Nell'estate del 1963 il presidente Luciano Caccia e in consiglio direttivo si dimettono. Non trovando subito un nuovo presidente, viene nominato un commissario straordinario: Felice Bossi.
Per quanto riguarda il calciomercato, sono ceduti i centrocampisti Mauro Maltinti e Angelo Pereni e gli attaccanti Gigi Riva e Domenico Gerosa. Sul fronte degli acquisti, sono tesserati i centrocampisti Enzo Calvi, Pietro Peiti, Armando Picciafuoco e Giuseppe Pirola e gli attaccanti Benito Albini e Giuseppe Dappiano. C'è anche un cambio di allenatore: Fausto Braga sostituisce Luciano Lupi sulla panchina lilla.
Nella stagione 1963-64 i Lilla si piazzano al 5º posto con 34 punti in classifica.
^Partita sospesa per nebbia al 76' dall'arbitro Nobilia sul punteggio di 2-0 con reti di Parola al 37' e Doppiano al 64' e recuperata il 26 dicembre 1963.
^Partita sospesa per nebbia al 7' dall'arbitro Helzel sul punteggio di 0-0 e recuperata il 15 gennaio 1964.
^Partita anticipata di un giorno, in programma il 19 gennaio 1964.
^Partita sospesa per nebbia al 38' dall'arbitro Helzel di Pisa sul punteggio di 1-0 con rete al 4' di Calvi e recuperata l'8 marzo 1964.