Nonostante la zona fosse calda, paludosa e infestata dalle zanzare, la zona in cui ora sorge la

moderna Foggia è stata abitata, sin dall'età della pietra, da persone dedite all'agricoltura. Lo si
evince facilmente guardando i resti dell'enorme insediamento Neolitico (il più grande
d'Europa) risalente al IV secolo A.C a Passo di Corvo nell' omonimo Parco Archeologico nella
frazione di Arpinova. Sempre nella stessa zona, a nord dell'attuale centro abitato, vi sono
l'Ipogeo della Medusa (III millennio A.C.) e la necropoli. Altre tracce di insediamenti neolitici
sono presenti in città , tra la Villa Comunale e l'arca dell'ex Ippodromo. La creazione di Arpi,
potente città dell'era Romanica con un perimetro di 9 Km quadrati, unica alleata dei
Cartaginesi contro Roma, viene fatta risalire a circa 3200 anni fa per mano di Diomede, pochi
anni dopo la fine della guerra di Troia. 

La città , vittima di numerose distruzioni e assalti finì totalmente rasa al suolo da Totila, al
comando dei Goti nel 545. Dopo un periodo incerto nel quale la popolazione, sbandata, si
disperse negli insediamenti vicini, la zona si ripopolò intorno al 1050 grazie alla bonifica
voluta, per via della strategica posizione geografica e confluenza di importanti vie, da Roberto
il Guiscardo e, successivamente, con Guglielmo il Buono, diventò sede di una stupenda
Cattedrale nata intorno al miracoloso ritrovamento del quadro della Madonna dei Sette veli.
La leggenda dice che durante l'XI secolo un gruppo di pastori furono attratti da un bue al
levarsi di 3 fiammelle dalle acque paludose. Dopo l'incredibile visione i pastori andarono a
vedere da dove provenissero quelle fiammelle luccicanti, ma quando arrivarono sul luogo
videro solamente una tavoletta di legno raffigurante un'immagine della Madonna di fattura
Bizantina avvolta da alcune pezze. L'immagine fu portata in una locanda, la Taverna del Bufo
(rana) successivamente ed erroneamente trasformata nella tradizione orale in "taverna del
Gufo" ed esposta come monumento Sacro, cosa che attirò molti pellegrini. Per questo motivo
Roberto il Guiscardo fece costruire l'attuale Chiesa di San Tommaso, chiamata inizialmente
Santissima Chiesa della Madonna dei Sette Veli.
Attualmente la Madonna velata è custodita all'interno della Cattedrale. L'imperatore di Svevia
Federico II, nonostante il suo Regno fosse immenso e ricco di bellezze naturali, amò a tal
punto questa città da nominarla sede imperiale al posto di Palermo e, all'uopo, ordinò a
Bartolomeo da Foggia di costruirvi un sontuoso palazzo fortezza con comodità all'epoca
inaudite, come l'acqua corrente calda. Il Palazzo si estendeva su una vasta area, nei pressi
dell'attuale via Arpi, e contemplava giardini con fontane e sculture e ampi saloni rivestiti di
marmi. In questo edificio Federico ospitava poeti, scienziati, musicisti e viaggiatori per
soddisfare la sua inesauribile voglia di sapere e di conoscere.
Del palazzo sopravvivono soltanto il pozzo (in massima parte ricostruzione di fantasia) e il
sontuoso archivolto lapideo del portale d'ingresso, inserito in un prospetto esterno del Museo
civico. L'iscrizione del portale, alto 7,40 m e largo 3,20, recita: Hoc fieri iussit Federicus Cesar
ut urbs sit Fogia regalis sede inclita imp(er) ialis (Ciò comandò Federico Cesare che fosse fatto
affinché la città di Foggia divenisse reale e inclita sede imperiale).
L'evento centrale nella storia di Foggia è legato alla transumanza. Per meglio controllarla e
ricavarne delle rendite, nel 1447 gli Aragonesi sfruttarono la collocazione geografica di Foggia
imponendo, mediante la Dogana delle Pecore istituita nella città , il pagamento di una tassa a
tutti i pastori che recavano le proprie greggi nel Tavoliere.
Simboli di questo istituto destinato a lunghissima vita sono i due Palazzi della Dogana, sedi
ufficiali dell'autorità regia.
Il vecchio è nei pressi del pozzo del Palatium federiciano, il nuovo, settecentesco, è oggi sede
dell'Amministrazione Provinciale. La Dogana fece arricchire notevolmente le casse regie ma
impoverì gli agricoltori del Tavoliere meridionale, provocando la formazione di paludi nei
campi abbandonati. Nel 1456 un terremoto devastò la città , e altri due sismi si verificarono
nel 1534 e nel 1627 lasciando in piedi ben poco degli importanti e storici edifici di un tempo.
Nel Cinquecento la città fu attiva nella guerra tra Francia e Spagna: la città , schieratasi con gli
spagnoli, subì un duro saccheggio francese che ridusse la popolazione a un migliaio di
cittadini. Sulla scia dei moti innescati da Masaniello a Napoli, Foggia tra il 1647 e il 1648 vide
la nascita di numerose sollevazioni popolari che ben presto presero la connotazione di una
vera e propria guerra civile. Nove anni più tardi la città fu messa in ginocchio dalla rovinosa
pestilenza che colpì l'intera Penisola. Come se non bastasse un ulteriore terribile terremoto
colpì la città il 20 marzo 1731, distruggendo un terzo delle abitazioni.
Ciò nonostante i foggiani reagirono alla tragedia del terremoto innescando un'immediata
ripresa: nacquero nuovi quartieri, si rafforzò il mercato cerealicolo e, sotto i Borboni, ci fu un
notevole momento di fioritura culturale. Il governo borbonico diede un importante impulso
allo sviluppo agricolo della zona, mostrando la " necessità di una riforma del sistema
economico di Capitanata. 
A riprova dell'importanza che la città aveva in questo periodo basti ricordare che i1 25 giugno
1797 il Principe Francesco I delle due Sicilie la scelse come luogo in cui celebrare il suo
matrimonio con Clementina D'Asburgo Lorena.
Nell'Ottocento, divenuta capoluogo di provincia nel 1806 al posto di Lucera, Foggia crebbe
notevolmente, sviluppandosi verso la stazione ferroviaria e arricchendosi di importanti edifici
pubblici.
In questo periodo la città fu molto attiva anche dal punto di vista politico, ospitando rivendite
carbonare e prendendo parte ai moti del 1848 e del 1860. Con l'unità d'Italia nel 1861, ma
soprattutto con l'abolizione della dogana avvenuta quattro anni dopo, la città poté sfruttare le
terre sottratte alla pastorizia dando un nuovo sviluppo all'agricoltura. In questo periodo la
città divenne un importante nodo ferroviario e stradale, fondamentale per il collegamento
dell'Italia centro-settentrionale col Meridione, grazie alla costruzioni di grandi opere
infrastrutturali.
Un avvenimento che riveste una notevole importanza nella storia della città è la costruzione
dell'Acquedotto pugliese nel 1924. La perenne mancanza di risorse idriche, soprattutto nelle
stagioni estive, era infatti un notevole problema per la cittadinanza e per l'agricoltura locale.
Durante il ventennio fascista la città vide accrescere la quantità di edifici di interesse culturale
nel suo territorio. L'importanza strategica di collegamento tra il nord e il sud della penisola, se
dapprima era stato un motivo di sviluppo della città , divenne in seguito la causa della
distruzione di buona parte della stessa.
Durante la seconda guerra mondiale, infatti, fu bersaglio dei bombardamenti dell'aviazione
alleata e fu rasa al suolo quasi completamente. I bombardamenti più violenti furono quelli del
22 luglio e del 19 agosto 1943.