Station Ballerup is een S-tog-station in Ballerup in de regio Hovedstaden in Denemarken. Het is een van de oorspronkelijke stations aan de lijn van Kopenhagen - Frederikssund die werd geopend in 1879. In 1949 werd Ballerup het westelijke eindpunt van het S-tog netwerk en ten westen van het station ligt dan ook nog een opstelterrein. In 1989 werd de S-tog verder naar het westen doorgetrokken en werd de hele lijn tot Frederikssund onderdeel van het S-tog netwerk.