Tutorial Docking

TUTORIAL DE DOCKING MOLECULAR USANDO O PROGRAMA AUTODOCK VINA
Download da macromolcula
- Acessar ao banco de dados PDB: https://www.rcsb.org
- Utilizar o campo de busca na pgina principal para encontrar a macromolcula de interesse,
digitando seu cdigo PDB ou nome da macromolcula
- Acesse o arquivo de interesse, clicando no cdigo alfa-numrico
- Anotar as informaes importantes disponveis a respeito da macromolcula (resoluo, referncia
bibliogrfica, organismo de origem, ligantes cocristalizados
- Realizar o download da estrutura: Download Files > PDB Format
Preparo do ligante cristalogrfico

- Abrir o arquivo da macromolcula usando o programa DS Visualizer
- Mostrar a janela hierrquica referente ao arquivo aberto: View > Hierarchy
- Remover as molculas de gua, as cadeias e ligantes extras marcando o cone correspondente a essas
unidades na janela hierrquica (ficaro amarelo) e apertando a tecla Delete. Assim, ficar na tela
apenas a estrutura do ligante desejado.
- Salvar a estrutura como xxxxlig.pdb, sendo xxxx o nome original da macromolcula (cdigo
PDB)
- Abrir o arquivo salvo utilizando o programa AutoDockTools: Ligand > Input > Open. O programa
ir atribuir cargas e tipos atmicos ao arquivo do ligante, gerando por fim um arquivo com extenso
*.pdbqt
- Atribuir rvore de toro: Ligand > Torsion Tree > Detect root. possvel tambm selecionar quais
ligaes sero rotacionveis, pelo comando Ligand > Torsion Tree > Choose Torsions
- Salvar o arquivo: Ligand > Output > Save as PDBQT
Preparo da macromolcula
- Abrir o arquivo da macromolcula usando o programa DS Visualizer
- Mostrar a janela hierrquica referente ao arquivo aberto: View > Hierarchy
- Remover as molculas de gua, dos ligantes e cadeias duplicadas, marcando o cone correspondente
a essas unidades na janela hierrquica (ficaro amarelo) e apertando a tecla Delete. Assim, ficar na
tela apenas a estrutura de uma cadeia nica da macromolcula.
- Salvar a estrutura como xxxxA.pdb, sendo xxxx o nome original da macromolcula (cdigo
PDB)
- Abrir agora a estrutura salva utilizando o programa SwissPDBViewer: File > Open PDB File. Esse
programa corrigir alguns detalhes que possam estar incorretos no arquivo PDB gerado.
- Salvar o arquivo aberto como xxxxAS.pdb: File > Save > Current Layer
- Abrir agora o segundo arquivo salvo utilizando o programa AutoDockTools: File > Read molecule.
Com esse programa, inseriremos cargas e tipos atmicos ao arquivo da macromolcula, gerando por
fim um arquivo com extenso *.pdbqt
- Adicionar inicialmente hidrognios estrutura: Edit > Hydrogens > Add. Na janela que aparece,
mantenha os tens assinalados padres do programa e clique em OK
- Atribuir cargas macromolcula: Edit > Charges > Compute Gasteiger. Clique em OK
- Atribuir tipos atmicos: Edit > Atoms > Assign AD4 type
- Retirar hidrognios no polares: Edit > Hydrogens > Merge Non-Polar
- Salvar o arquivo da macromolcula preparado: File > Save > Write PDBQT
Preparo da regio de busca conformacional - GRID Box

- Ainda com a estrutura da macromolcula na tela, selecion-la utilizando o caminho Grid >
Macromolecule > Choose
- Abrir o arquivo contendo a estrutura do ligante cristalogrfico: Grid > Set Map Types > Open ligand
- Determinar a caixa de GRID: Grid > Grid Box. Uma janela ser aberta para execuo dos demais
comandos
- Centralize a caixa de busca no ligante: Center > Center on ligand
- Redefinir o parmetro Spacing (angstrom) para 1.000
- Redefinir o nmero de pontos em cada dimenso da caixa, de forma a englobar o ligante e a regio
do stio ativo da enzima
- Anotar os parmetros de nmero de pontos nas dimenses x, y e z e a coordenada x,y,z referente ao
centro da caixa de busca (Center Grid Box)
Preparo do arquivo para estudo de docking

- Abrir um novo documento em Bloco de Notas
- Anotar as seguinte informaes, conforme texto abaixo:
Essas so as informaes bsicas para realizar um experimento

- Salve o arquivo no formato *.txt na pasta onde est localizado o arquivo executvel do programa
AutoDock Vina
- Para modificar os parmetros padres de anlise, acesse a opo help do programa AutoDock Vina.
Abrir uma janela de Prompt de Comando e acessar a pasta onde esse programa est localizado.
Quando estiver na pasta, digite vina --help. Aparecer todos os comandos do Vina e como cada
comando interfere na anlise de docking ou na execuo do programa.
Execuo do estudo de docking

- Abrir uma janela de Prompt de Comando e acessar a pasta onde o programa AutoDock Vina est
localizado.
- Verificar se nessa pasta esto disponveis o arquivo *.txt com as informaes para o estudo de
docking e os arquivos *.pdbqt da macromolcula e do ligante. Se no, transferi-los para esse local
- Na janela de comando, digitar: vina.exe --config conf.txt --log log.txt
conf.txt indica o arquivo com a informaes para o estudo de docking, enquanto log.txt
apresentar os resultados da anlise

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Essas so as informaes bsicas para realizar um experimento

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