Diterjemahkan dari bahasa Inggris ke bahasa Indonesia - www.onlinedoctranslator.

com

Jurnal Penelitian Pertanian dan Pangan 18 (2024) 101362

Daftar isi tersedia diSains Langsung

Jurnal Penelitian Pertanian dan Pangan

beranda jurnal:www.sciencedirect.com/journal/journal-of-agriculture-and-food-research

Identifikasi senyawa fungsional baru dari bawang hutan dan aktivitas

biologisnya terhadap kanker payudara

Fahrul NurkolisAIsma KurniawantyAElvan WiyartaB, Happy Kurnia PermatasariCNelly MayuluD

Nurpudji Astuti TaslimBahasa Inggris:, Raymond Rubianto TjandrawinataF, Hardinsyah HardinsyahG
Trina Ekawati TalleiH, Apollinaire TsopmoSaya, Putra RaduJEdwin Hadinataaku, Bonglee Kimaku,
Rosy Iara Maciel Azambuja RibeiroMRony Abdi SyahputraNBahasa Indonesia:*
AJurusan Ilmu Biologi, Fakultas Sains dan Teknologi, Universitas Islam Negeri Sunan Kalijaga (UIN Sunan Kalijaga), Yogyakarta, 55281, Indonesia
BDepartemen Neurologi, Fakultas Kedokteran, Universitas Indonesia - Rumah Sakit Nasional Dr. Cipto Mangunkusumo, Jakarta, 10430, Indonesia
CDepartemen Biokimia dan Biomolekuler, Fakultas Kedokteran, Universitas Brawijaya, Malang, 65145, Indonesia
DJurusan Gizi, Fakultas Ilmu Kesehatan, Universitas Muhammadiyah Manado, Manado, 95249, Indonesia
Bahasa Inggris:Divisi Gizi Klinik, Departemen Gizi, Fakultas Kedokteran, Universitas Hasanuddin, Makassar, 90245, Indonesia

FJurusan Bioteknologi, Fakultas Bioteknologi, Universitas Katolik Indonesia Atma Jaya, Jakarta, 12930, Indonesia
GDivisi Gizi Terapan, Departemen Gizi Masyarakat, Fakultas Ekologi Manusia, Universitas IPB, Jawa Barat, Bogor, 16680, Indonesia
HJurusan Biologi, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Universitas Sam Ratulangi, Manado, 95115, Indonesia
SayaProgram Ilmu Pangan, Departemen Kimia, Institut Biokimia, Universitas Carleton, 1125 Colonel by Drive, Ottawa, K1S 5B6, ON, Kanada
JDepartemen Ilmu Pangan, Fakultas Ilmu dan Teknologi Pangan, Universiti Putra Malaysia, Selangor, UPM Serdang, 43400, Malaysia
akuPenyakit Dalam, RS Hermina Pasuruan, Pasuruan, 67181, Jawa Timur, Indonesia

akuDepartemen Patologi, Fakultas Kedokteran Korea, Universitas Kyung Hee, Seou, 02447, Republik Korea

MLaboratorium Patologi Eksperimental, Kampus Midwest, Universitas Federal São João del-Rei, Divinópolis, Brasil
NJurusan Farmakologi Fakultas Farmasi Universitas Sumatera Utara, Medan, 20155, Indonesia

INFORMASI ARTIKEL ABSTRAK

Kata kunci: Penemuan molekul baru dari sumber alami untuk pengobatan tumor seperti kanker payudara sangat penting bagi
Antikanker pengembangan makanan fungsional dan industri farmasi. Salah satu sumber daya alam yang berpotensi melawan kanker
Produk alami payudara adalah bawang hutan,Eleutherine bulbosa(Mill.) Urb., namun identitas konstituen aktif dan mekanisme kerjanya
Makanan fungsional
masih belum dieksplorasi. Oleh karena itu, penelitian ini berfokus pada profil metabolit,dalam silikonatau aktivitas dan
Obat Avensterol
mekanisme farmakoinformatika, serta validasi lanjutan pada dalam tabung reaksisel. Sepuluh senyawa diidentifikasi dalam
PARP1
MCF-7 E.bulosaEkstrak etanol umbi bawang putih (EBE) menunjukkan aktivitas penghambatan reseptor kanker dan radikal melalui
Bawang hutan farmakologi jaringan dan simulasi docking molekuler. Senyawa yang paling menjanjikan adalah avenasterol yang mengikat
Farmakologi jaringan reseptor PARP-1, HER2, iNOS dengan nilai masing-masing − 11,26, − 8,34, dan − 9,17 μg/mL. EBE dan avenasterol memiliki EC
Kemampuan antioksidan yang lebih kecil50nilai, atau potensi yang lebih tinggi, daripada antioksidan kontrol Trolox dalam uji penangkal radikal dengan
ABTS dan DPPH. Sejalan dengandalam silikonstudi, EBE dan avenasterol menunjukkan aktivitas antiproliferatif terhadap
kanker payudara manusia MCF-7 dengan LD50217,8 μg/mL, dengan sitotoksisitas yang relatif rendah terhadap sel MCF-10A
normal (LD50>1000 μg/mL). Mekanisme antiproliferatif EBE pada MCF-7 dikaitkan dengan penurunan regulasi TGF-β, HER2,
PI3K, dan AKT yang merupakan aktivator tumor yang diketahui. Signifikan (p<0,05) peningkatan gen penekan tumor
miR-29a-3p di MCF-7 diamati setelah pengobatan dengan EBE secara bergantung dosis.

* Penulis yang bersangkutan.

Alamat email:[email protected] Indonesia:[email protected] (F. Nurkolis),[email protected] (I. Kurniatanty),
[email protected] (E. Wiyarta),[email protected] (HK Permatasari),[email protected] (N.Mayulu),[email protected] (NA Taslim),[email protected](RR
Tjandrawinata),[email protected] (H. Hardinsyah),[email protected] (TE Tallei),[email protected] (A. Tsopmo),[email protected] (S. Radu),
[email protected] (E. Hadinata),[email protected] (B. Kim),[email protected] (RIMA Ribeiro), [email protected] (RA Syahputra).

https://doi.org/10.1016/j.jafr.2024.101362
Diterima 10 Januari 2024; Diterima dalam bentuk revisi 9 Agustus 2024; Disetujui 14 Agustus 2024
Tersedia daring 20 Agustus 2024
2666-1543/© 2024 Penulis. Diterbitkan oleh Elsevier BV Ini adalah artikel akses terbuka di bawah lisensi CC BY-NC-ND (http://creativecommons.org/licenses/bync-nd/4.0/).
F. Nurkolis dkk. Jurnal Penelitian Pertanian dan Pangan 18 (2024) 101362

1. Pendahuluan minat besar pada industri nutraceutical dan farmasi, dan penelitian ini
akan melengkapi temuan makanan antikanker fungsional lainnya.
Kanker merupakan penyakit tidak menular yang disebabkan oleh proliferasi
sel abnormal pada jaringan jinak atau ganas. Kanker berkembang sebagai akibat 2. Bahan dan Metode
dari aktivasi onkogen yang abnormal atau penonaktifan gen penekan tumor, yang
keduanya mengganggu siklus sel normal [1–3]. Kanker payudara memiliki 2.1. Peralatan dan bahan
prevalensi dan tingkat kematian tertinggi pada wanita, diikuti oleh kanker serviks
dan ovarium [4]. Menurut data Global Cancer Incidence, Mortality, and Prevalence Bahan dan alat yang digunakan dalam penelitian ini disusun berdasarkan
(GLOBOCAN), diperkirakan 7,8 juta orang di seluruh dunia akan terdiagnosis tahapan penelitian, meliputi pembersihan, pengeringan, penentuan profil
kanker payudara pada akhir tahun 2020 [5], kasus baru kanker payudara di metabolit, dan pengujian.dalam silikonDandalam tabung reaksiPeralatan yang
Indonesia mencapai 68.858 (16,6%) dari total 396.914 kasus baru kanker digunakan adalah oven pengering (Memmert Incubator IN55, Schwabach,
payudara, dan jumlah kematiannya sudah melebihi 22.000 [6]. Kanker payudara Jerman), rotary evaporator (Merck KGaA, Darmstadt, Jerman), blender
stadium lanjut seringkali terlambat didiagnosis akibat kelalaian dalam melakukan (CosmosBlender; Tangerang, Indonesia), mikroskop binokuler, spektrofotometer
pemeriksaan klinis dan pemeriksaan diri sendiri [7]. Kanker payudara stadium (SmartSpec Plus, Bio-Rad Laboratories. Inc, AS), dan centrifuge fungsional suhu
lanjut dan metastasis lokal memiliki prognosis yang buruk, dengan tingkat (Eppendorf, Hamburg, Jerman).
kelangsungan hidup rata-rata kurang dari 5 tahun. Lebih jauh lagi, 10% dari Bahan-bahan yang digunakan dalam penelitian ini meliputi etanol
kanker payudara yang baru terdiagnosis berkembang ke stadium metastasis [8]. 96%, asetonitril, metanol, asam format, larutan asam tripsin-
etilendiamintetraasetat, MCF-7 dan MCF-10A, kalium persulfat, natrium
Di Indonesia, penanganan kanker payudara meliputi tindakan operasi, klorida, ABTS, mitoksantron dan doksorubisin (Sigma-Aldrich,
kemoterapi, dan terapi radiasi [9]. Kemoterapi baru-baru ini menjadi Darmstadt, Jerman); Dulbecco's Modified Eagle Medium (DMEM),
pengobatan yang paling umum untuk kanker payudara dengan metastasis, Bovine Serum Albumin (BSA), antibiotik penisilin dan streptomisin
tetapi memiliki efek samping terburuk, termasuk berkurangnya (Thermo Fisher Scientific, AS); DPPH (BioVision, Milpitas, CA, AS);5
kelangsungan hidup sel-sel sehat di sekitar sel kanker dan kecenderungan -avenasterol atau avenasterol (Merck KGaA, Darmstadt, Jerman); dan
menyebabkan nekrosis [10]. Selain itu, biaya pengobatan kemoterapi sangat TGF-β1, HER2 dan p-Akt (Elabscience, Wuhan, Cina).
mahal sehingga terapi ini tidak terjangkau bagi pasien dengan status Contoh dariE.bulosadiperoleh secara online, identifikasi botani dan
ekonomi rendah yang tidak memiliki asuransi [11]. Pendekatan baru dan otentikasi dilakukan di Laboratorium Biokimia dan Biomolekuler
senyawa anti tumor baru perlu terus dicari [12]. Sumber daya alam, seperti Fakultas Kedokteran Universitas Brawijaya, Indonesia, dan data
tanaman dan herbal, menawarkan potensi antikanker yang menjanjikan dan dicocokkan dengan ID taksonomi 1210469 (NCBI: txid1210469) dari
melimpah melalui penghambatan reseptor [13–15]. Salah satu reseptor database National Center for Biotechnology Information (NCBI). Semua
utama yang menjadi fokus dalam studi penemuan inhibitor kanker adalah metode dalam penelitian ini berasal dari pedoman dan peraturan yang
poli (ADP-ribosa) polimerase-1 (PARP1) [16Bahasa Indonesia:17Reseptor berlaku untukdalam tabung reaksidan studi tanaman, dan penulis
faktor pertumbuhan epidermal manusia 2 (HER2) juga menjadi fokus mengonfirmasi bahwa pengumpulan sampel telah disetujui oleh
penelitian tentang kandidat zat yang dapat melawan kanker payudara [8]. otoritas setempat dan mematuhi pedoman.
Selain itu, iNOS, reseptor oksidan yang berperan dalam penangkal radikal
dan stres oksidatif [13], merupakan fokus lain dari studi antikanker. 2.2. Persiapan ekstrak umbi E. bulbosa (EBE).
PARP1 adalah fasilitator utama perbaikan DNA dan terlibat dalam jalur
tumorigenesis [18]. Inhibitor PARP baru-baru ini mendapat perhatian sebagai terapi yang E.bulosasampel bohlam dibersihkan dengan air suling dan
dirancang secara rasional untuk pengobatan beberapa keganasan, terutama yang dikeringkan dalam oven pada suhu 50◦C selama 72 jam. Pengurangan ukuran sampel
berhubungan dengan jalur perbaikan DNA yang tidak berfungsi, termasuk kanker dilakukan dengan menggunakan blender untuk menghasilkan bubuk simplisia kasar.
payudara [19Bahasa Indonesia:20]. Penelitian lebih lanjut tentang PARP1 sebagai E.bulosaserbuk simplisia umbi (200 g) dimaserasi menggunakan etanol 96%
biomarker untuk aktivitas terapeutik terapi berbasis penghambat PARP diperlukan. (2 L) selama 72 jam dengan pengocokan sesekali dan campuran disaring,
Dalam konteks ini,dalam tabung reaksipenelitian pada sel kanker payudara filtrat dipisahkan dan maserasi diulang sebanyak tiga kali. Filtrat gabungan
menggunakan garis sel MCF-7 sangat berharga dalam pencarian agen penghambat dipekatkan menggunakan evaporator putar pada suhu 70◦C untuk
kanker payudara berbasis bukti, baikdalam silikonDandalam tabung reaksi [19Bahasa menghasilkan ekstrak kentalE.bulosa(EBE), yang disimpan dalam aluminium
Indonesia:20]. foil untuk digunakan dalam uji lanjutan. Metode ekstraksi ini mengacu pada
Eleutherine bulbosa(Mill.) Urb., dikenal sebagai 'bawang dayak' atau 'bawang penelitian serupa yang diterbitkan [23].
hutan' dalam terminologi lokal, adalah tanaman herba dalam keluarga Iridaceae
yang banyak dibudidayakan di Indonesia [21].E.bulosadapat ditemukan di seluruh 2.3. Penentuan profil fitokimia melalui profil metabolomik tak
tanah Indonesia yang kaya akan sulfur, antara 600 dan 2000 m di atas permukaan bertarget
laut di pulau Kalimantan [22]. Berbagai penelitian yang dilakukan oleh para
peneliti telah mengungkapkan potensi antioksidan dan sitotoksik dari komponen Analisis profil metabolik dan identifikasi senyawa dilakukan dengan mengacu
bioaktifE.bulosa[21]. Namun, pengetahuan saat ini tentang profil metabolit pada protokol penelitian serupa [24]. Setelah menimbang setiap sampel (50 mg)
sekunderE.bulosaekstrak umbi masih kurang. Sebaiknya, penelitian dimulai secara akurat, 800 μL metanol 80% ditambahkan ke dalam tabung, dan campuran
dengan penjelasan dan karakterisasi lengkap profil metabolit, dandalam silikon diaduk selama 90 detik pada suhu 4◦C sebelum disonikasi selama 30 menit.
atau studi docking, sebelumnyadalam tabung reaksi penelitian tentang senyawa Kemudian, sampel disimpan pada suhu -40◦C selama 1 jam, dipusarkan selama 30
spesifik dan mekanisme antikanker. Sampai saat ini belum adadalam tabung detik, ditahan selama 30 menit, dan disentrifugasi pada kecepatan 12.000 rpm
reaksistudi yang menilai efek antikanker selama 15 menit pada suhu 4◦C. Akhirnya, vial berisi 200 μL supernatan digunakan
E.bulosapada kanker payudara dengan garis sel MCF-7. untuk analisis LC-MS. Kromatografi cair kinerja ultra-spektrometri massa tandem
Oleh karena itu, penelitian ini bertujuan untuk mengetahui profil fitokimia (UPLC-MS/MS) dilakukan menggunakan Ultimate 3000LC yang dikombinasikan
E.bulosaekstrak etanol umbi bawang putih (EBE) dan menentukan aktivitas dengan Q Exactive MS (Thermo Fisher, Waltham, AS) dengan spektrometri massa
antikanker dari konstituennya melalui pendekatan farmakoinformatika melalui ionisasi elektrospray (ESI-MS) dan kolom ACQUITY UPLC HSS T3 (100Bahasa
dalam silikonstudi yang mensimulasikan docking molekuler, farmakologi jaringan Indonesia:
dan penghambatan reseptor PARP1, HER2 dan iNOS.Dalam tabung reaksiStudi Fase gerak terdiri dari pelarut A (0,05% asam format-air) dan pelarut B
pada sel kanker payudara MCF-7 juga dilakukan untuk membantu menentukan (asetonitril) dengan elusi gradien (0–1,0 menit, 95% A; 1,0–12,0 menit,
mekanisme aksi dan LD50konsentrasi EBE. Eksplorasi metabolit dan zat bioaktif 95-5% A; 12,0–13,5 menit, 5% A; 13,5–13,6 menit, 5–95% A; 13,6–16,0
baru untuk terapi kanker payudara merupakan hal yang penting. menit, 95% A). Laju alir dalam

2
F. Nurkolis dkk. Jurnal Penelitian Pertanian dan Pangan 18 (2024) 101362

fase gerak adalah 0,3 mL/menit. Suhu manajer sampel diatur pada 4◦C, situs web (https://www.rcsb.org, diakses pada 2 Mei 2023) dan database
sedangkan suhu kolom dipertahankan pada 40◦C. 40 μL adalah volume struktur PubChem (https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov, diakses pada 2 Mei
injeksi sampel. Berikut ini adalah parameter MS dalam mode ion 2023) diakses dalam penelitian ini. Semua protokol simulasi docking
negatif (ESI− ) dan positif (ESI+). ESI+: suhu kapiler 350◦C, tegangan molekuler mengacu pada penelitian yang dipublikasikan [34–36]. Struktur
semprot 3,0 KV, laju aliran gas casing 45 arb, laju aliran gas bantu 15 kristalografi sinar-X dari poli(ADP-ribosa) polimerase-1 (PARP-1) manusia
arb, laju aliran gas sapuan 1 arb, dan laju RF S-lens 30%. ESI− : suhu dengan A927929, HER2, dan iNOS diperoleh dari bank data protein RCSB
kapiler 350◦C; tegangan semprot 3,2 KV; laju aliran gas casing 45 arb; dengan ID PDB masing-masing 4UND, 3PP0, dan 3E7G. Struktur kristal dari
laju aliran gas aux 15 arb; laju aliran gas sweep 1 arb. Dan laju RF S-lens ketiga protein reseptor disiapkan dengan menyiapkan modul protein di
60 %. Discovery Studio 2.5 untuk menghilangkan air kristal, membuat prototipe
struktur protein, dan menggunakan medan gaya kimia dalam mekanika
2.4. Studi in silico makromolekul Harvard (CHARMM). Tempat pengikatan protein PARP-1
ditentukan oleh volume dan lokasi senyawa yang dikristalkan bersama,
2.4.1. Prediksi aktivitas senyawa bioaktif dan kemiripan obat Senyawa yang A927929. Prediksi asam amino tidak teratur dari protein reseptor dilakukan
diisolasi dari EBE menjalani analisis bioaktivitas menggunakan alat oleh PONDR-Fit.
prediksi WAY2DRUG PASS (http://www.pharmaexpert.ru/passonline/ Redocking berfungsi sebagai strategi validasi docking molekuler yang
predict.php, diakses pada tanggal 20 Februari 2024), yang berfokus pada penting, di mana ligan asli ditransposisikan ke kantong target dengan
pengobatan kanker, khususnya kanker payudara, menggunakan analisis memanfaatkan koordinat grid tertentu, yang difasilitasi oleh AutoDock.
SAR untuk menyandingkan senyawa masukan dengan senyawa yang Setelah proses redocking, deviasi akar kuadrat rata-rata (RMSD) posisional
diketahui memiliki kemanjuran tertentu [25]. Nilai Pa (probabilitas aktivitas) ligan idealnya tidak boleh melebihi 2,0 Å. Parameter grid dan docking
yang diperoleh dari alat ini menunjukkan potensi senyawa yang diuji. Pa disesuaikan dengan cermat berdasarkan hasil yang diperoleh dari
yang melebihi 0,4 menunjukkan potensi substansial sebagai agen eksperimen validasi docking. Data yang dihasilkan didokumentasikan secara
antikanker, yang menunjukkan kesamaan dengan senyawa dalam basis sistematis dalam file .dlg yang sesuai dengan setiap struktur akhir
data. Untuk memastikan keakuratan, nilai Pa>0,4 dipertimbangkan dalam konformasi docking. Evaluasi interaksi ligan-reseptor dilakukan dengan
penelitian ini, mengingat nilai yang lebih tinggi berkorelasi dengan memanfaatkan Discovery Studio 2016, yang memungkinkan analisis dan
peningkatan presisi prediktif. Selain itu, kemiripan obat, yang mengukur interpretasi yang komprehensif.
parameter farmakokinetik penting yang vital untuk pengembangan obat
dan penilaian toksisitas, dievaluasi melalui aturan lima Lipinski (Ro5). 2.5. Aktivitas antioksidan terhadap ABTS dan DPPH
Penilaian ini menggunakan basis data ADMETLab 2.0, menggunakan notasi
SMILES yang diambil dari PubChem [26–28]. Notasi SMILES gabungan yang Penilaian aktivitas antioksidan memerlukan evaluasi potensi penangkal
terperinci (https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov, diakses pada tanggal 20 radikal menggunakan 2,2-difenil-1-pikrilhidrazil (DPPH), sesuai dengan
Februari 2024) tersedia diTabel Tambahan S1. metodologi yang diuraikan oleh Hayes et al.35] dan Sabrina et al. [35Bahasa
Indonesia:37Bahasa Indonesia:37]. Sampel EBE pada konsentrasi 25, 50, 75,
2.4.2. Identifikasi dan analisis target protein 100, dan 125 μg/mL dimasukkan ke dalam vial uji yang berisi 3 mL reagen
Analisis target dilakukan untuk EBE dengan memasukkan notasi SMILES untuk DPPH. Campuran yang dihasilkan dibiarkan mencapai kesetimbangan pada
setiap elemen EBE yang teridentifikasi ke dalam program analisis target suhu kamar selama 30 menit, dan perubahan konsentrasi DPPH dipantau
SuperPred (https://prediksi.charite.de/, diakses pada tanggal 20 Februari 2024). pada panjang gelombang serapan 517 nm. Aktivitas penyingkiran terhadap
Untuk model SuperPred, nilai batas untuk akurasi dan probabilitas dipilih sebesar 2,2'- kation radikal azino-bis (asam 3-etilbenzotiazolin-6-sulfonat) atau garam
80 % [29Bahasa Indonesia:30]. Gen dan protein ini diekstraksi dari database Open diammonium (ABTS) ditentukan mengikuti protokol yang ditetapkan [35
Targets (http://www.opentargets.org/), yang diambil pada tanggal 20 Februari Bahasa Indonesia:37]. Secara khusus, campuran kalium persulfat (K2S2HAI8,
2024, dan dikaitkan dengan kanker payudara. Diagram Venn kemudian digunakan 2,4 mM) dan ABTS (7 mM) disiapkan dalam rasio 1:1, terlindung dari cahaya
untuk memetakan persimpangan antara target yang terhubung dengan penyakit menggunakan aluminium foil, dan dibiarkan bereaksi dalam gelap pada
dan target yang terkait dengan EBE. Situs web DAVID (https://david.ncifcrf.gov/, suhu 22◦C selama 14 jam. Campuran yang dihasilkan ini diencerkan untuk
diakses pada 20 Februari 2024) digunakan untuk memberi anotasi pada target menghasilkan larutan kerja dengan serapan 0,706 pada 734 nm (misalnya, 1
EBE, dengan penekanan pada proses biologis dan jalur Kyoto Encyclopedia of mL larutan stok ditambah 60 mL EtOH). Larutan kerja baru disiapkan untuk
Genes and Genomes (KEGG) [31]. setiap analisis. Sampel EBE, yang disimpan pada konsentrasi 25, 50, 75, 100,
dan 125 μg/mL, diencerkan dengan larutan kerja ABTS (1 mL), dan
2.4.3. Analisis farmakologi jaringan absorbansi diukur setelah 7 menit pada 734 nm. Persentase penghambatan
Penelitian mengenai interaksi antara protein target yang diekstraksi dari EBE DPPH dan ABTS diukur menggunakan rumus berikut:
dan implikasinya terhadap kanker payudara dilakukan dengan menggunakan
database STRING (Versi 12.0), sebuah alat yang dirancang untuk mengambil gen [ [Bahasa Indonesia]

atau protein yang berinteraksi [32]. Penyelidikan tersebut mencakup protein A0- A1
Aktivitas Penghambatan(%) = Bahasa Indonesia:100% (1)
target EBE bersama protein yang bersinggungan dengan kanker payudara, A0
termasuk entitas penting seperti reseptor HIF1A dan klordekona reduktase yang
dikenal karena hubungannya yang erat dengan kejadian kanker payudara. Dalam di mana A0 merupakan penyerapan kosong, dan A1 melambangkan penyerapan

analisis basis data STRING, Homo sapiens (manusia) ditetapkan sebagai standar atau sampel.

organisme, dan interaksi dibatasi pada interaksi dengan ambang batas skor
keyakinan yang melebihi 0,4 untuk memastikan ketahanan. Selanjutnya, data yang 2.6. Studi in vitro pada lini sel kanker
dikeluarkan dalam format TSV menjalani ekstraksi untuk pemeriksaan menyeluruh
menggunakan CytoScape Versi 3.10.1. Analisis ini menyelidiki kerumitan jaringan, Laboratorium Biokimia dan Biomolekuler Fakultas Kedokteran
menyelidiki parameter utama seperti derajat, sentralitas perantara, dan sentralitas Universitas Brawijaya menyediakan sel kanker payudara manusia
kedekatan di antara reseptor [33]. (MCF-7 cell line) dan sel epitel payudara normal (MCF-10A cell line).
(Malang, Indonesia). Dalam plat 96-well dengan DMEM, 10 % FBS, dan 1
% antibiotik (100 UI/ml penisilin dan 100 μl/ml streptomisin), sel MCF-7
2.4.4. Simulasi docking molekuler dan MCF-10A dikultur. Sel yang dikultur ditempatkan dalam inkubator
Perangkat lunak ChemDraw Ultra (versi 12.0), AutoDock (versi 4.2) dengan 5 % CO2pada usia 37◦C setelah mencapai kepadatan 80%.
dan BIOVIA Discovery (versi 20.1) digunakan, dan Protein Data Bank Larutan asam tripsin-etilendiamintetraasetat (tripsin-

3
F. Nurkolis dkk. Jurnal Penelitian Pertanian dan Pangan 18 (2024) 101362

EDTA; Thermo Fisher Scientific, AS) digunakan untuk memanen sel di mana A merupakan absorbansi sel dengan perlakuan, B merupakan absorbansi
secara teratur. sampel kosong, dan C merupakan absorbansi sel kontrol.

2.6.1. Ekspresi TGF-β1, p-Akt, HER2 dan miR-29a-3p

Itudalam tabung reaksiPenilaian ekspresi TGF-β1, p-Akt, dan HER2 2.7. Analisis dan manajemen data
mengikuti protokol yang disediakan oleh produsen kit masing-masing (E-
AB-33090, Elabscience untuk TGF-β1; Kit Phospho-AKT Ser473, Wuhan, Analisis data dilakukan dengan menggunakan GraphPad Prism
Tiongkok; Elabscience untuk HER2) dan menetapkan standar eksperimen. Premium 10 (GraphPad Software, Inc., CA, USA). Distribusi data dinilai
Untuk mendeteksi TGF-β1, HER2, dan p-Akt sekaligus mencegah pengikatan menggunakan uji Shapiro-Wilk. Untuk menentukan perbedaan rata-
nonspesifik, membran polivinilidena difluorida diolah terlebih dahulu rata antar kelompok perlakuan, dilakukan uji ANOVA satu arah jika data
dengan larutan pemblokiran yang mengandung 5% susu skim kering dalam terdistribusi normal (signifikansi<0,05). Dalam semua kasus lainnya, uji
buffer salin Tris-Tween (T-TBS) yang mengandung 0,1% Tween 20, 20 mmol/ Kruskal-Wallis digunakan. LD50untuk sel kanker MCF-7, dan aktivitas
L Tris-HCl, 0,138 mol/L NaCl, pada pH 7,4. Bentuk terfosforilasi dari TGF-β1, antioksidan terhadap ABTS dan DPPH, dianalisis menggunakan paket
HER2, dan p-Akt dibedakan menggunakan larutan pemblokiran yang terdiri regresi non-linier GraphPad (log(inhibitor) vs. respons ternormalisasi –
dari 5% albumin (BSA) dalam T-TBS. Pendekatan ini memfasilitasi deteksi kemiringan variabel); dan untuk nilai signifikansi (95%, CI) untuk
TGF-β1 dan p-Akt yang terfosforilasi. Penilaian ekspresi TGF-β1, HER2, dan p- ekspresi TGF-β1, HER2m miR-29a-3p, dan PI3K/AKT melalui uji ANOVA
Akt melibatkan paparan membran terhadap antibodi primer, diikuti oleh satu arah, dan untuk ABTS dan DPPH melalui uji ANOVA dua arah.
antibodi sekunder yang terkait dengan peroksidase. Baik antibodi primer
maupun sekunder diencerkan dengan tepat dalam 5% BSA/T-TBS.
Metodologi berbasis antibodi yang cermat ini bertujuan untuk menjelaskan 3. Hasil
ekspresi TGF-β1, HER2, dan p-Akt sambil memastikan presisi pengujian
melalui pengenceran antibodi dan kondisi inkubasi yang optimal. 3.1. Senyawa dalam ekstrak E. bulbosa (EBE)
Prosedur percobaan melibatkan penyemaian 5000 sel MCF-7 per sumur pada
100 μL/sumur dan pemberian berbagai konsentrasi EBE (0, 100, 200, 300, 400, dan Jumlah ion dan puncak yang diamati dalam EBE, waktu elusinya, dan
500 μg/mL) selama 24 jam. Analisis data menentukan nilai persentase relatif kelimpahan relatif melalui analisis UPLC-ESI-MS/MS ditunjukkan padaGbr. 1
terhadap kelompok kontrol, yang terdiri dari sel yang tidak diberi perlakuan atau Senyawa yang diamati diidentifikasi secara otomatis melalui Perpustakaan
diberi perlakuan dengan EBE 0 μg/mL. Pengukuran kerapatan optik (OD) pada MS/MS mzCloud, dan 10 molekul ditemukan memiliki kecocokan>99%.
panjang gelombang 665 nm dan 620 nm dilakukan menggunakan Kriteria dan data database mzCloud disajikan dalamTabel 1Kromatogram
spektrofotometer untuk penilaian ini. ion total (TIC) menggunakan parameter spektrometri massa (MS) dalam
Untuk lini sel MCF-7, ekstraksi total RNA mengikuti protokol reagen mode ion negatif (ESI− ,Gbr. 1A) dan mode ion positif (ESI+,Gbr. 1B).
TRIzol dari pabrik (Invitrogen Life Technologies, AS) dan kuantifikasi
pada panjang gelombang serapan 260 nm, dilakukan dalam rangkap Berat molekul yang dihitung, rumus molekul, dan waktu retensi
tiga. Sintesis cDNA dari 2 μg total RNA menggunakan miScript II RT Kit untuk senyawa yang diidentifikasi dari profil metabolomik non-target
(QIAGEN, Jerman) dengan primer RT stem-loop untuk transkripsi balik melalui UPLC-ESI-MS/MS dirangkum dalamTabel 1Selanjutnya, 10
miRNA. cDNA yang disintesis digunakan untuk mendeteksi ekspresi senyawa tersebut diaplikasikan sebagai ligan untuk mensimulasikan
miR-29a-3p dalam sel MCF-7. Deteksi gen PCR waktu nyata kuantitatif docking molekuler. Struktur kimia metabolit EBE dapat ditemukan di
(QRT-PCR) menggunakan FastStart Essential DNA Green Master (Roche, File TambahanTabel S2.
AS) mengikuti petunjuk pabrik, dengan data dianalisis menggunakan 2-
ΔΔCt. Urutan primer untukQRT-PCR adalah sebagai berikut: primer 3.2. Analisis skor Pa, kemiripan obat dan farmakologi jaringan
forward AGCACCAUCUGAAAUCGGUUA dan primer universal
GTGCAGGGTCCGAGGT. Tabel 2meneliti potensi antikanker senyawa (C1–C10) yang diidentifikasi
dalam EBE menggunakan analisis hubungan struktur-aktivitas (SAR) yang
2.6.2. Pengujian MTT terperinci. Investigasi tersebut mencakup skor aktivitas yang mungkin (Pa)
Teknik MTT digunakan untuk melakukan percobaan sitotoksisitas pada dan evaluasi kemiripan obat dalam kerangka farmakologi jaringan. Tabel
garis sel kanker payudara MCF-7 dan garis sel epitel payudara normal tersebut dengan cermat membandingkan efektivitas senyawa sebagai
MCF-10A sesuai dengan [10]. Selama periode 24 jam, sel MCF-7 dan MCF-10A penghambat ekspresi HIF1A dan klordekona reduktase berdasarkan kriteria
dikultur dalam pelat 96-well dan diobati dengan avenasterol dan EBE pada ketat yang ditetapkan oleh pedoman Lipinski, Pfizer, dan GSK untuk
dosis 0, 100, 200, 300, 400, dan 500 μg/mL. Mitoxantrone dan doxorubicin kemiripan pengobatan. Temuan tersebut menunjukkan berbagai kualitas
diaplikasikan sebagai kontrol positif menurut penelitian yang sebanding [10 mirip obat dan kemampuan penghambatan, dengan senyawa C1-C4 dan C9
]. Avenasterol memiliki nilai docking terbaik untuk validasidalam tabung menunjukkan karakteristik terbaik dalam semua hal. Persetujuan dan
reaksipengujian pada lini sel. Namun, karena keterbatasan dana, pengujian penolakan C5 dan C8 berdasarkan berbagai kriteria menunjukkan
ini tidak dapat dilakukan untuk sembilan konstituen EBE lain yang keseimbangan yang rumit antara karakteristik molekuler dan potensi
teridentifikasi. Selain itu, penentuan dosis mengacu pada penelitian efektivitas terapeutik. Namun, semua senyawa cocok untuk pengujian lebih
sebelumnya di mana EBE memiliki LD50dalam kisaran 100–250 μg/mL lanjut dalam farmakologi jaringan atau interaksi protein-protein (PPI).
terhadap sel kanker T47D [38]. Batas bawah dan atas 0 dan 500 μg/mL Gambar 2menggambarkan hubungan antara EBE dan kanker payudara pada
dipilih untuk menentukan efektivitas dosis. EBE dan mitoxantrone (kontrol tingkat molekuler. Diagram Venn diGambar 2A menunjukkan target molekuler
positif) ditambahkan dan diinkubasi selama 24 jam. Sel diisolasi dengan umum antara konstituen EBE dan gen terkait kanker payudara, yang
cairan PBS 1X dan diinkubasi dengan 100 μl MTT 0,5 mg/ml pada suhu 37◦C. menunjukkan target potensial untuk efek terapeutik EBE. Diagram jaringan PPI (
Setelah 30 menit, 100 μL reagen stopper DMEM ditambahkan ke setiap pelat Gambar 2B, C, dan 2D) menggambarkan jaringan interaksi antara protein.
sumur. Absorbansi diukur pada panjang gelombang 550 nm menggunakan Diagram jaringan disusun untuk menggambarkan intensitas dan spesifisitas
pembaca pelat mikro. Untuk meminimalkan risiko bias, tiga uji coba rangkap koneksi, yang memberikan wawasan tentang bagaimana konstituen EBE berfungsi
tiga dilakukan untuk setiap kelompok perlakuan. Sel yang memenuhi syarat bersama pada jalur kanker payudara. Gambar 2E menampilkan ontologi gen yang
disajikan sebagai persentase dengan rumus: diperkaya dari proses biologis di antara target EBE, dengan penggambaran grafis
yang jelas tentang pengayaan lipatan.
A- B
Persentase Sel Hidup atau Viabilitas(%) = (2) dan nilai tingkat penemuan palsu (FDR) yang menyertainya. Grafik batang
C- B
menyoroti jalur yang paling terpengaruh, termasuk yang terkait dengan

4
F. Nurkolis dkk. Jurnal Penelitian Pertanian dan Pangan 18 (2024) 101362

Gbr. 1.Kromatogram ion total (TIC) yang diperoleh dari EBE: (A) TIC dalam mode ESI-; dan (B) TIC dalam mode ESI +. NL: Kehilangan netral; FTMS: Spektrometri massa transformasi
Fourier.

resistensi endokrin dan jalur pensinyalan dalam patofisiologi kanker. Hal ini memberikan PARP1, dan NOS2/iNOS) terlibat dalam jaringan interaksi protein-protein
prospek yang menjanjikan untuk mengidentifikasi biomarker potensial dan target terapi (PPI) yang memainkan peran penting dalam patogenesis molekuler kanker
untuk penggunaan EBE dalam pengobatan kanker payudara. payudara. Tabel ini menunjukkan pentingnya protein dalam jalur
Tabel 3menyediakan pemeriksaan protein utama (ERBB2/HER2, pensinyalan penting menggunakan metrik termasuk derajat, interkoneksi

5
F. Nurkolis dkk. Jurnal Penelitian Pertanian dan Pangan 18 (2024) 101362

Tabel 1
Profil senyawa yang diamati diE.bulosamelalui analisis UPLC-ESI-MS/MS.

Menggabungkan TIDAK Rumus molekul RT (Menit) pria/wanita Berat molekul ID PubChem

Eleutherol C1 C14H12HAI4 8.51 243.0659 244.0731 120697

Genistein C2 C15H10HAI5 7.842 269.0451 270.0524 5280961
Lutein C3 C15H10HAI6 7.69 285.0403 286.0476 5280445
Kuersetin Bahasa Indonesia: C4 C15H10HAI7 5.676 299.0195 300.0267 5280343
Kaempferol-7-O-glukosida C5 C21H20HAI11 4.084 447.0926 448.1000 5480982
Elaeokanina C C6 C12H21TIDAK2 11.249 212.1643 211.1570 442855
C7
Eleutherine (Eleutherine) adalah nama umum untuk tanaman yang tumbuh di dataran tinggi di Amerika Serikat. C16H16HAI4 8.204 273.1116 272.1043 tahun 10166

Asam eikosapentaenoat C8 C20H30HAI2 9.981 303.2314 302.2241 446284

jeruk keprok C9 C20H20HAI7 4.155 373.1275 372.1203 68077
Obat Avensterol C10 C29H48HAI 13.434 413.3772 412.3699 12795736

nilai RMSD, pengukuran ΔG, dan pola pengelompokan menyediakan

Tabel 2
kerangka validasi komprehensif yang menjamin prosedur verifikasi
Evaluasi aktivitas antikanker potensial EBE berdasarkan prediksi hubungan
yang ketat termasuk presisi, dinamika energi, dan koherensi. Data
struktur-aktivitas (SAR), skor Pa, dan kemiripan obat untuk analisis farmakologi
validasi yang diperoleh dari pekerjaan ini berfungsi untuk memperkuat
jaringan.
akurasi dan keandalan prediksi docking yang dilakukan untuk obat
Senyawa Skor Pa * Kemiripan obat **
yang menargetkan HER2, iNOS, dan PARP1. Hasil penelitian ini tidak
HIF1A Klordekona Lipinski Perusahaan Pfizer GSK hanya mengonfirmasi hasil langsung tetapi juga menekankan
ekspresi reduktase aturan aturan
signifikansi yang lebih luas dari validasi tersebut, mulai dari
penghambat penghambat
peningkatan prosedur pengembangan obat hingga penerjemahan
C1 0,85 0.66 Diterima Diterima Diterima prediksi komputasional yang dipercepat ke dalam aplikasi klinis.
C2 0,93 0.92 Diterima Diterima Diterima
Hasil simulasi docking molekuler menunjukkan bahwa konstituen EBE
C3 0,96 0,97 Diterima Diterima Diterima
Bahasa Indonesia: C4 0,96 0.49 Diterima Diterima Diterima berpotensi menjadi penghambat kanker payudara dengan menargetkan
C5 0.92 0,87 Ditolak Diterima Ditolak PARP1/HER2/iNOS (Tabel 5). Pada reseptor HER2, semua senyawa yang
C6 0,25 0.24 Diterima Diterima Diterima diamati dalam EBE memiliki afinitas pengikatan yang lebih kuat (ΔG)
C7 0.54 0,55 Diterima Diterima Diterima
dibandingkan obat kontrol doxorubicin (ΔG -5,17 kcal/mol) (Tabel 5). Sesuai
C8 0.26 0.83 Diterima Ditolak Ditolak
C9 0,94 0,95 Diterima Diterima Diterima
dengan hasil pada HER2, 9 dari 10 senyawa memiliki afinitas pengikatan
C10 0,35 Bahasa Indonesia Diterima Ditolak Ditolak yang lebih kuat dibandingkan dengan kontrol.S-ibuprofen dalam
menghambat reseptor iNOS (Tabel 5). Namun, pada reseptor PARP1, hanya
NA: Tidak berlaku atau tidak ditemukan.
zat avenasterol (ΔG -9,17 kkal/mol) yang memiliki afinitas pengikatan yang
lebih kuat daripada obat kontrol talazoparib (ΔG -8,97 kkal/mol). Oleh karena
sentralitas, sentralitas kedekatan, dan skor keseluruhan. Ini menyoroti
itu, avenasterol terbukti sebagai zat penting dalam EBE dengan aktivitas
dampak substansial ERBB2/HER2 pada sumbu pensinyalan HER2-Akt, yang
menghambat ketiga reseptor terpilih yang menyebabkan kanker.
diintensifkan oleh tingkat ekspresi HER2 yang tinggi, dan dampaknya pada
Selain potensi afinitas pengikatan, pola interaksi asam amino
jalur pensinyalan PIK3CA dan MAPK. Para peneliti telah berfokus pada
menunjukkan bahwa konstituen EBE, terutama avenasterol, dapat
PARP1 dan NOS2/iNOS karena mereka memainkan peran penting dalam
mengikat ke situs pengikatan reseptor tertentu (Tabel 6). Oleh karena
mengendalikan jalur pensinyalan TGF-β dan oksida nitrat. Ini menunjukkan
itu, pengikatan senyawa-senyawa ini ke HER2 dan PARP1 diduga dapat
bagaimana protein ini berinteraksi satu sama lain dan bagaimana mereka
menginduksi apoptosis pada sel kanker target. Visualisasi lengkap
memengaruhi perkembangan kanker dengan memodulasi proses seluler.
interaksi asam amino metabolit EBE terhadap HER2, iNOS, dan PARP1
Oleh karena itu, berdasarkan hasil analisis PPI ini, tiga reseptor (HER2, iNOS,
dapat ditemukan di File TambahanTabel S3.
PARP1) dipilih untuk melanjutkan simulasi docking molekuler.

3.4. Kemampuan anti-oksidatif EBE

3.3. Pendekatan docking molekular mengungkapkan potensi anti-kanker
metabolit EBE
Mengingat peran radikal bebas dalam perkembangan kanker,
pengujian aktivitas antioksidan dari agen antikanker potensial penting
Sebelum 10 konstituen EBE (Tabel 1) melanjutkan ke simulasi docking
dalam penemuan senyawa bioaktif baru. Dalam penelitian ini, aktivitas
molekuler (pendekatan farmakoinformatika), untuk menghindari bias dalamdalam
anti-oksidatif EBE dan avenasterol dinilai melalui penangkapan radikal
silikonHasilnya, setiap reseptor yang dipilih harus divalidasi melalui uji redocking
ABTS dan DPPH (Gambar 3). Berdasarkan EC50nilai, untuk pemulungan
dengan ligan aslinya. Hasil uji validasi ditunjukkan padaTabel 4, menunjukkan
radikal bebas ABTS, nilai EBE lebih kecil dibandingkan dengan kontrol
bahwa protokol docking molekuler yang dilakukan dalam penelitian ini valid (root
Trolox (EC50EBE avenasterol<EBE<(Troloksi) (Gambar 3A). Demikian pula
mean square deviation, RMSD<2 Å). Nilai RMSD memberikan gambaran yang
pada uji aktivitas penghambatan DPPH, EC50nilai untuk EBE dan
bernuansa dan terperinci tentang tingkat akurasi prediksi docking. Dalam konteks
avenasterol lebih kecil dibandingkan dengan kontrol Trolox (Gambar 3
historis, secara luas diterima bahwa nilai RMSD yang lebih rendah dari 2 Å
B). Oleh karena itu, sifat antioksidan sinergis ditunjukkan untuk EBE di
berfungsi sebagai indikator penempatan ligan yang tepat. Temuan validasi yang
dalam silikon docking molekuler. Senyawa tertentu dalamTabel 5,
dilaporkan dalam penelitian ini secara konsisten menunjukkan nilai di bawah
terutama avenasterol, dapat menghambat iNOS, enzim metabolisme
ambang batas yang ditetapkan. Secara khusus, protein HER2 menunjukkan
oksigen reaktif dan nitrogen.
pengukuran sebesar 0,621 Å, protein iNOS 1,789 Å, dan protein PARP1 0,854 Å.
Pada kedua tes penyingkiran radikal bebas, konsentrasi EBE dan
RMSD yang sangat rendah yang diamati untuk HER2 berfungsi untuk menyoroti
avenasterol tidak berbeda secara signifikan dari antioksidan kontrol Trolox
tingkat akurasi yang tinggi yang dengannya senyawa tersebut dapat
(p>0,05, kecuali pada konsentrasi ABTS 25 μg/mL), menunjukkan aktivitas
menyelaraskan dengan wilayah pengikatan protein. Temuan ini memberikan
antioksidan serupa dalam memerangi radikal bebas (Gambar 3C dan D).
konfirmasi lebih lanjut tentang keandalandalam silikonevaluasi.

Selain itu, perlu dicatat bahwa teknik validasi yang digunakan di sini
dapat digunakan sebagai model untuk studi yang sebanding.

6
F. Nurkolis dkk. Jurnal Penelitian Pertanian dan Pangan 18 (2024) 101362

Gbr. 2.Farmakologi Jaringan untuk EBE terhadap kanker payudara: (A) Diagram Venn yang menunjukkan target bersama antara EBE dan gen yang terkait kanker payudara; (B,C,D)
interaksi protein-protein (PPI) dari target EBE pada kanker payudara; dan (E) anotasi proses biologis ontologi gen untuk target EBE (tingkat penemuan palsu atau FDR)<(0,40).

3.5. EBE menekan jalur pensinyalan TGF-β, HER2 dan PI3K/AKT dan Jalur pensinyalan HER2 dan modulasi miR-29a-3p juga diamati pada sel kanker
memodulasi miR-29a-3p pada garis sel MCF-7 MCF-7 yang diobati dengan EBE dan pola penekanan dapat diamati padaGambar 4
. EBE secara signifikan menurunkan ekspresi TGF-β dan HER2 dibandingkan
Berdasarkan analisis PPI, ekspresi TGF-β/PI3K/AKT/HER2 dan dengan kelompok kontrol dalam cara yang bergantung pada konsentrasi (p<
miR-29a-3p dinilai padadalam tabung reaksites. TGF-β/PI3K/AKT/ 0,0001,Gambar 4A dan C). Lebih jauh lagi, EBE secara signifikan

7
F. Nurkolis dkk. Jurnal Penelitian Pertanian dan Pangan 18 (2024) 101362

Tabel 3 menurunkan ekspresi p-Akt pada sel kanker MCF-7, dengan dosis optimal 500 μg/
Hasil analisis jaringan interaksi protein-protein (PPI) teratas. mL. Hal ini menunjukkan potensi EBE sebagai penghambat tumorigenesis dan
Nama Derajat Keterbatasan Kedekatan Keseluruhan Jalan perkembangan kanker payudara. Menariknya, EBE secara signifikan
sentralitas Sentralitas skor meningkatkan ekspresi gen penekan tumor miR-29a-3p, juga dalam cara yang

ERBB2 4 0.4 0.8333 5.2333 HER2–Bertindak

bergantung pada dosis (Gambar 4D). Karena keterbatasan sumber daya, senyawa
atau pensinyalan adalah tunggal avenasterol belum diuji dan kami telah menyatakan hal ini sebagai
HER2 produk dari keterbatasan penelitian saat ini.
besar sekaliHER2
ekspresi,
PIK3CABahasa Indonesia:PETA
3.6. Efek antiproliferatif EBE menunjukkan potensi dalam memerangi kanker payudara
memberi sinyal

jalan
PARP1 4 0,15 0.8333 4.9833 PARP-1
Selain menjanjikan aktivitas antioksidan dan antikankerdalam silikonBahasa
mengatur
Indonesia: dalam tabung reaksidata antiproliferasi untuk EBE dan avenasterol
ekspresi dari
TGF-βReseptor memperkuatnya sebagai kandidat obat potensial atau makanan fungsional untuk
dan memberi sinyal, pengobatan kanker payudara (Tabel 7). LD-nya50217,8224 μg/mL untuk EBE dan 50,7880
ROS yang dimediasi
μg/mL untuk avenasterol menunjukkan aktivitas yang baik terhadap sel MCF-7.
TGF-β1-diinduksi
Menariknya, sitotoksisitas rendah terhadap garis sel epitel manusia MCF-10A diamati
PARP1
pengaktifan,PI3k/ dalam penelitian ini, dan EBE dapat dikategorikan sebagai kandidat makanan fungsional
Bertindak/FOXO3 yang aman (LD50).50>1000 μg/mL). Dengan demikian, EBE dan avenasterol tidak hanya
jalan menunjukkan aktivitas biologis yang menjanjikan, tetapi EBE juga aman untuk
NOS2 2 0,15 0,5555 2.7055 NOS2 - Nitrat
dikonsumsi atau digunakan sebagai terapi.
oksida sintase,
dapat diinduksi;

Menghasilkan nitrat 4. Diskusi

oksida (NO),
sitokin- Dalam penelitian ini, tujuan utama kami adalah untuk menjelaskan sifat
diinduksiBahasa Indonesia:
pengikatan berbagai macam konstituen EBE, baik yang telah dilaporkan
promotor
aktivitas, sebelumnya maupun yang baru diidentifikasi, terhadap target molekuler
pengembangan yang berbeda termasuk reseptor HER2, iNOS, dan PARP1. Profil metabolit
kanker melalui EBE yang berhasil akan melengkapi pengetahuan yang ada dalam literatur,
memodulasi IGF1
tidak hanya memberikan wawasan tentang interaksi molekuler antara
dimediasiPI3k/
Bertindak/FOXO3
senyawa EBE dan target spesifiknya, tetapi juga membangun dasar bagi
jalur untuk potensinya sebagai agen terapeutik. Dalam penelitian farmasi, khususnya
miR-29a-3p dalam terapi yang ditargetkan, menilai secara akurat afinitas pengikatan
mitigasi. senyawa potensial adalah yang paling penting. Evaluasi awal ini berfungsi
sebagai sarana untuk menyaring dan memilih kandidat farmasi yang
mungkin untuk pemeriksaan lebih lanjut. Oleh karena itu, penelitian ini
merupakan tonggak penting dalam identifikasi senyawa terapeutik
prospektif untuk pengobatan kanker yang terkait dengan HER2, iNOS,

Tabel 4
Validasi simulasi docking molekuler.

TIDAK. Sasaran Obat ID PDB Lokasi dok (x; y;z) Area dok (x; y; z) Nilai tukar RMSD (Å) ΔG (kkal/mol) Angka dalam klaster (/100) Penghakiman (<2 inci)

1 HER2 3PP0 16.387, 17.394, 26.218, 40Bahasa Indonesia:40Bahasa Indonesia:40 0.621 -Tanggal 10.01 39 Sah
2 Bahasa Indonesia: Nomor 3E7G 55.022, 21.817, 78.677, 40Bahasa Indonesia:40Bahasa Indonesia:40 1.789 - 6.67 98 Sah
3 PARP1 4UND 24.96, 47.318, 224.969, 42Bahasa Indonesia:40Bahasa Indonesia:40 0.854 - 9.91 100 Sah

PDB ID: identitas bank data protein; RMSD: deviasi akar rata-rata kuadrat.

Tabel 5
Parameter docking molekular konstituen EBE.

TIDAK. Zat Angka dalam klaster (/100) ΔG (kkal/mol) Ki

3PP0 Nomor 3E7G 4UND 3PP0 Nomor 3E7G 4UND 3PP0 Nomor 3E7G 4UND

Kontrol
1 Doksorubisin 42 - 5.17 20,73 juta
2 S-Ibuprofen 33 - 4.73 128,28 mikron
3 Obat ini adalah Talazoparib. 80 - 8.97 230,91nM
Senyawa dalam EBE
1 Obat Avensterol 98 92 33 - 11.26 - 8.34 - 9.17 1,37nM 274,78nM 56,66nM
2 Asam eikosapentaenoat 27 11 35 - 7.67 - 3.96 - 7.02 375,56nM 140,60 juta 402,65nM
3 Eleokanina C 80 58 47 - 6.06 - 5.04 - 6.87 14,79 juta 137,27 juta 5.30 pagi
4 64
Eleutherine (Eleutherine) adalah nama umum untuk tanaman yang tumbuh di dataran tinggi di Amerika Serikat. 87 100 - 8.17 - 6.29 - 8.54 992,49nM 23,51 juta 521,51nM
5 Eleutherol 63 94 78 - 6.77 - 5.84 - 7.13 10,69 juta 50,97 juta 4,92 juta
6 Genistein 81 40 97 - 7.16 - 5.76 - 7.99 5,44 juta 55,39 juta 872,98nM
7 Kaempferol-7-O-glukosida 30 41 32 - 5.99 - 6.04 - 8.25 10,79 juta 22,32 juta 186,35nM
8 Luteolin 99 52 96 - 7.34 - 5.93 - 8.53 3,65 juta 23,32 juta 319,03nM
9 Kuersetin 42 54 51 - 6.81 - 6.02 - 8.19 8,84 juta 28,70 juta 498,18nM
10 jeruk keprok 99 76 35 - 7.64 - 5.4 - 6.99 1,42 juta 92,84 juta 6,23 juta

8
F. Nurkolis dkk. Jurnal Penelitian Pertanian dan Pangan 18 (2024) 101362

Tabel 6 penting untuk menjaga kemanjuran dan keandalan perawatan.

Visualisasi interaksi asam amino metabolit avenasterol terhadap HER2, iNOS, dan S-Ibuprofen, yang berfungsi sebagai kontrol tambahan, menunjukkan energi
PARP1. pengikatan sebesar -4,73 kkal/mol dengan 3PP0 dan nilai Ki sebesar 128,28 μM. Lanskap
TIDAK. Zat Interaksi ligan pengikatan yang luas menjadi jelas ketika membandingkannya dengan molekul yang
baru diidentifikasi, asam eicosapentaenoic dan elaeokanine C. Sementara elaeokanine C
1 Avenasterol dengan HER2
telah meningkatkan profil energi pengikatan secara signifikan, asam eicosapentaenoic
menunjukkan keseimbangan yang lebih rumit antara energi pengikatan dan konstanta
penghambatan. Perbedaan ini berfungsi untuk menekankan sifat beragam dari bahan
kimia yang baru diidentifikasi, sementara juga menyoroti potensi jalan untuk perbaikan
dan penelitian farmasi yang terfokus.
Talazoparib, yang terkenal karena penghambatan PARP1 yang kuat, memiliki afinitas
pengikatan yang sangat tinggi sebesar -8,97 kkal/mol, seperti yang ditunjukkan oleh nilai
Ki-nya dalam rentang nanomolar. Perbandingan tersebut terbukti mencerahkan.
Senyawa seperti genistein, yang memiliki energi pengikatan sebesar -7,99 kkal/mol dan
nilai Ki sebesar 872,98 nM dengan 4UND, memiliki karakteristik yang kompetitif.
Pengamatan ini menyiratkan potensi bagi senyawa-senyawa ini untuk berfungsi sebagai
2 Avenasterol dengan iNOS
pengganti yang layak atau agen pelengkap bagi penghambat PARP1 saat ini.
Penggunaan kerangka kerja komparatif, ketika diterapkan pada senyawa seperti
kaempferol-7-O-glukosida dan quercetin, menyajikan kelebihan dan kendala senyawa ini
sebagai agen antikanker payudara sehubungan dengan obat-obatan yang ada. Senyawa-
senyawa baru tersebut memiliki potensi yang cukup besar jika dibandingkan dengan
senyawa kontrol yang ada, tidak hanya menunjukkan afinitas pengikatan yang
ditingkatkan, tetapi pola pengelompokan yang persisten juga menunjukkan
kemungkinan efek terapeutik yang tahan lama dan dapat diandalkan. Namun, meskipun
hasil awal menggembirakan, verifikasi eksperimental lebih lanjut diperlukan untuk
menilai kemampuan terapeutik molekul-molekul ini secara menyeluruh.

3 Avenasterol dengan PARP1 Dalam tabung reaksi, berbagai peneliti telah menilai aktivitas antioksidan dan
sitotoksikE.bulosa[21]. Namun, sitotoksisitas pada sel kanker payudara belum
pernah dinilai sebelumnya, meskipun kanker payudara memiliki prevalensi dan
tingkat kematian tertinggi pada wanita, diikuti oleh kanker serviks dan kanker
ovarium. Sebagian besar konstituen yang dievaluasi dalam EBE adalah turunan
naftokuinon yang dianggap memiliki potensi antitumor [21]. Menurut Lestari et al.
[41], EBE memiliki aktivitas anti leukemia sebesar 9,56 ppm (kategori sangat kuat)
dan aktivitas antioksidan dengan IC50nilai 19,694 ppm [41]. Selain itu, Kamarudin
et al. pada tahun 2022 melaporkan bahwa EBE dapat secara nyata menekan
proliferasi sel kanker retinoblastoma dengan LC50nilai 15,7 μg/mL [42]. Penelitian
terkini melengkapi potensi antikanker EBE, khususnya terhadap kanker payudara,
dan menunjukkan aktivitas antioksidan yang menjanjikan dalam melawan radikal
bebas. Sifat antioksidan EBE dianggap berkontribusi kuat dalam menekan
proliferasi sel kanker payudara melalui penekanan jalur pensinyalan TGF-β1,
dan PARP1, terutama kanker payudara.
HER2, dan PI3K/AKT (Gambar 5). Avenasterol dan metabolit lain dalam EBE
Doksorubisin adalah obat kemoterapi yang interaksinya dengan target protein
diperkirakan menekan atau menghambat iNOS, sehingga menyebabkan
HER2 ditandai dengan energi pengikatan sebesar -5,17 kkal/mol, bersamaan
penekanan PI3K/AKT (Gambar 5). Hal ini sejalan dengan meta-analisis yang
dengan nilai Ki sebesar 20,73 μM. Nilai-nilai ini memberikan standar yang dapat
menyoroti bahwa konsumsi antioksidan seperti fucoidan menghambat
digunakan untuk membandingkan senyawa baru. Sebagai contoh, avenasterol,
perkembangan dan penyebaran alami tumor [43]. Dengan penghambatan TGF-β1,
molekul yang baru diidentifikasi dalam EBE, memiliki afinitas pengikatan yang
iNOS, dan HER2, hal ini juga menurunkan regulasi smad2 dan smad3 yang akan
signifikan sebesar -11,26 kkal/mol dengan HER2 dan nilai Ki yang berkurang
diikuti oleh penurunan regulasi jalur pensinyalan PTEN dan PI3K/AKT, dan
secara signifikan sebesar 1,37 nM. Perbedaan yang diamati menggarisbawahi
peningkatan regulasi ekspresi miR-29a-3p dan faktor pro-apoptotik (seperti Bax).
peningkatan afinitas dan kemungkinan kemanjuran avenasterol relatif terhadap
Oleh karena itu, EBE dapat menginduksi anti-proliferasi dan apoptosis pada sel
doksorubisin dalam kaitannya dengan target spesifik ini. Pada saat yang sama,
kanker payudara (Gambar 5). Dengan demikian, penelitian saat ini memberikan
temuan ini juga dapat menyiratkan kemungkinan substitusi doksorubisin, yang
bukti tambahan aktivitas antikanker, terutama untuk kanker payudara, melalui
dapat menginduksi kondisi oksidatif dan inflamasi [39]. Persamaan serupa dapat
modulasi biomekanisme molekuler yang menginduksi apoptosis. Melalui
ditemukan antara zat-zat seperti eleutherin dan luteolin, mungkin karena aktivitas
penghambatan PARP1 yang terbukti dalam penelitian inidalam silikonstudi, EBE
anti-kankernya yang serupa dalam menekan jalur regulasi penting yang terkait
tampaknya berperan dalam mencegah kerusakan DNA yang disebabkan oleh
dengan perkembangan kanker, menginduksi stres oksidatif, menghentikan siklus
PARP1, sehingga menjaga sel dalam kondisi proliferasi normal (Gambar 5). Selain
sel, meningkatkan ekspresi gen yang terkait dengan apoptosis, dan menghambat
itu, pada sel kanker payudara, EBE dapat menghambat PARP1, menyebabkan
proliferasi sel dan angiogenesis pada sel kanker [40]. Hal ini menggarisbawahi
kerusakan DNA dan menginduksi kematian sintetis dan kematian sel kanker (
pentingnya mengidentifikasi molekul yang menunjukkan karakteristik pengikatan
Gambar 5).
yang ditingkatkan. Lebih jauh, susunan konstituen EBE di dalam gugus
memberikan informasi tentang koherensi dan ketergantungannya dalam
kaitannya dengan interaksi target. Gugus yang menunjukkan angka tinggi, seperti
Mengingat potensi EBE sebagai agen antikanker, pengembangan lebih
tangeritin untuk HER2 dan eleutherol untuk PARP1, menunjukkan pola interaksi
lanjut produk EBE diperlukan untuk mengeksplorasi efektivitas dan manfaat
yang kuat dan andal. Adanya pola pengelompokan yang konstan menunjukkan
kesehatannya. Untuk memastikan validitas dan keamanan pengembangan
bahwa molekul tersebut membentuk konformasi yang stabil dalam berbagai
penelitian EBE, proses penemuan obat harus dilakukan sesuai dengan
keadaan, yang
rekomendasi FDA (Gbr. 6).
Pada tahap awal, profil metabolomik mengidentifikasi proses atau

9
F. Nurkolis dkk. Jurnal Penelitian Pertanian dan Pangan 18 (2024) 101362

Gbr. 3.Aktivitas antioksidan EBE dan avenasterol: (A) EC50Aktivitas penghambatan ABTS; (B) EC50Aktivitas penghambatan DPPH; (C) ANOVA dua arah aktivitas penghambatan ABTS dalam
konsentrasi gradien; dan (D) ANOVA dua arah aktivitas penghambatan DPPH dalam konsentrasi gradien.

Gbr. 4.Penekanan TGF-β1Bahasa Indonesia:p-AktBahasa Indonesia:HER2 dan peningkatan ekspresi miR-29a-3p pada lini sel MCF-7 oleh EBE: (A) ANOVA satu arah dari penekanan TGF-
β1 oleh EBE; (B) ANOVA satu arah dari penekanan p-Akt oleh EBE; (C) ANOVA satu arah dari penekanan HER2 oleh EBE; dan (D) ANOVA satu arah dari peningkatan miR-29a-3p oleh EBE.

10
F. Nurkolis dkk. Jurnal Penelitian Pertanian dan Pangan 18 (2024) 101362

Tabel 7 mengevaluasi faktor farmakokinetik dan farmakodinamik pada hewan

LD50nilai (μg/mL) EBE pada sel kanker payudara MCF-7 dan sel normal (epitel). percobaan (Gbr. 6). Terakhir, untuk memastikan kemanjuran dan keamanan,
tiga fase uji klinis perlu dilakukan pada pasien kanker payudara.
TIDAK Sampel Kanker MCF-7 Sel normal MCF-10A Hasil penelitian saat ini menyoroti sifat kompleks interaksi antara konstituen
EBE dan tiga target protein-reseptor HER2, iNOS, dan PARP1. Senyawa tersebut
1 EBE 217.8224 1397.5851
2 Obat Avensterol 50.7880 1025.3455 memiliki potensi signifikan sebagai agen terapeutik antikanker karena
3 Kontrol M 22.2373 17.8949 kapasitasnya untuk mengikat berbagai target dengan afinitas yang berbeda. Hal
4 Kontrol D 6.3555 24.9407 ini menguntungkan dalam pengobatan gangguan rumit seperti kanker yang
M, mitoxantrone; D, doksorubisin. memerlukan pendekatan multifaset. Meskipun hasil awal memberikan dasar yang
kuat, penyelidikan lebih lanjut harus bertujuan untuk mengeksplorasi mekanisme
yang mendasari yang berkontribusi pada hubungan ini, menjelaskan dinamika
jalur target yang memengaruhi kanker payudara dan penyakit penyertanya.Dalam siliko
struktural kompleks yang terlibat. Selain itu, penelitian ini meneliti kemungkinan
farmakologi jaringan dan simulasi docking molekuler telah dilakukan untuk
efek sinergis EBE yang dapat digunakan untuk meningkatkan kemanjuran
mengidentifikasi dan menyaring senyawa yang berpotensi sebagai kandidat obat.
pengobatan terapeutik pada kanker payudara. Selain itu, menggabungkandalam
Dengan demikian,dalam silikonStudi dapat memvalidasi target dan menentukan apakah
silikonDandalam tabung reaksiPenelitian dapat memberikan wawasan baru
konstituen EBE dapat memberikan manfaat terapeutik pada target kanker payudara. Uji
berdasarkan bukti mengenai manfaat antikankernya.
praklinis diperlukan untuk mengevaluasi indeks terapeutik dan dosis menggunakan
dalam tabung reaksiDandalam kehidupanpendekatan, dan untuk
Penelitian ini memiliki beberapa keterbatasan.E.bulosaekstrak dengan

Gbr. 5.Kemungkinan biomekanisme EBE dalam modulasi jalur kanker payudara.

11
F. Nurkolis dkk. Jurnal Penelitian Pertanian dan Pangan 18 (2024) 101362

Gbr. 6.Studi prospektif terkini dan masa depan tentang EBE. Zona biru adalah cakupan studi saat ini.

pelarut lain, dan metode isolasi konstituen yang lebih baik dengan aktivitas Pendanaan
antikanker, layak untuk diselidiki lebih lanjut. Para peneliti memiliki keterbatasan
sumber daya yang mencegah pengujian senyawa tunggal avenasterol pada Penelitian ini didanai oleh Universitas Sumatera Utara.
ekspresi TGF-β1, p-Akt, HER2 dan miR-29a-3p. Namun, diharapkan bahwa
pengujian EBE untuk ekspresi TGF-β1, p-Akt, HER2 dan miR-29a-3p dalam MCF-7 Pernyataan dewan peninjau kelembagaan
memberikan wawasan untuk memulai penelitian di masa mendatang. Dalam
penelitian ini, validasi avenasterol telah dilakukan dalam uji antioksidan dandalam Tidak berlaku.
tabung reaksites antiproliferatif. Selain itu, kombinasidalam silikondengandalam
tabung reaksitidak sepenuhnya mewakilidalam kehidupanhasil atau uji klinis pada Pernyataan persetujuan berdasarkan informasi

manusia. Oleh karena itu, penulis merencanakan penelitian lebih lanjut untuk
menjelaskan efektivitas antikanker EBE. Tidak berlaku.
Bagian ini dapat dibagi menjadi beberapa subjudul. Bagian ini harus
memberikan deskripsi yang ringkas dan tepat tentang hasil eksperimen, Pernyataan ketersediaan data
interpretasinya, serta simpulan eksperimen yang dapat ditarik.
Dataset yang disajikan dalam penelitian ini dapat diminta dari
5. Kesimpulan penulis terkait atau FN

Penelitian ini secara komprehensif mengungkap profil konstituen aktif Pernyataan kontribusi kepenulisan CRediT
Eleutherine bulbosaekstrak etanol umbi (EBE), mengidentifikasi terutama senyawa
avenasterol, dan mekanisme molekulernya sebagai agen dengan potensi dalam Fahrul Nurkolis:Penulisan – peninjauan & penyuntingan, Penulisan
pengobatan kanker payudara melalui penghambatan protein PARP1/HER2/iNOS. – draf asli, Visualisasi, Perangkat lunak, Sumber daya, Administrasi
Dalam tabung reaksiStudi pada lini sel MCF-7 memvalidasi aktivitas antikanker proyek, Metodologi, Investigasi, Analisis formal, Kurasi data,
yang menjanjikan dari EBE dan avenasterol, menunjukkan sitotoksisitas yang Konseptualisasi.Isma Kurniatanty:Penulisan – draf asli, Visualisasi,
relatif rendah terhadap sel normal, dan keamanan untuk konsumsi dan aplikasi Validasi, Metodologi, Konseptualisasi.Elvan Wiyarta:Penulisan – draf
terapeutik. Menariknya, EBE secara signifikan menekan ekspresi TGF-β1, HER2 dan asli, Analisis formal, Kurasi data.Happy Kurnia Permatasari:Penulisan
PI3K/AKT, yang menginduksi efek apoptotik pada lini sel MCF-7. Sebagai – tinjauan & penyuntingan, Validasi, Supervisi, Administrasi proyek,
kesimpulan, EBE memiliki potensi sebagai pengobatan kanker payudara dengan Metodologi, Investigasi, Analisis formal.Nelly Mayulu:Penulisan –
menurunkan regulasi PARP1/HER2/iNOS, dan meningkatkan regulasi penekan tinjauan & penyuntingan, Validasi, Sumber Daya.Nurpudji Astuti
tumor miR-29a-3p dan jalur pensinyalan TGF-β1/PI3K/AKT/HER2.Dalam tabung Taslim:Penulisan – tinjauan & penyuntingan, Validasi, Supervisi.
reaksisitotoksisitas pada garis sel MCF-7 menunjukkan harapan untuk Raymond Rubianto Tjandrawinata:Penulisan – tinjauan &
pengembangan sebagai produk pangan fungsional tingkat lanjut. Yang penting, penyuntingan, Validasi.Hardinsyah Hardinsyah:Menulis – meninjau
studi lanjutan sepertidalam kehidupanPercobaan model hewan dan uji klinis dan mengedit.Trina Ekawati Tallei:Menulis – meninjau dan mengedit.
dengan pasien kanker direkomendasikan. Apollinaire Tsopmo: Menulis – meninjau dan mengedit.Putra Radu:
Penulisan – peninjauan & penyuntingan, Supervisi.Edwin Hadinata:
Paten Menulis – meninjau dan mengedit.Bonglee Kim:Penulisan – peninjauan
& penyuntingan, Supervisi, Akuisisi pendanaan. Rosy Iara Maciel
Metode ekstraksi dengan formulasi yang dihasilkan dari pekerjaan yang Azambuja Ribeiro:Penulisan – tinjauan & penyuntingan, Validasi.Rony
dilaporkan dalam artikel ini telah didaftarkan sebagai paten (Fahrul Nurkolis Abdi Syahputra:Penulisan – draf asli, Validasi, Administrasi proyek,
adalah pemegang paten) di Indonesia. Metodologi, Investigasi, Akuisisi pendanaan, Analisis formal.

12
F. Nurkolis dkk. Jurnal Penelitian Pertanian dan Pangan 18 (2024) 101362

Deklarasi kepentingan yang bersaing [19] KM Frizzell, MJ Gamble, JG Berrocal, T. Zhang, R. Krishnakumar, Y. Cen, dkk., Analisis
global regulasi transkripsi oleh poli(ADP-ribosa) polimerase-1 dan poli(ADP-ribosa)
glikohidrolase pada sel kanker payudara manusia MCF-7, J. Biol.
Para penulis menyatakan bahwa mereka tidak memiliki konflik kepentingan Kimia. 284 (2009) 33926–33938,https://doi.org/10.1074/jbc.M109.023879.
finansial atau hubungan pribadi yang diketahui dapat memengaruhi pekerjaan [20] XW Meng, BD Koh, JS Zhang, KS Flatten, PA Schneider, DD Billadeau, dkk., Inhibitor poli(ADP-
ribosa) polimerase meningkatkan sensitivitas sel kanker terhadap apoptosis yang
yang dilaporkan dalam makalah ini.
dimediasi reseptor kematian dengan meningkatkan ekspresi reseptor kematian, J. Biol.
Chem. 289 (2014) 20543–20558,https://doi.org/10.1074/jbc.M114.549220.
Ketersediaan data [21]AA Kamarudin, NH Sayuti, N. Saad, NAA Razak, NM Esa,Eleutherine bulbosa (Mill.)
urb, bulb: Tinjauan aktivitas farmakologis dan prospek penerapannya (2021).

Data akan tersedia berdasarkan permintaan. [22] T. Ieyama, MDPT Gunawan-Puteri, J. Kawabata, Inhibitor α-Glukosidase dari umbi
Eleutherine amerika, Makanan Chem. 128 (2011) 308–311,https://doi.org/10.1016/
j.foodchem.2011.03.021.
Ucapan Terima Kasih
[23] AA Kamarudin, Mohd, N. Esa, N. Saad, NH Sayuti, NA Nor, Ekstraksi senyawa fenolik
dengan bantuan panas dariEleutherine bulbosa(Umbi Mill.) dan profil bioaktifnya
Penulis ingin mengucapkan terima kasih kepada semua kontributor yang telah menggunakan metodologi permukaan respons, Ind. Crop. Prod. 144 (2020)
memberikan masukan dan motivasi dalam melakukan penelitian yang dilaporkan 112064,https://doi.org/10.1016/j.indcrop.2019.112064.
[24] H. Simbala, F. Nurkolis, N. Mayulu, L. Rotty, Penemuan baru potensi alami covid-19
dalam artikel ini. Produk suplemen herbal antivirus dari pinang yaki (Pinang vestiaria) ekstrak: studi
pendahuluan dengan profil metabolomik yang tidak ditargetkan, F1000Research
10 (2022) 1021,https://doi.org/10.12688/f1000research.73758.2.
Lampiran A. Data tambahan
[25] DS Druzhilovskiy, AV Rudik, DA Filimonov, TA Gloriozova, AA Lagunin, A.
Data tambahan untuk artikel ini dapat ditemukan secara online dihttps:// V. Dmitriev, dkk., Platform komputasional Way2Drug: dari prediksi aktivitas
biologis hingga penggunaan ulang obat, Russ. Chem. Bull. 66 (2017) 1832–1841,
doi.org/10.1016/j.jafr.2024.101362.
https://doi.org/10.1007/s11172-017-1954-x.
[26] P. Banerjee, AO Eckert, AK Schrey, R. Preissner, ProTox-II: server web untuk prediksi
Referensi toksisitas bahan kimia, Nucleic Acids Res. 46 (2018) W257–W263, https://doi.org/
10.1093/nar/gky318.
[27] J.Dong, N.-N. Wang, Z.-J. Yao, L. Zhang, Y. Cheng, D. Ouyang, dkk., ADMETlab: platform untuk
[1]M. Herre, J. Cedervall, N. Mackman, AK Olsson, PERANGKAP EKSTRASELULER
evaluasi ADMET sistematis berdasarkan database ADMET yang dikumpulkan secara
NEUTROFIL DALAM PATOLOGI KANKER DAN PERADANGAN LAINNYA
komprehensif, J Cheminform 10 (2018),https://doi.org/10.1186/s13321-018-0283-x.
PENYAKIT, 2023.
[2]T. Soussi, KG Wiman, TP53: Onkogen yang Tersamar, 2015.
[28] U. Norinder, CAS Bergström, Prediksi properti ADMET, ChemMedChem 1 (2006)
[3]LH Wang, CF Wu, N. Rajasekaran, YK Shin, Hilangnya Fungsi Gen Penekan Tumor
920–937,https://doi.org/10.1002/cmdc.200600155.
pada Kanker Manusia: Tinjauan Umum, 2019.
[29] M. Dunkel, S. Günther, J. Ahmed, B. Wittig, R. Preissner, SuperPred: klasifikasi
[4] M. Yi, T. Li, M. Niu, S. Luo, Q. Chu, K. Wu, Tren epidemiologi kanker wanita dari
obat dan prediksi target, Nucleic Acids Res. 36 (2008) W55–W59, https://
tahun 1990 hingga 2019 di tingkat global, regional, dan nasional: studi berbasis
doi.org/10.1093/nar/gkn307.
populasi, Biomark. Res. 9 (2021) 1–12,https://doi.org/10.1186/s40364-021-00310-
[30]K. Gallo, A. Goede, U. SuperPred 3.0: klasifikasi obat dan prediksi target—
y.
pendekatan pembelajaran mesin, AcademicOupCom (2022) dan
[5] M. Arnold, E. Morgan, H. Rumgay, A. Mafra, D. Singh, M. Laversanne, et al., Beban kanker
[31] D. Gfeller, A. Grosdidier, M. Wirth, A. Daina, O. Michielin, V. Zoete,
payudara saat ini dan masa depan: statistik global untuk tahun 2020 dan 2040, Breast 66
SwissTargetPrediction: server web untuk prediksi target molekul kecil bioaktif,
(2022) 15–23,https://doi.org/10.1016/j.breast.2022.08.010.
Nucleic Acids Res. 42 (2014) W32–W38,https://doi.org/10.1093/nar/gku293.
[6] D. Gayatri, L. Efremov, R. Mikolajczyk, EJ Kantelhardt, Penilaian kualitas hidup dan tingkat
keparahan nyeri pada pasien kanker payudara sebelum menjalani perawatan onkologi
[32] A. Asadzadeh, N. Ghorbani, K. Dastan, Identifikasi gen hub yang dapat diberi obat
paliatif di Indonesia: studi cross-sectional, Patient Prefer. Adherence 15 (2021) 2017–2026,
dan jalur utama yang terkait dengan kanker serviks melalui analisis interaksi
https://doi.org/10.2147/PPA.S320972.
protein-protein: studi in silico, Int J Reprod Biomed (Yazd) 21 (2023) 809–818,
[7]M. Akram, M. Iqbal, M. Daniyal, AU Khan, Kesadaran dan Pengetahuan Terkini tentang
https://doi.org/10.18502/ijrm.v21i10.14536.
Kanker Payudara, 2017.
[33] Sun P, Yang Y, Cheng H, Fu S, Liu Y, dkk. Analisis terpadu profil ekspresi RNA non-coding
[8]K. Barzaman, S. Moradi-Kalbolandi, A. Hosseinzadeh, MH Kazemi,
panjang pada meningitis yang disebabkan oleh glaesserella parasuis: wawasan baru
H. Khorramdelazad, E. Safari, dkk., Imunoterapi Kanker Payudara: Pendekatan
tentang patogenesis. MdpiCom nd
Terbaru dan Baru, 2021.
[34] K.-C. Chen, M.-F. Sun, CY-C. Chen, Investigasi in silico terhadap potensi penghambat
[9] HK Permatasari, ID Kusuma, E. Mayangsari, Minyak cengkeh (syzygium aromatikum)
PARP-1 dari pengobatan tradisional Tiongkok, Evid. base Compl. Alternative Med.
menginduksi apoptosis pada sel kanker servik HeLa melalui peningkatan kadar
2014 (2014) 917605,https://doi.org/10.1155/2014/917605.
protein p53, Jurnal Kedokteran Brawijaya 30 (2019) 185–190, https://doi.org/
[35]C. Hayes, F. Nurkolis, DA Laksemi, S. Chung, MN Park, M. Choi, dkk., Senyawa Fitokimia Kulit
10.21776/ub.jkb.2019.030.03.4.
Perak Kopi sebagai Makanan Fungsional Anti Penuaan Baru: Pendekatan
[10] F. Nurkolis, NA Taslim, FR Qhabibi, S. Kang, M. Moon, J. Choi, dkk., Alga hijau
Farmakoinformatika yang Dikombinasikan dengan Studi In Vitro, 2023.
ulvophyteCaulerpa lentillifera: profil metabolit dan sifat antioksidan, antikanker,
[36] F. Nurkolis, AF Purnomo, D. Alisaputra, WB Gunawan, FR Qhabibi, W. Park, dkk.,
anti-obesitas, dan sitotoksisitas in vitro, Molekul 28 (2023) 1365, https://doi.org/
Penelitian in silico dan in vitro mengungkap sumber potensial sinergis
10.3390/MOLECULES28031365, 2023b;28:1365.
antipenuaan baru dari dua ganggang hijau Indonesia, J. Fungsi.Makanan 104
[11] F. Nurkolis, FR Qhabibi, VM Yusuf, S. Bulain, GN Praditya, DG Lailossa, et al., Sifat antikanker
(2023) 105555, https://doi.org/10.1016/j.jff.2023.105555.
tempe berbahan dasar kedelai: usulan pendapat untuk makanan masa depan,
[37] N. Sabrina, M. Rizal, F. Nurkolis, H. Hardinsyah, MJ Tanner, W. Ben Gunawan, et al.,
Depan. Oncol. 12 (2022),https://doi.org/10.3389/fonc.2022.1054399.
Identifikasi peptida bioaktif dan sifat perbaikan status gizi pada tikus malnutrisi
[12] Q. Qi, R. Li, HY Li, YB Cao, M. Bai, XJ Fan, dkk., Identifikasi aktivitas antitumor dan
yang diberi kombinasi tepung tempe berbasis belut dan kedelai, Front. Nutr. 9
mekanisme nuciferine melalui pendekatan farmakologi jaringan, Acta
(2022) 2196,https://doi.org/10.3389/fnut.2022.963065.
Pharmacol. Sin. 37 (2016) 963–972,https://doi.org/10.1038/aps.2016.53.
[38] R. Mutiah, F. Choiroh, R. Annisa, A. Listiyana, Efek kombinasi dariEleutherine
palmifolia(L.) merr dan kemoterapi doksorubisin pada sel kanker serviks HeLa, AIP
[13] R. Gopalakrishnan, AI Frolov, L. Knerr, WJ Drury, E. Valeur, Potensi terapi
Conf. Proc. 2120 (2019) 70001,https://doi.org/10.1063/1.5115718Institut Fisika
foldamers: dari alat biologi kimia hingga kandidat obat? J. Med. Chem. 59 (2016)
Amerika Inc.
9599–9621,https://doi.org/10.1021/acs.jmedchem.6b00376.
[39] OA Akinloye, LA Sulaimon, OE Ogunbiyi, AE Odubiyi, AA Adewale, M.
[14] P. Kaushik, P. Ahlawat, K. Singh, R. Singh, Konstituen kimia, aktivitas farmakologis,
A. Toriola, dkk., Ekstrak daun metanol Amaranthus spinosus (Spiny Pigweed) mengurangi
dan penggunaan tanaman obat Ayurveda umum: sumber obat baru di masa
oksidatif dan peradangan yang disebabkan oleh doksorubisin pada tikus sprague dawley
depan, Kemajuan dalam Pengobatan Tradisional 23 (2023) 673–714,https://
jantan, Kemajuan dalam Pengobatan Tradisional 23 (2023) 1231–1248,https://doi.org/
doi.org/ 10.1007/s13596-021-00621-3.
10.1007/s13596-022-00677-9.
[15]Nurcahyanti, A. Jap, J. Lady, D. Prismawan, F. Sharopov, R. Daoud, et al., Fungsi
[40] P. Prasher, M. Sharma, SK Singh, M. Gulati, DK Chellappan, F. Zacconi, dkk., Luteolin:
Senyawa Antidiabetik Alami Terpilih yang Berpotensi Melawan Diabetes
flavonoid dengan potensi antikanker multifaset, Cancer Cell Int. 22 (2022) 386,
Kanker melalui Modulasi Kaskade PI3K/AKT/mTOR, 2021.
https://doi.org/10.1186/s12935-022-02808-3.
[16]NJ Curtin, C. Szabo, Penghambatan poli(ADP-ribosa) polimerase: masa lalu, sekarang, dan masa
depan (2020).
[17]YQ Wang, PY Wang, YT Wang, GF Yang, A. Zhang, ZH Miao, Pembaruan tentang
Penghambat Poli(ADP-Ribosa)polimerase-1 (PARP-1): Peluang dan Tantangan
dalam Terapi Kanker, 2016.
[18] V. Ossovskaya, IC Koo, EP Kaldjian, C. Alvares, BM Sherman, Peningkatan regulasi
poli (ADP-Ribose) polimerase-1 (PARP1) pada kanker payudara triple-negatif dan
jenis tumor manusia primer lainnya, Genes and Cancer 1 (2010) 812–821,https://
doi.org/10.1177/1947601910383418.

13
F. Nurkolis dkk. Jurnal Penelitian Pertanian dan Pangan 18 (2024) 101362

[41] D. Lestari, R. Kartika, E. Marliana, Aktivitas antioksidan dan antikanker tanaman Jurnal Etnofarmaka. 284 (2022) 114770,https://doi.org/10.1016/j.
Eleutherine bulbosa(Urb pada sel leukemia L1210, J. Phys. Conf. 1277 (2019) jep.2021.114770.
012022,https://doi.org/10.1088/1742-6596/1277/1/012022Penerbitan IOP. [43] L.-M. Cao, Z.-X. Sun, EC Makale, G.-K. Du, W.-F. Long, H.-R. Huang, Aktivitas
[42] AA Kamarudin, NH Sayuti, N. Saad, NAA Razak, NM Esa, Induksi apoptosis antitumor fucoidan: tinjauan sistematis dan meta-analisis, Transl. Cancer Res. 10
denganEleutherine bulbosa(Umbi Urb. diekstraksi dalam kondisi ekstraksi (2021) 5390–5405,https://doi.org/10.21037/tcr-21-1733.
yang dioptimalkan pada sel kanker retinoblastoma manusia (WERI-Rb-1),

14