Prienų rajonas1986 m. buvo suskirstytas į 12 apylinkių. Rajone buvo 2 rajoninio pavaldumo miestai (Jieznas, Prienai), 1 miesto tipo gyvenvietė (Balbieriškis), 2 miesteliai (Pakuonis, Veiveriai), 420 kaimų, 2 viensėdžiai.[1] Suskirstymas buvo aprašytas Tarybų Lietuvos enciklopedijoje, lentelėje pateikiant apylinkes ir ūkio subjektus (apylinkių centrai buvo pažymėti šalia esančiame žemėlapyje).