde do
individuo .
Obs: a regulação do gene é mais realizada na sua forma direta sobre a transcrição, visto
que uma vez que se produz o RNAm, essa molécula não tem uma vida muito longa
dentro da célula, pois esta substancia é extremamente instável quando comparado com o
DNA, o que dificulta a realização de regulações nessa molécula
Íntron é a denominação utilizada para aquilo que não codifica nada dentro do gene. O
DNA espaçador é fora do gene, ou seja, essa nomenclatura de íntron foi feita para fazer
a distinção do que é não codificante dentro do gene e o que é não codificante fora do
gene.
A sequência de transcrito de RNA possui diferentes nomenclaturas em alguns livros,
alguns chamam de transcrito de RNA, outros de transcrito primário ou secundário, Pré-
RNA mensageiro. Essa divergência de nomes existe para RNAs de eucarioto, uma vez
que procarioto é chamado apenas de RNA mensageiro. Eucariotos recebem essas
diferentes denominações devido ao RNA ao acabar de fazer a transcrição não ser
utilizado de imediato, ele sofre algumas modificações para migrar pro citoplasma e ser
traduzido.
A sequência que origina o RNA mensageiro, por alguns livros, é chamada de sequência
molde e a sequência complementar ao molde é chamada de sequência codificante ou
sequência senso, que pode sofrer uma troca e ficar igual a sequencia de RNA
mensageiro. A partir da leitura das trincas do RNA mensageiro é encontrada a sequência
de aminoácidos.
Diferenças entre a molécula de RNA e DNA:
• Açúcar do RNA é a Ribose e do DNA é a desoxirribose (diferença na carboxila
do carbono 2 encontrada apenas no RNA);
• Diferença no nucleotídeo, a uracila existe apenas no RNA enquanto a timina
somente no DNA;
• RNA é uma fita simples e o DNA é uma fita dupla;
• Funcionalmente, existe muita distinção entre as moléculas. O DNA pode ser um
genoma, ser a molécula que leva o genoma de vírus, por exemplo.
O DNA tem uma função evolutiva mais importante do que o RNA, pois ele é uma
molécula mais estável. Exatamente por isso que ela pode sofrer modificações sem
alterar sua estrutura.
Os principais tipos de RNA são:
• RNA transportador
• RNA ribossômico
• RNA mensageiro
Os RNAs transportador e ribossômico são os dois tipos que sofrem a transcrição.
Os genes de RNA ribossomal podem ser utilizados para a identificação de bactérias
(espécie, gênero, diagnóstico do micro-organismo e afins), por exemplo, isso ocorre
pelo fato de todo organismo possuir RNA ribossomal em seu organismo.
São genes que não sofrem muitas mutações e são muito bem conservados. Portanto,
todos os tipos de células produzem RNA ribossomal.
No caso do RNA mensageiro do procarioto, ele já sai completo e pronto para ser
utilizado. Já no caso dos eucariotos, ele precisa transcrever, após ele modifica-a antes de
esta molécula ir para o citoplasma. Assim, formam-se duas moléculas: uma que acabou
de ser produzida e a segunda que foi modificada.
O RNA transportador sofre um processamento após ser produzido para adquirir a
configuração do RNA-t.
O RNA Mensageiro será um carreador intermediário de informação do DNA para a
formação de proteínas. Sendo assim, não será o RNA em si que será utilizado pela
célula, mas sim a proteína. Ele não é uma molécula de uso final para a célula.
• RNA transportador:
1. Que é produzido tanto por eucariotas quanto por procariotas.
2. ESTRUTURA DA MOLÉCULA:
• Outros RNAs:
Funcionam como reguladores gênicos também. Interferem na transcrição de alguns
genes( RNA de interferência). Impedem que alguns genes sejam transcritos.
O RNA transportador transporta o aminoácido ligando ele na ponta 3'OH. Por causa
disso, esse braço em específico é chamado de braço acceptor.
Outro braço faz pareamento com códon que está no RNA mensageiro, é o braço do anti-
códon.
Toda vez que a RNA polimerase se liga a região promotora, ela acaba transcrevendo os
três genes, como se fosse uma unidade gênica completa, pois eles fazem parte de uma
mesma via metabólica, mas são sistemas mais simples, porque tem que ter economia de
informação. Cada vez que se transcreve um gene, deve-se reconhecer a região
promotora desse gene.
Cada sub-unidade da RNA polimerase tem uma função, a estrutura toda são cadeias:
duas alfa, uma beta, uma beta’ e uma sigma ou fator sigma.
Função de cada subunidade:
• Alfa: montagem de toda estrutura, equilíbrio da estrutura;
• Beta e Beta’: promoção das ligações fosfodiéster e a ligação com o DNA
molde, para parear e construir a molécula, fazendo a ligação com os
ribonucleotídeos;
• Sigma: responsável pelo reconhecimento e ligação da região promotora do gene,
importante apenas no início da transcrição.
Depois do pareamento com a região promotora, a RNA polimerase perde o fator sigma,
pois este já exerceu sua função. O cerne da enzima continua a transcrever, com suas 4
subunidades.
A fase de iniciação envolve a ligação da enzima completa (5 subunidades) na região
promotora e não causar a super-helicoidização, ou seja, onde a RNA polimerase estiver
somente neste local irá ter a abertura da dupla hélice, isto é será desfeito o seu formato
helicoidal.
O TATA box é a área da região promotora onde há a quebra das pontes de hidrogênio,
quem fará essa quebra é a RNA polimerase. Além de reconhecer e desenrolar, a RNA-p
também ira quebrar para poder colocar os ribonucleotídeos. Nos pontos -35 e -10
encontrar-se-á as sequencias das regiões promotoras que são muito parecidas, chamadas
de sequencia consenso.
A RNA polimerase é bem grande, o ponto -35 serve justamente para reconhecer a área
da região promotora, enquanto que o -10 é para quebrar as pontes de hidrogênio. Após a
quebra e a inserção dos primeiros ribonucleotídeos há a liberação do fator sigma e o
resto continua a fazer a cadeia crescer.
A grande diferença que se encontra entre procarioto e eucarioto é que os últimos
necessitarão não só a RNA polimerase. A “nossa” não vai conseguir fazer tudo sozinha.
Precisamos de muitas proteínas para efetivar o processo de transcrição.
São 3 tipos de RNA polimerase: uma transcreve o gene de RNA transportador, outra
do RNA ribossomal e outra do RNA mensageiro.
Se olhar pra frente e pra traz da molécula não da pra ver a super-helicoidização, é so na
área que ela esta passando.
A área onde a RNAp (RNA polimerase) está passando, ou seja, a área que está sendo
transcrita é chamada de bolha de replicação. Note na figura1 que a única área que está
aberta é justamente essa Bolha de replicação.
Figura 1
O que mantém a transcrição acontecendo é o complexo junto: RNAp, molécula molde
de DNA e a nova molécula que está crescendo. Existe um equilíbrio entre os três.
Portanto, para parar essa transcrição é necessário alterar o equilíbrio desse complexo.
Obs: é possível ter mais de uma RNAp atuando numa mesma molécula de DNA, sendo
que cada RNAp atua isoladamente transcrevendo genes diferentes. Porém, casos em que
genes estão em Tandem (um seguido do outro; genes em repetição), a RNAp vai
transcrevendo varias cópias de uma única vez, e geralmente o Tandem acontece com
genes que são necessários em altas quantidades, como genes de proteínas ribossomais e
de proteínas musculares, por exemplo.
TRANSCRIÇÃO EM EUCARIONTES
Em eucariontes, a RNA polimerase não basta.
Modo de recomposição:
• Há a área do éxon (em verde) e a área do íntron (em amarelo) do primeiro RNA
produzido logo após o processo de transcrição; perto do final do íntron há uma adenina
(sempre, não muda), pois é utilizada para o processo de retirada. O spliceossoma com
suas unidades de RNA's se monta no complexo, as primeiras unidades reconhecem o
início do íntron e a adenina que fica próximo do final do íntron.
• Após o reconhecimento, o número de moléculas aumenta, U4 associado com U6
e U5. Com a aproximação dessas centrais, há a aproximação das laterais que foram as
primeiras, U1 e U2, ou seja, quando as centrais se ligam promovem a aproximação
das laterais (as duas primeiras) também formando uma alça. Ao mesmo tempo que
vai retirar os íntrons, irá aproximar e reconstituir os éxons.
• Depois da aproximação, há a saída da U4 e a “ativação” do spliceossoma, que
vai fazer a retiradado íntron. Forma-se primeiro uma estrutura para cortar o início do
íntron, puxa-se o exon e promove-se a ligação do mesmo, ao mesmo tempo levando o
íntron com o spliceossoma. A adenina será importante para a formação da alça.
TRANSCRITO PRIMÁRIO
A estrutura anelar do DNA ocorre pelas ligações fosfodiéster dos nucleotídeos. Quando
essa estrutura é formada, ocorre a aproximação de éxons, gerando a última modificação.
Na comparação entre os domínios procariotas e eucariotas há uma diferença já que os
procariotos, pela menor complexidade não possuem íntrons. No procarioto, a
transcrição é direta, sem essa separação do RNAm. Já no RNA eucarioto há pelo menos
3 modificações no RNA, ocorrendo na ponta das fitas, dando estabilidade ao RNA.
Quando o RNA é modificado, retirando-se os íntrons e éxons, ele é enviado para o
citoplasma para ser traduzido. Nesse caso, o RNAm deve ser reconhecido por proteínas
citoplasmáticas, sendo a sinalização das modificações responsáveis por esse
reconhecimento. Ou seja, sem a modificação, não há tradução.
No projeto genoma humano, encontrou-se muito mais proteínas do que genes no DNA.
Isso evidencia que um gene produz mais de uma proteína. Além disso, percebeu-se que
em determinados genes a proporção de íntrons e éxons varia, sendo os mais complexos
possuindo mais éxons e os menos complexos, menos éxons.
Os genes são pequenos. Aqui, o número grande de éxons sinaliza que o gene é muito
grande, porque imaginamos que a informação está dividida e entre ela, ainda há íntron
(geralmente, maior que éxon). E aqui, mostra-se a ponta 5’, que já saiu e foi capeada,
transcreve tudo e vai embora. Chega bem aqui no final, tem aquele A1AAA que vem,
retira aquele excesso, põe a Cauda Poli A, ocorre-se também a clivagem das estruturas
laoreáticas (?) que foram formadas, e a reconstituição completa. E nesse caso aqui, é a
mesma história, e pensou-se: 3 éxons – 1 proteína. Quando foram estudar o splicing,
descobriram que ele nem sempre acontece do mesmo jeito. Ele pode gerar mecanismos
chamados de splicing alternativo. Por exemplo, no 1º splicing, ele juntou os 3 exons. No
2º splicing, ele cortou esse íntron, e no meio, levou 2, também. (Professora mostra
figura – em suma, relata que no splicing alternativo, na hora de cortar, se leva os éxons
e, também, íntrons). Assim, pode-se produzir uma outra proteína usando o mesmo gene.
Então, aqui é pra mostrar as formas que você pode clivar o RNAm, de uma forma
diferenciada, para produzir uma proteína diferente.
Também há o mecanismo de Edição do RNA, onde manipula-se o RNA, sem se alterar
o DNA. Logo, neste mecanismo, o RNAm será “editado” para produzir outra proteína.
Observou-se isso para o nosso gene da Polipo-Proteína-B, que é produzida no Fígado e
Intestino. Notou-se que a molécula é diferente em tamanho nos dois órgãos, pois,
quando chega ao fígado, o RNAm não sofre nenhuma modificação, não edita, não
mexe.
Então a informação vai ser traduzida e gerar a proteína que vai ser utilizada no fígado.
Só que quando foram observar a proteína no intestino ela estava menor, e estava
ocorrendo o fenômeno da transcrição normal. Como pode a proteína está diferente no
tamanho nessas regiões? Os estudiosos foram analisar a sequência do RNAm, e em um
determinado ponto havia uma citosina e ela foi trocada por uma uracila, e a trinca que
foi gerado com uracila foi um stop códon, é importante ressaltar que o tamanho do
RNAm não estudado mudado, mas a sequência está.
Outro exemplo de edição do genes, é o caso Trypanosoma , ele que causa problema com
o nosso açaí, podendo contaminar e ter a possibilidade de passar a doença de chagas.
Então, os estudiosos analisaram o RNAm e observaram depois da edição notou-se
muitas uracilas que ele não possuía antes.
• V. F.
Então a edição e o splicing alternativo são duas formas de explicar a economia de genes.
Toda aquela região em que os pesquisadores não encontraram algo, efetivamente, está
explicado na base desses dois conceitos.
Por quê? Porque pode-se alterar o RNA Mensageiro, não necessariamente o gene.
Pode-se ter a mesma fonte e trabalhar a molécula intermediária, mudando-a para
produzir um outro resultado que se adeque melhor à sua função. Portanto, pode-se
concluir também que a regulação da edição e do splicing alternativo deve ser muito bem
feita, tendo em vista que, alguma alteração nesse processo, pode levar à perda da função
desejada.
• V. M. C.
Para exemplificar o exposto anteriormente: ao analisar-se uma cadeia de IgG e uma de
IgM, é essa região constante de IgG que irá diferenciá-la de IgM, já que as funções
efetores estão ligadas a tal região.
Função de região constante = é a construção da estrutura da molécula e o
reconhecimento dela por algumas células efetoras (como fagócitos, eosinófilos, etc).
isso é importante porque, durante a opsonização (ligação do anticorpo ao
microorganismo), para o macrófago reconhecer o complexo antígeno-anticorpo ele
reconhece primeiro a região FC da imunoglobulina (e não reconhece diretamente o
antígeno).
Imunoglobulinas de superfície do linfócito: (no caso dos virgens)
• IgM
• IgD (única imunoglobulina a qual não é secretada, servindo apenas como
reconhecimento de antígeno)
• ( São expressas ao mesmo tempo )
• Possuem regiões variáveis idênticas na superfície do mesmo linfócito,
diferenciam apenas em sua região constante e reconhecem apenas um
antígeno, mesmo poduzindo duas cadeia de imunoglobulina de classes
diferente. Essa organização é possibilitada em virtude do splycing
alternativo do gene.
• Para produzir a região variável antes de fazer a transcrição ocorre um evento
denominado recombinação somática dos genes de cadeia variável