Alla coppa partecipano 7 squadre, con ingresso scaglionato. Alla prima fase, un girone all'italiana di sola andata con doppio incontro, partecipano le squadre classificate dal 5º all'8º posto della regular season di Italian Baseball League.
Le prime due classificate del girone passano alla seconda fase, a cui prendono parte anche le squadre classificate al 3º e al 4º posto del girone di semifinale di IBL. La seconda fase prevede due turni a eliminazione diretta al meglio delle 3 partite.
La squadra vincente si qualifica per la finale contro la squadra sconfitta nelle Italian Baseball Series. La finale secca, vinta dai bolognesi e inizialmente in programma al termine della stagione 2012, è stata rimandata al 30 marzo 2013. Oltre a Bologna, anche l'altra finalista Rimini potrà avere un posto nell'European Champions Cup 2013, dato che la T&A San Marino campione d'Italia parteciperà alla competizione europea rappresentando la propria nazione di origine.
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