Manuscrit déposé le 30/04/2007 Ann. Méd. Vét.

, 2007, 151, 79-100

Formation continue - Articles de synthèse

Le point sur les méthodes de surveillance de la contamination microbienne

des denrées alimentaires d’origine animale

GHAFIR Y.1, DAUBE G.2

1
Laboratoire national de Référence en Microbiologie des Denrées alimentaires pour l’Agence fédérale pour la Sécurité
de la Chaîne alimentaire, Université de Liège, Faculté de Médecine vétérinaire, Département des Sciences des Denrées
alimentaires - Microbiologie, Boulevard de Colonster, 20, Bât. B43b à 4000 Liège, BELGIQUE
2
Département des sciences des denrées alimentaires, Microbiologie, Faculté de Médecine vétérinaire, Université de Liège,
Boulevard de Colonster, 20, Bât. B43b à 4000 Liège, BELGIQUE

Correspondance : Prof. Georges Daube, Email : [email protected]

RESUME : Les toxi-infections d’origine alimentaire ont un impact important sur la santé publique.
En Europe et aux USA, Salmonella et Campylobacter en sont les deux premières causes bactérien-
nes, surtout en raison de leur présence fréquente dans le tractus intestinal des volailles, porcs et
bœufs. Dans le cadre de la surveillance de la contamination bactérienne des denrées alimentaires,
le dénombrement de certains groupes ou espèces de bactéries d’origine intestinale est une alter-
native à la recherche des microorganismes pathogènes. Ils peuvent être utilisés comme index indi-
quant la présence possible d’agents pathogènes ayant une écologie semblable, ou comme indi-
cateurs signalant le non-respect des bonnes pratiques. Les plus utilisés sont les germes aérobies
totaux, E. coli et les entérobactéries. Dans les filières de production de viande, ils sont dénombrés
au niveau de l’environnement, de toute la filière, sur les carcasses à l’abattoir, dans la viande, dans
les ateliers de transformation et la distribution. Différentes modalités de surveillance sont utilisées
par les producteurs de denrées alimentaires et par les autorités, dans le cadre du contrôle de
l’autocontrôle, des plans de contrôle nationaux ou pour déterminer la situation nationale.

1. Introduction et de nombre d’hospitalisations) dont Salmonella et Campylobacter,

Les toxi-infections d’origine alimen- sont Salmonella et Campylobacter. ainsi que leurs éventuels index, et (ii)
Viennent ensuite en nombre d’hospi- d’examiner les modalités envisagea-
taire ont un impact important sur la
talisations : Listeria monocytogenes, bles pour mettre en place des plans de
santé humaine. Aux USA, le nombre
Escherichia coli O157 entérohémor- surveillance des denrées alimentaires
de cas annuels de maladies dues à
ragique, Staphylococcus et Yersinia d’origine animale.
des agents pathogènes responsables de
toxi-infections d’origine alimentaire enterocolitica. Salmonella (30,6 %),
Listeria monocytogenes (27,6 %), 2. Principales bactéries
est estimé à 38,6 millions (Mead et al., zoonotiques, index et
1999). Parmi ceux-ci, 80 % seraient Campylobacter (5,5 %) et E. coli O157
entérohémorragiques (2,9 %) sont indicatrices dans la
dus à des virus, 13 % à des bactéries filière viande
et 7 % à des parasites, mais les agents estimés comme étant responsables des
bactériens seraient responsables de plus fortes mortalités aux USA (Mead 2.1. Bactéries index et indicatri-
71,7 % des mortalités. Les maladies et al., 1999). ces dans la filière viande
bactériennes gastro-intestinales sont De nombreuses bactéries sont dénom-
à 80 % d’origine alimentaire (Mead Les objectifs de cette synthèse seront brées en tant qu’index ou indicateur.
et al., 1999). Les deux principaux (i) de décrire les principaux agents Leur dépassement d’un seuil donné
agents bactériens incriminés dans les pathogènes pour l’homme transmis peut avoir de multiples origines et
toxi-infections d’origine alimentaire par les denrées alimentaires d’ori- significations. Les principales sont
(en termes de nombre de cas totaux gine animale en Europe et aux USA, décrites ci-dessous.

79
2.1.1. Germes aérobies totaux bies, oxydase positifs, non sporulés 1984). Cette famille inclut plusieurs
Les germes aérobies totaux ne consti- et généralement mobiles par un ou genres et espèces de bactéries patho-
tuent pas une famille bactérienne des flagelles polaires. Certains pro- gènes d’origine intestinale (Shigella,
particulière. Il s’agit des microorga- duisent des pigments hydrosolubles Salmonella, Yersinia, et les souches
nismes formant des colonies dénom- fluorescents ou pyoverdine, de couleur pathogènes d’E. coli). Elle comprend
brables après leur multiplication jaune-vert qui ont un rôle de sidéro- également de nombreux genres pré-
dans des conditions de laboratoire phores. La plupart des espèces sont sents naturellement dans l’environne-
définies. Le milieu de culture géné- psychrotrophes. Leur croissance est ment, y compris sur les plantes, sans
ralement choisi est le plate count possible entre 4°C (voire moins) et être d’origine fécale ni associés à des
agar (PCA) contenant un digestat 43°C (Labadie et al., 1996 ; Euzéby, maladies d’origine alimentaire (Ray,
enzymatique de caséine, de l’extrait 2007). 2001 ; Euzéby, 2007).
de levure et du glucose. Selon l’ISO
4833 (Organisation internationale de Les Pseudomonas sont ubiquis- Dans les denrées alimentaires d’ori-
Normalisation, 2003a), il est incubé tes et peuvent vivre dans des niches gine animale, les entérobactéries sont
dans les conditions atmosphériques écologiques très diverses. Peu viru- d’origine intestinale ou environne-
ambiantes à 30°C pendant 72 h, mais lentes, plusieurs souches sont des mentale. Bactéries indicatrices, elles
d’autres températures (35°C, 37°C) pathogènes opportunistes pour peuvent signifier un défaut d’hygiène
sont parfois utilisées (Mead et al., l’homme et des agents d’altération lors des processus de fabrication : une
1993 ; Bacon et al., 2000 ; Berrang et des viandes, poissons et produits lai- contamination fécale, environnemen-
al., 2002 ; Organisation internationale tiers. Les espèces les plus fréquem- tale, une insuffisance des procédés de
de Normalisation, 2003a ; McEvoy et ment rencontrées chez l’homme traitements, un défaut d’hygiène du
al., 2004 ; Pearce et Bolton, 2005 ; sont Pseudomonas aeruginosa, matériel et de l’équipement utilisés,
Smith et al., 2005 ; Hutchison et al., P. fluorescens, P. putida et P. stutzeri. ou une contamination croisée d’une
2006). (Euzéby, 2007). autre origine (végétale par exemple).
Pour les produits prêts à consommer
Par définition, les sources de conta- Les Pseudomonas sont les principales et conservés sous réfrigération, les
mination des denrées alimentaires par bactéries psychrotrophes retrouvées entérobactéries peuvent également
les germes aérobies totaux sont très dans les viandes, le lait et, dans une signifier une conservation à des tem-
variées : l’environnement, l’animal moindre mesure, les produits végétaux. pératures trop élevées ou pendant une
(flore présente dans l’intestin, sur la Présentes dans les aliments, la réfrigé- durée trop longue. Étant donné les
peau, la toison, les muqueuses), la ration permet leur multiplication et la multiples sources de contamination,
contamination croisée avec d’autres production d’enzymes protéolytiques leur présence en grands nombres dans
carcasses ou aliments, la contamina- et lipolytiques responsables d’altéra- des produits traités thermiquement et
tion par le manipulateur. Dans l’ali- tions. Leur présence au niveau des dans les produits prêts à être consom-
ment cru ou manipulé après traite- chaînes d’abattage et en particulier més peut avoir une signification en
ment, il est normal d’en retrouver une dans les chambres froides constitue termes de santé publique (Ray, 2001).
faible quantité. Il peut s’agit d’entéro- une source permanente de contami-
bactéries, de Bacillus, staphylocoques, nation des viandes. Pseudomonas est 2.1.4. E. coli
Pseudomonas, bactéries lactiques ou principalement utilisé comme indica-
teur d’altération des viandes fraîches Les Escherichia coli font partie de
d’autres agents éventuellement patho-
et du lait (Labadie et al., 1996). la famille des Enterobacteriaceae. Il
gènes. Leur présence au-delà des limi-
s’agit de courts bâtonnets mobiles au
tes définies peut signifier un défaut
moyen de flagelles péritriches, Gram
d’hygiène des procédés de fabrication, 2.1.3. Entérobactéries négatifs, anaérobies facultatifs, non
voire, au-delà de 107 cfu/g, un état de
Les Enterobacteriaceae ou entérobac- sporulés. Ils sont capables de fermen-
putréfaction. Elle peut également être
téries appartiennent à une famille de ter plusieurs sucres, mais leur fermen-
due à une conservation à des tem-
courts bâtonnets Gram négatifs, de tation du lactose avec production de
pératures trop élevées, sauf lorsqu’il
0,3 à 1,0 µm sur 1,0 à 6,0 µm, dont gaz est caractéristique. La multipli-
s’agit de bactéries psychrotrophes
certains sont mobiles au moyen de fla- cation à 44°C, la production d’indole
(par exemple les bactéries lactiques,
gelles péritriches et d’autres immobi- et la présence d’une activité ß-glucu-
Pseudomonas, Listeria, Yersinia),
les. Non sporulés, ils se multiplient en ronidase sont également caractéristi-
c’est-à-dire capables de se multiplier
à une température inférieure à 10°C. présence et en absence d’oxygène. Ils ques. Les E. coli sont sérotypées en se
Seul un dénombrement de germes possèdent un métabolisme respiratoire basant sur leurs 173 antigènes somati-
indicateurs plus spécifiques permet et fermentatif et produisent des acides, ques (O), 56 antigènes flagellaires (H)
de déterminer l’origine de la contami- et souvent du gaz, lors de la fermenta- et 80 antigènes capsulaires (K) (Feng,
nation. Dénombrés seuls, les germes tion de glucose et d’autres hydrates de 2001 ; Eslava et al., 2003).
aérobies totaux sont des agents indica- carbones.
teurs qui donnent peu d’informations. Étant l’espèce bactérienne anaérobie
Il s’agit d’un groupe biochimique- facultative prédominante dans l’intes-
ment et génétiquement apparenté, tin et les fèces, la présence d’E. coli
2.1.2. Pseudomonas présentant une grande hétérogénéité dans les aliments et l’eau est considé-
Le genre Pseudomonas est constitué du point de vue de son écologie, de rée comme une indication de contami-
de bacilles Gram négatifs, droits ou ses hôtes, et de son potentiel patho- nation fécale et, dès lors, l’indication
légèrement incurvés, ayant une taille gène pour l’homme, les animaux, d’une possible présence de microor-
de 0,5 à 1,0 µm sur 1,5 à 5,0 µm, aéro- les insectes et les plantes (Brenner, ganismes pathogènes d’origine fécale

80
(index). La contamination a lieu le diminution globale de la contamina- de surveillance FoodNet était pour
plus souvent lors de la production tion par Salmonella par rapport aux Salmonella et Campylobacter res-
et la transformation d’aliments crus années précédentes (European Food pectivement de 14,55 et 12,72 par
d’origine animale, ou indirectement, Safety Authority, 2006). 100.000 habitants (Centers for Disease
via la contamination de l’eau. E. coli Control and Prevention, 2006b).
peut être affecté par la dessication, la Dans l’ordre décroissant, les épi- Par rapport à la période de 1996 à
congélation et un pH bas de façon plus démies européennes ont ensuite 1998, on constate une diminution
rapide que certains agents pathogènes pour cause Yersinia enterocolitica, importante pour Yersinia (- 49 %,),
intestinaux (Feng, 2001 ; Ray, 2001 ; Listeria monocytogenes, E. coli pro- Campylobacter (- 30 %) et, dans une
Eslava et al., 2003). Dans les filières ducteurs de Shiga-toxines, Brucella et moindre mesure pour Salmonella
de production carnée, la principale Mycobacterium bovis (European Food (- 9 %). Au niveau des sérotypes de
source de contamination des denrées Safety Authority, 2006). Seuls 15 Etats Salmonella, seul S. Typhimurium est
alimentaires par E. coli est le tractus membres déclarent des épidémies en diminution (- 42 %), alors que l’in-
intestinal des animaux. Leur présence d’origine virale; leur nombre est donc cidence de S. Enteritidis a augmenté
correspond à un défaut de la techni- largement sous-estimé. Les calicivirus, de 25 % (Centers for Disease Control
que d’abattage, ou une contamination incluant surtout les norovirus, consti- and Prevention, 2006b).
croisée, mais peut également être due tuent la source la plus fréquente d’épi- En Australie, le nombre de gastro-
à une contamination par les personnes démies alimentaires non bactériennes entérites infectieuses a été estimé à
manipulant les denrées alimentaires. et sont responsables de la majorité des 0,92 épisode par personne et par an,
La contamination croisée et l’absence cas et hospitalisations. Les épidémies dont 0,29 auraient une origine alimen-
d’une étape de réduction importante décrites ont généralement lieu dans taire (Hall et al., 2005).
de la contamination bactérienne des des restaurants, services de restaura- Au Canada, le taux de gastroentérite
carcasses lors du processus d’abattage tion et institutions (écoles et maisons aiguë est estimé à 1,3 épisodes par
des volailles entraînent une contami- de repos). Une étude danoise (Helms personne et par an (Majowicz et al.,
nation souvent élevée dans cette filière et al., 2003) a montré qu’une infection 2004).
(Ray, 2001). due à Salmonella, Campylobacter,
Yersinia enterocolitica ou Shigella Le tableau I donne un aperçu chiffré
entraînait l’année suivante une mor- des différentes causes de toxi-infec-
2.2. Agents pathogènes responsa-
talité des personnes touchées 3,1 fois tions dans ces pays.
bles de toxi-infections d’origine
supérieure. Parmi les maladies asso-
alimentaire ciées aux aliments, Campylobacter a 2.2.2. E. coli
2.2.1. Principaux microorganismes l’impact le plus important en terme
Hôte normal présent en grand nombre
responsables de toxi-infections d’ori- de morbidité tandis que Salmonella
dans la flore intestinale de l’homme et
gine alimentaire cause le plus de mortalités (Adak et
des animaux, y compris les oiseaux,
al., 2005).
En Europe (24 états membres parti- certains E. coli sont cependant res-
cipants), les zoonoses transmissibles ponsables d’infections digestives ou
En Belgique, seul un épisode de
par les aliments les plus fréquemment extra-digestives. Il s’agit des E. coli
toxi-infection dû à des norovirus a
mises en évidence sont les campy- pathogènes parmi lesquelles les sou-
été rapporté (Verbelen et al., 2004).
lobactérioses et les salmonelloses ches entérohémorragiques – car la
Comme dans l’ensemble de l’Europe,
(European Food Safety Authority, principale maladie qu’elles provoquent
Campylobacter et Salmonella sont
2006). Elles ont, respectivement, aug- chez l’homme est la colite hémorragi-
les agents bactériens pathogènes les
menté de 7,8 % et diminué de 9,5 % que – ou EHEC dont le sérotype O157
plus fréquemment isolés des mala-
par rapport aux années précédentes est bien connu . Outre la colite hémor-
des, selon le système sentinelle de
(European Food Safety Authority, ragique, les EHEC peuvent causer de
surveillance des bactéries (Ducoffre,
2006). la diarrhée, le syndrome hémolytique
2006 ; National Reference Centre for
et urémique, et le purpura thrombo-
Salmonella and Shigella, 2006). Pour tique thrombocytopénique (Feng,
Les épidémies européennes d’origine la première fois en 2005, le nombre
alimentaire sont principalement pro- 2001 ; Ray, 2001). Leurs principaux
de cas de campylobactérioses (6.879 facteurs de virulence sont les shiga-
voquées par Salmonella avec comme cas en 2005, et 6.716 cas en 2004) a
origines les œufs et la viande de toxines Stx1 et Stx2, une intimine et
dépassé le nombre de cas de salmo- une entérohémolysine (Paton et Paton,
volaille, Campylobacter avec comme nelloses (9.543 cas en 2004 et 4.916
origine la viande de volaille, et par des 1998). Les infections sont le plus sou-
en 2005) (Ducoffre, 2006 ; National vent causées par la consommation de
virus ayant pour origines la consom- Reference Centre for Salmonella and viande de bœuf contaminée et insuf-
mation d’eaux de boissons, fruits et Shigella, 2006). Pour Campylobacter, fisamment cuite, mais peuvent éga-
légumes contaminés (European Food une grande variation entre les régions lement être dues à la consommation
Safety Authority, 2006). En 2005, jus- est observée : l’incidence moyenne d’eau, de lait cru, de fruits, légumes, à
qu’à 66 % des échantillons de viande en Flandre est de 81 cas par 100.000 des baignades, et à des contacts entre
de volaille fraîche analysés en Europe habitants, alors qu’elle est de 42 cas personnes... (Feng, 2001)
contenaient des Campylobacter. par 100.000 habitants en Wallonie
Salmonella a été mis en évidence dans (Ducoffre, 2006).
de la viande fraîche de volaille et de 2.2.3. Salmonella
porc (jusqu’à 18 % d’échantillons Aux USA, l’incidence de cas d’in- Salmonella appartient à la famille des
positifs) et des œufs de table (0 à 6 %). fections bactériennes mises en évi- Enterobacteriaceae. Les Salmonella
Dans ces derniers, on a constaté d’une dence en 2005 dans le cadre du réseau sont constituées de bacilles droits

81
TABLEAU I : Importances relatives des toxi-infections alimentaires

Pays Causes de toxi-infections

15 Etats membres (European Food Safety 196 des toxi-infections sont dues à des calicivirus et 86 à des rotavirus (cela représente
Authority, 2006) 6% des épidémies et 6.812 personnes affectées par an)
Irlande du Nord et République d’Irlande 0,6 épisode de gastroentérite aiguë sont constatés par personne et par an
(Scallan et al., 2004)
Pays-Bas (de Wit et al., 2001a; de Wit et al., 54 % des toxi-infections sont dues aux norovirus, 4 % à Salmonella, 2 % aux rotavirus,
2001b; Van Duynhoven et al., 2004) 1% à Campylobacter (affectent 28,3% des personnes par an)
Royaume-Uni (Adak et al., 2002; Adak et Les principaux agents causaux sont les norovirus, Campylobacter et Salmonella (affec-
al., 2005) tent 20% de la population)
France (Institut de veille sanitaire, 2004) les 3 principaux microorganismes responsables de toxi-infections d’origine alimentaire
sont les norovirus (70.000 cas estimés chaque année), Salmonella (plus de 30.000 cas
estimés par an), et Campylobacter (plus de 12.000 cas estimés par an)
Belgique (Ducoffre, 2006; National Reference En 2005, 6.879 cas de campylobactérioses (66 cas par 100.000 habitants), 4.916 de
Centre for Salmonella and Shigella, 2006) salmonelloses (45,2 % dues à S. Enteritidis, 33,7 % dues à S. Typhimurium), 427 toxi-
infections dues à Yersinia enterocolitica, 62 à Listeria monocytogenes, 47 à E. coli
O157
USA (Centers for Disease Control and 14,55 salmonelloses, 12,72 campylobactérioses et 0,36 yersinioses par 100.000 habi-
Prevention, 2006b) tants
24 Etats membres (European Food Safety 197.363 campylobactérioses (51,6 cas par 100.000 habitants) et 176.395 salmonelloses
Authority, 2006) en 2005 (38,2 cas par 100.000 habitants)

Gram négatifs, non sporulés, d’une Foods , 1996; Hanes, 2003; Krauss et le tractus reproducteur de la poule.
taille de 0,7 à 1,5 µm de large et de al., 2003). Après S. Typhimurium, au Les animaux atteints produisent des
2,0 à 5 µm de long, anaérobies facul- milieu des années 80, S. Enteritidis œufs contaminés au niveau du vitel-
tatifs. Les bacilles sont généralement est devenu le sérotype de Salmonella lus (jaune), de l’albumen (blanc), des
mobiles grâce à des flagelles péritri- le plus souvent rencontré, en raison membranes ou de la coquille, en rai-
ches. Ils produisent généralement des de sa transmission horizontale de la son d’une contamination de la coquille
acides et du gaz à partir de glucose et poule à l’œuf. Plus récemment, S. par des fientes ou une contamination
utilisent le citrate comme seule source Typhimurium DT104, hautement viru- de la partie interne de l’œuf lors de
de carbone. Ces bactéries croissent à lente et résistance à de multiples anti- son passage dans le tractus repro-
des températures situées entre 8°C et biotiques, a émergé en Europe et aux ducteur. D’autres sérotypes tels que
45°C, mais sont sensibles à la cha- USA. Ce microorganisme est ubiqui- Salmonella Typhimurium sont plus
leur (Le Minor, 1984 ; International taire dans l’environnement naturel. Sa fréquents chez les poulets de chair
Commission for the Microbi, 1996). présence chez les animaux de rente et et, dans une moindre mesure, dans
sur les végétaux est favorisée par l’éle- les autres filières de production de
Le genre Salmonella est divisée en vage intensif et l’utilisation d’engrais viande. La viande de porc et, de façon
2 espèces, S. enterica et S. bongori. organiques non traités pour fertiliser moins importante, la viande de bœuf
S. enterica est elle-même subdivi- les cultures (D’Aoust, 2001). sont les autres sources de contamina-
sée en 6 sous-espèces, dont les séro- tion les plus souvent rencontrées. Les
vars sont régulièrement rencontrés La pathogénicité des Salmonella non- produits végétaux peuvent également
chez l’homme, dans les produits de typhoïdiennes est due à leur résistance être une source de Salmonella en rai-
l’agriculture et les aliments. La sou- au pH acide de l’estomac, leur com- son de l’utilisation d’eau ou d’engrais
che-type de ce genre est S. enterica pétition avec la flore normale de l’in- contaminés (D’Aoust, 2001; De Buck
subsp. enterica serovar Typhimurium. testin grêle et à leur franchissement de et al., 2004).
Toutes les souches de Salmonella la barrière épithéliale pour proliférer
sont potentiellement pathogènes pour dans les plaques de Peyer et enva- 2.2.4. Yersinia enterocolitica
l’homme (D’Aoust, 2001; National hir les ganglions mésentériques. Elles
Reference Centre for Salmonella Le genre Yersinia comprend 11 espèces
peuvent également atteindre la circu- appartenant aux Enterobacteriaceae.
and Shigella, 2006). La sous-espèce lation sanguine et donner lieu à des
enterica est subdivisée en sérovars Il s’agit de bacilles Gram négatifs, non
abcès dans différents tissus, voire une sporulés, anaérobies facultatifs qui
ou sérotypes sur base des antigènes septicémie (International Commission
somatiques (0), capsulaires (Vi) et fermentent le glucose. Plus petites que
for the Microbiological Specifications la plupart des autres entérobactéries,
flagellaires (H), conformément au for Foods , 1996; Hanes, 2003).
schéma de Kauffmann-White. Plus elles apparaissent souvent comme des
de 2400 sérotypes sont décrits, mais coccobacilles lorsqu’elles se multi-
La volaille, et plus particulièrement plient à 37°C. Ce genre comprend 4
20.000 combinaisons sont possibles les œufs et les carcasses, est la source
en se basant sur ce schéma (Le Minor, espèces pathogènes bien caractérisées :
principale des cas humains de salmo- Yersinia pestis responsable des pestes
1984; International Commission for nellose. Salmonella Enteritidis est le
the Microbiological Specifications for bubonique et pulmonaire, Y. pseudo-
sérotype typiquement présent dans

82
tuberculosis pathogène des rongeurs à 0,5 µm de large et de 0,5 à 5 µm bactériose est due à l’ingestion d’ali-
et occasionnellement de l’homme, Y. de long. Les bacilles sont mobiles ments ou d’eau contaminée et donne
ruckeri provoquant des maladies chez grâce à un flagelle situé à une ou aux lieu à de la fièvre, de la diarrhée et de
les poissons d’eau douce, et Y. ente- deux extrémités de la cellule et ont fortes douleurs abdominales. La gué-
rocolitica, un pathogène intestinal. Y. un mouvement typique de tire-bou- rison a généralement lieu sans traite-
pseudotuberculosis et Y. enterocolitica chon. Campylobacter a un métabo- ment, après 2 à 6 jours. Des infections
sont les 2 agents pathogènes d’ori- lisme de type respiratoire et est micro- extra-intestinales sont décrites dans
gine alimentaire. Elles atteignent le aérophile, c’est-à-dire qu’il requière 1,5 cas/1.000 infections intestinales.
tractus gastro-intestinal de l’homme une concentration en oxygène entre Les conséquences peuvent en être
et provoquent des entérites, entéroco- 3 et 15 %. Certaines souches peuvent le syndrome de Guillain-Barré (une
lites, lymphadénites, et rarement des occasionnellement se multiplier dans polyneuropathie inflammatoire aigüe
infections extra-intestinales telles que des conditions d’aérobiose ou d’ana- résultant en une paralysie neuromus-
des arthrites. Y. enterocolitica est éga- érobiose. Ils sont incapables d’oxy- culaire) et le syndrome de Reiter (une
lement présente dans l’intestin d’ani- der ou de fermenter les sucres et sont arthropathologie impliquant de mul-
maux sains tels que des porcs, bovins, positifs au test de l’oxydase (Smibert, tiples articulations) (Hu et Kopecko,
chiens et chats (Krauss et al., 2003; 1984). 2003 ; Butzler, 2004).
Robin-Browne et Hartland, 2003).
Toutes les espèces de Campylobacter Campylobacter est fréquemment
L’espèce Y. enterocolitica est divisée se multiplient à 37°C, mais les présent dans le tractus intestinal des
en plusieurs sous-groupes suivant Campylobacter themophiles (C. jejuni, volailles, porcs et bovins, mais en
leur activité biochimique (biotype) et C. coli et C. lari) ont une meilleure raison des techniques d’abattage de
les antigènes O lipopolysaccharides croissance à 42°C et ne se multiplie cette espèce, la viande de volaille est
(sérotype) qu’ils portent. En Europe, pas à une température inférieure à la principale source de contamination
la grande majorité des souches respon- 25°C. Ces bacilles sont plus sensibles de l’homme (Humphrey et al., 2001 ;
sables d’infections chez l’homme sont aux conditions défavorables, telles que Jorgensen et al., 2002).
du sérotype 0:3, les autres étant du la dessication, la chaleur, l’acidité, les
sérotype 0:9. Les sérotypes O:8, O:5 désinfectants ou l’irradiation, que la 2.3. Toxi-infections alimentaires
et O:27 sont également impliqués dans plupart d’autres bactéries pathogènes
intestinales (Hu et Kopecko, 2003). 2.3.1. Sources des toxi-infections
des pathologies aux USA, Canada ou
Japon. Y. enterocolitica est psychro- Les différentes caractéristiques de bactériennes
trophe, c’est-à-dire capable de se mul- ces microorganismes ont pour consé- Une quantification de la contribution
tiplier à des températures inférieures à quence que des méthodes d’analyse des sources animales et alimentaires,
4°C. Sa température optimale de mul- spécifiques doivent être utilisées pour basée sur un modèle mathématique,
tiplication est cependant de 28-30°C leur recherche et dénombrement. a montré qu’au Danemark, les œufs
(Krauss et al., 2003; Robin-Browne et les porcs étaient les sources les
et Hartland, 2003). L’infection du tube C. jejuni et C. coli causent plus de plus importantes de salmonelloses
digestif a pour origine l’adhésion et 95 % des campylobactérioses. Il s’agit domestiques (Hald et al., 2004). Au
l’invasion des cellules de la lumière d’une zoonose. Le réservoir en est le Royaume-Uni, les aliments à l’ori-
intestinale (International Commission tractus intestinal des animaux domes- gine des gastroentérites aiguës sont le
for the Microbiological Specifications tiques et sauvages, particulièrement plus fréquemment le poulet et les œufs
for Foods , 1996). les oiseaux (Smibert, 1984 ; Butzler, (Parry et al., 2002 ; Flint et al., 2005) ;
2004). La transmission a lieu générale- le bœuf, l’agneau et le porc contri-
Y. enterocolitica est présente chez une ment par la consommation d’aliments buent de façon importante à la morta-
grande variété d’animaux, aliments et (viande de volaille insuffisamment lité (Adak et al., 2005). Le poulet est
eaux, mais les porcs sont le principal cuite), d’eau, des contacts directs ou une source reconnue d’épidémies à
réservoir des biosérotypes pathogènes la manipulation d’animaux infectés Campylobacter (Mazick et al., 2006).
pour l’homme. La plupart des souches (animaux de boucherie et de compa- D’autres types d’aliments d’origine
isolées d’autres sources ne sont pas gnie) (Hu et Kopecko, 2003). Le nom- animale sont également contaminés
pathogènes pour l’homme. La région bre d’infections à Campylobacter est par Campylobacter, comme le foie
des amygdales de porcs est une niche clairement plus élevé en été, où plus de mouton (66,2 %) (Cornelius et
écologique ayant une haute incidence de 40 % des cas humains ont pour al., 2005), la viande crue de bœuf
de Y. enterocolitica. Au niveau des origine la volaille, et 20 % une origine (3,2 %), de porc (5,1 %), de mouton
filières de production carnée, une non alimentaire. Cela a été confirmé (11,8 %), les huîtres (2,3 %) et le lait
contamination est souvent due à un lors de la crise de la dioxine qui avait cru (1,6 %) (Whyte et al., 2004). Des
défaut d’hygiène au stade de l’abat- donné lieu au retrait du marché de épidémies de salmonellose dues à de
tage (International Commission for tous les produits de volailles en été la viande de bœuf ont également été
the Microbiological Specifications for 1999 en Belgique (Vellinga et Van décrites (Centers for Disease Control
Foods , 1996). Loock, 2002). and Prevention, 2006a).

Les mécanismes de virulence de La source principale de ces toxi-infec-

2.2.5. Campylobacter Campylobacter ne sont pas encore tions est donc l’alimentation d’ori-
Le genre Campylobacter est constitué bien connus. Ils auraient comme com- gine animale. Ces différents agents
de fins bacilles Gram négatifs incur- posantes des toxines, l’adhérence, la bactériens peuvent être des bactéries
vés en spirale, non sporulés, parfois mobilité, la capacité de capter le fer zoonotiques, c’est-à-dire qu’ils sont
en forme de S, d’une taille de 0,2 et l’invasion bactérienne. La campylo- susceptibles de se transmettre natu-

83
rellement des animaux à l’homme. casses à l’abattoir. Une étude réalisée nation des carcasses de poulets par
Il s’agit principalement de microor- dans un système belge de production Salmonella était plus élevée dans les
ganismes présents dans le tractus intégrée de porc, a montré une préva- échantillons congelés et prélevés chez
gastro-intestinal des bovins, porcs et lence de Salmonella dans des échan- les bouchers locaux, par rapport à ceux
volailles. La technique d’abattage, la tillons de fèces inférieure au stade de des détaillants et les carcasses fraîches
contamination croisée des carcasses l’engraissement (5,6 %) par rapport (Meldrum et al., 2005). Alors que la
à l’abattoir, mais également des vian- à l’abattoir (47,3 %), tandis que les prévalence de Campylobacter dans le
des lors de la transformation, voire écouvillons de carcasses étaient posi- poulet est stable chez les détaillants
de la distribution, peuvent entraîner tifs dans 11,2 % des cas (Korsak et entre 2001 et 2004, le prévalence de
une contamination du produit final. al., 2003). Salmonella diminue pendant cette
En Thaïlande, une étude simultanée période (Meldrum et al., 2006). En
réalisée à la ferme, à l’abattoir et sur Par contre, chez la volaille, aucune Belgique, des analyses réalisées sur
le marché a montré une contamina- étape d’abattage n’a de tels effets. des carcasses et produits de volailles
tion par Campylobacter de, respecti- Une étude belge réalisée entre 1998 dans un dépôt de supermarché ont
vement, 64 %, 38 % et 47 % pour les et 2000 (Heyndrickx et al., 2002) montré une contamination respec-
poulets, et de 73 %, 69 % et 23 % pour a montré que la transmission hori- tive par Salmonella, Campylobacter
les porcs. Chez les vaches laitières et zontale de Salmonella entre poulets et Listeria monocytogenes de 36,5 %,
dans le lait cru, le taux était respecti- de chair lors de l’engraissement, et 28,5 % et 38,2 % (Uyttendaele et al.,
vement de 14 % et 5 % (Padungtod et entre carcasses à l’abattoir est le prin- 1999). En Afrique du Sud, ce pour-
al., 2002). cipal facteur déterminant la conta- centage s’élevait à, respectivement,
mination du produit final. En ce qui 19,2 %, 32,3 % et 19,2 % pour des
Dans des abattoirs de porcs, une étude concerne Campylobacter, plusieurs carcasses de poulets provenant du
belge (Botteldoorn et al., 2003) a études belges ont montré une forte commerce de détail (van Nierop et
montré que la contamination croisée contamination des poulets présentés à al., 2005). Le tableau II donne un
par Salmonella est responsable de l’abattoir (72 %), contamination s’ac- aperçu chiffré de la prévalences de
29 % des carcasses positives et que centuant lors du transport et de l’abat- Salmonella et Campylobacter dans les
25 % des échantillons d’environne- tage (79 %) (Rasschaert et al., 2006 ; denrées alimentaires dans ces pays.
ment de l’abattoir étaient contaminés Rasschaert et al., 2007). En effet,
avant le début des activités. La tech- lorsqu’un lot de poulets a un statut 2.3.2. Index et indicateurs de conta-
nique d’abattage des espèces porcine Campylobacter positif, aucun abattoir mination fécale
et bovine comporte cependant des ne peut éviter la contamination des
étapes de diminution de la contami- carcasses, et certains lots négatifs don- L’implication des denrées alimentaires
nation bactérienne, à savoir, respec- nent lieu à des carcasses contaminées d’origine animale dans nombre de toxi-
tivement, le flambage et l’écorchage. (Herman et al., 2003). Cette conta- infections d’origine alimentaire néces-
Ces techniques permettent de limiter mination est observée dans d’autres site leur surveillance. Cependant, les
les effets de la contamination croisée. pays, comme par exemple en Hongrie procédures d’isolement et confirma-
Au Royaume-Uni, un portage sain de où une étude a observé que 93,3 % des tion des microorganismes pathogènes
Salmonella a été observé chez 23,0 % poulets vivants étaient contaminés par qui en sont responsables comportent
des porcs au niveau du caecum, tandis Campylobacter à l’abattoir, ce taux plusieurs étapes qui prennent un temps
que 5,3 % des carcasses de ces mêmes s’élevant à 100 % à la fin de la ligne relativement long et sont coûteuses.
animaux étaient contaminés (Davies et de production (Jozwiak et al., 2006). Le dénombrement de certains grou-
al., 2004). Chez le bovin, seuls 0,2 % pes ou espèces de bactéries d’origine
des échantillons caecaux étaient conta- Au stade de la distribution, des intestinale est une alternative étant
minés. Une étude australienne (Fegan taux élevés de contamination par donné que la source principale des
et al., 2005) a mis en évidence une Campylobacter sont également obser- microorganismes pathogènes est le
contamination bovine par Salmonella vés pour les volailles, mais égale- tube digestif d’animaux domestiques.
de 68 % dans les toisons, 26 % dans ment dans d’autres échantillons. Dans Lorsque la présence d’un certain nom-
les matières fécales, et 3 % sur les car- une étude britannique, la contami- bre de ces bactéries dans des aliments
indique la présence probable d’agents

TABLEAU II : Taux de contamination des denrées alimentaires par Campylobacter et Salmonella au stade de la
distribution

Prévalence de Prévalence de
Pays Type d’échantillon
Salmonella Campylobacter
Chili (Fernándes et Pisón, 1996) foies de poulets congelés 92,90 %
Royaume-Uni (Meldrum et al., 2005) viande poulet 77,30 %
Royaume-Uni (Meldrum et al., 2005) carcasses de poulet 73,10 % 5,70 %
Royaume-Uni (Kramer et al., 2000) foies d’agneau 75 %
Royaume-Uni (Kramer et al., 2000) foies de bœuf 49 %
Belgique (Uyttendaele et al., 1999) carcasses et produits de volaille 28,50 % 36,50 %
Afrique du Sud (van Nierop et al., 2005) carcasses de poulet 32,30 % 19,20 %

84
pathogènes ayant une écologie sem- bre d’index correspond éventuelle- 1993 ; Hansson, 2001 ; Berrang et al.,
blable, on parle d’index (par exemple, ment à la présence d’un grand nombre 2002 ; McEvoy et al., 2004 ; Hutchison
E. coli). Lorsque leur présence signale d’agents pathogènes dans l’aliment, et al., 2006).
simplement le non-respect des bonnes suite à une forte contamination fécale
pratiques, on utilise plutôt le terme au départ, ou suite à une multiplica- Aux stades de la transformation et
indicateur (Briand, 2007). tion importante lors de sa conservation de la distribution, les échantillons de
(Ray, 2001). viande font également l’objet de nom-
Les index d’agents pathogènes d’ori- De nombreux index ont été décrits. breuses études visant à évaluer leur
gine intestinale seront appelés index Aucun ne répond à l’ensemble des qualité microbiologique, par le biais
de contamination fécale. La présence critères. Entre la quantité d’index et du dénombrement d’index ou indica-
d’autres microorganismes, tels que d’agents pathogènes, il n’y a pas de teurs qui sont souvent E. coli et les
les staphylocoques et Bacillus cereus, relation de proportionnalité constante germes aérobies totaux (Scanga et al.,
dans les denrées alimentaires n’est pas et universelle. Les agents pathogènes 2000 ; Berrang et al., 2001 ; Duffy et
considérée comme étant due à une peuvent être absents même lorsqu’un al., 2001 ; Phillips et al., 2001 ; Zhao
contamination fécale. Bien qu’ayant dépassement du nombre d’index est et al., 2001 ; Elson et al., 2004), avec
un réservoir digestif, certaines autres observé ou présents sans dépassement éventuellement les coliformes totaux
espèces comme Clostridium botulinum du seuil de l’index (Briand, 2007). Pour ou les entérobactéries (Scanga et al.,
et Clostridium perfringens produisent les carcasses d’animaux de boucherie, 2000 ; Berrang et al., 2001 ; Elson et
des spores qui survivent longtemps les E. coli et germes aérobies totaux al., 2004).
dans l’environnement, alors que les constituent les index ou indicateurs
germes pathogènes associés ont dis- choisis par la majorité des auteurs, mais 3. Plans de surveillance
paru. Ces germes ne conviennent les coliformes totaux, les entérobacté- des microorganismes
donc pas comme index des principaux ries, les Pseudomonas, les staphyloco- dans les denrées
agents pathogènes bactériens d’ori- ques coagulase positive sont également alimentaires
gine digestive (Ray, 2001). dénombrés en tant qu’index ou indica-
teur, comme le montre les tableaux III
3.1. Plans de surveillance des
L’index idéal des bactéries pathogènes et IV. Bifidobacterium a également été denrées alimentaires d’origine
intestinales doit répondre à de plu- proposé comme indicateur de contami- animale
sieurs critères. Il doit (i) appartenir à nation fécale étant donné sa présence De nombreux plans de surveillance
une espèce ou quelques espèces ayant en grande quantité dans le tube digestif ont été mis en place dans les abattoirs,
des caractéristiques les rendant identi- des animaux et de l’homme (Beerens, ateliers de transformation et détaillants
fiables, (ii) être d’origine intestinale de 1998 ; Delcenserie et al., 2002). Seuls de carcasses et viande de bovins, por-
telle sorte que sa présence rend celle certains sont des index au sens premier cins et volailles. Les tableaux V et VI
des agents pathogènes d’origine intes- du terme ; les autres sont des indica- résument les objectifs et techniques
tinale possible, (iii) être non pathogène teurs permettant de détecter d’autres d’échantillonnage de 14 études.
de telle sorte que sa manipulation au défauts d’hygiène.
laboratoire ne demande pas de pré- Leur objectif principal est souvent de
cautions particulières, (iv) être présent Aux USA, les E. coli, les germes disposer de données microbiologiques
en nombre important dans les matiè- aérobies totaux, les coliformes totaux, nationales dans une filière ou un type
res fécales pour être détectable lors- et parfois les entérobactéries sont de produit pour les flores indicatri-
qu’un aliment est contaminé, même dénombrés sur les carcasses de bœufs ces, index, d’altération ou des agents
faiblement, (v) être dénombré par et de porcs à l’abattoir (Sofos et al., pathogènes. Les carcasses, viandes et
une méthode d’analyse simple, rapide 1999 ; Bacon et al., 2000 ; Ingham et éventuellement l’équipement d’abat-
et économique, pour libérer le pro- Schmidt, 2000 ; Arthur et al., 2004 ; tage sont échantillonnés. En outre,
duit rapidement et analyser plusieurs Eblen et al., 2005), tout comme en un objectif complémentaire est sou-
échantillons d’un même lot, (vi) être Australie et à Taiwan (Sumner et al., vent décrit. Il s’agit de déterminer
confirmé par une méthode d’identifi- 2003 ; Yeh et al., 2005). Les E. coli, les l’évolution de la situation microbio-
cation rapide faisant appel par exem- coliformes totaux et les entérobactéries logique suite à une intervention (par
ple à des techniques de biologie molé- sont dénombrées sur les carcasses de exemple pour vérifier l’efficacité de
culaire, (vii) être dénombré même volaille (Cason et al., 2004 ; Eblen et la mise en place de plans HACCP
en présence d’un grand nombre de al., 2005 ; Smith et al., 2005). qui est une méthodologie d’identi-
microorganismes associés, (viii) avoir fication et d’évaluation des dangers
les mêmes caractéristiques de survie En Europe, les entérobactéries et ger- associés aux différentes étapes d’une
et croissance que les microorganismes mes aérobies totaux sont généralement production dans le but de définir les
pathogènes intestinaux de telle sorte utilisés comme index ou indicateur moyens nécessaires à leur maîtrise),
qu’il soit détectable dans un aliment pour les carcasses de bœufs, porcs de déterminer l’effet du type d’éta-
contenant encore les agents pathogè- et volailles à l’abattoir (Mead et al., blissement (en fonction de sa taille,
nes, (ix) avoir la même sensibilité aux 1993 ; Murray et al., 2001 ; McEvoy et la technique d’éviscération de l’abat-
stress physiques ou chimiques que les al., 2004 ; Byrne et al., 2005 ; Miraglia toir, la chaîne de supermarché), de la
agents pathogènes, (x) être présent ou et al., 2005 ; Pearce et Bolton, 2005 ; saison, de l’origine de la viande, de
absent d’un aliment quand les agents Hutchison et al., 2006). Les E. coli et comparer ou développer des méthodes
pathogènes le sont également, (xi) être les coliformes totaux sont également d’échantillonnage, ou de comparer la
en quantité proportionnelle par rapport dénombrés dans certaines études, de situation nationale par rapport à la
au nombre d’agents pathogènes poten- même que les Pseudomonas pour les réglementation européenne. D’autres
tiellement présents : un grand nom- carcasses de volaille (Mead et al., études visaient à établir des critères

85
TABLEAU III : Flores bactériennes, méthodes d’analyse et d’échantillonnage utilisées pour les carcasses de bœufs,
porcs et volailles à l’abattoir

Type Méthode
Bactéries Méthode d’analyse Pays
d’échantillon d’échantillonnage
carcasses de bœuf (Sofos et al., E. coli, germes aérobies totaux FSIS excision USA
1999) et coliformes totaux, Salmonella
carcasses de bœuf (Ingham et E. coli présumés, entérocoques Pétrifilm (EC), DMG (EnC) éponges USA
Schmidt, 2000)
carcasses de bœuf (Arthur et entérobactéries, germes aérobies Bactometer ou Pétrifilm (GAT, éponges USA
al., 2004) totaux, E. coli O157 EnT), NPP (EC O157)
carcasses de bœuf (Bacon et al., E. coli, germes aérobies totaux Pétrifilm (EC), DMG-PCA-35° éponges USA
2000) et coliformes totaux (GTA)
carcasses de bœufs, porcs, din- E. coli, Salmonella FSIS (EC), PR/HACCP (SLM) éponges USA
des, oies (Eblen et al., 2005)
carcasses de poulets (Cason et E. coli, entérobactéries et coli- DMG-VRBG (EnT), Pétrifilm rinçage et peau USA
al., 2004) formes totaux, Campylobacter (CT, EC), DMG-Campy-Cefex
(dénombrement) agar (CAM)
carcasses de poulets (Smith et E. coli, coliformes totaux, Pétrifilm (CT et EC), DMG- rinçage USA
al., 2005) Campylobacter et Salmonella BG Sulfa agar (SLM), DMG-
(nalidixic acid-resistant Campy-Cefex agar (CAM)
Salmonella)
carcasses de porcs (Yeh et al., E. coli, FSIS (GAT, EC), AOAC (CAM) éponges Taiwan
2005) germes aérobies totaux, colifor-
mes totaux
Staphylococcus aureus,
Clostridium perfringens,
Salmonella, Campylobacter et
Listeria monocytogenes
carcasses de porcs (Rho et al., germes aérobies totaux, FDA BAM écouvillon stérile Corée
2001) Staphylococcus aureus,
Clostridium perfringens,
Salmonella et
Yersinia enterocolitica
carcasses de bœufs et chèvres E. coli et germes aérobies totaux Pétrifilm (GAT, EC) éponges Australie
(Sumner et al., 2003)
carcasses de bœuf (McEvoy et E. coli, coliformes totaux, enté-
DMG-PCA-25° (GAT), DMG- cotons-tiges (dans MRD) Irlande
al., 2004) robactéries et germes aérobies chromocult coliform agar (EC) ,
totaux DMG-VRBGA-37° (EnT)
carcasses de bovins et ovins entérobactéries et germes aéro-DMG-PCA-25° (GAT), DMG- excision et éponges (éponges Irlande
(Byrne et al., 2005) bies totaux VRBGA-37° (EnT) dans MRD)
carcasses de bœuf, porc et entérobactéries et germes aéro-DMG-PCA-25° (GAT), DMG- excision et éponges (éponges Irlande
agneau (Pearce et Bolton, 2005) bies totaux VRBGA-37° (EnT) dans MRD)
carcasses de bœufs (Murray et entérobactéries, germes aérobies
DMG-Nutrient-37° (GAT), 6 écouvillons différents (dont Irlande du
al., 2001) totaux, levures et moisissures DMG-VRBG-37° (EnT), DMG coton et commerciaux et 2 types Nord
(LeM) d’éponges)
carcasses de poulets, dindes entérobactéries, germes DMG-PCA-30° (GAT), peau du cou Royaume-Uni
(Mead et al., 1993) aérobies totaux, coliformes DMG-VRGA-37°, DMG-
totaux ou Pseudomonas, Pseudomonas Agar (Ps), DMG
Staphylococcus aureus (SA)
carcasses de poulets (Berrang et E. coli, coliformes totaux, ger- Pétrifilm (CT, EC), DMG-PCA- rinçage de la carcasse entière ou Royaume-Uni
al., 2002) mes aérobies totaux, coliformes 37° (GAT), DMG-Campy-Cefex écouvillons de toute la carcasse
totaux, Campylobacter agar (CAM) (éponges et PBS)
carcasses de poulets, dindes entérobactéries, germes aérobies DMG-PCA-30° (GAT, ISO peau du cou (MRD) et rinçage Royaume-Uni
(Hutchison et al., 2006) totaux, Pseudomonas, E. coli 4833), DMG-VRBGA-37° de la carcasse entière
(EnT, ISO 5552), DMG-tryp-
tone bile X-glucuronide agar
(EC), DMG-CFC (Ps)
carcasses de bœufs et porcs E. coli présumés, germes aéro- DMG-PCA-30° (GAT), DMG- écouvillons en coton stérile Suède
(Hansson, 2001) bies totaux, coliformes totaux, Baird-Parker-37° (SA), DMG- (avec PS)
staphylocoques coagulase VRBA-37° (CT), DMG-VRBA-
positive 44° (EC)
carcasses de bœuf et de porc entérobactéries et germes aéro- DMG-PCA-37° (GAT), DMG- excision et écouvillonnage Italie
(Miraglia et al., 2005) bies totaux VRBG-37° (EnT) humide et sec
carcasses de porcs (Bonardi et Salmonella, DMG-SC-RV (SLM, ISO 6579), écouvillons Italie
al., 2003) Yersinia enterocolitica, E. coli méthode Zeng et Xie (Yer),
0157 séparation immunomagnétique
(EC O157)
carcasses de porcs (Botteldoorn Salmonella MRT-RV et MRMS-Diasalm écouvillons Belgique
et al., 2003) (SLM)

86
TABLEAU IV : Flores bactériennes, méthodes d’analyse et d’échantillonnage utilisées pour les viandes de bœufs,
porcs et volailles au stade de la transformation et de la distribution

Méthode d’échan-
Type d’échantillon Bactéries Méthode d’analyse Pays
tillonnage
viande de découpe et de la viande E. coli, germes aérobies totaux et Pétrifilm (GAT, EC, CT), DMG- 500 g USA
hachée de bœuf (Scanga et al., coliformes totaux, Salmonella et Baird Parker (SA), FSIS (SLM),
2000) Listeria monocytogenes MRT-UVM (LMO)
morceaux de découpe de poulets E. coli, germes aérobies DMG-PCA-35° (GAT), Pétrifilm peau ou morceau de USA
(Berrang et al., 2001) totaux, coliformes totaux et (EC, CT), DMG-Campy-Cefex viande (si sans peau)
Campylobacter agar (CAM)
produits de porc : muscles entiers, E. coli, germes aéro- FSIS 300 g USA
viande hachée, saucisse de porc, bies totaux, Salmonella,
viande marinée (Duffy et al., 2001) Listeria monocytogenes,
Campylobacter et
Yersinia enterocolitica
viandes crues de poulet, dinde, E. coli, Campylobacter et FDA-BAM unité d’emballage : rin- USA
porc et bœuf (carcasses de poulet, Salmonella çage de l’échantillon
filet de dinde, steaks de bœuf,
découpe de porc) (Zhao et al.,
2001)
viande de bœuf (Phillips et al., E. coli et germes aérobies totaux MRT (EC 0157), DMG-Baird prélèvement de parties Australie
2001) Salmonella, staphylocoques coagu- Parker (SA), MRT-SC-RV (SLM) congelées : 100 g
lase positive et E. coli O157:H7
viandes prêtes à la consommation E. coli, germes aérobies totaux HPA 100 g Royaume-Uni
et de pâtés (Elson et al., 2004) et entérobactéries, Salmonella ,
Campylobacter et Listeria mono-
cytogenes
Carcasses et produits de pou- Salmonella MRT-RV (SLM) peau ou morceau de Belgique
lets (découpe, préparations) viande (si sans peau)
(Uyttendaele et al., 1998)

Légende des tableaux III et IV HPA : méthode de la Health Protection Agency (pour CAM : bolton,
AOAC : méthode AOAC pour la recherche de Campylobacter (milieux HEB CCDA)
+ MCCD agar) LeM : levures et moisissures
CAM : recherche ou dénombrement de Campylobacter LMO : Listeria monocytogenes
CT : dénombrement des coliformes totaux MRD : maximum recovery diluant
DMG : dénombrement sur milieu gélosé MRSM : méthode de recherche utilisant un milieu semi-solide
DMG-x-y° : dénombrement sur milieu gélosé en utilisant le milieu x incubé MRSM-x : méthode de recherche utilisant le milieu semi-solide x
à la température y MRT : méthode de recherche traditionnelle
EC O157 : recherche d’E. coli O157 MRT-x : méthode de recherche traditionnelle en utilisant le milieu x
EC : dénombrement d’E. coli NPP : dénombrement par la technique du nombre le plus probable
EnC : dénombrement d’entérocoques Pétrifilm : méthode de dénombrement sur milieu commercial Pétrifilm (3M
EnT : dénombrement des entérobactéries Health Care, St Paul, USA)
FDA BAM : méthode du Bacteriological Analytical Manual de la FDA PR/HACCP : méthode officielle des USA (Federal Register)
(Food and Drug Association) des USA Ps : dénombrement de Pseudomonas spp
FSIS : méthode officielle du Food and Safety and Inspection Service RV : milieu Rappaport-Vassiliadis
(FSIS) de l’U.S. Department of Agriculture (USDA), (méthode utilisant les SA : dénombrement de Staphylococcus aureus
Pétrifilm pour le dénombrement d’E. coli - tetrathionate, RV pour la recher- SC : milieu sélénite-cystine
che de Salmonella) SLM : recherche de Salmonella
GAT : dénombrement de germes aérobies totaux Yer : recherche de Yersinia enterocolitica

de performances, à vérifier si l’utilisa- 237 à 4078 échantillons de viandes ont ner le statut d’un troupeau vis-à-vis
tion de bactéries indicatrices ou index été prélevés dans 8 à 1658 établisse- de Salmonella ou Campylobacter
était appropriée, ou à déterminer la ments, ou au niveau du centre de distri- (Korsak et al., 2003 ; Hofshagen et
contribution des différentes sources de bution d’une chaîne de distribution. Les Kruse, 2005 ; Van Overbeke et al.,
contamination des carcasses. prélèvements sont parfois réalisés par 2006).
Les modalités d’échantillonnage les services d’inspection compétents.
varient de façon importante en fonc- À chacune des étapes des filières de
tion des études. Les articles scientifi- 3.2. Méthodes d’échantillonnage production de viande, la contamina-
ques repris dans le tableau V montrent tion bactérienne de l’environnement
que 36 à 21.492 échantillons ont été 3.2.1. Echantillonnage de l’environ- peut être contrôlée pour vérifier les
prélevés dans 1 à 735 abattoirs (corres- nement et des animaux procédures de nettoyage et désinfec-
pondant à l’ensemble des abattoirs des En exploitation, des échantillons tion, mais également pour apprécier la
USA sous inspection fédérale) sur une d’aliments pour animaux, de matières contamination du matériel par les ani-
période de une semaine à 18 mois. fécales, de poussières, de surchaus- maux ou la viande lors de leur manipu-
Au stade de la transformation et de la sures sont prélevés ou un monitoring lation. Des écouvillons, des boîtes de
distribution, le tableau VI montre que sérologique est réalisé pour détermi- contacts, des tests d’ATPmétrie ou de

87
TABLEAU V : Objectifs et échantillonnage utilisées pour les carcasses de bœufs, porcs et volailles à l’abattoir
Type d’échantillon Objectif Echantillonnage Pays
Viande de bœuf (Phillips Déterminer la qualité microbiologi- - n = 1275 Australie
et al., 2001) que de la viande et comparer avec - lieux : 28 abattoirs (grands et moyens : 200-300 animaux/jour) dans tous
une étude précédente les états d’Australie et représentant la production bovine statistiquement
+ 31 très petits abattoirs (> 150 animaux/semaine)
- période : juin-novembre 1998
- prise d’échantillons : les mardi, mercredi et jeudi, 28-39 échantillons
prélevés à chaque visite (1-20 pour les très petits abattoirs) et 1 visite par
abattoir
carcasses de bœuf (Sofos Statut microbiologique des carcas- - n = 3780 USA
et al., 1999) ses de bœuf aux USA en 1995 et - lieux : 7 établissements situés dans 6 états
1996 et déterminer l’effet de la sai- - période : novembre 1995 - janvier 1996 et mai 1996 - juin 1996
son (sèche – humide) - prise d’échantillons : 270 échantillons prélevés dans chaque établissement
à chaque visite et 2 visites par établissement
carcasses de bœuf Déterminer l’incidence des microor- - n = 79 carcasses USA
(Ingham et Schmidt, ganismes sur les carcasses de bovins - lieux : 1 petit abattoir
2000) et l’équipement d’abattage - période : février 1999 - juin 1999
- prise d’échantillons : 6 échantillons prélevés par abattoir par semaine
carcasses de bœufs, porcs, Disposer de données microbiologi- - n = 1881 échantillons de bovins et 2127 de porcs USA
dindes, oies (Eblen et al., ques nationales - lieux : tous les établissements sous inspection fédérale pour l’abattage de
2005) bovins et de porcs (environ 735 et 680)
- période : juin 1997 - mai 1998 (52 semaines)
- prise d’échantillons : les établissement étaient sélectionnés au hasard sur
base de leur production annuelle
carcasses de porcs (Yeh et Construire des bases de données - n = 1650 (pour indicateurs) et 1038 (pour pathogènes) Taiwan
al., 2005) pour établir la situation pour les - lieux : 39 établissements situés dans 16 comtés de Taiwan
carcasses de porc et évaluer l’effet - période : novembre 1995 - janvier 1996 et mai 1996 - juin 1996
« abattoir » - prise d’échantillons : 10 échantillons prélevés dans chaque établissement à
chaque visite et 2 à 3 visites par établissement par an
carcasses de bœufs et Surveillance microbiologique des - n = 159 de bovins Australie
chèvres (Sumner et al., carcasses dans les abattoirs de l’état - lieux : 4 des 5 abattoirs moyens ou grands et 13 des 41 très petits abattoirs
2003) et les très petits abattoirs, et modi- situés dans une région géographiquement définie
fications de l’hygiène de la viande - période : 1 semaine en mars 2002
après 5 ans d’HACCP - prise d’échantillons : 1 visite par établissement
carcasses de bœuf Examiner la contamination micro- - n = 36 Irlande
(McEvoy et al., 2004) bienne de carcasses de bœufs et - lieux : 1 abattoir
comparer par rapport aux critères de - période : 12 mois
la directive 2001/471/CE - prise d’échantillons : au niveau de 8 stades d’abattage
carcasses de bœufs Développer une méthode d’échan- - n = 420 Irlande
(Murray et al., 2001) tillonnage non destructive et déter- - lieux : les 7 principaux abattoirs de bovins du Nord
miner la qualité microbiologique de - période : 9 mois
carcasses de bovins - prise d’échantillons : 20 échantillons de carcasses sélectionnées au hasard
prélevés à chaque visite et 3 visites par abattoir
carcasses de poulets, din- Surveillance pour déterminer l’ex- - n = 60 (poulets) 15 (dindes) Grande-
des (Mead et al., 1993) tension de la contamination micro- - lieux : 4 abattoirs de poulets et 1 de dindes Bretagne
biologique des carcasses (germes - période : 5 mois
totaux aérobies, germes fécaux et - prise d’échantillons : 5 échantillons prélevés à chaque visite et 3 visites
d’altération) par abattoir
carcasses de bovins Etablir des critères de performan- - n = 21.492 bovins Australie
(Vanderlinde et al., 2005) ces dans les abattoirs sur base du - lieux : plus de 36 abattoirs
monitoring d’E. coli et Salmonella - période : janvier 2000 - juin 2001 (18 mois)
(ESAM) imposé par l’Australian - prise d’échantillons : -
Quarantine and Inspection Services
(AQIS)
carcasses de poulets, Déterminer s’il est approprié d’uti- - n = environ 780 (60 pour comparer les méthodes) Grande-
dindes (Hutchison et al., liser des populations de bactéries - lieux : 1-18 abattoirs en fonction de l’objectif Bretagne
2006) indicatrices pour la vérification - période : février 2003 - février 2004
des processus et comparaison de 2 - prise d’échantillons : 15 échantillons prélevés par visite (une fois par
méthodes d’échantillonnage semaine) ; pour comparaison des méthodes d’échantillonnage : 20 échan-
tillons prélevés par visite (2 jours différents par semaine)
carcasses de bœufs et Déterminer l’incidence de diffé- - n = 200 bovins et 200 porcs Suède
porcs (Hansson, 2001) rentes bactéries sur les carcasses - lieux : 8 abattoirs de bovins et 8 abattoirs de porcs (dont 4 de faible capa-
et comparer les abattoirs de faible cité choisis au hasard et 4 de grande capacité sélectionnés parmi les plus
ou grande capacité et la technique grands producteurs)
d’éviscération - période : 1998
- prise d’échantillons : 25 carcasses prélevées par abattoir lors d’au moins
3 visites
Carcasses de porcs Déterminer le portage de Salmonella, - n = 150 Italie
(Bonardi et al., 2003) Yersinia enterocolitica et E. coli - lieux : 2 grands abattoirs dans le nord de l’Italie
O157 à l’abattoir et le taux de conta- - période : décembre 1999 - décembre 2000
mination des carcasses - prise d’échantillons : lors de 23 visites
Carcasses de porcs Contribution des différentes sources - n = 53 Belgique
(Botteldoorn et al., 2003) de contamination des carcasses de - lieux : 5 abattoirs (300-600 porcs/heure) dans l’ouest de la Belgique
porcs par Salmonella - prise d’échantillons : 2 échantillons prélevés à chaque visite et 3 visites
par abattoir

88
TABLEAU VI : Objectifs et échantillonnage utilisés pour les viandes de bœufs, porcs et volailles au stade de la
transformation et de la distribution
Type d’échantillon Objectif Echantillonnage Pays
viande de découpe et Contamination microbienne : com- 8 établissements d’emballage/hachage USA
viande hachée de bœuf paraison des différents origines de 19 emballages individuels, 237 échantillons de découpe et 284 échan-
(Scanga et al., 2000) viande hachée (contenu en graisse, tillons de viande hachée
type et origine des bovins)
produits de porc : muscles Evaluer la contamination microbiolo- - n = 384 échantillons (commerces) USA
entiers, viande hachée, gique de produits de porcs au niveau - lieux : 24 magasins situés dans 6 villes
saucisse de porc, viande de la transformation et du commerce - période : novembre 1995 - janvier 1996 et mai 1996 - juin 1996
marinée (Duffy et al., de détail - prise d’échantillons : 4 échantillons de chaque type de produits a été
2001) prélevé dans chaque magasin sur une période de 2 jours
viandes crues de poulet, Déterminer la prévalence de - n = 882 USA
dinde, porc et bœuf (car- Campylobacter, Salmonella, E. coli - lieux : magasins de détail et 4 chaînes de supermarchés
casses de poulet, filet de et associer la prévalence avec le type - période : juin 1999 - juillet 2000 (14 mois)
dinde, steaks de bœuf, de production, la saison, la chaîne de - prise d’échantillons : le lundi, 8 échantillons prélevés dans 4 maga-
découpe de porc) (Zhao et supermarché sins choisis au hasard
al., 2001)
Viande de bœuf (Phillips Déterminer la qualité microbiologique - n = 990 Australie
et al., 2001) de la viande et comparer avec une - lieux : 30 ateliers de découpe dans tous les états d’Australie
étude précédente - période : juin 1998 - novembre 1998
- prise d’échantillons : les mardi, mercredi et jeudi, 28-39 échantillons
prélevés à chaque visite et 1 visite par établissement
viandes prêtes à la Etablir la qualité microbiologique aux - n = 4078 Grande-
consommation et pâtés stades de la restauration et du com- - lieux : 630 restaurants et 1658 magasins Bretagne
(Elson et al., 2004) merce de détail - période : 1er mai 2002 - 30 juin 2002
- prise d’échantillons : -
Carcasses et produits Disposer de plus d’informations sur - n = 1895 Belgique
de poulets et de dinde la prévalence de Salmonella dans les - lieux : le centre de distribution d’une grande chaîne de supermarchés
(découpe, préparations) produits crus de volaille vendus en - période : 1993 - 1996
(Uyttendaele et al., 1998) Belgique - prise d’échantillons :1 fois par mois
Carcasses et produits de Déterminer l’incidence par - n = 772 Belgique
poulets (découpe, prépa- Salmonella, Campylobacter et - lieux : dans le dépôt d’une grande chaîne de supermarchés
rations) (Uyttendaele et Listeria monocytogenes distribués sur - période : janvier 1997 - mai 1998
al., 1999) le marché belge - prise d’échantillons :une fois par mois
Légende des tableau V et VI
n : nombre d’échantillons prélevés

sédimentation des bactéries présentes tion dépend en premier lieu de l’es- sion, est également une méthode utili-
dans l’air ambiant sont réalisés pour pèce animale : les bovins, porcins, sée aux USA sur les mêmes surfaces
la recherche d’agents pathogènes tels ovins (animaux de boucherie), d’une que celles décrites ci-dessus (Sofos et
que Salmonella et Campylobacter ou part, et la volaille, d’autre part. al., 1999).
le dénombrement d’indicateurs (Rho
et al., 2001 ; Jozwiak et al., 2006). Dans des études réalisées aux USA, En Europe, le prélèvement est égale-
À l’abattoir, le prélèvement de en Australie, Corée et à Taiwan, les ment réalisé par écouvillonnage ou
matière fécales, du contenu du cae- méthodes de prélèvement de carcasses par excision. Les écouvillons sont le
cum, de certains organes ou de gan- d’animaux de boucherie sont souvent plus souvent utilisés selon la techni-
glions sur les animaux permet éga- la méthode officielle du Food Safety que du « wet and dry » : la surface est
lement de déterminer le statut d’un and Inspection Service (FSIS) de l’U. frottée, d’abord après humidification
animal (Korsak et al., 2003 ; Barrios S. Department of Agriculture (USDA). de l’écouvillon à l’aide d’une solution
et al., 2006 ; Lindblad et al., 2006 ; Les carcasses sont écouvillonnées en de peptone-sel (maximum recovery
Rasschaert et al., 2006). utilisant une éponge stérile hydratée diluent ou MRD), et ensuite en utili-
d’eau peptonée ou d’eau peptonée sant une face sèche de l’écouvillon ou
Cette synthèse se concentrera plus tamponnée. Trois zones de 100 cm2 un autre écouvillon. Différents types
particulièrement sur les méthodes sont échantillonnées. Chez le bovin, d’écouvillons sont utilisés : le coton-
d’échantillonnage des carcasses et elles se situent sur le flanc, le thorax tige (McEvoy et al., 2004), l’éponge
des viandes à l’abattoir, aux stades (le gros bout de poitrine) et le rums- (Byrne et al., 2005 ; Pearce et Bolton,
de la transformation et de la distri- teak (au niveau du bassin), et sur la 2005), le torchon et l’éponge ménagè-
bution. poitrine, le jambon et la gorge chez res (Murray et al., 2001), le coton stérile
le porc (Bacon et al., 2000 ; Ingham (Korsak et al., 1998 ; Hansson, 2001 ;
3.2.2. Echantillonnage à l’abattoir et Schmidt, 2000 ; Rho et al., 2001 ; Murray et al., 2001 ; Botteldoorn et
Eblen et al., 2005 ; Yeh et al., 2005). al., 2003). Quatre zones sont le plus
Il existe plusieurs méthodes d’échan- D’autres surfaces peuvent être échan- souvent échantillonnées : le collier,
tillonnage des carcasses à l’abattoir. tillonnées : de 200 cm2 (Sumner et al., le thorax (ou gros bout de poitrine),
Elles utilisent des techniques diffé- 2003) à 4000 cm2 (Arthur et al., 2004) le flanc et le rumsteak (au niveau du
rentes en termes de prélèvement, de au total. Le prélèvement de tissu de bassin) chez le bœuf, et la gorge, la
surfaces et de matériel. Leur utilisa- surface musculo-adipeux, appelé exci- poitrine, le dos et le jambon chez le

89
porc (Byrne et al., 2005 ; Miraglia montré que l’écouvillonnage au moyen (Berrang et al., 2002 ; Cason et al.,
et al., 2005). En Belgique, 4 zones d’une éponge en polyuréthane est aussi 2004 ; Smith et al., 2005 ; Hutchison
par demi-carcasse correspondant efficace que l’excision et concluent et al., 2006). Des études montrent,
à 600 cm2 chez le porc et 1600 cm2 qu’il s’agit d’une bonne alternative à d’une part, que l’excision de peau
chez le bœuf sont échantillonnées : l’excision qui a l’avantage d’être non- de cou est à préférer parce qu’elle
le membre antérieur, le sternum, le destructive pour la carcasse, d’être plus est plus pratique, plus rapide, moins
bassin et le jambon chez le porc et le aisée et rapide à réaliser. Une étude chère, plus reproductible, et d’autre
membre antérieur, le thorax, le flanc irlandaise a testé des compresses en part, que le cou est le meilleur endroit
et le rumsteak chez le bœuf (Korsak coton, éponges et torchons de ménage, pour prélever la peau qui y contient un
et al., 1998 ; Botteldoorn et al., 2003). éponges pour écouvillonnage et a mon- nombre représentatif de Salmonella et
D’autres auteurs écouvillonnent seu- tré une bonne récupération des souches dont le prélèvement ne déprécie pas la
lement 2 zones : le rumsteak et le bactériennes, une facilité d’utilisation, valeur de la carcasse (Kotula et Davis,
sternum des bœufs et porcs, pour une et un coût intéressant des éponges 1999 ; Hutchison et al., 2006). Les
surface totale de 200 cm2 (Hansson, ménagères (Murray et al., 2001). dindes et les oies sont écouvillonnées
2001), la gorge et le sternum de porcs au moyen d’une éponge (Eblen et al.,
pour une surface totale de 800 cm2 Une norme internationale, ISO 17.604 2005) ou par excision de peau du cou
(Bonardi et al., 2003). (Organisation internationale de nor- (Mead et al., 1993).
L’excision est réalisée en utilisant un malisation, 2003d), traite du prélève-
emporte-pièce et un scalpel. La sur- ment d’échantillons sur des carcasses 3.2.3. Echantillonnage dans les sec-
face totale est alors de 20 cm2 (Byrne en vue de leur analyse microbiologi- teurs de la transformation et de la
et al., 2005) à 25 cm2 (Miraglia et al., que. Elle précise des méthodes de pré-
distribution
2005). lèvement en vue de la recherche et du
dénombrement des microorganismes Dans les salles de découpe et de trans-
Conformément à la réglementation en à la surface de carcasses d’animaux formation de viande de bœuf et de
vigueur, l’écouvillonnage est géné- de boucherie venant d’être abattus. porc, les échantillons sont prélevés
ralement réalisé avant le processus L’échantillonnage microbiologique directement sur les lots de viande dis-
de refroidissement des carcasses en peut être effectué dans le cadre du ponibles (Scanga et al., 2000 ; Duffy
Europe, et après celui-ci aux USA contrôle des processus de fabrication et al., 2001 ; Phillips et al., 2001 ;
(De Zutter et al., 1982 ; Dorsa et al., (et pour en vérifier la maîtrise) dans Elson et al., 2004). Quand il s’agit de
1996 ; United States Department of les abattoirs d’animaux de boucherie, carcasses ou de morceaux de découpe
Agriculture, 1996 ; Vanderlinde et al., du système de contrôle de l’évalua- de volaille, l’analyse est réalisée sur
1998 ; Phillips et al., 2001 ; Byrne et tion des risques appliqué à la sécurité la peau, une partie de l’échantillon
al., 2005 ; Commission européenne, des produits, et des programmes de sans peau ou le liquide de rinçage
2005b ; Hutchison et al., 2005 ; surveillance pour la prévalence des (Uyttendaele et al., 1998; 1999 ;
Miraglia et al., 2005). Le taux de récu- microorganismes pathogènes. Cette Berrang et al., 2001 ; Zhao et al.,
pération des microorganismes des car- norme prévoit l’emploi de techniques 2001). Une étude allemande a mon-
casses de porcs et bœufs prélevées destructives et non destructives, en tré que la méthode de rinçage était
après refroidissement par rapport aux fonction de l’objectif du prélèvement équivalente à l’homogénéisation de
carcasses échantillonnées juste après d’échantillons. La méthode destruc- la peau de cuisses de poulets pour
le processus d’abattage varie entre tive permet la récupération de plus la recherche et le dénombrement de
4 % et 100 % par la méthode d’ex- de bactéries que la méthode d’écou- Campylobacter (Scherer et al., 2006).
cision et entre 43 % et 93 % par la villonnage, et possède une répéta- L’échantillon prélevé dans les entre-
méthode d’écouvillonnage (Sofos et bilité et une reproductibilité moins prises est, soit un emballage commer-
al., 1999 ; Ware et al., 1999 ; Yu et al., variables. Cependant, cette méthode cial, soit d’un poids entre 75 et 500 g
2001). L’attachement irréversible des ne permet le prélèvement que d’une (Uyttendaele et al., 1999 ; Scanga et
bactéries et biofilms formés au niveau petite proportion de la carcasse et al., 2000 ; Berrang et al., 2001 ; Duffy
des anfractuosités superficielles de la peut entraîner des conséquences pré- et al., 2001; Phillips et al., 2001 ; Zhao
peau peut provoquer une diminution judiciables pour la carcasses. Le lieu et al., 2001 ; Elson et al., 2004).
du nombre de bactéries retrouvées au niveau de l’abattoir et l’endroit de
30 minutes à quelques heures après la carcasse où auront lieu les prélève- 3.3. Méthodes d’analyse
abattage (Yu et al., 2001 ; Capita et ments doivent être choisis en fonction Les laboratoires de microbiologie des
al., 2004). des pratiques de l’abattoir. Ils doivent aliments ont l’avantage d’avoir à leur
être choisis en fonction des étapes disposition de nombreuses métho-
Plusieurs auteurs européens ont com- du processus identifiées comme pro- des d’essais standardisées, c’est-
paré les méthodes d’écouvillonnage blématiques et doivent correspondre à-dire normalisées et validées. Des
et d’excision pour le dénombrement aux emplacements présentant la plus instances internationales telles que
des germes aérobies totaux, E. coli grande prévalence de contamination l’ISO (Organisation internationale de
ou entérobactéries. Certains auteurs (Organisation internationale de nor- Normalisation), des instances natio-
obtiennent une meilleure récupération malisation, 2003d). nales comme la FDA (Food and Drug
bactérienne par excision par rapport à Aux USA et en Europe, les carcasses Association des Etats Unis d’Améri-
des écouvillons en coton, compresse de volailles à l’abattoir font le plus sou- que et son Bacteriological Analytical
médicale, ou éponge en acétate de cel- vent l’objet d’un prélèvement de peau Manual), l’AFNOR (Association
lulose (Gill et Jones, 2000 ; Miraglia du cou (Mead et al., 1993 ; Hutchison française de Normalisation), le DIN
et al., 2005). D’autres (Byrne et al., et al., 2006), ou de l’échantillonnage (Deutsches Institut für Normung), le
2005 ; Pearce et Bolton, 2005) ont par rinçage de la totalité de la carcasse NEN (Nederlands Europese norm,

90
Nederlands normalisatie instituut), le immunologique, de biologie molécu- lisation recherchée peut être intéres-
NMKL (Nordisk metodikkomitté för laire, de bioluminescence, d’impéden- sante lorsqu’aucune méthode normali-
livsmedel) publient des méthodes dites cemétrie… (de Boer et Beumer, 1999 ; sée n’existe ou pour réduire les coûts
normalisées, c’est-à-dire des métho- Ghafir et Daube, 1999). d’analyse (Ghafir et Daube, 1999).
des reconnues au niveau national ou L’utilisation de méthodes normalisées En Belgique, l’Agence fédérale pour
international et dont la justesse, la ou de méthodes alternatives validées la sécurité de la chaîne alimentaire
sensibilité et la fidélité sont connues. par un organisme de normalisation per- (AFSCA) publie une liste de métho-
Certaines de ces organisations vali- met aux laboratoires de ne plus devoir des reconnues que les laboratoires
dent également des méthodes com- mettre en place des procédures de vali- doivent appliquer lorsqu’ils analy-
merciales. Ces méthodes dites alterna- dation visant à démontrer les perfor- sent des denrées alimentaires dans le
tives sont souvent plus rapides que les mances de leurs méthodes, mais uni- cadre du programme de contrôle de
méthodes traditionnelles et peuvent quement leur maîtrise au laboratoire. l’AFSCA et dans le cadre de l’auto-
consister en un milieu de culture dif- Cependant, l’utilisation d’une méthode contrôle. Il s’agit de méthodes ISO
férent (par exemple par son support, non normalisée qui a des performan- et de méthodes commerciales vali-
par la mise en évidence des bactéries- ces équivalentes ou supérieures, d’une dées selon les exigences de la norme
cibles par une coloration spécifique), technologie plus moderne qui a un ISO 16.140 (Organisation interna-
une automatisation ou une technique degré de validation adéquat pour l’uti- tionale de normalisation, 2003c).

TABLEAU VII : Méthodes reconnues par l’Agence fédérale pour la sécurité de la chaîne alimentaire pour les prin-
cipales flores indicatrices dans les denrées alimentaires d’origine animale (en date du 27/4/2007)

Flore Code de la méthode Titre de la méthode

Dénombrement de ger- ISO 4833 Méthode horizontale pour le dénombrement des microorganismes – technique de comp-
mes aérobies totaux tage des colonies à 30°C
NF V-08-051 (1) Dénombrement des microorganismes par comptage des colonies obtenues à 30°C –
méthode de routine
AFNOR-3M-01/1-09/89 (2) Pétrifilm flore totale
AFNOR BIO-12/15-09/05 (2) TEMPO TVC flore mésophile aérobie revivifiable
Dénombrement des enté- ISO 21.528-1 Méthodes horizontales pour la recherche et le dénombrement des Enterobacteriaceae -
robactéries Partie 1 : recherche et dénombrement à l’aide de
la technique NPP avec préenrichissement
ISO 21.528-2 Méthodes horizontales pour la recherche et le dénombrement des Enterobacteriaceae -
Partie 1 : méthode par comptage des colonies
NF-V-08-054 (1) Dénombrement des entérobactéries par comptage des colonies à 30°C – Méthode de rou-
tine
AFNOR 3M-01/6-09/97 (2) Pétrifilm Enterobacteriaceae
AFNOR BIO-12/21-12/06 (2) Tempo EB
Dénombrement des ISO 16.649-1 Méthode horizontale pour le dénombrement des E. coli bêta-glucuronidase positive - Partie
E. coli 1: Technique de comptage des colonies à 44°C au moyen de membranes et de 5-bromo-4-
chloro-3-indolyl bêta-D glucuronate
ISO 16.649-2 Méthode horizontale pour le dénombrement des E. coli bêta-glucuronidase positive
- Partie 2: Technique de comptage des colonies à 44°C au moyen de 5-bromo-4-chloro-3-
indolyl bêta-D glucuronate
NF V-08-017 Directives générales pour le dénombrement des coliformes fécaux et d’E. coli
NF V-08-053 (1) Méthode horizontale pour le dénombrement des E. coli bêta-glucuronidase positive par
comptage des colonies à 44°C au moyen de 5-bromo-4-chloro-3-indolyl bêta-D glucuro-
nate – Méthode de routine
ISO 7251 (1) Méthode horizontale pour la recherche eet le dénombrement d’E. coli présumés –
Technique du nombre le plus probable
ISO/TS 16.649-3 Méthode horizontale pour le dénombrement des E. coli bêta-glucuronidase positive
- Partie 3: Technique du nombre le plus probable utilisant le bromo-4-chloro-3-indolyl
bêta-D glucuronate
AFNOR 3M-01/8-06/01 (2) Petrifilm select’E. coli
AFNOR BIO-12/5-01/99 (2) Gélose COLI – ID (44°C)
AFNOR BIO-12/19-12/06 (2) Gélose COLI – ID (37°C)
AFNOR BIO-12/13-02/05 (2) TEMPO EC
AFNOR BRD-07/1-07/93 (2) Rapid E. coli 2 (44°C)
AFNOR BRD-07/7-12/04 (2) Rapid E. coli 2 (37°C)

Légende du tableau VII

(1) Méthode acceptée jusqu’au 31/12/2007.
(2) Méthode alternative validée selon l’ISO 16.140.

91
Le tableau VII reprend les méthodes Les tableaux III et IV spécif ient 3.4. Réglementation des pro-
reconnues pour le dénombrement les méthodes utilisées dans quel- grammes de contrôle et de sur-
des principales flores indicatrices. ques études publiées. Aux USA, en veillance
Australie, Corée et à Taiwan, ces
Entamée en janvier 2000, la révision
Les méthodes d’analyse tradition- méthodes consistent généralement
de la législation communautaire sur
nelles des bactéries pathogènes en l’utilisation de Pétrifilm (3M)
l’hygiène des denrées alimentaires a
sont le plus souvent des méthodes pour le dénombrement des germes
de recherche visant à détecter la aérobies totaux, E. coli, entérobac- donné lieu au « paquet hygiène » dans
présence de la bactérie. Les diffé- téries et coliformes (Sofos et al., le but de mettre en place une politi-
rentes étapes en sont généralement 1999 ; Bacon et al., 2000 ; Ingham que globale et intégrée s’appliquant
un pré-enrichissement peu sélectif, et Schmidt, 2000 ; Sumner et al., à toutes les denrées alimentaires de
suivi d’un enrichissement dans un 2003 ; Arthur et al., 2004 ; Cason la ferme jusqu’au point de vente
milieu de culture liquide permettant et al., 2004 ; Eblen et al., 2005 ; au consommateur. Il est composé
la croissance optimale du microor- Smith et al., 2005 ; Yeh et al., 2005). de cinq actes (les règlements (CE)
ganisme-cible, un isolement sur un Pour la recherche de Salmonella, le n°852/2004, 853/2004, 854/2004 et
milieu de culture gélifié contenant pré-enrichissement en eau peptonée 882/2004, et la directive 2002/99/
des facteurs inhibant la croissance tamponnée est suivi d’un enrichis- CE) ayant pour thèmes l’hygiène
d’autres microorganismes, et une sement en milieux tétrathionate et des denrées alimentaires (Parlement
conf irmation au moyen de tests Rappaport-Vassiliadis (Rho et al., européen et Conseil de l’Union euro-
biochimiques, immunologiques ou 2001 ; Eblen et al., 2005) et constitue péenne, 2004a), les règles spécifi-
génétiques. une méthode proche de l’ISO 6579. ques d’hygiène des denrées alimen-
L’isolement direct sur Campy-Cefex taires d’origine animale (Parlement
Les bactéries indicatrices ou index agar est souvent utilisé pour la européen et Conseil de l’Union euro-
sont le plus souvent dénombrées en détection de Campylobacter (Cason péenne, 2004b), les contrôles offi-
utilisant un milieu gélifié permettant et al., 2004 ; Smith et al., 2005). En ciels des produits d’origine animale
la croissance des bactéries-cibles, Europe, le dénombrement des ger- destinés à la consommation humaine
sélectionnées par rapport à leurs mes aérobies totaux, entérobactéries (Parlement européen et Conseil de
caractéristiques biochimiques. Dans et Pseudomonas est souvent réalisé l’Union européenne, 2004c), les
certains cas, des tests de confirma- en utilisant les milieux traditionnels contrôles officiels des aliments pour
tion sont ensuite réalisés. que sont, respectivement, le plate animaux et des denrées alimentaires
count agar (PCA), le violet red bile (Parlement européen et Conseil de
Il existe actuellement une norme agar (VRBA) et une gélose de base l’Union européenne, 2004d), et les
internationale pour la recher- pour Pseudomonas supplémentée règles de police sanitaire régissant
che de Salmonella (ISO 6579), avec de la céphaloridine, fucidine, la production, la mise sur le marché
C a m py l o b a c t e r ( I S O 1 0 . 2 7 2 ) , et du cétrimide (CFC), mais leur et l’importation des produits d’ori-
Yersinia enterocolitica (ISO 10.273), incubation a lieu à des températu- gine animale destinés à la consom-
E. coli O157 (ISO 16.654), res variables (25°C, 30°C ou 37°C) mation humaine (Conseil de l’Union
et le dénombrement d’E. coli pour le PCA. Des méthodes varia- européenne, 2002). Dans ce cadre,
(ISO 16.649), des germes aéro- bles sont utilisées pour le dénom- le règlement (CE) n°852/2004 met
bies totaux (ISO 4833), des enté- brement d’E. coli dans ces études l’accent sur la définition des objec-
robactéries (ISO 21.528), et (Mead et al., 1993 ; Hansson, 2001 ; tifs à atteindre en matière de sécurité
de Pseudomonas (ISO 13.720) Murray et al., 2001 ; Berrang et al., alimentaire, laissant aux exploitants
(Organisation internationale de nor- 2002 ; McEvoy et al., 2004 ; Byrne du secteur alimentaire la responsabi-
malisation, 1995 ; 2001b ; 2001a ; et al., 2005 ; Miraglia et al., 2005 ; lité d’adopter les mesures de sécurité
2002 ; 2003b ; 2003a ; 2004 ; 2006). Pearce et Bolton, 2005 ; Hutchison à mettre en œuvre afin de garantir
L’Union européenne, par l’inter- et al., 2006). Pour la recherche de l’innocuité des aliments (Parlement
médiaire de son règlement (CE) Salmonella, la méthode ISO 6579, européen et Conseil de l’Union
n°2073/2005 préconise ces méthodes une méthode simplifiée dérivée de européenne, 2004a). Le règlement
comme méthodes de référence pour celle-ci, ou une méthode basée sur la (CE) n°178/2002 précise également
les opérateurs du secteur agro-ali- détection des Salmonella mobiles en qu’aucune denrée alimentaire ne peut
mentaire (Commission européenne, milieu semi-solide (milieu diasalm ou être mise sur le marché si elle est
2005b). Cependant, les auteurs des MSRV) sont utilisées (Uyttendaele et dangereuse et les exploitants du sec-
études réalisées sur des carcasses et al., 1998 ; Uyttendaele et al., 1999 ; teur alimentaire sont tenus de reti-
viandes de bovins, porcins et volaille Bonardi et al., 2003 ; Botteldoorn rer du marché les denrées alimen-
utilisent le plus souvent des métho- et al., 2003). La recherche de taires constituant un danger pour la
des publiées dans des études scien- Campylobacter est réalisée par une santé publique (Parlement européen
tifiques ou par l’autorité en charge méthode traditionnelle dérivée de la et Conseil de l’Union européenne,
de la sécurité alimentaire, telle que norme ISO 10.272 (Uyttendaele et 2002).
la « Food Safety and Inspection » al., 1999 ; Elson et al., 2004). Pour contribuer à la protection de
correspondant au service d’inspec- la santé publique et éviter les inter-
tion du département de l’agriculture Pour être interprétable, la détection prétations différentes, des critères
des USA ou la Health Protection ou le dénombrement de ces différents microbiologiques sont repris dans la
Agency au Royaume-Uni (Sofos et microorganismes doit être réalisée réglementation. Il s’agit de critères
al., 1999 ; Rho et al., 2001 ; Eblen et dans un cadre bien défini qui varie définissant l’acceptabilité d’un pro-
al., 2005 ; Yeh et al., 2005). en fonction de l’objectif recherché. duit, d’un lot de denrées alimentaires

92
ou d’un procédé, sur la base de l’ab- La Commission européenne et les alimentaire qui vise la mise en place
sence, de la présence ou du nombre de USA ont également mis en place des de mesures adaptées et efficaces pour
micro-organismes, et/ou de la quan- programmes de surveillance de leurs détecter et contrôler les agents zoo-
tité de leurs toxines/métabolites, par filières de production de viande pour notiques à tous les stades pertinents
unité(s) de masse, volume, surface ou réduire la prévalence d’agents patho- de la production, de la transforma-
lot (Commission européenne, 2005b). gènes dans les denrées alimentaires tion et de la distribution, en particulier
Des critères de sécurité harmonisés d’origine animale, avec pour objec- au niveau de la production. Il a pour
relatifs à l’acceptabilité des denrées tif la réduction de l’incidence des objectif la réduction de la prévalence
alimentaires, et en particulier en ce infections d’origine alimentaire chez de ces microorganismes et des risques
qui concerne la présence de certains l’homme. qu’ils représentent pour la santé publi-
micro-organismes pathogènes ont que. Ce règlement donne des objectifs
été définis au niveau communautaire Les USA ont mis en place en 1996 un à atteindre en termes de prévalence
dans le règlement (CE) n°2073/2005 programme de surveillance en quatre de Salmonella pour les cheptels de
(Commission européenne, 2005b). volets : (i) la mise en place d’un plan volailles de reproduction, les poules
Il s’agit, d’une part, les critères de HACCP (Hasard Analysis Critical pondeuses, les poulets de chair, les
sécurité des denrées alimentaires défi- Control Points) par chaque établisse- dindes, les porcs d’élevage et d’abat-
nissant l’acceptabilité de denrées ali- ment vis-à-vis des dangers pouvant tage (Parlement européen et Conseil
mentaires mis sur le marché, et d’autre raisonnablement se produire dans leurs de l’Union européenne, 2003b).
part de critères d’hygiène du procédé produits, (ii) le dénombrement obliga- D’autre part, d’autres agents zoono-
indiquant l’acceptabilité du procédé toire d’E. coli dans les abattoirs dans le tiques doivent être surveillés, selon la
de production, mais non applicables but de vérifier l’efficacité des plans de Directive 2003/99/CE du Parlement
aux produits mis sur le marché. Le prévention et de réduction de la conta- européen et du Conseil du 17 novem-
dépassement des critères de sécurité mination fécale, (iii) la réduction de bre 2003 sur la surveillance des zoo-
exige le retrait ou rappel des denrées la prévalence de Salmonella dans les noses et des agents zoonotiques. Il
alimentaires (en cas de dépassement abattoirs et ateliers de production de s’agit de Salmonella, Campylobacter,
des limites de Listeria monocytogenes viande hachée de bœuf, de telle sorte Echinococcus, Listeria, Brucella,
ou Salmonella dans certains aliments), que la contamination soit inférieure Trichinella, Mycobacterium bovis
et des mesures correctives destinées à la prévalence moyenne nationale, et des E. coli entérohémorragiques.
à rétablir l’hygiène du procédé. Seule (iv) la rédaction et l’application de D’autres agents tels que Yersinia sont
la dernière mesure doit être mise en procédures de nettoyage et de désin- à surveiller en fonction de la situa-
œuvre quand le second type de critè- fection. Ce programme était détaillé tion épidémiologique (Parlement
res n’est pas respecté, à savoir en cas dans la réglementation et imposé aux européen et Conseil de l’Union euro-
de dépassement des limites en ger- établissements. Son implémentation péenne, 2003a). Plus particulière-
mes aérobies totaux, entérobactéries, a nécessité des changements fonda- ment, une surveillance de Salmonella,
Salmonella sur certaines carcasses et mentaux aux établissements, au FSIS C. jejuni et E. coli doit être réalisée
en germes aérobies totaux ou E. coli et à leurs relations. Le FSIS a apporté chez les bovins, porcins et volailles
dans la viande hachée et préparations un support aux établissements (United ainsi que leurs viandes. Ces filières
de viandes (Commission européenne, States Department of Agriculture, doivent faire l’objet de programmes
2005b). 1996 ; Sofos et al., 1999). de contrôle nationaux des agents zoo-
notiques pour lesquels des objectifs
Dans le but de s’assurer de la confor- Au niveau international, la norme communautaires sont fixés. En ce qui
mité avec la législation sur les ali- ISO 22.000 harmonise les pratiques concerne Salmonella, les objectifs sont
ments pour animaux et les denrées de management de la sécurité des à atteindre pour 2010 au plus tard.
alimentaires et avec les dispositions aliments. Elle couvre l’ensemble des
relatives à la santé animale et au bien- activités constituant la chaîne alimen- Pour déterminer ces objectifs, des
être des animaux, les états-membres taire avec pour objectif de la sécurité études de référence sont réalisées
doivent également mettre en place des aliments à tous les niveaux, et ce et déterminent la prévalence de cer-
des plans de contrôle pluriannuels en reprenant 5 éléments essentiels : tains sérotypes de Salmonella et de
depuis le 1er janvier 2007, conformé- l’approche systémique, la communi- Campylobacter. La première étude a
ment au règlement (CE) n°882/2004 cation interactive, la traçabilité, les été réalisée dans les cheptels de pou-
(Parlement européen et Conseil de programmes préalables et le plan les pondeuses entre octobre 2004 et
l’Union européenne, 2004d). HACCP (Organisation internationale septembre 2005. Elle a montré que
de normalisation, 2005). 30,8 % des exploitations de l’Union
Ces textes réglementaires sont appli- européenne étaient contaminés par
qués et, si nécessaires, transposés dans En Europe, un règlement et une direc- Salmonella, avec une variation entre
la législation belge. Les études de tive sont complétés par des textes 0 % et 79,5 % (Community Reference
référence et contrôles prescrits sont spécifiques visant à lutter contre les Laboratory on the Epidemiology of
intégrés dans le programme de sur- agents zoonotiques, dont en particu- Zoonoses, 2005 ; European Food
veillance annuel qui couvre l’ensemble lier Salmonella et Campylobacter. Il Safety Authority, 2007a). En 2005-
de la chaîne alimentaire. La méthodo- s’agit, d’une part, du règlement (CE) 2006, 23,7 % des troupeaux de poulets
logie de détermination du programme n°2160/2003 du Parlement euro- de chair étaient positifs à Salmonella,
de contrôles officiels est basée sur une péenne et du Conseil du 17 novem- avec une variation entre 0 % et 68,2 %
évaluation du risque, des outils statis- bre 2003 sur le contrôle des salmo- des élevages nationaux (Commission
tiques et la connaissance scientifique nelles et d’autres agents zoonotiques européenne, 2005a ; European Food
(Maudoux et al., 2006). spécifiques présents dans la chaîne Safety Authority, 2007b). Des études

93
sont également prévues pour déter- 4. Conclusions SUMMARY
miner la prévalence de Salmonella Trois types de surveillance permet-
chez les porcs de boucherie au niveau Foodborne disease have an
tent de vérifier l’efficacité des mesu- important impact on the public
de l’abattoir, conformément à la res prises dans le but de diminuer les
décision 2005/636/CE (Commission health. In Europe and in the USA,
zoonoses. La première est le suivi
européenne, 2006a), les carcasses de de l’hygiène et d’indicateurs par le Salmonella and Campylobacter
poulets de chair, ainsi que la préva- dénombrement des flores indicatri- are the two main bacterial cau-
lence et le niveau de contamination ces. La deuxième est la surveillance ses because of their presence
par Campylobacter dans les trou- d’index pour certains pathogènes tels in the intestinal tract of poultry,
peaux et carcasses de poulets de chair que Salmonella et Campylobacter.
(Commission européenne, 2007). pig and beef. For the monitoring
La troisième est la recherche ou of the bacterial contamination of
Ces programmes nationaux et coor- le dénombrement direct des flores
donnés de surveillance sont soutenus food, the enumeration of certain
pathogènes. Les objectifs recherchés
financièrement par la Commission et déterminent le type de surveillance à groups or species of bacteria of
doivent faire l’objet d’un rapportage réaliser, les 3 types de suivis devant intestinal origin is an alternative
(Parlement européen et Conseil de être réalisés pour un même établis- to the detection of the pathoge-
l’Union européenne, 2003b). Ils peu- sement. nic microorganisms. They can
vent être réalisés par l’autorité com-
pétente ou sous sa supervision. En be used as index indicating the
Au stade de l’établissement, dans possible presence of pathoge-
Belgique, elles le sont par l’Agence le cadre de l’autocontrôle, la vérifi-
fédérale pour la sécurité de la chaîne nic agents having a similar eco-
cation des plans HACCP est réali-
alimentaire. sée notamment par la recherche de logy, or as indicators announcing
microorganismes indicateurs d’hy- the non-observance of the good
Les moyens de lutte par l’utilisation de giène et d’agents pathogènes. D’autre practices. The most used are the
vaccins ou d’antimicrobiens sont auto- part, les états membres doivent met- total plate counts, E. coli and the
risés dans certains cas, comme le pré- tre en place des plans nationaux de
voient les règlements (CE) n°1091/2005 Enterobacteriaceae. During meat
surveillance pluriannuels. Ces plans production, they are counted at
et 1177/2006 (Commission européenne, doivent prévoir l’analyse de flores
2005d ; 2006c). the level of environment, along
pathogènes, ainsi que de flores indi-
catrices permettant l’interprétation the food chain, on carcasses at
Des objectifs communautaires de de leur présence éventuelle. Dans les the slaughterhouse, on carcas-
réduction de la prévalence de cer- denrées alimentaires d’origine ani- ses and in meat, in plants and
tains sérotypes de Salmonella ont été male, il s’agit souvent de Salmonella distribution. Various surveys are
fixés pour les cheptels de volailles et Campylobacter, les deux princi-
reproductrices et les poules pondeu- carried out by the producers of
paux agents pathogènes responsa- food and the authorities for the
ses. Pour les premiers, le pourcentage bles de toxi-infections alimentaires
maximal de cheptels positifs de plus control of the auto-control, the
d’origine bactérienne, ainsi que des
de 250 animaux adultes doit être de germes aérobies totaux, entérobac- national inspection plans or to
1 % au 31/12/2009. Un pourcentage téries ou E. coli comme indicateurs determine the national baseline.
annuel minimal de réduction doit de l’hygiène et des bonnes pratiques
être atteint en 2008 pour les pou- lors des processus de transformation,
les pondeuses, comme le prévoient ou d’E. coli comme index des princi-
les règlements (CE) n°1003/2005 et paux agents pathogènes non sporulés
1168/2006 (Commission européenne, d’origine digestive.
2005c ; 2006b).
Outre le choix des microorganismes,
La surveillance de la résistance aux il faut veiller à différents éléments
antimicrobiens est associée à cette lors de la réalisation du programme de
surveillance des zoonoses et agents surveillance, éléments qui doivent être
zoonotiques ; l’étude épidémiologi- définis et, dans la mesure du possible,
que de foyers de toxi-infections ali- standardisés, en fonction de l’objectif
mentaires et les échanges d’informa- poursuivi :
tions concernant ces zoonoses doivent - la représentativité de l’échantillon
également être réalisés selon la direc- dans la population ;
tive 2003/99/CE (Parlement européen - la méthode d’échantillonnage ;
et Conseil de l’Union européenne, - la méthode d’analyse ;
2003a). Chaque année, un rapport - l’exploitation des résultats ;
des tendances des agents zoonotiques - l’interprétation des résultats.
est publié par l’EFSA. Il s’agit d’une
compilation et d’une interprétation
des données collectées dans les états-
membres au niveau de l’homme, des
aliments, des animaux et aliments
pour animaux (European Food Safety
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