Organisation générale du noyau

L’enveloppe nucléaire
Le nucléoplasme

A. Ait Chaoui
L’enveloppe nucléaire
 les pores nucléaires
• complexes multi-protéiques d’environ 120MDa qui
sont constitués d’une trentaine de protéines
différentes : nucléoporines associées à d’autres
protéines
• huit rayons qui sont
pris en sandwich par
un anneau
cytoplasmique et
nucléoplasmique
• 3000 à 4000 par
noyau (5 à 15% de la
surface de
l’enveloppe.
• Il varie selon l’état
physiologique de la
cellule en particulier
lors de la croissance
cellulaire et des
changements
d’activité métabolique
 le transport nucléaire

• poids moléculaire inférieur à 40 kDa peuvent

diffuser librement à travers le pore nucléaire
• d’un poids moléculaire supérieur à 40 kDa le
transport s’effectue de façon active
• Les macromolécules (cargo) sont reconnues par
différentes protéines réceptrices :exportines et les
importines
 Lamina nucléaire
• composée de lamines,
(filaments intermédiaires)
• ont un rôle :
- dans la réplication de
l’ADN et la transcription .
- l’organisation de la
chromatine.
- l’arrangement spatial des
pores nucléaires
• résistance mécanique de
l’enveloppe nucléaire
 Le nucléoplasme
• Le nucléole
• la chromatine
• le nucléosquelette
 le nucléole
• corpuscule sphérique tés ,
dense
• apparaît au cours de
l’interphase et disparaît
pendant la mitose
• généralement un nucléole
par cellule
 Organisation du nucléole
• - les centres fibrillaires • ,
(FC)
- un composant
fibrillaire dense (DFC)
- un composant
granulaire (GC)
 Fonctions du nucléole

• Biogenèse des ribosomes

• Contrôle du cycle cellulaire
• Modulation de l’activité de la p53
 Biogenèse des ribosomes

• Protéines ribosomales
•
Le rôle du nucléole est
de permettre l’association
des ARNr à des protéines
importées du cytoplasme.
Dans les sous-unités 60S et
40S on dénombre
respectivement 50 et 33
protéines
• Transport: Exportines
 Contrôle du cycle cellulaire
• des protéines contrôlant des étapes
essentielles du cycle cellulaire sont piégées
dans le nucléole, ce qui les empêche d’exercer
leur activité
 Modulation de l’activité de la p53
• Dans les conditions normales la quantité de protéine p53
dans la cellule est très faible car elle est séquestrée par la
protéine Mdm2
• lésions des brins de l’ADN: activation de la p53 puisque
cette dernière n’est plus séquestrée par Mdm2
Elle exerce alors son rôle de facteur transcriptionnel
en stimulant la transcription de gènes qui codent pour des
protéines qui bloquent la progression du cycle cellulaire.
• maturation anormale des ARNr. Elle
induit l'accumulation de p53 ce qui a pour
conséquence de bloquer le cycle cellulaire.
 La chromatine
support de l’information génétique qui est organisé en une
structure complexe
constituée d’ADN (35%) et de protéines (histones 35% et
protéines non histones 10 à 25%).
Mise en évidence : utilisation de colorants; qui ont une forte
affinité pour l’ADN et/ou les protéines.
l’hématoxyline qui la colore en noir
les colorants basiques (basophilie) comme le bleu de
méthylène ou le bleu de toluidine.
deux mètres d’ADN/noyau (Compaction)
• Malgré ce degré de compaction l’ADN subit des
changements dynamiques au cours de nombreux
processus génétiques. En particulier lors de:
•
- sa réplication (cycle cellulaire)
- l’expression spatio-temporelle des gènes
- la recombinaison et la réparation de l’ADN
•
• Au cours de ces processus, la chromatine doit
être rapidement accessible aux protéines
(enzymes) pour réguler ces fonctions.
 Organisation et structure
• L’unité structurale de la chromatine
est le nucléoplasme, il est composé
d’ADN et d’histones.
• Il représente le premier niveau de
compaction de l’ADN.
La chromatine a une structure
hétérogène : C’est un
enchevêtrement de fibres dont le
diamètre varie non seulement au
cours du cycle cellulaire mais aussi en
fonction des régions
chromosomiques observées. Il existe
plusieurs niveaux de compaction de
la chromatine avec des localisations
nucléaires bien précises que l’on peut
classer en deux grandes catégories:
l’euchromatine et
l’hétérochromatine.
 Nucléosome
• particules régulièrement
espacées composées :
- d’une partie centrale
(cœur)
- d’une région de liaison
(internucléosomale)
d’environ 140Å, qui relie
les parties centrales
adjacentes. Ce qui donne
une organisation en
perles de collier.
• * partie centrale :
composée de 146 paires de bases (pb) d’ADN enroulés selon
environ 1,7 tour autour d’un octamère protéique comprenant les
histones H2A, H2B, H3 et H4 en deux exemplaires chacune
(octamère d’histones).
• * région de liaison (internucléosomale) :
C’est au niveau de cette région que des histones s’associent à l’ADN
qui relie deux nucléosomes. Ces histones sont de types variables.
Elles ont un rôle dans l’espacement des unités nucléosomales et
dans la compaction de l’ADN en créant une région d’interaction
entre les nucléosomes adjacents.
La longueur de cette région varie selon l’espèce et le type cellulaire.
En conséquence, la longueur d’ADN d’un nucléosome peut varier
selon l’espèce entre 160 et 241pb.
 modifications épigénétiques des histones

• Les histones sont des protéines très basiques car très riches
en résidus lysine et arginine à leur extrémité N-terminale.
Elles sont la cible d’enzymes qui sont à l’origine de
modifications post-traductionnelles. Ces modifications
sont définies comme étant épigénétiques et elles affectent
leurs charges mais aussi l’accessibilité à l’ADN ainsi que les
interactions protéines/protéines avec le nucléosome.
• On distingue :
- l’acétylation (lysine) due à la HAT (Histone Acetyl
Transférases). Elle annule la charge positive des histones,
diminuant ainsi les forces d’attraction avec la charge
négative du phosphate de l’ADN ce qui conduit à une
décondensation de la chromatine (« ouverture »).
Conséquences : favorise l’expression des gènes.
• - la désacétylation (due à la HDAC :Histone Désacétylases)
à l'inverse libère les charges positives et favorise ainsi une
interaction étroite avec l’ADN, ce qui conduit à
la formation d’une chromatine condensée (« fermeture »).
Conséquences : réprime l’expression des gènes.
•
- méthylation (lysine et arginine), due à la HMT (Histone
Méthyltransfèrases).
Conséquences : réprime l’expression des gènes.
•
- phosphorylation/ déphosphorylation (sérine et
thréonine) due à des kinases/phosphatases. Leur rôle est
inconnu.
Etapes de la compaction de la chromatine:
• 1- Formation du nucléosome : mise en place sur l’ADN d’un
tétramère d’histones (H3-H4)2 auquel s’adjoint deux dimères H2A-
H2B. Le nucléosome ainsi formé est composé de 146 pb d’ADN
enroulées autour un octamère d’histones.
2- Formation du nucléofilament : étape qui permet un espacement
régulier des nucléosomes.
3- Incorporation d’histones internucléosomales : étape qui permet
le repliement du nucléofilament en fibre de 30nm.
• Puis selon les principes de l’empaquetage hélicoïdal de la
chromatine (modèle des câbles torsadés) la chromatine forme
successivement des fibres de 300 et 700nm.
• Finalement chaque molécule d’ADN a été empaquetée dans un
chromosome mitotique 50000 fois plus court que la molécule
déroulée.
 L'ADN
• L’acide désoxyribonucléique (ADN) localisé
essentiellement dans le noyau mais aussi
présent dans les mitochondries, constituées
de sous-unités appelées nucléotides
 Nucléotide
• constitué de 3 éléments, un ose (sucre), une
base azotée et de l’acide phosphorique
 L’ose
• Deux types d’oses sont • ,
représentés, le ribose
dans l’ARN et le 2’-
désoxyribose dans l’ADN.
Ce sont des pentoses car
ils sont constitués de cinq
atomes de carbone. Les
carbones sont numérotés
avec des chiffres suivis de
l’indication “prime” pour
éviter des confusions avec
les numérotations des
bases.
 La base
• Elle est présente sous • ,
deux types : les bases
pyrimidiques (l’uracile,
la cytosine et la
thymine) et puriques
(l’adénine et la
guanine).
 L’acide phosphorique
• (H3PO4). C’est un acide • ,
qui possède 3 fonctions
acides dont deux sont
estérifiées dans l’ADN et
l’ARN (liaisons
phosphodiesters). La
troisième fonction acide
est libre.
 Types de liaisons dans un nucléotide
• La liaison ose-base: Elle se • La liaison acide phosphorique-
forme par élimination d’eau ose: Elle se forme par élimination
d’eau entre un OH de l’acide
entre la base purique ou phosphorique et l’H de la
pyrimidique et l’OH situé en fonction alcool en 5’ de l’ose. Il
C1 de l’ose. L’ensemble ose- s’agit d’une liaison ester.
base est appelé nucléoside
Nomenclature des nucléosides et
nucléotides
 Caractéristiques de l’ADN
• La molécule d’ADN est constituée de deux
chaînes (ou brins) de nucléotides
• les molécules d’ARN sont le plus souvent sous
forme d’une seule chaîne.
 liaisons entre nucléotides
• Dans l’ADN les nucléotides de chaque chaîne
seront assemblés entre eux par une liaison
ester. Elle est le résultat de l’élimination
d’une molécule d’eau entre un OH de l’acide
phosphorique d’un nucléotide et l’H de la
fonction alcool située en 3’ du désoxyribose
d’un autre nucléotide.
Il en résulte que lorsque deux nucléotides
sont assemblés les deux fonctions acide (OH)
de l’acide phosphorique sont engagées dans
des liaisons esters on parle alors de liaison
phosphodiester. L’une est engagée avec l’H
de la fonction alcool située en 5’ du
désoxyribose pour former un nucléotide (ose
+ base + acide phosphorique) et la seconde
est engagée avec l’H en 3’ du désoxyribose
d’un autre nucléotide (permettant
l’assemblage entre nucléotides). Cette
caractéristique de liaison s’applique aussi à
l’ARN.
 sens de lecture d’un acide nucléique

• Par convention un acide

nucléique est toujours
lu dans le sens de
l’extrémité 5’
(comportant en règle
un groupement
phosphate) vers
l’extrémité 3’ qui
possède un OH libre.
Caractéristiques des chaînes de l’ADN
• Anti-parallèles
• Complémentaires
• Configuration hélicoïdale
 Anti-parallèles

• Les deux chaînes sont

orientées dans des
directions opposées.
Une chaîne est orienté
dans une direction 5’ à
3’ et l’autre qui lui sera
parallèle est orienté
dans la direction 3’ à 5’.
 Complémentaires
• Les deux chaînes sont • Les nucléotides étant désignés
appariées suivant une règle de par leur base qu’ils
complémentarité universelle: contiennent, on écrit leur
A (adénine) appariée avec T assemblage dans un brin de
(thymine) et C (cytosine) l’ADN comme suit:
appariée avec G (guanine). …AGCTATCGAGTCA…
Cette complémentarité repose • Le second brin, selon la règle
sur des bases stériques de complémentarité,
(encombrement spatial) et sur comportera alors
la formation de liaisons l’assemblage:
hydrogène. …TCGATAGCTCAGT…
• Il y a trois liaisons hydrogènes
entre C et G et deux entre A et
T.
 Configuration hélicoïdale
• les deux chaînes présentent une configuration
hélicoïdale. Elle s’enroulent autour d’un axe
imaginaire et constituent une double hélice. On
décrit 3 formes d’ADN.
- Forme B: double hélice à rotation droite, c’est
la forme qui a été décrite par Watson et Crick en
1953 et elle est la plus importante. Ces
caractéristiques peuvent se résumer ainsi:
- Environ 10 paires de bases par tour d’hélice et
le pas de l’hélice est de 3,4nm et son diamètre
est de 2,4nm. Dans une cellule l’hélice est un
peu plus compacte (10,5 paires de base par tour
de spire).
- Les bases sont à l’intérieur de l’hélice alors que
les désoxyriboses et les groupements
phosphates sont à l’extérieur.
- Les plans des bases sont perpendiculaires à
l’axe de l’hélice. Les plans des désoxyriboses
sont presque perpendiculaires à ceux des bases.
- Présence de deux types de sillons: sillon
majeur (1,2nm de large) et sillon mineur
(0,6nm).