De dertiende etappe van de Ronde van Spanje 2009 werd verreden op 12 september2009. Het was een bergetappe over 172 kilometer van Berja naar Sierra Nevada. Onderweg moesten er 5 cols beklommen worden. De etappe werd gewonnen door de Fransman David Moncoutié. De leider in het bergklassement reed de hele etappe in de aanval en liet zijn twee medevluchters achter op de slotklim. Bij de favorieten verloor Cadel Evans door een lekke band een minuut ten opzichte van Valverde.