Métabolisme

- Biochimie structurale ( L1 )
-> Description physiochimique

- Biochimie métabolique ( L2 )
-> Enzymologie et interrelations

- Biochimie intégrée ( L3 )
-> Adaptation à la physiologie des grandes fonctions

Le métabolisme représente :
- L’ensemble des réactions chimiques qui ont lieu à
L’échelle d’une cellule ou d’un organisme.
- Processus complexes de transformation de matière et énergie.
-> réaction en chaîne

° La cellule est comparable à une industrie chimique capable d’assurer des

milliers de réactions.
-> But = synthèse des molécules organiques ou dégradations

° élément à considérer :
-> la microscopique de l’environnement cellulaire
-> ce qui implique organisation et une régulation très efficace.

° Notion fondamentales :
1) Les interrelations entre molécules
-> transformation des glucides en AA ou lipides en glucides
2) Déplacements des biomolécules exportés
-> Phénomène principale : respiration cellulaire

- Processus cellulaire chimique qui a pour fonction l’extraction de l’énergie

via oxydation complète du glucose.
-> Cette énergie est emmagasiner par les nutriments

° Energie utilisé -> fonctionner en interrelations en différents mécanismes

cellulaires

( important ) La coordination et la précision d’action des réactions

métaboliques
-> pas possible au sein du réseau de voix métabolique

I ) Réseau métabolique cellulaire

« Métabole » = changement
Ensemble des réactions rédox avec transferts e- et protons
- carte routière complexe avec plusieurs milliers de réactions
-> réseau très ramifiés
- Les molécules subissent multiples transformations.
-> phénomène progressif par étapes

- Chaques étapes sera gérée par une enzyme « spécifique »

-> peut selectionner molécules selon besoin des cellules

° Intérêt : équilibrer les besoins en apports métaboliques

° But : éviter les carences ou éxcès de subtances chimiques nefastes de la
cellule.

MÉTABOLISMES = procédé de gestion des ressources énergétiques et

moléculaires

° Le réseau est constitué de 2 types de voies :

1) Les voies cataboliques

-> elles vont dégradés les molécules complexes en éléments plus simples
-> Libération énergie chimique

Exemple : La respiration cellulaire

- Le glucose catabolisé en CO2 et H2O et énergie libéré va servir à
produire du travail au cellule

2) Les voies anaboliques

-> des molécules organiques ( glucides , lipides , protéines , acide

nucléiques ) sont synthétisés à partir de molécules simples.
Exemple : synthèse protéines avec AA
-> consommation énergie
- Fourniture énergie chimique par stockage das les liaisons chimiques

Dans le réseau, les deux types de voies sont interreliés

-> énergie libéré par catabolisme va servir à l’anabolisme
= notion couplage énergétique

II) Principe base sur énergie

Energie = capacité à produire du travail W
W = imprimer un mouvement à la matière, changer la disposition d’une
potion de matière
° L’énergie chimique cellule est dans des molécules grâce aux structures
des atomes et liaisons chimiques

1°) Principe de la thermodynamique

-> Etude de W effectué par synthèse et chaleur échangée avec son

environnement.
- Synthèse = portion matière
- environnement = extérieur au système
-> organisme vivants = système ouverts qui réalisent des echanges
d’énergie avec environnement

°1 er principe ( conservation energie )

- pas de création ou destruction énergie mais échange et transformation

énergie

°2 ème principe :

- Echanges et transformations énergie dans système ouvert va augmenter

sa tendance spontanée vers le désordre ( entropie )

° La quantité énergie reste constante mais quantité varie.

° Application :
-> animal obtient de l’amidon, des protéines et lipides
dans sa nourriture
-> pourra libérés du CO2 et H2O

Inversement, les cellules construisent des structures ( exemple : protéine )

à partir de AA
-> équilibre ordre VS désordre

2°) Sens réactions chimiques

- déterminé concept de « énergie libre »

- « énergie libre » = partie de l’énergie d’un système qui produit du W à
P et T constante
-> pourra prévoir le sens et degré de spontanéité d’une réaction en
mesurant E.L

1 calorie = 4,18 KJ

La variation d’énergie libre G

Si G < 0 : réaction spontanée ou exergonique

Si G > 0 : réaction non spontanée ou endergonique
Si G = 0 : réaction à l’équilibre

° G < 0 : pas info sur la vitesse

Valeur standart : Go
T° = 298 K
PH 7
Pression = 101 KPo= 1 Atmosphère
= 760 mm de Hg mercure
Concentration = 1 mol/L

° Exergonique = énergie relachés vers extérieur (= spontanée )

° Endergonique = énergie absorbé vers intérieur (= non spontanée )

-> une réaction exergonique dans un sens sera endergonique dan l’autre

° Biosphère = ensemble être-vivant

Photosynthèse et respiration = échange de matière
Plante verte = assimilent CO2 et fabrique matière vivante
Processus symétrique : respiration et production energie
Source première du CO2 dans atmosphère
a) Respiration cellulaire : (décomposition glucides)
Bilan de la variation de E.L
-> G = - 2871 KJ/mol

b) Photosynthèse (production glucide à l’aide de absorbation lumière)

-> Bilan : G = + 2871 KJ/mol

° La plupart des réactions chimiques sont réversibles

-> elles s’effectuent jusqu’à atteindre la même vitesse

Variation : G=0

- Une réaction est spontanée et exergonique

-> tend vers l’équilibre

- Si elle s’en éloigne, elle devient non spontanée et endergonique

° Stratégie - clé du métabolisme

° amorcer des réactions endergonique en les couplant avec

réactions exergoniques
=> principes du couplage de réaction
-> necessité d’un intermédiaire = ATP

III) Travail cellulaire et ATP

La cellule va produire 3 sortes de travail W

1) W mécanique
2) W transport
3) W chimique

1) W mécanique :
- battements cils
- contraction des cellules musculaires
- circulation cytoplasme
- mouvement chromosomes

2) W transport :
- Transfert ionique ( passage transmembranaires )
3) W chimique :
- activation des précurseurs
- phosphorylations liés au subtrats
- synthèse des molécules
- Structure de la molécule d’ATP

Nuléotide : base azotée ( adénine ) + sucre ( ribose ) + 3 groupements

phosphate => chaîne instable

-> liaisons phosphoanhydrides sont rompue par hydrolyse

-> riche en energie échangéable
-> libération phosphate inorganique Pi

- ATP + H2O -> ADP + Pi

Variation E.L = - 30,5 KJ/mol d’ATP hydrolysée
ADP + Pi => + stable que l’ATP
°liaisons fragiles : causes présences charger - des phosphates
° ATP = Molécule de petites tailles, mobile, facile à fabriquer
Et mobilisable rapidement

Rôle de L’ATP

° In vitro, son hydrolyse dégage une E.L qui ne sert qu’à réchauffer l’eau
de l’éprouvette
° In vivo, cette énergie sera utilisé par la cellule pour mobiliser des
enzymes
° L’énergie sera alors réinjecter dans des processus endergoniques
demandeurs

Un groupement phosphate va être transféré à une autre cellule

-> cette molécule sera phosphorylé
( N.B : il y a la formation intermédiaire phosphorylé instable )
Le W cellulaire repose sur la capacité de l’ATP à activer certaines molécule
par : -> transfert groupement phosphate

Régénération de l’ATP : necessaire =

Un organisme au W utilise l’ATP de façon continue :
-> cycle de l’ATP

-> par addition d’un phosphate à une molécule d’ATP

° une cellule musculaire renouvelle tout son ATP environ 1 fois / min

° cela équivaut a 10 millions molécules

Consommées et régénérées /s/cellule !

En l’absence de ce cycle : les hommes utiliseraient chaque jour une

quantité d’ATP équivalente à leur masse

° La régénération de l’ATP à partir de l’ADP est endergonique

ADP + Pi = ATP

N.B = L’énergie provient des réactions cataboliques de la respiration

cellulaire

Cycle de l’ATP -> Distributeur d’énergie entre les voies ana et cataboliques

ATP = molécule mobile

- synthétisé et mobilisé facilement
- hydrolyse de l’ATP en ADP : libération de 30 KJ/mol
- hydrolyse de l’ATP en AMP : libération de 45 KJ/mol à PH 7
=> c’est la monnaie énergétique de la cellule

Déséquilibre métabolique :

° les produits de réactions vont disparaître et ne s’accumilent pas

Ils deviendront des réactifs qui seront utilisés dans les étapes suivantes
Cela est possible grâce au différents E.L existant entre les réactids entrant
et les produits sortants

Fabrication d’ATP si est seulement si le glucose entre le CO2 est rejetés

=> rappel : être-vivants a système ouvert

IV ) Les enzymes

° Les principes thermodynamiques renseignent sur la possibilité d’avoir une

réaction mais pas sur sa vitesse
° Une réaction spontanée se déroule en quelques secondes
=> enzyme = catalyseurs biologiques
) L’enzyme va modifier la vitesse de la réaction
° La réaction n’agit pas sur l’enzyme
° En absence d’enzyme, l’ensemble du réseau métabolique serait totalement
paralysé !

1°) Energie d’activation

° Définition : energie indispensable pour assurer le démarrage d’une

réaction.
° Cassure des liaisons présentes dans les molécules de réactifs
Ce qui permet de déclencher la réaction chimique :
A-B + C-D -> A-C + B-D
Réactifs. -> Produits

Les liaisons se rompent à condition que les molécules aient absorbés

suffisamment d’énergie : -> pour devenir instable

Profil énergétique d’une réaction :

L’énergie d’activation Ea correspond à la courbe ascendante du graphique

potentielle.

° L’E.L des réactifs va augmenter

° L’augmentation du nombre de collisions entre molécules
° Fragilisation des liaisons

Au sommet, les réactifs vont atteindre unn état instable appélé état de
transition
=> imminence de la réaction
=> formation des produites par stabilsation des molécules à l’aide de
Nouvelles liaisons

La réaction dégage de l’énergie dans son environnement

(= portion descendante de la courbe )

Réaction exergonique (. G < 0 )

L’énergie d’activation Ea constiue une barrière essentielle à la vie
----> Si elle n’existait pas, toute les macro-molécule
( ADN, protéines…) pourrait se désagréger !

Bilan :

- Les enzymes exercent un contrôle sur la réaction :

-> en augmentant la vitesse
-> en diminuant le niveau d’énergie d’activation
- Les réactifs vont franchir plus facilement la barrière énergétique
° L’enzyme ne modifie pas G de la réaction
° Elle va accélérer une réaction déjà possible
° Elle selectionne sa catalyse selons les besoins
° Elle devra être très spécifiques et adaptative au réactif

2°) Spécificité enzymatique

a) mode d’action :
° L’enzyme va se lier à 1 ou plusieurs substrats réaction
Qu’elles catalysent
° Certaines enzyme ne reconnaissent qu’un substrat
( Exemple : la glucokinase )
° D’autres ont une spécificité - restreinte
( Exemple : l’henokinase )

Rappel : hexose sugars

° Les enzymes catalysent toutes l’hydrolyse d’une liaison peptidique
° Spécificité est différent selon l’enzyme
Carboxylique peptidase : exopeptidase
Trypsine : endopeptidase R1 = acide aminé basique
( Arg, Lys )

Spécificité lié au type de réaction :

° Une enzyme ne peut catalyser qu’un seul type de réaction

Exemple : pour un AA
°Oxydase pour obtenir un alpha-céto-acide
° Décarboxylase pour enlever le CO2
° Transaminase pour déplacer la fonction amine

Spécificité des enzymes

-> L’enantiosélectivité

L’exemple des protéases

° Les acides aminés, animaux et végétaux sont de la série I ( la fonction
Aminé sur la carbone alpha asymétrique orienté vers la gauche )
° Les protéases de ces organismes hydrolysent spécifiquement les protéines
contenant des AA de la série L
° Si le polypeptide contient des AA de la série E ( paroi des bactéries,
peptides, antibiotiques…)
=> pas de coupures

° Ces phénomènes nécessitent une reconnaissance moléculaire

° Seules des protéines peuvent assurer cette reconnaissance

( Macromolécule à conformation 3D unique )

Leur conformation va déterminer la spécificité enzymatique

b) Sites actifs :

° Région de l’enzyme capable :

- de fixer le substrat S° et de la convertir en Produit P

° Structure :
- Crevasse ou fissure à la surface de l’enzyme
- entité 3D formé d’AA éloignés dans la structure primaire
- Environnement apolaire favorisant la liaison du S°

Notion de site actif

Deux régions

- Site ou fixation responsable de la liason avec S° et de son orientation

correcte vis-à-vis de groupement catalytique
- Site catalytique responsable de la transformation du S° ( rupture et
formaton des liaisons chimiques )

N.B : la mutagène dirigée permet de caractériser les AA impliqués

E + S --> ES --> E + P
= fixation du S = catalyse

c) Liaisons du complexe ES :

° Exemples : - intéraction faibles

- intéraction électrostatiques
- Liaisons hydrogènes
- Liaisons de Van der waals ( faible intensité )
- Intéraction hydrophobes
- Liaisons covalentes réversibles ( rares )

Processus en 4 étapes :
1- Liaison enzymes <-> substrat
2- Liaison du complexe { ES }
3- Action
-> Des résidus catalytiques actifs vont agir
Sur le S° et le transformer en P qui sera
Ensuite libéré
4- Libération de l’enzyme
° elle pourra se lier à une nouvelle molécules
° initation d’un nouveau cycle catalytique !

d) Les modèles moléculaires : 2 modèles ont été proposés :

1- Modèle clé-sérrure d’emil fischer

° Modèle statique de complémentarité
° les formes du S° et de l’enzyme sont rigides
° les 2 formes sont fixes et complémentaires
Modèle 1 : 1894 Emil Fischer ( 1852-1919 )

° Prix nobel de chimie : modèle statique clé-serrure

Modèle de l’ajustement induit par Daniel Koshland

° La liaison du S° sur l’enzyme provoque un changement de conformation

du site actif
° L’enzyme se déforme pour s’adpter au S°
° Modèle dynamique d’adaptation induite

Modèle 2 : 1958 Daniel Koshland ( 1920 - 2007 )

° Modèle de l’ajustement induit ( adaptation induite )

- Résumé :
° Les enzymes réelles partagent des caractéristiques des 2
Modèles :
- Une dose de complémentarité
- une dose de changement de conformation
° Cycle très rapide :
- une seule molécule d’enzyme transferme un
Milliers de molécules de S° par seconde !