Cours de virologie générale

Dr Farah Azouzi
Faculté de médecine de Sousse
Laboratoire de microbiologie CHU Sahloul
 Objectifs
1. Connaître la structure des virus
2. Connaître les modes de multiplication des virus
3. Connaître les modes de transmission des virus
4. Connaître les principales méthodes de prévention contre les
virus
5. Citer les principaux traitements des virus
 Historique
• Début de l’ère Pastorienne: virus= agent
infectieux au sens large
• 1892: Ivanowski et l’expérience de la
mosaïque du tabac
• 1898: Beijerinck: agent ultrafiltrable
responsable de la mosaïque du tabac
• 1915: découverte des bactériophages
• 1935: microscope électronique
 Qu’est-ce qu’un virus?
• André LWOFF (1953): Une dimension inférieure à 250 nm

trois caractères fondamentaux des virus :

1/ ne contiennent qu’un seul type d’acide nucléique (ADN ou ARN)

2/ se reproduisent à partir de leur matériel génétique et par

réplication.
3/ sont doués de parasitisme intracellulaire absolu
-ne peuvent se reproduire qu’au sein de cellules vivantes
-ne possèdent aucun système d’énergie → détournent la
machinerie cellulaire à leur profit
 Les virus géants chamboulent la définition de LWOFF

• La Scola et Raoult 2003: découverte de Mimivirus

• Grande taille: 1200 gènes
• Visible au microscope optique: cocci à Gram
positif!
• Des gènes évoquant une autonomie de réplication
• Certains virus contiennent ADN et ARN à la fois
Colson P et al.

Pandoravirus entouré de bactéries

« L’évolution des outils d’observation a fait changer

de paradigme et donc de vérité »
Structure des virus
Structure des virus

nucléocapside

Acide nucléique

capside

enveloppe
 Le génome viral
• DNA ou RNA
→ classification des virus: virus à
DNA et virus à RNA.
• monocaténaire (simple brin) ou
bicaténaire (double brin).
 La capside
• structure protéique qui protège le génome
• Tubulaire ou polyédrique
• Nucléocapside: structure compacte formée par
l'assemblage de la capside autour du génome.
→ nucléocapside tubulaire ou hélicoïdale:
tube enroulé en peloton
→ nucléocapside polyèdrique ou cubique
(icosaèdre : polyèdre à 20 faces)
 L’enveloppe ou péplos
• élément le plus externe de certains virus.
• Structure glucido-lipidoprotidique dérivée des
membranes cellulaires, cytoplasmique ou
nucléaire, selon les virus.
• les virus à péplos terminent leur multiplication dans
la cellule par bourgeonnement
• Contient des glycoprotéines d’origine virale
- La présence ou l'absence d'enveloppe règle en grande partie le mode de
transmission des maladies.
- Tous les virus humains et animaux à capside tubulaire ont un péplos mais seuls
certains virus à capside icosaédrique en sont pourvus (Herpesviridae, Togaviridae,
Flaviviriae).
 L’enveloppe ou péplos
• Virus nu: sans enveloppe
• Virus enveloppé: possède une enveloppe
Réplication des virus
 Réplication des virus
• Détournement de la machinerie cellulaire au profit du virus
• les virus ne peuvent pas se multiplie par eux-mêmes
• introduction du génome viral dans une cellule qui va fabriquer
de nouveaux virus
• Durée variable du cycle viral (4 à 8 heures pour le poliovirus,
>40 heures pour les Herpesviridae)
 Réplication des virus
6 étapes
1. Attachement
2. Pénétration
3. Décapsidation
4. Réplication
5. Assemblage
6. Libération

Sakina Mhaouty-Kodja
 L’attachement
• Entrée en contact du virus et de la cellule:
attachement de la surface virale sur la surface
cellulaire.
• attachement par une structure de la capside pour
les virus nus, par des glycoprotéines d’enveloppe
pour les virus enveloppés.
• Ces glycoprotéines s’attachent à
des récepteurs situés sur la membrane
cytoplasmique de la cellule hôte
• affinité pour le récepteur (tropisme d’hôte)
• spectre d’hôtes: ensemble des cellules sensibles à
un virus
 La pénétration
• microphagocytose pour les virus nus (ex :
poliovirus)
• fusion de l'enveloppe virale et de la membrane
cytoplasmique en une membrane unique pour les
virus enveloppés
• le virus est internalisé au sein d’une vésicule ou
endosome
• Lyse et libération de la capside virale dans le
cytoplasme de la cellule. Ce mécanisme concerne
de nombreux virus enveloppés (Orthomyxoviridae,
Rhabdoviridae..)
 Décapsidation
• Dégradation des structures virales à
l'exception du génome qui,
débarrassé de la capside, se trouve
libéré.
• le génome, décortiqué, va livrer son
information génétique à la
machinerie cellulaire.
• décapsidases cellulaires
 Réplication
• transcription, traduction et réplication de génome viral
• le génome viral libéré prend la direction des synthèses, dans
la cellule. Il se substitue en totalité ou en partie au génome
cellulaire.
• Détournement de la machinerie cellulaire au profit du virus

• répliques du génome viral, de protéines virales, protéines

de capside et glycoprotéines d’enveloppe.
• stratégie de multiplication dépendante de la nature et de la
structure du matériel génétique : ADN ou ARN, génome
bicaténaire ou monocaténaire, segmenté ou non, circulaire
ou linéaire
• Seuls les virus à ADN dont la réplication est intranucléaire
peuvent utiliser les enzymes cellulaires pour la transcription.
Les autres virus doivent posséder leurs propres enzymes (ex :
poxvirus qui ont une réplication cytoplasmique, virus à ARN).
 Réplication des virus à ADN
• Les virus à ADN double brin suivent des mécanismes de multiplication qui
se rapprochent de ceux observés pour les gènes cellulaires. Le cycle viral
peut être divisé en 2 phases (sauf 3 phases pour les Herpesviridae)
1- phase précoce:
• une petite partie du génome est transcrite grâce à une ARN polymérase-
ADN dépendante cellulaire.
• Les ARN messagers précoces migrent dans le cytoplasme cellulaire pour
être traduits par les ribosomes de la cellule en protéines régulatrices non
structurales ou en enzymes impliquées dans la synthèse de l’ADN.
Il y a ensuite réplication de l’ADN viral par l’ADN polymérase cellulaire ou
virale aboutissant en un grand nombre de copies d’ADN viral.
2- phase tardive:
les ADN néoformés vont servir de matrices pour une deuxième transcription
aboutissant à la formation d’ARN messagers tardifs qui après traduction vont
former des protéines de structure (capside, enveloppe).
Exemples : Papillomaviridae, Polyomaviridae, Adenoviridae et Herpesviridae
 Réplication des virus à ARN
1. Réplication des virus à ARN de polarité positive
2. Réplication des virus à ARN de polarité négative
3. Réplication des rétrovirus
 Réplication des virus à ARN
1. Réplication des virus à ARN de
polarité positive
– Le génome est un ARN qui sert tel
quel de messager
– Il est immédiatement traduit par
les ribosomes cellulaires en
protéines de capside
– Exemple: poliovirus
2. Réplication des virus à ARN de
polarité négative
3. Réplication des rétrovirus

Nicolas Lévêque
 Réplication des virus à ARN
1. Réplication des virus à ARN
de polarité positive
2. Réplication des virus à ARN
de polarité négative
– Une étape de transcription
nécessaire: il faut passer par
un ARN messager de polarité
positive
– Enzyme virale: ARN
polymérase-ARN dépendante
ou transcriptase
– Exemple: orthomyxovirus,
rhabdovirus
3. Réplication des rétrovirus
Faten El Asmi
 Réplication des virus à ARN
1. Réplication des virus à ARN de polarité
positive
2. Réplication des virus à ARN de polarité
négative
3. Réplication des rétrovirus
• Rétrovirus: virus à ARN possédant une
enzyme capable d’effectuer la
transcription de l’ARN génomique viral en
ADN
• Transcriptase inverse ou
rétrotranscriptase
• Exemple: VIH
https://pod.univ-lille.fr/video/15588-cycle-de-replication-du-vih/
 Réplication des virus à ARN
1. Réplication des virus à ARN de polarité positive
2. Réplication des virus à ARN de polarité négative
3. Réplication des rétrovirus

Pour se multiplier dans une cellule, tous les virus à ARN doivent faire
fabriquer à la cellule infectée une RNA réplicase, enzyme nouvelle, viro-
induite, absente de la cellule normale, inutile au fonctionnement normal de
la cellule, mais nécessaire à la multiplication virale.
 Assemblage
L’encapsidation:
• les nouveaux génomes fabriqués par
la cellule s'entourent de nouvelles
protéines virales fabriquées par la
cellule.
 Libération
• Ces nouveaux virus sortent de la cellule
– par éclatement pour les virus nus
– par bourgeonnement pour les virus
enveloppés
• Constitution de l’enveloppe des virus
enveloppés lors du bourgeonnement
• Enveloppe: bicouche lipidique cellulaire
hérissée de spicules glycoprotéiques.
• Libération de 100 à 1000 virus par
cellule
Modes de transmission des virus
 Types de transmission
• Transmission directe:
– D’humain à humain, exemple: rougeole, hépatite A
• Zoonoses:
– Tranmission d’animal à humain, exemple: la rage
• Transmission par arthropodes:
– arbovirus transmis par des arthropodes vecteurs
 Modes de transmission des virus
• Transmission aérienne
• Transmission féco-orale
• Transmission parentérale (sanguine)
• Transmission conjonctivale
• Transmission sexuelle
• Transmission mère enfant
• Transmission vectorielle
 Transmission aérienne
• Voie respiratoire
• affections respiratoires,
• via les gouttelettes de sécrétions respiratoires, ou les aérosols
• formés lors des éternuements, efforts de toux
• Exemple: la grippe, la COVID-19, la rubéole
 Transmission féco-orale
• Liée au péril fécal
• Virus excrété dans le selles contamine le tube digestif
• Via un aliment contaminé ou les mains sales
• Exemple: hépatite A, gastro-entérites virales
 Transmission parentérale
• Transmission sanguine
• Lors d ’une effraction de la peau
• Lors d’une injection par une aiguille
souillée, transfusion par du sang
contaminé, accident d’exposition au sang
• Exemple: hépatite C, VIH
 Transmission conjonctivale
• Projection de sang ou d’un produit biologique
• Contact avec les mains souillées ou un liquide contaminé
• Exemple: HSV, VIH, adénovirus (conjonctivite)
 Transmission sexuelle
• IST ou infections sexuellement transmissibles
• Transmission à travers les muqueuses génitales
• Exemple: hépatite B, VIH, HSV2 (herpes génital)
 Transmission mère enfant
• IMF ou infections materno fœtales
• Transmission verticale lors de la grossesse
ou de l’accouchement
• Risque foetal+++ (malformations,
souffrance viscérale, avortement, mort
fœtale in utero,…)
• Exemple: rubéole, VIH, hépatites B et C,
Zikavirus, CMV http://www.facmed-univ-
oran.dz/ressources/fichiers_produits/fichier_produit_2855.pdf
 Transmission vectorielle
• Par l’intermédiaire d’arthropodes vecteurs
(moustiques, mouches piqueuses, tiques)
• Piqûre ou morsure
• Arbovirus
• Après un cycle de réplication dans le vecteur
• Exemple: West Nile, Toscana virus, fièvre
jaune
Moyens de prévention
 Transmission aérienne
• La vaccination: exemple: grippe, COVID-19
• Les gestes barrière+++
– Isolement des patients contagieux
– Les patients contagieux doivent porter des masques chirurgicaux
– Port de masques FFP2 par le personnel soignant
– Lavage des mains
– Distanciation
– Aérer les locaux
– Désinfecter les surfaces
 Transmission féco-orale
• Lavage des mains après les toilettes et avant de porter les mains à
la bouche
• Désinfecter les surfaces souillées
• Séparer les réseaux d’eau usées des eaux de consommation
• Vaccination, exemple: hépatite A
• Relier les habitations et les écoles au réseau des eaux usées (ONAS)
pour éviter les épidémies
 Transmission parentérale
• Vaccination: hépatite B
• Ne jamais recapuchonner une aiguille
• Jeter les aiguilles souillées dans des
containers à aiguilles
• Prophylaxie post exposition si patient
source VIH+ (au mieux dans les 4heures,
maximum 72h)
• Déclarer un AES auprès de la médecine
personnelle dans les 48h maximum
 Transmission conjonctivale
• Lunettes de protection pour éviter les projections
• En cas de projection conjonctivale:
– Rincer immédiatement et abondamment au sérum
physiologique
– Prophylaxie post exposition si patient source VIH+ (au
mieux dans les 4heures, maximum 72h)
– Déclarer un AES auprès de la médecine personnelle
dans les 48h maximum
 Transmission sexuelle
• Dépistage des IST
• Utilisation de préservatifs
• Vaccination: hépatite B
• Prophylaxie post exposition (VIH)
 Transmission mère enfant
• Dépistage des hépatites B, C, HIV avant et
pendant la grossesse
• Vaccination contre la rubéole avant la
grossesse ou en post partum immédiat
• Sérologie de la rubéole mensuelle jusqu’à 20 SA
si patient séronégative
• Éviter le contact avec les urines des nourrissons
et bien se laver les mains en cas de contact
(CMV, puéricultrices)
• Lutte antivectorielle (Zika) http://www.facmed-univ-
oran.dz/ressources/fichiers_produits/fichier_produit_2855.pdf
 Transmission vectorielle
• Lutte anti-vectorielle
• Moustiquaires
• Port de vêtements à manches longues
• répulsifs
• Vaccination contre la fièvre jaune
Traitements
 Traitements antiviraux
• Très souvent traitement symptomatique
• Peu de véritables molécules antivirales
– VIH: antirétroviraux (Inhibiteurs de la transcriptase inverse,
inhibiteurs d’intégrase, inhibiteurs de protase,…)
– VHC: antiviraux à action directe (AAD)
– VHB: interferon pegylé, ribavirine, lamivudine, entécavir
– Herpes (HSV): aciclovir
– CMV: ganciclovir, foscarnet
– Grippe (formes sévères): Oseltamivir (Tamiflu®)
 Références
• http://www.microbes-edu.org/etudiant/virus.html
• http://www.microbes-edu.org/etudiant/multivirale.html
• Virologie humaine, H.J.A Fleury, 4ème édition
• https://www.virologie-uclouvain.be/files/pdf/chap1.pdf
• https://www.unaids.org/sites/default/files/country/document
s/TUN_2019_countryreport.pdf
• https://www.virologie-uclouvain.be/fr/chapitres/transmission-
epidemiologie/transmission-des-virus