TOXONOMIE BACTERIENNE

I. INTRODUCTION
• Science qui permet de classer, de nommer et d’identifier rationnellement les organismes vivants en groupes
d'affinité ou taxons sur la base de leurs propriétés.
➢ La classification décrit les taxons et les rapports qu’ils ont entre eux.
➢ La nomenclature réunis les règles permettant de nommer une bactérie. Elle est universelle
➢ L’identification consiste à placer une bactérie dans un taxon.
II. BASES DE LA TAXONOMIE BACTERIENNE
1. Les unités taxonomiques:
• Les procaryotes sont divisés en deux domaines : Les Archaea (ou Archaeobacteria) et Les Bacteria (ou Eubacteria).
• Le règne (Procaryotae) est le premier niveau de classification. Vient ensuite le domaine (Bacteria), le phylum, la
classe, l'ordre, la famille, le genre, et l'espèce.
• L’espèce peut être subdivisée en sous-espèces (subspecies).
• L’espèce est l’unité fondamentale de la classification = Ensemble de souches bactériennes présentant des
homologies génétiques se traduisant par des pourcentages d’hybridation ADN-ADN ≥ 70 % et par une stabilité
thermique des hybrides telle que ΔTm≤5°C.
• Une souche est constituée par une succession de cultures dérivées d'une culture pure
• La souche type d’une espèce est une souche prise comme possédant les caractères qui définissent l’espèce. Elle est
toujours stable et conservée dans des collections de référence.
• A l’intérieur d’une espèce, il peut exister des variants qui se différencient de l’espèce-type par des caractères
mineurs et stables mais n’entrants pas dans la définition de l’espèce. Il peut s’agir de caractères :
Biochimiques : Définissant un biovar ou biotype.
Antigénique : Définissant un sérovar ou sérotype.
Pathogénique : Définissant un pathovar.
D’isotypie des enzymes : Définissant un zymovar.
De sensibilités aux bactériophages : Définissant un lysovar ou lysotype.
De sensibilités aux antibiotiques : Définissant un antibiotype.
2. Nomenclature bactérienne
• Une souche est nommée en latin de son nom de genre, écrit avec une majuscule et du nom d’espèce, écrit en
minuscule. L’ensemble du nom s’écrit sans accent, en italique. (ex : Staphylococcus aureus = Staphylocoque doré)
III. DIFFERENTES APPROCHES TAXONOMIQUES
1. TAXONOMIE PHENOTYPIQUE :
a. Définition :
- Classification regroupant les organismes suivant la similitude de leurs caractères phénotypiques :
morphologiques, structuraux, culturaux, physiologiques, métaboliques, antigéniques.
b. Marqueurs structuraux :
- Marqueurs qui rendent compte de la morphologie et de la constitution chimique des bactéries
• La coloration de gram : Permet de classer les bactéries en deux grands groupes : BGP ou BGN
• La morphologie des bactéries : Bacilles, coques, spirilles, vibrions, coccobacilles
• La mobilité des bactéries :
- Entre lame et lamelle ou en évaluant la diffusion de la bactérie dans un milieu faiblement gélosé.
- Ce caractère est lié à la présence de flagelles
- Les flagelles peuvent être mis en évidences par des colorations spéciales (coloration de Rhodes) ou par la
microscopie électronique.
• La nature des constituants bactériens :
- Lipopolysaccharides, polyamines, diaminosides, ubiquinones, L’étude de ces composés est basée sur des
méthodes de chimie analytique (chromatographie…) => chimiotaxonomie.
- Profil protéique par électrophorèse : protéinotypie.
- Constituants antigéniques de la bactérie : sérotypie.
- Récepteurs de surface par des bactériophages : lysotypie.
• Marqueurs culturaux et nutritionnels :
- Bactérie prototrophe : Capable de proliférer dans un milieu de base, sans nécessité la présence de
facteurs de croissance particuliers.
- Bactérie auxotrophe : incapable de synthétiser un composé organique nécessaire à son développement,
nécessite des milieux de cultures enrichies
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 • Conditions de croissance :
- T°, pH, Temps nécessaire à la culture, Culture en présence de certains inhibiteurs.
c. Marqueurs métaboliques :
- Auxanogrammes, Type respiratoire
- Voie d’attaque du glucose : oxydation, fermentation.
- Utilisation des nitrates comme accepteurs d’électron.
- Oxydase, catalase…
d. Recherche de certains enzymes ou voies métaboliques :
• Production d’acétoine, H2S, Uréase, gélatinase, tryptophanase…
2. Taxonomie numérique
- Consiste à étudier pour chaque souche plus d’une centaine de caractères morphologiques, biochimiques,
culturaux, structuraux et à attribuer le même poids à chacun des caractères qui sont codés 1 ou 0.
- Le but recherché est de rassembler dans une classe les individus les plus semblables.
3. Taxonomie génotypique
- Permet de palier les limites de l’approche phénotypique : Espèce cultivables, Variation intra-espèce,
• Détermination du pourcentage G + C
- Mesurer le contenue en guanine et cytosine (G+C %) dans le génome bactérien par séquençage.
- Le G+C % est déterminé en mesurant la température de fusion (Tm) de l’ADN.
- Si variations >5% : espèces différentes.
- Si variation > 10 % : genres différents.
• Les hybridations d'acides nucléiques
- On sépare 2 brins d’ADN de 2 souches A et B et on essaye de réapparier les brins hétérologues, le degré de
réappariement est directement lié à la ressemblance des génomes et donc à la proximité taxonomique.
=> Deux souches appartenant à la même espèce ont un pourcentage d’hybridation ADN/ADN > 70 %.
• Analyse des séquences d’ARNr :
- Les séquences codant pour l’ARN ribosomal sont très conservées dans une espèce et dépend directement de sa
phylogénie.
- Plus l’ancêtre commun de deux espèces est phylogénétiquement proche plus leur séquence d’ARNr sont proches.
- On compare les séquences conservées d’ARNr 16 S à celles qui sont disponibles dans des banques de données.
• Etudes des différences entre deux génomes :
- Profils de restriction de l’ensemble du génome :
Deux ADN identiques coupés par la même enzyme de restriction donnent les mêmes fragments d’ADN.
Les fragments obtenus sont analysés : électrophorèse
- Amplifications de fragments génomiques :
- PCR permet d’amplifier une région du génome et d’identifier les produits d’amplifications en les hybridant
avec des sondes spécifiques
4. Taxonomie polyphasique
• Classification consensuelle et qui se base sur toutes méthodes de classifications disponibles incluant les
caractères phénotypiques et génotypiques.
• La classification des taxons se fait sur la base des caractères génotypiques, mais au niveau de l’espèce et même
du genre la classification se base sur les caractères phénotypiques.

IV. APPLICATIONS DES APPROCHES TAXONOMIQUES

- La démarche d’identification et de diagnostic en bactériologie clinique se fait en 3 étapes:
1. Diagnostic d’orientation :
- ED du prélèvement
- Repérages des divers types de colonie obtenus sur les milieux d’isolement
-Classement des souches retenues dans un taxon : (morphologie, métabolismes énergétique, oxydase,)
2. Le diagnostic d’espèce
- de nombreux schéma d’identification existe, et des kits de dg performants (API système par exemple)
3. Détermination de marqueurs utiles au traitement et des marqueurs épidémiologiques :
- Utiles au traitement : antibiogramme.
- Marqueurs épidémiologiques (sérovar, lysovar, biovar)