Nextstrain
Nextstrain est une collaboration entre des chercheurs de Seattle, aux États-Unis[1] et de Bâle, en Suisse[2] qui fournit une collection d'outils open source pour visualiser la génétique impliquée dans la propagation des épidémies virales[3].
Son objectif est de soutenir les mesures de santé publique et la surveillance en facilitant la compréhension de la propagation et de l'évolution des agents pathogènes. La plateforme Nextstrain a été lancée en 2015[2]. Le code développé par Nextstrain est rendu accessible au public, via, par exemple, github.com et ses données sont disponibles et consultables sous une forme accessible via les pages du site Web[4].
Applications
[modifier | modifier le code]Selon leur site Web, l'équipe Nextstrain maintient une analyse génomique à jour de chacun des agents pathogènes suivants[5] :
- Grippe aviaire,
- Dengue,
- Entérovirus D68,
- Rougeole,
- Oreillons,
- SARS-CoV-2,
- Grippe saisonnière,
- Tuberculose,
- Virus du Nil occidental,
- Épidémie de maladie à virus Ebola en Afrique de l'Ouest,
- Virus Zika.
Pandémie de Covid-19
[modifier | modifier le code]Nextstrain et ses résultats ont été largement cités pendant la pandémie de Covid-19[6],[7].
Prix
[modifier | modifier le code]En mai 2020, Nextstrain et Trevor Bedford (professeur agrégé, Fred Hutchinson Cancer Research Center)[8] ont reçu un Webby Special Achievement Award pour l'outil Web[9].
Voir aussi
[modifier | modifier le code]Références
[modifier | modifier le code]- Richards, « How coronavirus mutations can track its spread—and disprove conspiracies », www.nationalgeographic.com, (consulté le )
- « Spread of a novel SARS-CoV-2 variant across Europe in summer 2020 », www.unibas.ch, (consulté le )
- Reza, « nextstrain RNA, DNA, and COVID-19] », earlycareervoice.professional.heart.org, (consulté le )
- Hadfield, Megill, Bell et Huddleston, « Nextstrain: real-time tracking of pathogen evolution », Bioinformatics, vol. 34, no 23, , p. 4121-4123 (ISSN 1367-4803, PMID 29790939, PMCID 6247931, DOI 10.1093/bioinformatics/bty407)
- « Nextstrain Real-time tracking of pathogen evolution Section 'Explore pathogens », nextstrain.org (consulté le )
- Drake, « The Science Behind London’s Christmas Coronavirus Lockdown », www.forbes.com, (consulté le )
- Hodcroft, Zuber, Nadeau, Comas, González Candelas, Stadler et Neher, « Emergence and spread of a SARS-CoV-2 variant through Europe in the summer of 2020 », www.medrxiv.org, (DOI 10.1101/2020.10.25.20219063, consulté le )
- « 40 Under 40 Healthcare », fortune.com (consulté le )
- « Webby Special Achievement », winners.webbyawards.com (consulté le )
