Uji Aktivitas Enzim Dehidrogenase Suksinat Hati Sapi
Uji Aktivitas Enzim Dehidrogenase Suksinat Hati Sapi
Uji Aktivitas Enzim Dehidrogenase Suksinat Hati Sapi
Kelas: SF 23-3A
Disusun Oleh:
1. Ayu Nur Talida 332198223120
2. Lutfiana Rizqiyani 332198223055
3. Ichwatunida 332198223110
4. Winda Aprianti 332198223113
DAFTAR ISI.........................................................................................................................ii
BAB I PENDAHULUAN......................................................................................................1
BAB II TINJAUAN PUSTAKA...........................................................................................5
A. Enzim...............................................................................................................................5
B. Mekanisme......................................................................................................................8
BAB III METODE PRAKTIKUM....................................................................................11
A. Waktu dan Tempat.......................................................................................................11
B. Bahan dan Alat.............................................................................................................11
C. Prosedur Kerja.............................................................................................................11
BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN.............................................................................12
A. Hasil...............................................................................................................................12
B. Pembahasan...................................................................................................................15
DAFTAR PUSTAKA..........................................................................................................19
ii
BAB I
PENDAHULUAN
1.1 TEORI
Enzim merupakan molekul biokatalisis yang banyak memberikan manfaat dan
banyak digunakan pada reaksi yang terjadi pada makhluk hidup. Enzim sendiri dapat
diklasifikasikan kedalam beberapa kelompok, antara lain; Hidrolase, Isomerase, Ligase
atau Polimerase, Liase, Oxidoreductase, dan Transferase. Hidrolase merupakan
kelompok enzim yang berguna untuk menghidrolisis substrat dari suatu enzim, salah
contohnya adalah enzim lipase. Isomerase merupakan kelompok enzim yang digunakan
untuk menyusun kembali suatu senyawa kedalam bentuk isomernya. Selanjutnya
adalah enzim ligase atau polymerase yang secara keseluruhan kelompok enzim ini
berguna untuk menggabungkan 2 senyawa atau lebih. Kemudian enzim ligase
merupakan enzim untuk memecah suatu senyawa yang kompleks menjadi lebih
sederhana tanpa menggunakan air. Oxidoreduktase merupakan kelompok enzim yang
berguna untuk mengkatalisis reaksi yang merupakan reaksi redoks. Enzim terakhir
adalah transferase, merupakan kelompok enzim yang berguna untuk memindahkan
suatu gugus dari molekul ke molekul yang lain. Pada percobaan ini digunakan enzim
suksinat dehydrogenase yamg merupakan enzim yang digunakan sebagai katalis dari
reaksi enzim untuk mengkatalisis reaksi oksidasi reversible, asam suksinat menjadi
asam fumarat. Struktur yang dimiliki oleh enzim ini dapat dilihat sebagai berikut;
Dari enzim suksinat dehydrogenase memiliki koenzim FAD yang kan direduksi
menjadi FADH2. Gugus pengikatan dari suksinat dibentuk oleh ikatan hidrogen yang
terjadi dari residu Thr254, His 354 dan Arg 399 yang terjadi saat FAD memberikan
electron ke gugus 2Fe-2S. KM dari enzim ini adalah 10-3 sedangkan Vmax 100
3
nmol/min/mg protein. Gugus pengikatan dari FAD pada enzim ini untuk diubah
manjadi FADH2 yaitu terbentuk dari residu; His207 dari subunit SdhB, Ser27 dan
Arg31 dari subunit SdhC, terakhir Tyr83 dari subunit SdhD yang menstabilkan FAD,
sementara residu Pro160, Trp163, Trp164, dan Ile209 dari subunit SdhB serta Ser27
dan Ile28 dari subunit SdhC membuat interaksi hidrofobik yang sesuai untuk
menstabilkan gugus siklik.
Mekanisme reaksi yang terjadi saat menggunakan enzim ini sebagai berikut
Mekanisme diatas masih merupakan tahap awal dari dari oksidasi suksinat menjadi fumarat melalui
reaksi E-2.
1. 2 TUJUAN PRAKTIKUM
Mengetahui aktivitas enzim suksinat dehydrogenase dengan melihat pengaruh terhadap
perbedaan substrat dan suhu
4
BAB II
TINJAUAN PUSTAKA
2.1 Enzim
2. Oksidase
Sebagai katalis pada reaksi pengambilan hydrogen dari suatu substrat.. Dalam
reaksi ini yang bertindak selaku akseptor hidrogen ialah oksigen.
Contohnya :
1. Xantinoksidase, enzim yang bekerja sebagai katalis pada reaksi oksidasi x
anttin menjadi asam urat.
5
2. Enzim amino oksidase yang bekerja sebagai katalis pada reaksi oksidasi
asam-asam amino. Glisinoksidase, enzim pada reaksi oksidasi glisin menjadi
asam glioksilat.
3. Peroksidase
Berfungsi membantu mengoksidasi senyawa fenolat, sedangkan oksigen yang
dipergunakan diambil dari H2O2.
4. Reduktase , Katalase, Oksigenase, dan Hidroksilase.
b. Transferase
Enzim ini berfungsi Untuk memindahkan gugus fungsional antara donor dan
aseptor yang merupakan enzim kelompok ini yaitu transaldolase dan transketilase ,
asil, metil, glukosil dan fosforiltransferase, kinase, dan fosfomutase.
Aminotransferase (transaminase) memindahkan gugus amino dari satu asam amino
ke asam α keto penerima menghasilkan pembentukan asam amino baru dan asam
keto baru asam keto baru.
c. Hidrolase
Menyebabkan reaksi hidrolisis. Secara umum, merupakan enzim yang
mengkatalisis pemutusan ikatan secara hidrollitik pada C – C , C – N , C – O dan
ikatan lainnya. Enzim yang merupakan kelompok ini yaitu esterase, glikosidase,
peptidase, fosfatase, tiolase, fosfolipase , amidase, deaminase, dan ribonuklease.
Contohnya : pemutusan ikatan peptida
6
Gambar Pemutusan ikatan peptida.
d. Liase
Enzim ini berfungsi untuk mengkatalisis pengambilan atau penambahan gugusan
dari suatu molekul tanpa melalui proses hidrolisis. Enzim yang termasuk kelomok
ini yaitu dekarboksilase ( memindahkan senyawa CO 2 dari asam keto α atau β
asam amino. ) , aldolase, hidratase, dehidratase ( memindahkan H20 pada reaksi
dehidrasi), sintase, liase.
e. Isomerase
Merupakan enzim untuk mengkatalisis perubahan susunan geometris (spasial)
suatu molekul.
Contoh : reaksi perubahan glukosa menjadi fruktosa, perubahan senyawa L
menjadi senyawa D, senyawa cis menjadi senyawa trans, dan lain-lain. Yang
merupakan kelompok enzim ini adalah rasemase, Epimarese, isomerase, mutase.
f. Ligase
Enzim yang digunakan untuk menggabungkan dua molekul dengan ikatan kovalen.
Oleh karenanya enzim-enzim tersebut juga dinamakan sintetase. Ikatan yang
terbentuk dari penggabungan tersebut adalah ikatan C-O, C-S, C-N, atau C-C.
yang merupakan enzim ini adalah sintetase dan karboksilase.
Mekanisme kerja enzim adalah konsep aktivasi substrat yang terjadi setelah
pembentukan kompleks enzim substrat (ES). Terjadinya aktivasi molekul substrat
ini disebabkan oleh adanya afinitas kimiawi substrat yang tinggi terhadap daerah
tertentu pada permukaan enzim yang disebut sisi aktif.. Sisi aktif enzim
merupakan daerah yang terspesialisasi dari protein dimana enzim berikatan
dengan substrat. Sisi aktif dari suatu enzim merupakan suatu celah yang
terspesialisasi untuk mengenal substrat khusus dan mengkatalisis transformasi
kimia.
7
Hal itu terbentuk dalam struktur tiga dimensi dari asam amino yang berbeda yang
memungkinkan atau tidak berdekatan dengan rangkaian primer. Interaksi antara
sisi aktif dan substrat terjadi melalui gaya yang sama yang menyeimbangkan
struktur protein..
1) Inhibitor kompetitif
Inhibitor kompetitif merupakan molekul penghambat yang bersaing dengan
substrat untuk mendapatkan sisi aktif enzim.
Contohnya, : sianida bersaing dengan oksigen untuk mendapatkan hemoglobin
dalam rantai respirasi terakhir. Penghambatan inhibitor kompetitif bersifat
sementara dan dapat diatasi dengan cara menambah konsentrasi substrat.
2) Inhibitor nonkompetitif
Inhibitor nonkompetitif merupakan molekul penghambat enzim yang
bekerja dengan cara melekatkan diri pada luar sisi aktif enzim. Sehingga, bentuk
enzim berubah dan sisi aktif enzim tidak dapat berfungsi. Sehingga menyebabkan
substrat tidak dapat masuk ke sisi aktif enzim.
Contohnya: ion klorida yang berperan dalam aktivitas amilase dalam ludah.
2.2 Mekanisme
Enzim dapat bekerja dengan beberapa cara, yang kesemuaannya menurunkan ΔG‡:
Menurunkan energi aktivasi dengan menciptakan suatu lingkungan yang mana keadaan
transisi terstabilisasi (contohnya mengubah bentuk substrat menjadi konformasi keadaan
transisi ketika ia terikat dengan enzim.)
Menurunkan energi keadaan transisi tanpa mengubah bentuk substrat dengan menciptakan
lingkungan yang memiliki distribusi muatan yang berlawanan dengan keadaan transisi.
8
Tanpa bantuan enzim, semua bahan makanan yang masuk ke dalam tubuh hanya
sekedar numpang lewat. Enzim merupakan komponen penting yang diperlukan untuk
proses pencernaan dan penyerapan makanan.
Salah satu solusi untuk mengatasi masalah malabsosrpsi akibat kekurangan enzim
adalah dengan mengkonsumsi suplemen enzim. Kekurangan enzim akan menyebabkan
tubuh mengalami gangguan pencernaan atau dalam istilah kedokteran disebut maldigesti,
yang selanjutnya dapat menyebabkan gangguan pencernaan atau malabsorbsi. Di sisi lain,
kekurangan enzim juga akan mengakibatkan timbulnya gas yang berlebih di dalam sistem
pencernaan, baik di lambung maupun usus halus dan usus besar (Almatsier, 2003).
9
Reaksi enzimatik berlangsung melalui pembentukan kompleks enzim substrat
(ES), bila semua enzim dalam keadaan ES (sistem jenuh oleh substrat) maka laju reaksi
akan mencapai nilai maksimum (Vmaks). Kinetika enzim menginvestigasi bagaimana
enzim mengikat substrat dengan mengubahnya menjadi produk. Data laju yang digunakan
dalam analisa kinetika didapatkan dari asai enzim. Aktivitas enzim akan meningkat
bersamaan dengan peningkatan suhu, laju berbagai proses metabolisme akan naik sampai
batasan suhu maksimal. Prinsip biologis utama adalah homeostatis, yaitu keadaan dalam
tubuh yang selalu mempertahankan keadaan normalnya.
10
BAB III
METODE PRAKTIKUM
C. Prosedur Kerja
2. Hati sapi yang mengandung enzim suksinat dehigrogenase dilumatkan dahulu sampai
halus
11
BAB IV
HASIL DAN PEMBAHASAN
A. HASIL PENGAMATAN
10gram hati
sapi dalam
tabung reaksi
Ditambahkan
1 ml larutan
buffer fosfat
pH 6,8
12
Tabung A
dalam air
mendidih
selama 5
menit
Tabung C
ditambah 1
ml air
Tambahkan
pada tabung
A , B dan C
1ml larutan
metilen blue
(jangan
dikocok)
13
Setelah
dikocok
pelan
Tambahkan
10 tetes
paraffin,
JANGAN
DIKOCOK
Inkubasi
ketiga tabung
pada suhu
37°C
didalam
waterbath
selama 1 jam,
amati dan
catat waktu
perubahan
warna yang
terjadi
14
Perubahan
warna yang
terjadi
setelah 1 jam
HASIL Masih terdapat warna Warna biru di dalam Warna biru hilang
biru hati / bagian Tengah walau tanpa
tabung hilang penambahan Na
Suksinat 0.05N
B. PEMBAHASAN
Pada percobaan kali ini kita bertujuan untuk mengetahui aktivitas dari enzim
suksinat dehydrogenase dalam mengoksidasi suksinat menjadi fumarat. Dibuat dalam
beberapa keadaan yang berbeda, dengan tabung C yang tidak menggunakan Na-suksinat
tapi dengan penambahan air, kemudian A dan B dengan menggunakan suksinat, tabung A
dengan homogenate hati sapi yang sudah dipanaskan. Perbedaan ini ditinjau dari keberadaan
dari Na-suksinat dan keberadaan homogenate hati sapi tersebut. Na-suksinat sendiri
merupakan substrat dari enzim suksinat dehydrogenase. Enzim suksinat dehydrogenase ini
didapatkan dari homogenate hati sapi, hati sapi dipilih karena didalam hati terdapat banyak
enzim yang digunakan oleh suatu makhluk hidup untuk melakukan metabolismenya dengan
benar. Maka dari dengan menggunakan homogenate hati sapi, enzim yang akan dihasilkan
lebih banyak. Tujuan dari hati sapi ini harus homogen agar semua enzim yang dapat
diekstrak dari hati sapi dapat keluar dan merata. Selain itu digunakannya air yaitu untuk
melarutkan senyawa-senyawa yang akan dicampurkan. Metilen biru sebagai indikator dari
telah terjadinya pengoksidasian suksinat menjadi fumarat oleh enzim yang digunakan, yaitu
enzim suksinat dehydrogenase. Mekanismenya adalah mealui reaksi redoks sederhana saja,
metilen biru akan tereduksi menjadi berwarna putih, dan suksinat akan teroksidasi. Namun
dilakukan teknik menggunakan tabung thurnberg karena dapat menghindari kontak dari
larutan yang sudah kita campurkan dengan udara bebas terutama O2.
15
Metilen biru sendiri dapat dengan mudah kembali lagi menjadi warna biru karena
teroksidasi oleh O2. Untuk menghindari kontak udara bebas dengan larutan dilakukan
dengan beberapa cara, khususnya pada percobaaan kali ini digunakan tiga cara yang
berbeda, antara lain; menggunakan paraffin pada permukaan atas larutan. Hal ini dapat
mencegah kontak udara karena paraffin sendiri memiliki massa jenis yang lebih ringan dari
pada air sehingga akan terbagi menjadi 2 fasa yang sangat tipis antara campuran larutan
yang sudah dibuat dengan lapisan paraffin, dan paraffin akan terletak diatas dan kontak
langsung dengan udara bebas yang terperangkap didala tabung thurnberg. Udara bebas yang
terperangkap ini diisap dengan menggunakan pompa vakum, atau respirator air, sehingga
bebas dari udara bebas. Kemudian, yang terakhir diolesi dengan vaselin, hal ini bukan hanya
bertujuan untuk melicinkan tutup saat dibuka, tetapi juga membuat sekat, atau rongga udara
yang masih bisa dilewati menjadi tertutup dan membuat tabung thurnberg ini kedap udara.
Hasil percobaan yang didapatkan adalah, untuk tabung C dikarenakan tidak
terdapat Na-Suksinat, yang merupakan substrat dari enzim suksinat dehydrogenase, maka
harusnya enzim tidak akan bekerja sama sekali, tetapi terdapat perubahan warna yang
mengindikasikan enzim bekerja, ini berhubungan denga siklus kreb. Untuk tabung A dan B
terjadi aktivitas enzim yang baik selama 60 menit. Kemudian untuk tabung A yang
menggunakan suksinat saja, ternyata terjadi aktivitas enzim yang cukup baik yaitu selama
50 menit. Padahal omogenat hati sapi yang digunakan sudah dipanaskan, dan seharusnya
tidak terjadi aktivitas enzim yang terlihat.
Karena dengan menggunakan panas, enzim-enzim yang terkandung didalam
homogenat hati sudah terdenaturasi. Jenis inhibisi yang dilakukan adalah inhibitor
kompetitif, karena tidak hanya membuat enzim bekerja secara lambat namun juga
mengakibatkan enzim tidak bisa lagi mengkonversi substrat menjadi produk. Kemudian
segala jenis komposisi tabung ini diinkubasi dalam waterbath pada suhu 37 oC. Suhu ini
digunakan karena merupakan suhu optimum dari tubuh kita yang didalam terjadi proses
metabolism dari siklus asam sitrat yang juga menggunakan enzim suksinat dehydrogenase.
Sehingga diharapkan kerja enzim yang dilakukan diluar tubuh ini tetap optimal.
Siklus kreb ini adalah serangkaian reaksi kimia untuk melepas energi melalui
oksidasi asetil-KoA yang berasal dari karbohidrat, lemak, dan protein. Siklus kreb dikatalis
oleh enzim-enzim antara lain sitratsintetase dan dehidrogenase. Siklus kreb merupakan
reaksi kimia sementara glikolisis yaitu array linear dari proses enzim dan jaringan tubuh .
Substrat pada glikolisis adalah gula atau glukosa sedangkan pada siklus kreb hanyalah
berupa asetil Co-A dimana kinerjanya saling berkaitan dalam menghasilkan energi.
16
Jadi walau tanpa penambahan suksinat tabung C menunjukkan reaksi dikarenakan
siklus kreb memicu terjadi nya pembentukan enzim suksinat dehydrogenase. Karena Hati
sapi merupakan protein yang dalam Siklus asam sitrat adalah serangkaian reaksi kimia
untuk melepaskan energi yang tersimpan melalui oksidasi asetil- KoA yang berasal dari
karbohidrat, lemak, dan protein. Lalu terjadi proses pengubahan alfa-ketoglutarat menjadi
suksinil ko-A oleh enzim alfa-ketoglutarat kompleks dan proses oksidasi. Kemudian
suksinil ko-A diubah menjadi suksinat.
17
BAB V
PENUTUP
A. Kesimpulan
Enzim suksinat dehydrogenase memiliki aktivitas enzim yang baik dalam suhu 37 oC.
Enzim ini memiliki substrat suksinat dan memiliki inhibitor Malonat karena strukturnya
yang mirip. Kemudian dengan pemanasan yang dilakukan terlebih dahulu pada enzim
mengakibatkan enzim sebagian atau seluruhnya terdenaturasi.
Tabung A,B suksinat teroksidasi menjadi fumarat oleh metilen biru . Sedangkan metilen
birunya mengalami reduksi. Hal ini ditunjukkan dengan adanya perubahan warna
Walau tanpa penambahan suksinat tabung C menunjukkan reaksi dikarenakan siklus kreb
memicu terjadi nya pembentukan enzim suksinat dehydrogenase. Karena Hati sapi
merupakan protein yang dalam Siklus asam sitrat adalah serangkaian reaksi kimia untuk
melepaskan energi yang tersimpan melalui oksidasi asetil- KoA yang berasal dari
karbohidrat, lemak, dan protein. Lalu terjadi proses pengubahan alfa-ketoglutarat menjadi
suksinil ko-A oleh enzim alfa-ketoglutarat kompleks dan proses oksidasi. Kemudian
suksinil ko-A diubah menjadi suksinat
B. Saran
Sebaiknya dilakukan percobaan serupa agak dapat memiliki perbadingan hasil yang baik
18
DAFTAR PUSTAKA
1. Anderson BL, Berry RW, Telser A. 1983. A sodium dodecyl sulfate-polyacrylamide gel
electro- phoresis system that separates peptides and proteins in the molecular weight
range of 2500 to 90,000. Anal Biochem 132: 365-375. DOI: 10.1016/0003-
2697(83)90022-2.
2. Fional Frais. 1972. Practical Biochemistry an introductory course, st. ed. Butter worths Co.
London.
3. Fessenden. 1992. Kimia Organik edisi ketiga. Jakarta : penerbit erlangga. Styrer. 2007.
Biochemistry, 6 th ed. WH. Freeman & Company.
4. Wilbraham, Matta. 1992. Pengantar Kimia Organik dan Hayati. Bandung : Penerbit ITB
5. http://staff.uny.ac.id/sites/default/files/pendidikan/Evy%20Yulianti,%20M.Sc/
Enzim4.pdf . diakses 25 febuari 2014.
19