Kupana ir nozīmīga osta un tirdzniecības centrs kopš Portugāles un Nīderlandes koloniālā laika. Dibināta 1653. gadā kā holandiešu Fortkonkordijas (Fort Concordia) cietoksnis, pie kura līdz 17. gadsimta beigām sāka apmesties holandiešu sabiedrotie no kaimiņu salām. 1752. gadā Kupanā dzīvoja 827 kristieši un nenoteikts skaits iezemiešu, un pilsēta bija Timoras holandiešu daļas administratīvais un ekonomiskais centrs. 1866. gadā Kupana tika pasludināta par brīvostu.