Komljenović speelde 22 interlands voor het nationale elftal van Joegoslavië en scoorde drie keer voor zijn vaderland, waaronder twee keer tijdens het WK voetbal 1998 in Frankrijk. Onder leiding van bondscoach Slobodan Santrač maakte hij zijn debuut voor de nationale ploeg op 23 december1994 in de vriendschappelijke uitwedstrijd tegen Brazilië (2-0). Komljenović moest in dat duel na 72 minuten plaatsmaken voor een andere debutant, Goran Šaula.
