Horngacher fikk sitt store internasjonale gjennombrudd sesongen 1990/91 med fjerdeplass sammenlagt i verdenscupen. I løpet av sin lange karriere har han likevel bare to individuelle verdenscupseire; i skiflyging i Kulm sesongen 1991 (med klassisk stil) og i Zakopane sesongen 1999 (V-stil).
I 1995 og 1996 var Horngacher nærmest helt borte bra hoppbakken på grunn av sykdom (alvorlig smittet av Yersinia-bakterien).
Stefan Horngacher har ingen individuelle OL- og VM-medaljer – men har feiret flere lagtriumfer for Østerrike:
Etter at Horngacher la opp etter sesongen 2001/2002 arbeidet Stefan Horngacher et par år som juniortrener i Østerrike, før han fikk hovedansvaret for det polske B-landslaget med blant annet gode hoppere som Kamil Stoch.
Foran sesongen 2005/06-sesongen bosatte Horngacher seg i tyske Hinterzarten, der han ble ansatt som klubbtrener med spesialansvar for Martin Schmitt.
Horngacher har to barn, datteren Dana med sin nåværende tyske samboer, og sønnen Andreas fra et tidligere ekteskap.
