Polimorfismos do DNA: diversidade e doena

Gentica Mdica Henriqueta Coimbra Silva

Variabilidade gentica inter-tnica e interindividual

S 0,1 a 0,5% de diferenas a nvel do DNA!

Polimorfismos cada 300 a 500 pb; > 10 7

Variabilidade gentica inter-tnica e interindividual

Inmeras aplicaes: Antropologia Medicina forense Medicina clnica

Objectivos
1. 2. 3. 4. 5. 6. 7. 8. Descrever o conceito de polimorfismo; Explicar os polimorfismos como fonte de variabilidade; Descrever as caractersticas dos polimorfismos Explicar as consequncias dos polimorfismos na expresso gnica: polimorfismos funcionais e no funcionais Descrever as aplicaes dos polimorfismos Explicar a relao entre polimorfismos e doenas complexas Descrever os mtodos de identificao dos loci de susceptibilidade s doenas complexas, as suas vantagens e dificuldades Avaliar a aplicao destes conceitos ao aconselhamento gentico das doenas complexas: os exemplos da diabetes tipo 2 e da doena de Crohn

1. Polimorfismo de DNA - conceito

Polimorfismos do DNA:
diferenas na sequncia de bases sem consequncias patolgicas directas

Alelo com frequncia na populao geralmente > a 1%

Excepes?

1. Polimorfismo de DNA - conceito

Polimorfismo.............................................................................. Mutao

5%

< 50%

50%

> 80%

penetrncia

Susceptibilidade doena

2.Polimorfismos fonte de variabilidade

0,1 a 0,5% de diferenas a nvel do DNA

Seleco natural
Evoluo Sobrevivncia

2.Polimorfismos fonte de variabilidade

Novas mutaes
Presso do meio ambiente

Pull gentico

Frequncias allicas

Variabilidade interindividual

Seleco do pull gentico

Variabilidade inter-tnica

2. Polimorfismos fonte de variabilidade

Polimorfismo
NAT2: acetiladores lentos GSTT1*0/*0

Raas
64% dos caucasianos e 5-10% dos asiticos 13 a 26% dos caucasianos e 35 a 52% dos asiticos 42 a 60% dos caucasianos e 16 a 36% dos africanos

GSTM1*0/*0

Diferenas na resposta a carcinognios, diferenas na resposta a frmacos,...

2. Polimorfismos fonte de variabilidade

Distribuio mundial do grupo sanguneo B, com origem na sia; este grupo sanguneo no existe entre certas tribus ndias americanas.

3. Caractersticas dos polimorfismos: os RFLPs

Endonucleases de restrio
EcoRI

5 ....AACTGC G AATTC CTTAGACT....3 3....TTGACA CTTAA G GAATCTA....5

Reconhecem sequncias de restrio Dois alelos possveis: com e sem sequncia de restrio

3. Caractersticas dos polimorfismos: os RFLPs

EcoRI

Alelo 1 500 pb 300 pb Alelo 2 800 pb

2 fragmentos

1 fragmento

Tcnica de RFLPs 1 PCR 2 Digesto 3 Electroforese

800 pb 500 pb 300 pb 1,2 2,2 1,1

3. Caractersticas dos polimorfismos: os VNTRs

VNTRs: variable number of tandem repeats

R1 R1 R2 R2 R3

DNA satlite
Aranjos de 100kb a Mb

Na heterocromatina justacentromrica Quase exclusivamente em DNA no codificante Localizao preferencial nos telmeros

Minissatlites
Motivos de 6 a 64 pb; arranjos de 0,1 a 20Kb

DNA fingerprint

DNA Minissatlite Famlia hiper-vriavel

3. Caractersticas dos polimorfismos: os VNTRs

Microssatlites (STRs)
Motivos <10 pb; extenso inferior a 150 pb... Dispersos por todo o genoma 2% do genoma (60Mb) 1 em cada 30kb Em DNA no codificante e codificante Muito polimrficos (muito informativos) Instveis; muito mutveis (taxa de mutao de 10-3)

3. Caractersticas dos polimorfismos: os VNTRs

Os microssatlites tm origem em erros da replicao do DNA

Mapa de STRs do cromossoma Y

Microssatlites: 2% do genoma (60Mb) 1 em cada 30kb

3. Caractersticas dos polimorfismos: STRs

...TCC GTA
primer

GTA

GTA

ACTGTTA...
primer

(GTA)n, n=3

...TCC GTA
primer

GTA

GTA

GTA

GTA

ACTGTTA... (GTA)n, n=5

primer

1 PCR 2 Electroforese

(GTA)n 7 5 3 7,5 7,7 5,5 7,3

3. Caractersticas dos polimorfismos: STRs

(TTTA)n STR no intro 4 do gene CYP19: CYP19(TTTA)n
266 pb + nx4

302pb n=9

310pb n=11

Marcador: 500 LIZ

3. Caractersticas dos polimorfismos: os SNPs SNPs: single nucleotide polymorphisms

Polimorfismos por substituio de um nucletido Grande densidade, 12 x106 loci; 1 cada kb (100 a 300 pb?) 80% -90% da variabilidade do DNA Tipicamente com 2 alelos; menos variveis do que os STRs Mais estveis do que os STRs (taxa de mutao de 10-9)

Os RFLPs so SNPs

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/

The International SNP Map Working Group

The International SNP Map Working Group

3. Caractersticas dos polimorfismos: os CNVs

CNVs: Copy-Number Variations
Duplicaes e deleces de longos segmentos do DNA com 1 Kb a 3 Mb > 3000 CNVs; 800 com frequncia na populao > 3% (Wong et al, 2007)

Outros segmentos variveis constitudos por translocaes e inverses de longos segmentos Variantes estruturais: 15% do genoma

Localizao dos CNVs

Wong et al, 2007

CNVs

> 3000 CNVs; 800 com frequncia na populao > 3% (Wong et al, 2007)

3. Caractersticas dos polimorfismos

Tipo de polimorfismo RFLPs N de loci > 105 N de alelos 2 alelos

Microssatlites (STRs)

> 105 Gentica forense

Muitos alelos Muito informativos

SNPs (GWS)

12 x 106
Elevada densidade GWA em Doenas complexas

Menos informativos

CNVs

15% do genoma?

??

3. Caractersticas dos polimorfismos: os hapltipos

Hapltipos: Blocos de SNPs prximos so herdados em conjunto (1 a 100 kb); Hapltipos com vrios SNPs so fenmenos nicos; Alguns SNPS so suficientes para identificar um hapltipo: Tag SNPS Projecto HapMap

3. Caractersticas dos polimorfismos: os hapltipos

500 pb 10%
ACGGACTGAC CCTTACGTTG TACTACGCAT ATATCGGTAA

35% 45%

ACTGACTGAC

CCTTACGTTG

TACTACGCAT

AGATCGGTAA

ACTGACTGAC

CCATACGTTG

TACTAGGCAT

AGATCGGCAA

T/G

T/A

C/G

G/T

T/C

3 hapltipos; 5 SNPs em desequilbrio de ligao allico Quantos SNPs precisamos de caracterizar para definir os 3 hapltipos?

SNP databases:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/SNP; SNPs from the complete genome; More than 6 million validated SNPs http://hapmap.org/cgi-perl/gbrowse; Whole genome SNPs in four populations; More than 1 million SNPs

http://gvs.gs.washington.edu/GVS; Access to dbSNP and HapMap SNPs; 4.3 million SNPs N/A http://www.pharmgkb.org; Genes involved in drug metabolism; SNPs from 167 genes SNP500Cancer http://snp500cancer.nci.nih.gov/home_1.cfm; Genes involved in cancer; More than 13,400 SNPs NIEHS SNPs Program http://egp.gs.washington.edu; Environmental response genes; More than 83,000 SNPs Human Cytochrome P450 (CYP) Allele Nomenclature Committee http://www.cypalleles.ki.se; Human cytochrome P450 genes; SNPs from 25 CYP 450 genes Cytokine Gene Polymorphism http://www.nanea.dk/cytokinesnps/; Cytokine gene polymorphisms in human disease; SNPs from more than 40 cytokine genes

Kim S., Misra A. SNP Genotyping: Technologies and Biomedical Applications. Annu Ver Biomed Eng; 2007;9:289-320.

4. Polimorfismos funcionais e no funcionais

No funcionais: no codificantes(>) ou codificantes Funcionais
- em regies codificantes: diferenas qualitativas - em regies reguladores (regio promotora; 5UTR, 3UTR, regies de splicing, intres,..): diferenas qualitativas
Taxa de transcrio Estabilidade do RNA Processamento do RNA Ligao a microRNAs SNP sinnimos podem ser funcionais: estabilidade do RNA

4. Polimorfismos funcionais e no funcionais

17 SNPs com evidncia experimental de que interferem com sequncias alvo de miRNAs, de 383 previstos
Saunders MA et al, 2007

4. Polimorfismos funcionais e no funcionais

No DNA no codificante: Antropologia; Medicina forense Silenciosos Mapeamento gentico (marcadores) Caracterizao de indivduos Medicicna clnica (marcadores)

Interferncia com os nveis de expresso gnica - eQTL- Expression Quantitative Trait Loci: variantes genticas que interferem com a expresso de genes associados a doenas complexas

4. Polimorfismos funcionais e no funcionais

No DNA codificante: Silenciosos: ? Funcionais:? Originando uma protena com diferente actividade Originando ausncia de protena no fundamental - deleces: GSTM1; GSTT1 - CYP2D6: protena truncada Originando aumento ou diminuio dos nveis de protena
(interferncia com a estabilidade do RNA)

Polimorfismos do DNA: consequncias

Raas, altura, cor dos olhos,...

Susceptibilidade s infeces

Variabilidade gentica

Susceptibilidade a doenas complexas Metabolismo de frmacos Susceptibilidade a genotxicos

Silenciosos
(marcadores)

5. Aplicaes dos polimorfismos no funcionais:

Na antropologia

Origem da espcie humana e das diferentes raas

5. Aplicaes dos polimorfismos no funcionais

Na medicina forense

Identificao de vtimas de catstofre por estudos de DNA

Excluso de paternidade com perfis de polimorfismos de tipo STR

5. Aplicaes dos polimorfismos no funcionais

Molecular Photofitting

5. Aplicaes dos polimorfismos no funcionais

Na clnica

Controlo de transplante medular no tratamento de leucemias

Perfil do dador

Perfil do doente algum tempo aps o transplante. O que se pode concluir?

Perfil do doente antes do transplante

5. Aplicaes dos polimorfismos no funcionais no aconselhamento gentico

Considere uma doena autossmica recessiva. Um casal saudvel tem um filho doente. Recorreu ao estudo de um polimorfismo com dois alelos, 1 e 2.

1 N

2 M

1 N

2 M

- Locus do marcador - Locus da doena

Pai, (1,2)
2 M 2 M

Me, (1,2)

Filho doente(2,2)

Conclui que no pai e na me o alelo 2 do polimorfismo serve de marcador presena da mutao patognica.

5. Aplicaes dos polimorfismos funcionais

Susceptibilidade a genotxicos ambientais

Cancro do Pulmo

GSTM1 NAT2 CYP2D6 CYP2A1 .....

Hidrocarbonetos aromticos policclicos Nitrosureias Arilaminas Pesticidas ...

Bexiga Estmago Clon Mama Prstata ...

Polimorfismos de genes que codificam enzimas de metabolismo

Diferentes capacidades de metabolizao/activao de genotxicos

Diferentes susceptibilidades doena

5. Aplicaes dos polimorfismos funcionais

Farmacogenmica
Acetiladores rpidos Eficcia da isoniazida Tuberculose resistente

NAT2
N-acetiltransferase

Acetiladores lentos
64% dos caucasianos e 5-10% dos asiticos

hepatites txicas fulminantes

Sulfonamidas Hidralazina Dapsona Nitrazepam,..

5. Aplicaes dos polimorfismos funcionais

Farmacogenmica

CYP2D6
Debrisoquina hidroxilase

Metabolizadores ultra-rpidos Metabolizadores rpidos Metabolizadores lentos bloqueantes

Analgsicos Antiarrtmicos Antidepressivos Tamoxifen,....

5. Aplicaes dos polimorfismos funcionais

Doena

SIDA
Gentipos e susceptibilidade - ao vrus: polimorfismos do CCR5 - ao tratamento:
polimorfismos do gene MDR1 que codifica a P-glicoprotena, a qual promove a sada dos antivricos das clulas; o gentipo CC associa-se a um aumento da expresso da protena e confere resistncia teraputica.

Del de 32-pb do CCR5 confere resistncia aos homozigotos

5. Aplicaes dos polimorfismos funcionais

Doenas dos pries: - gentica (mutaes do gene PRNP) - no gentica (contaminao) Polimorfismos do gene PRNP influenciam a susceptibilidade e fentipos destas doenas *homozigotia do codo 129M ou 129V -> susceptibilidade

6. Polimorfismos e susceptibilidade a doenas complexas

H. monognica

Gentipo

Hereditariedade polignica

H. multifactorial Doenas complexas

Meio ambiente

6. Polimorfismos e susceptibilidade a doenas complexas

Doenas monognicas

Doenas complexas (polignicas)

Manolio et al, 2008

Polimorfismo.............................................................................. Mutao

5%

< 50%

50%

> 80%

penetrncia

Susceptibilidade doena Doenas monognicas

Doenas complexas

Doenas oligognicas

6. Polimorfismos e susceptibilidade a doenas complexas

Comparao entre gmeos monozigticos e dizigticos
Doena Epilepsia no traumtica Alzheimer Esquizofrenia Esclerose mltipla Autismo Diabetes tipo I Diabetes tipo II D. de Crohn Artrite reumatide Psorase HTA Lbio leporino Concordncia (%) Monozigticos Dizigticos 70 78 53 17,8 90 40 69-90 50-60 12.3 72 62 30 6 39 15 4,8 4,5 4.8 24-40 10 3.5 15 48 5

Hereditabilidade (h2), fraco da variabilidade do fentipo atribuvel ao gentipo

h2 = 2 x (CMZ - CDZ)

6. Polimorfismos e susceptibilidade a doenas complexas

Polignica + Meio ambiente

A susceptibilidade gentica atribuda ao efeito de mltiplos genes polimrficos, tendo cada um, individualmente, uma contribuio muito tnue quantitative trait loci ou QTL. E a diferenas nos nveis de expresso de mltiplos genes, atribudas a polimorfismos em sequncias no codificantes os eQTL.

7. Doenas complexas - Identificao de loci de susceptibilidade

Estudos de ligao Estudos de associao

AB

CD

AD

BD

Identificao de alelos ou segmentos cromosmicos transmitidos juntamente com a doena de gerao em gerao

Comparao de frequncias de alelos entre populaes doentes e no doentes (associaes estatsticas)

7. Doenas complexas - Identificao de loci de susceptibilidade

controlos doentes

O alelo D mais frequente nos doentes

Estudos de associao Comparam-se as frequncias allicas entre populaes de doentes e saudveis. Estudos de genes candidatos: seleccionam-se genes funcionalmente relacionados com o fentipo Genome wide association scans

7. Doenas complexas - Identificao de loci de susceptibilidade

Estudos de associao tipo genome wide association scans, GWAs Estudam-se milhares de SNPs distribudos por todo o genoma (genome wide scan) com microarrays em doentes e controlos. Os SNPs mais frequentes nos doentes assinalam a presena de genes de susceptibilidade prximos, QTLs ou eQTLs.

7. Doenas complexas - Identificao de loci de susceptibilidade GWAs

Milhares de SNPs (>150.000) SNPs comuns (freq. allicas >5%) Amostras de centenas a milhares de doentes e controlos (consrcios) Meta-anlises: combinam bases de dados de modo a obter populaes de maior dimenso Confirmao em estudos posteriores (reprodutibilidade) Anlises estatsticas que permitem incorporar informao de gentipos no estudados mas que esto em desequilbrio de ligao com os SNPs estudados (imputation of genotypes) com base no HapMap)

Falsos positivos! Necessrios nveis de significncia elevados, p<5x 10-7

GWA em doenas complexas

Manolio et al, 2009

8. Susceptibilidade a doenas complexas: DMT2

Diabetes mellitus 200 milhes de diabticos no mundo DMT2 - 90% DMT1 -10% Raras formas monognicas

8. Susceptibilidade a doenas complexas: DMT2

Diabetes tipo 1 Juvenil 0,4% da populao Requer insulina Sem obesidade Tendncia familiar
concordncia MZ - 30% risco para irmos 6-10%

Diabetes tipo 2 >40 anos 6% da populao Anti-diabticos orais Obesidade Tendncia familiar
concordncia MZ 40-100% risco para irmos 30%

MODY Juvenil Rara Anti-diabticos orais Sem obesidade Tendncia familiar

Formas monognicas

Associao ao HLA-DR3 Sem associao ao HLA e DR4

Sem associao ao HLA

Heterogeneidade clnica, causal e gentica

DMT2: forma comum, multifactorial, hereditabilidade de 0,26 (0 a 0,85)

Formas monognicas, raras, de DMT2

Gene
HNF-4 (MODY 1) Glucocinase (MODY 2) HNF-1 (MODY 3) IPF1 (MODY 4) HNF-1 (MODY 5) NEURODY (MODY 6) Genes mitocondriais Gene da insulina Do receptor de insulina KCNJ11 PPARG AKT2 Aco da insulina Acantosis nigricans, hiperandrogenismo Lipodistrofia, HTA, esteatose heptica,... Lipodistrofia Surdez, outras anomalias neurolgicas

Alterao
Secreo da insulina

Fentipo
TG, apoAII, apoCIII, e Lp(a) lipoproteina Fentipo ligeiro em heterozigotos; diabetes neonatal em homozigotos Tubulopatia renal; sensibilidade s sulfonilureias Agenesia pancretica e diabetes neonatal em homozigotos Quistos renais, anomalias renais e genitais

8. Susceptibilidade a doenas complexas: DMT2

Factores de risco: histria familiar; obesidade

Loci associados diabetes tipo 2 comum

Locus (nearest genes)
PPARG KCNJ11

Approach/year
Candidate/200 Candidate/2003
Large scale association/2006

Probable mechanism Insulin action -cell dysfunction -cell dysfunction Altered BMI -cell dysfunction -cell dysfunction -cell dysfunction -cell dysfunction -cell dysfunction -cell dysfunction Unknown -cell dysfunction Unknown Unknown Unknown Unknown Unknown -cell dysfunction

Index variant rs1801282 rs5215 rs7901695 rs8050136 rs1111875 rs13266634 rs10946398 rs10811661 rs4402960 rs4430796 rs10010131 rs864745 rs12779790 rs7961581 rs7578597 rs4607103 rs10923931 rs2237892

Effect size OR 1.14 1.14 1.37 1.17 1.15 1.15 1.14 1.20 1.14 1.10 1.12 1.10 1.11 1.09 1.15 1.09 1.13 1.29

Risk-allele frequency
0.87 0.35 0.31 0.40 0.65 0.69 0.32 0.83 0.32 0.47 0.60 0.50 0.18 0.27 0.90 0.76 0.10 0.93

TCF7L2
FTO HHEX/IDE SLC30A8 CDKAL1 CDKN2A/2B IGF2BP2 HNF1B WFS1 JAZF1 CDC123/CAMK1D TSPAN8/LGR5 THADA ADAMTS9 NOTCH2

GWA/2007 GWA/2007 GWA/2007 GWA/2007 GWA/2007 GWA/2007

Large scale association/2007 Large scale association/2007

GWA/2008 GWA/2008 GWA/2008 GWA/2008 GWA/2008 GWA/2008 GWA/2008

KCNQ1

Prokopenko I et al., Trends in Genetics, 2008; 24:613-621

8. Susceptibilidade a doenas complexas: DMT2

Estudos tipo GWA em diabetes tipo 2
Dimenso da amostra inicial rplicas Freq allica em controlos p OR

Adaptado de Manolio et al, 2009

8. Susceptibilidade a doenas complexas: DMT2

Efeito pouco significativo de cada loci OR<2 Loci estatisticamente associados doena podem no ser as variantes etiolgicas Alguns loci so referenciados pelo gene candidato mais prximo No h confirmao de causa-efeito Marcadores em DL allica com os genes causais Os marcadores esto presentes tanto nos doentes como nos no doentes, embora em frequncias diferentes

8. Susceptibilidade a doenas complexas: DMT2 Valor preditivo da genotipagem para a DMT2?

Van Hoek, et al., 2008. 6544 indivduos; 1287 com DMT2 (caucasianos; Holanda) De 18 polimorfismos estudados, 9 revelaram-se factores de risco (ADAMTS9, CDKAL1, CDKN2A, FTO, IGF2BP2, JAZF1, SLC30A8, TCF7L2 e WFS1) AUC = 0,6 (95% CI 0,57-0,63) para os polimorfismos AUC = 0,66 (95% CI 0,63-0,68) para idade, sexo e IMC AUC = 0,68 (95% CI 0,66-0,71) para a associao dos polimorfismos e caractersticas clnicas

Valor preditivo da genotipagem inferior ao do IMC

8. Susceptibilidade a doenas complexas: DMT2

Ensinamentos dos GWA na DMT2
Etiopatogenia da doena
- anomalias da secreo da insulina patologia das clulas

Novos alvos teraputicos?

- PPARG: codifica os alvo das tiazolidinediona

- KCNJ11: codifica parte do alvo das sulfonilureias

Associao de alguns loci a mltiplos fentipos - pleiotropismo

- HNF1B e JAZF1 e cancro da prstata e CDKAL1 e doena de Crohn

Mutaes em alguns do genes identificados associam-se a formas monognicas PPARG, KCNJ11, HNF1B e WFS1

8. Susceptibilidade a doenas complexas: DMT2

Ensinamentos dos GWA na DMT2

Perfil de susceptibilidade - Identifica <10% da presdisposio hereditria para DMT2 (missing hereditability or genetic dark matter) - Identifica diferenas de risco de 4x (perfil gentico de menor risco e perfil de maior risco) - A avaliao do risco pela idade, IMC, idade e gnero tem maior valor preditivo
Lango H. et al, 2008

8. Susceptibilidade a doenas complexas: DMT2

Aplicaes:
Testes de susceptibilidade e no de diagnstico
Motivao para medidas preventivas: dieta, exerccio fsico

Esclarecimento sobre os mecanismos etiopatognicos da doena Identificao de novos alvos teraputicos Seleco teraputica

8. Susceptibilidade a doenas complexas: Crohn

Ulceraes Diarreia Hemorragias Dores abdominais Perda de peso Fistulizao Obstruo

Doena de Crohn Doena inflamatria intestinal 54 a 214/100.000 Hereditabilidade de 0,8 Factores do meio: tabaco Associao a SNPS em vrios genes:
CARD15 (NOD2); IL23R, ATG16L1

8. Susceptibilidade a doenas complexas: Crohn

CARD15 identificado inicialmente em estudos de ligao S esto identificados os alelos de risco para o CARD15 e o ATG16L1
Limbergen JV et al, 2009

8. Susceptibilidade a doenas complexas: Crohn

Bactrias Gram-negativas

Limbergen JV et al, 2009

CARD15 (caspase activation recruitment domain 15): codifica uma protena reguladora do NF-kB Variantes: R702W; G908R; L1007fs (origina uma protena truncada)

8. Susceptibilidade a doenas complexas: Crohn

Etiopatogenia da doena genes de protenas envolvidas:
na resposta imunitria inata: CARD15, TLR4, CARD9; na diferenciao de linfcitos Th17: IL-23R, JAK2, STAT3, CCR6, ICOSLG; na autofagia: ATG16L1; IRGM, LRRK2 na manuteno da barreira epitelial: IBD5, DLG5, PTGER4, ITLN1, DMBT1 e XBP1; na resposta imunitria secundria: regio-HLA, TNFSF15/TL1A, IRF5, PTN2, PTN22, NKX2-3, IL-12B, IL-18RAP, MST1.

Novos alvos teraputicos?

8. Susceptibilidade a doenas complexas: Crohn

Risco absoluto de desenvolver doena de Crohn em familiares
Risco (%) associado ao n de alelos mutados do CARD15 Parentesco com o doente Hbitos tabgicos No fumadores Fumadores Desconhecido 0 1 2
No genotipado

Irmos

1,9 3,8 2,3 1,2 2,3 1,4 0,9 1,8 1,1

4,2 8,5 5,3 2,6 5,2 3,2 2,0 4,0 2,5

17,5 35,0 21,7 10,7 21,4 13,2 8,2 16,5 10,2

2,2 4,4 2,7 1,3 2,7 1,7 1,0 2,1 1,3

Descendentes

No fumadores Fumadores Desconhecido

Pais

No fumadores Fumadores Desconhecido

Lewis et al, 2009

8. Susceptibilidade a doenas complexas: Crohn

Risco para a populao geral?

Na presena de alelos de risco em 4 loci: ATG16L1; IBD5, IL3R e NOD2 Penetrncia <2%
Okazaki T et al, 2008

Utilidade da genotipagem?? > 14% da populao tem pelo menos uma variante do CARD15 52% da populao tem pelo menos uma variante do ATG16L1 Sensibilidade e especificidade do diagnstico gentico?

Futuro
Modelos com mais variantes genticas? Associar outros factores: idade do diagnstico?

Fentipos em estudo por consrcios com metodologia GWA

GAIN: genetic association information network Attention deficit hyperactivity disorder Major depressive disorder Schizophrenia Type I diabetic nephropathy Psoriasis GEI: Genes, Environmemt and Health Initiative Type 2 diabetes Maternal metabolism and birth weight Oral clefts Dental caries Coronary disease Lung cancer Addiction
CGEMS: Cancer Genetic Markers of Susceptibility

STAMPEED: SNP typing for Association with Multiple Phenotypes from Existing Epidemiologic Data

Early-onset myocardial infarction Asthma Early coronary artery disease CV events Cardiovascular risk factors Childhood respiratory outcomes Centenarians,...

Prostate cancer Breast cancer Pancreatic cancer Lung cancer Bladder cancer Renal cancer

Manolio TA, et al, 2008

Futuro
Identificao dos genes causais Estudo de CNVs? Estudo de SNPs raros (1-5% da populao) em regies com forte DL com doenas complexas 1000 Genomes Project Previso integrada do risco: associar factores de risco conhecidos (idade, sexo, factores ambientais,...) ao risco gentico Avaliao do valor preditivo dos modelos Avaliao dos resultados: a genotipagem traduziu-se em melhorias para os doentes/portadores?

Medicina personalizada
Perfil gentico individual
Susceptibilidade gentica
Identificao de novos alvos teraputicos ERBB2

Preveno primria

Preveno secundria

Seleco teraputica

Polimorfismos e doenas complexas: DMT2

Valor preditivo da genotipagem para a DMT2?
AUC (area under the receiver operating characteristic curve) Varia de 0,5 (teste no discriminativo) a 1 (100% de eficcia)

Avalia a sensibilidade e a especificidade e o valor preditivo