Les épreuves de handball aux Jeux asiatiques de 2006 se sont déroulées du 3 au au Al-Gharrafa Indoor Hall, à Doha, au Qatar. Deux épreuves de handball figuraient au programme, une féminine et une masculine
Les huit équipes présentes s'affrontent dans deux poules de quatre équipes, la première et la deuxième de chaque poule se qualifiant pour les demi-finales.
Les quinze équipes présentes s'affrontent dans une phase préliminaire au sein de trois poules de quatre équipes et une de trois équipes. Les équipes terminant première et deuxième de leur poule se qualifient pour la phase suivante, où elles sont réparties en deux poules de quatre équipes. Les équipes terminant première de cette phase affrontent ensuite en demi-finales les équipes ayant terminé deuxième (l'équipe première du groupe E affronte l'équipe deuxième du groupe F, et vice-versa).
*L'équipe masculine d'Arabie saoudite a été disqualifiée de son match contre l'équipe du Qatar car elle ne portait pas la couleur de maillot qu'elle aurait dû porter, à savoir vert pour les joueurs et gris pour les gardiens, ni au coup d'envoi, ni au bout de 15 minutes de jeu. L'équipe du Qatar a donc remporté ce match avec un score de 10 à 0.