Rodríguez begon zijn professionele carrière bij San Lorenzo. Op twintigjarige leeftijd maakte hij zijn debuut in het nationale elftal. In de zomer van 2004 vertrok Rodríguez naar Villarreal. Hier werd hij basisspeler, maar na twee jaar liep hij een zware blessure op. Nadat hij hersteld was, had hij twee maanden later weer dezelfde blessure. Hij herstelde nog een keer en tijdens het seizoen 2008/09 vormde hij een duo achterin met Diego Godín.