Bakoš zette zijn eerste schreden in de voetbalwereld in de jeugd van ŠK Nová Baňa. Toen hij vijftien was, vertrok de aanvaller echter naar FC Nitra, waar hij ook zijn professionele debuut zou maken. In juli 2003 werd hij overgenomen door FK Púchov, waar hij twee jaar speelde, voor hij verkaste naar Rusland, waar hij speelde voor Sjinnik Jaroslavl. Tussen 2007 en 2009 was hij opnieuw in zijn vaderland actief, voor MFK Ružomberok, maar in de zomer van 2009 vertrok hij andermaal naar het buitenland, nu naar Viktoria Pilsen. Met die club speelde hij onder meer in de groepsfase van de Champions League. Binnen Tsjechië stapte Bakoš in de winterstop van het seizoen 2014/15 over naar Slovan Liberec.[1] Anderhalf jaar later kocht Viktoria Pilsen hem terug.[2] Bakoš verlengde na twee jaar zijn verbintenis met één seizoen tot medio 2019.[3] Twee maanden later werd de aanvaller voor de duur van een half seizoen op huurbasis bij Spartak Trnava gestald.[4] In de zomer van 2019 besloot Bakoš op zesendertigjarige leeftijd een punt te zetten achter zijn actieve loopbaan.