UE BIO 101/151

Les constituants biomoléculaires du vivant

PARTIE A : Sujet rédactionnel (60 points)

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Partie 1 - Les acides nucléiques (15 points)

Ce schéma représente une région du génome d’une cellule eucaryote contenant un gène et
son promoteur. La flèche indique le sens de transcription. La région en gris foncé encadrée de
ce gène correspond à la phase de lecture ouverte (ORF en anglais)

promoteur
Gène

5’ 3’

3’ 5’

ARNm

Question 1 (2 points) : Positionnez au plus juste :

a. Le point d’initiation de la transcription (+1) ou TIS (de l’anglais Transcription Initiation
Site également appelé TSS (transcription start site).
b. Le codon initiateur de la traduction, et indiquez sa séquence
c. Le codon stop, en indiquer les séquences possibles
d. La ou les séquences UTR, c’est à dire transcrite(s) mais non traduite(s)

Question 2 (2 points) : Sur les brins de l’ADN (qui figurent en traits en pointillés), indiquez lequel
est le brin matrice
Si une portion de cette séquence est 5’AATTGCCATGC 3’, quelle serait la séquence
correspondante sur le brin codant (le représenter ci-dessous et l’orienter) :

Question 3 (2 points) : Au-dessous, en prenant comme repères les traits verticaux, schématisez
l’ARNm d’un trait horizontal situé au-dessous de la région transcrite du gène, sur lequel vous
indiquerez :
a. Le codon initiateur de la traduction et le codon stop ainsi que leur séquence possible
b. Le site de fixation des ribosomes (RBS)
c. Les extrémité 5’ et 3’ de l’ARNm

Question 4 (1 point) : Quelle est l’enzyme qui a effectué la synthèse de cet ARNm ?
Question 5 (3 points) : Décrivez les 3 principales propriétés d'un plasmide utilisé comme
vecteur dans le clonage d'ADN. Quelles caractéristiques spécifiques rendent un plasmide
adapté à cette tâche ?

Question 6 (5 points) : Schématisez les différentes étapes du processus de sous-clonage d'un

fragment d'ADN de 500 pb présent dans un plasmide A entre les sites EcoRI et BamH et que
vous voulez introduire dans le plasmide B permettant la production de protéine recombinante.
Mettez l'accent sur les techniques et les outils utilisés. Assurez-vous d'inclure les aspects clés
permettant l’inclusion dans un vecteur de clonage, et la sélection des clones.
 N° d’anonymat : _ | _ | _ | _ | _ | _ | _ | _

Partie 2 - Protéines (15 points)

Question 1-1 (3 points) : Représentez en formule semie-développée les 3 acides aminées
aromatique à pH physiologique (pH = 7,4). Pour chacun vous préciserez son nom, son code à 3
lettres et son code à 1 lettre.

Nom : Nom : Nom :

Code 3 lettre : Code 3 lettre : Code 3 lettre :
Code 1 lettre : Code 1 lettre : Code 1 lettre :

Question 1-2 (1 point) : Quelle est la propriété commune des 3 acides aminés aromatique et
pourquoi cette propriété est importante pour caractériser les protéines.

Question 2-1 (2 points) : Orientez l’oligopeptide suivant. Dessinez la liaison peptidique entre
les résidus 20 et 21, qui seront représentés complétement en forme semi-développée.

MLICQ FWGAI LGEQF TAGPA SLINF

Question 2-2 (3 points) : Quelle sera la charge globale de cet oligopeptide à pH 8,3 (le tableau
ci-dessous donne le pKa de l’ensemble des groupements ionisables des acides aminés.)
Justifiez votre réponse en écrivant les équilibres de dissociation (vous pouvez simplifier
l’écriture de l’oligopeptide en ne représentant que les fonctions protonables).
Acide Aminé pKa COOH  pKa NH2  pKa R Acide Aminé pKa COOH  pKa NH2  pKa R
G 2,3 9,6 K 2,1 9,2 10,7
A 2,3 9,7 R 2,0 9,0 12,1
V 2,3 9,5 H 1,7 9,1 6,0
L 2,3 9,6 D 1,9 9,7 3,7
I 2,3 9,6 E 2,2 9,6 4,1
P 1,9 10,5 N 2,2 8,8
S 2,1 9,1 Q 2,2 9,0
T 2,2 9,0 F 2,2 9,1
C 1,9 10,3 8,14 Y 2,2 9,0 10,1
M 2,2 9,1 T 2,4 9,3
Question 2-3 (1 point) : Cet oligopeptide a été exprimé dans une bactérie et de ce fait nous
l’avons en solution avec beaucoup d’autres protéines contaminante. Pour le purifier nous
décidons de réaliser une première étape de purification par chromatographie échangeuse
d’anion. Comment pourra t’on éluer les protéines de la colonne ?

Question 2-4 (1 point) : Cet oligopeptide adopte deux types de structure quaternaire
composées de 2 et 6 copies de la même molécule. Comment nommera t’on ces deux états
oligomériques ?

Question 2-5 (2 points) : Quel types d’intéraction faibles permettera l’association des
différentes chaines permettant la formation de la structure quaternaire ?

Question 2-5 (1 point) : Quelle technique de purification basée sur la taille permettra de
séparer ces 2 structures quaternaires ?

Question 2-6 (1 point) : Quelle experience pouriez vous faire pour déterminer si des ponts
disulfures sont impliqués dans les deux structures quaternaires de cet oligopeptide ?
Nommez les molécules à utiliser.
 N° d’anonymat : _ | _ | _ | _ | _ | _ | _ | _

Partie 3 - Glucides (15 points)

Question 1 (3,5 points) : Indiquer dans chaque case grisée le nom du saccharide que vous devez
extraire de la liste en bas à droite.

Question 2 (4 points) : Sur les disaccharides entourés en pointillés, numéroter les carbones,
donner le nom de chaque monosaccharides (dans les cases blanches) et indiquer le nom des
liaisons osidiques directement sur la liaison.

Question 3 : Sur la Figure ci-dessous

Question 3-1 (1 point) - indiquer dans les cases associées aux flèches courbées le type
de liaisons osidique.
Question 3-2 (1,5 points) - Dans les cases associées aux enzymes -amylase, maltase et
isomaltase, indiquer le type de liaisons osidiques qu’elles hydrolysent.
Question 3-3 (1,5 points) -Dans les cercles entourés en trait plein et en traits pointillé,
écrire sur la Figure de quel monosaccharide il s’agit et si l’extrémité de ce monosaccharide est
réductrice ou non réductrice.
 Question 3-4 (3,5 points) - La digestion de l’amidon produit un monosaccharide qui est
ensuite phosphorylé en position 6 dans le cytosol des cellules. Cette étape correspond à la
première étape de la glycolyse. La phosphorylation consiste en la formation d’une liaison
covalente entre un groupement phosphate (-PO32-, ou acide phosphorique) et le groupement
alcool en position 6 du monosaccharide. Représenter ci-dessous ce monosaccharide
phosphorylé sous sa forme la plus abondante en solution (utiliser des couleurs différentes pour
l’ose et le groupement phosphate), indiquer son nom, numéroter les carbones et nommer la
liaison de ces 2 éléments.
 N° d’anonymat : _ | _ | _ | _ | _ | _ | _ | _

Partie 4 - Lipides (15 points)

D’après X. Hu, D. Binns et M.L. Reese. J. Biol. Chemistry. (2017) 292(26) : 11009 –11020
Le parasite Toxoplasma gondii infecte tous les animaux à sang chaud. Il se réplique dans les
cellules infectées, à l’intérieur d’une vacuole qui le protège contre l'élimination par la cellule
hôte tout en l’empêchant d’avoir accès aux ressources de la cellule hôte. En réponse à ce défi,
le parasite sécrète un ensemble de protéines qui modifient la signalisation de la cellule hôte. Il
a été montré que les modifications des fonctions de la cellule hôte par le parasite servent un
double objectif : 1) éviter le système immunitaire et 2) capturer les ressources de la cellule hôte
telles que les phospholipides et le cholestérol. Le parasite est dépendant du cholestérol qu’il
n’est pas capable de synthétiser et il doit donc le récupérer de la cellule hôte.
Question 1 (5 points) : Ci-dessous, donner la formule semi-développée du cholestérol
et celle d'un phospholipide typique. Nommez ce phospholipide. Numéroter les carbones du
cholestérol. Entourez leurs régions hydrophiles et hydrophobes avec 2 couleurs distinctes.
Cholestérol Phospholipide

Des travaux antérieurs ont identifié des interactions potentielles entre la vacuole parasitaire et
un certain nombre d'organites de la cellule hôte, notamment le réticulum endoplasmique,
l'appareil de Golgi et les mitochondries. Des travaux récents indiquent que des gouttelettes
lipidiques s'accumulent dans les cellules de Mammifère infectées par Toxoplasma. Ces
gouttelettes lipidiques sont des organites de stockage constitués d'un noyau hydrophobe de
lipides neutres de réserve énergétique entourés d'une monocouche phospholipidique décorée
par un ensemble de protéines spécifiques. Originaires du réticulum endoplasmique, les
gouttelettes lipidiques peuvent s'associer à la plupart des autres organites de la cellule
eucaryote via des sites de contact membranaire.
Question 2 (4 points) : Ci-dessous, donner la formule générale semi-développée de 2
familles de lipides neutres de réserve énergétique que l'on retrouve chez les animaux.
Famille-1 Famille-2

Les chercheurs ont fait deux observations :

1) lorsque des cellules humaines infectées par Toxoplasma gondii sont incubées pendant 24 h
en présence d’acide oléique, elles accumulent significativement des lipides neutres de réserve
énergétique. Cette accumulation est observée dès 2 h d’incubation. Les cellules hôtes
augmentent leur capacité d’absorber, d’estérifier et de stocker les acides gras sous forme de
gouttelettes lipidiques d’une manière dépendante du temps.
2) Un signal BODIPY associé au parasite (le BODIPY est une molécule fluorescente lipophile
utilisée pour marquer les gouttelettes lipidiques) a également été observé 24 heures après
l'infection, suggérant que les parasites eux-mêmes stockent des lipides neutres lorsqu'ils sont
exposés à des niveaux élevés d’acides gras libres.
Question 3 (2 points) : Ci-dessous, donner la formule semi-développée de l'acide
oléique. De quel type de lipides s’agit-il ? Entourez ses parties hydrophobes et hydrophiles avec
deux couleurs distinctes.

Pour identifier les lipides neutres de réserve énergétique s'accumulant dans les cellules
infectées, les chercheurs ont extrait les lipides des cellules infectées et comparé leurs niveaux
avec ceux des cellules non infectées. Les cellules ont été lavées deux fois avec une solution
saline tamponnée au phosphate, puis les lipides ont été extraits. Les lipides extraits ont été
séchés sous un flux d’azote et dissous dans un mélange de chloroforme/méthanol. Les
échantillons (dont la quantité a été normalisée pour déposer un nombre équivalent de cellules
par piste) ainsi que les standards lipidiques ont été séparés par chromatographie sur couche
mince (CCM). Une image de la plaque de CCM est présentée ci-dessous (Figure 1). (La piste
correspondant aux standards lipidiques a été retirée).
Question 4 (2 points) : Schématiser dans le carré droit le principe d'une CCM.

Ester de cholestérol

Triacylglycérols (TAG)

Acide gras libre (AGL)

Cholestérol

Phospholipide
Non-Inf Inf

Figure 1 : Résultat de la CCM réalisée avec des

échantillons lipidiques extraits à partir de cellules
non infectées (Non-Inf) et infectées (Inf).

Question 5 (2 points) : Commentez les résultats de cette expérience.