Thème 3 Une histoire du vivant

Chapitre I
La biodiversité et son évolution

I- La biodiversité
1) Définition et mesure

Définition : Biodiversité : désigne l'ensemble des espèces vivantes, la diversité biologique. La biodiversité englobe la
diversité des gènes, des espèces et des écosystèmes. La biodiversité ne se limite pas à la somme de tout ça, elle
comprend également le fait que ces niveaux interagissent.

La biodiversité s'étudie à différentes échelles, du plus grand au plus petit : la diversité des écosystèmes, la diversité
des espèces (ou diversité interspécifique), et la diversité des individus dans une espèce (ou diversité intraspécifique).

Problème : Comment estimer et caractériser la biodiversité d’un écosystème ?

TES T3 CI I 1)

Evaluer la biodiversité

Doc 1 : L’expédition Tara Océans

Doc 2 : Des outils d’échantillonnage variés

 Doc 3 : Recenser les espèces présentes dans un milieu : la richesse spécifique

Les échantillons récoltés sont photographiés par une caméra intelligente capable d'identifier et de comptabiliser
automatiquement les micro-organismes d'une taille supérieure à 10 μm. Cependant, beaucoup d'espèces ne sont pas
identifiables par cette méthode. Les chercheurs les rassemblent alors au sein de groupes appelés taxons grâce à des
séquences caractéristiques communes de leur ADN. Ces taxons représentent l'ensemble des organismes issus d'un même
ancêtre commun.
La biodiversité est donc estimée par deux paramètres :
- l’abondance, c'est-à-dire le nombre d'individus
- la richesse spécifique, c'est-à-dire le nombre d'espèces présentes.

Doc 4 : Identifier et quantifier la biodiversité

Vocabulaire :
ADN environnemental : ADN pouvant être extrait d'échantillons environnementaux, tels que l'eau, le sol ou les fèces, sans avoir
besoin de disposer des organismes porteurs de cet ADN.
Plancton : ensemble des organismes aquatiques de taille suffisamment petite, généralement microscopique, pour être
transportés passivement par les courants.
Richesse spécifique : nombre total d'espèces dans un échantillon.
Taxon : groupe d'organismes dérivant d'un ancêtre commun et partageant des caractéristiques communes.

Questions :

1) Expliquer l’intérêt des différents instruments utilisés sur Tara.

L’intérêt des différents instruments utilisés sur Tara est de pouvoir échantillonner à différents endroits de l’écosystème
considéré et de relever des informations de nature biologique (biodiversité au sens strict) et physicochimique.

2) Observer le résultat du recensement des différents taxons planctoniques à l’échelle du globe. La richesse spécifique est-elle
identique partout ?
La richesse spécifique n’est pas identique partout.

3) Indiquer les avantages de travailler à partir des séquences d’ADN.

Les avantages de travailler à partir des séquences d’ADN sont que l’ADN peut être utilisé sans la présence de l’individu a
proprement parlé. L’ADN permet de travailler sur des taxon, groupe plus vaste que l’espèce qui est parfois difficile à identifier.

4) Comparer abondance et richesse spécifique pour l’exemple proposé.

Dans l’exemple proposé, on peut voir que certains taxons fortement représentés en nombre d’espèces, ne représente qu’une
infime partie du nombre d’individu total et l’inverse est vrai également.

Conclusion :

Il existe sur Terre un grand nombre d’espèces dont seule une faible proportion est effectivement connue. La
biodiversité se mesure par des techniques d’échantillonnage (spécimens ou ADN) qui permettent d’estimer le nombre
d’espèces (richesse spécifique) dans différents milieux. Les composantes de la biodiversité peuvent aussi être décrites
par l’abondance (nombre d’individus) d’une population, d’une espèce ou d’un plus grand taxon.
 2) Estimation de l’abondance d’une population

Problème : Comment peut-on estimer la taille d’une population animale dans un écosystème ?

TES T3 CI I 2)

Estimation de l’abondance d’une population

Résultats pour les 25 tirages :

3, 6, 4, 6, 5, 8, 6, 3, 2, 6, 1, 3, 3, 2, 2, 2, 4, 3, 4, 3, 6, 6, 4, 3, 4

Doc 1 : L’apport des probabilités pour estimer l’abondance d’une population

Doc 2 : La quantification de la confiance d’une estimation

Doc 3 : Maths : intervalle de confiance

Doc 4 : Maths : intervalle de confiance 2

 Doc 5 : La méthode de « capture-marquage-recapture » pour estimer l’abondance d’une population

Questions :

1) Donner une estimation de la proportion de haricots marqués contenus dans le récipient. En déduire une estimation du
nombre total de haricot.
- Chaque tirage fait 25 haricots.
- Moyenne des haricots marqués = (3+ 6+ 4+ 6+ 5+ 8+ 6+ 3+ 2+ 6+ 1+ 3+ 3+ 2+ 2+ 2+ 4+ 3+ 4+ 3+ 6+ 6+ 4+ 3+ 4) / 25 = 96/25
= 3.84
25 haricots 100 %
3.84 haricots x%
x = (3.84 X 100) / 25
x = 15.36 %
Estimation du nombre total de haricots du récipient :
25 haricots marqués 15.36 %
y (total des haricots du récipient) 100 %
y = (25 X 100) / 15.36
y = 162.76 haricots au total dans le récipient

2) Donner une estimation de l’abondance de la population de salamandres tachetés dans la zone étudiée.
Au départ, dans la zone : capture, marquage et libération de 27 salamandres.
Seconde capture :
- 42 salamandres capturées dont 20 qui avaient été marquées.
42 salamandres (deuxième capture) Dont 20 marqués
x salamandre en tout 27 marqué à la première
x = (42 X 27) / 20
x = 56.7 salamandres en tout dans la zone

3) Estimer la proportion de salamandres marquées et donner l’intervalle de confiance à 95 % correspondant.

56.7 salamandres 100 %
27 salamandres marquées x%
x = (27X 100) / 56.7
x = 47.6 % de salamandres marquées
Intervalle de confiance à 95 % :
[f - 1/√𝑛 ; f + 1/√𝑛]
f = 27 / 56.7 = 0.47
n = 56.7 salamandre
L’intervalle est donc de :
[0.47 - 1/√56.7 ; 0.47 + 1/√56.7]
[0.34 ; 0.6]
Il y a donc 95 % de chance que la fréquence des salamandre marquées sur le nombre de salamandres totales soit comprise
entre 0.34 et 0.6.

Conclusion :

Il existe plusieurs méthodes permettant d’estimer un effectif à partir d’échantillons.

La méthode de « capture-marquage-recapture » repose sur des calculs effectués sur un échantillon. Si on suppose que
la proportion d’individus marqué est identique dans l’échantillon de recapture et dans la population totale, l’effectif de
celle-ci s’obtient par le calcul d’une quatrième proportionnelle (notion de produit en croix).

À partir d’un seul échantillon, l’effectif d’une population peut également être estimé à l’aide d’un intervalle de
confiance. Une telle estimation est toujours assortie d’un niveau de confiance strictement inférieur à 100 % en raison
de la fluctuation des échantillons. Pour un niveau de confiance donné, l’estimation est d’autant plus précise que la
taille de l’échantillon est grande.
II- Evolution génétique des populations
Problème : Comment le suivi de la composition génétique d’une population permet-elle d’identifier l’action des forces
évolutive ?

TES T3 CI II

Evolution génétique des populations

Doc 1 : Le modèle de Hardy-Weinberg et la répartition probable des génotypes

Force évolutive : tout processus qui modifie la structure génétique de la population. La dérive génétique, les mutations, les
migrations oula sélection naturelle sont des forces évolutives.
Fréquence allélique : fréquence d'un allèle par rapport aux autres allèles d'un même gène dans une population.
Fréquence génotypique : fréquence d'un génotype par rapport aux autres génotypes d'un même gène dans une population.
Génotype : ensemble des allèles portés par un individu. On le réduit souvent aux allèles du (ou des) gène(s) étudié(s).

Doc 2 : Vocabulaire

Doc 3 : Un exemple de répartition des génotypes dans des populations d’Afrique

- Le paludisme, ou malaria est une maladie provoquée par un parasite, le Plasmodium. Ce parasite est transmis à l’être humain
par les piqûres des moustiques Anophèles et infecte les globules rouges. II provoque des fièvres.
On estime le nombre de victimes à 1 million par an.
- Des études ont montré que les individus porteurs sains de la drépanocytose présentent une meilleure résistance contre le
paludisme.

Doc 4 : Un exemple d’intervention du milieu de vie

Questions :

1) a) Calculer les fréquences des allèles A et a dans la deuxième génération à partir du tableau de croisement (doc 1).
b) Expliquer pourquoi on parle d'équilibre de Hardy-Weinberg.
a) Fréquence des allèles A dans la première génération : f(A) = p
Fréquence des allèles a dans la première génération : f(A) = q
Seconde génération :
La fréquence allélique de A est la somme des fréquences génotypique de A/A et de la moitié de la fréquence du génotype A/a,
donc :
f(A/A) = p2
f(A/a) = 2pq
Donc : f(A) = f(A/A) + 1/2 f(A/a)
= p2 + pq
= p (p + q)
Or p + q = 1
Donc : f(A) =pX1
f(A) =p

C’est le même calcul pour f(a) et on trouve f(a) = q

b) On parle d’équilibre de Hardy-Weinberg car les fréquences alléliques dans la population sont les même à la première et à la
seconde génération.

2) Calculer les fréquences des génotypes A/A, A/a et a/a puis les fréquences des allèles A (Hb A) et a {HbS) (doc 3). Donner un
arrondi au millième.
Fréquences des génotypes A/A, A/a et a/a :
f(A/A) = 5478 / (5478+1349+13)
= 5478 / 6840
= 0.801 = 80.1 %
f(A/a) = 1349 / 6840
= 0.197 = 19.7 %
f(a/a) = 13 / 6840
= 0.002 = 0.2 %
Fréquences des allèles A (HbA) et a {HbS) :
f(A) = f(A/A) + 1/2 f(A/a)
= 80.1 + 1/2X19.7
 = 90 %

f(a) = f(a/a) + 1/2 f(A/a)

= 0.2 + 1/2X19.7
= 10 %

3) a) En supposant que les populations d'Afrique étudiées dans le doc 3 répondent au modèle de Hardy-Weinberg, calculer les
fréquences génotypiques de chaque génotype.
On sait que : fréquences alléliques :
f(A) = 0.9
f(a) = 0.1
Si la population suit le modèle de Hardy-Weinberg alors :
f(A/A) = p2
= 0.92
= 0.81
f(a/a) = q2
= 0.12
= 0.01
f(A/a) = 2pq
= 2 X 0.9 X 0.1
= 0.18
b) Conclure sur l'existence d'une force évolutive.
Ces fréquences sont différentes de celles calculées à partir des effectifs (question 2). Donc la population ne suit pas le modèle
de Hardy-Weinberg. Une des hypothèses du modèle n’est pas vérifiée : une force évolutive s’exerce.

4) Identifier la force évolutive impliquée et expliquer les fréquences génotypiques observées dans les populations d'Afrique
étudiées (docs 3 et 4).
On remarque une concordance entre les deux cartes : là où l’allèle HbS est le plus fréquent, le paludisme est présent. Or, les
individus porteurs sains de la drépanocytose présentent une meilleure résistance au paludisme (lien possible avec la notion de
valeur sélective). Donc le paludisme exerce une pression de sélection, ces individus sont sélectionnés, ce qui amène à une plus
forte fréquence de l’allèle HbS dans ces régions.
Remarque : les populations étudiées sont situées dans les régions où l’allèle Hb S (noté a) est de fréquence supérieure à 20 %.
Or les calculs donnent une fréquence de 10 %. Deux explications : effet d’échantillonnage des populations et différence de date
auxquels ont été établis les deux documents (il y a donc eu évolution des fréquences entre deux).

5) Synthèse : Expliquer comment l'étude de l'évolution de la composition génétique d'une population permet d’identifier |'action
de forces évolutives.
Le modèle de Hardy-Weinberg est un modèle mathématique théorique qui permet de décrire, sous certaines conditions,
l’évolution génétique d’une population. Il faut que les mâles et femelles s’associent au hasard, que la population étudiée soit de
très grande taille et qu’il y ait absence de forces évolutives (migration, dérive génétique, mutation ou sélection naturelle). Sous
ces hypothèses, les fréquences alléliques et les fréquences génotypiques restent constantes d’une génération à une autre. On
parle alors d’équilibre de Hardy-Weinberg. Les variations des proportions des différents génotypes (d’une génération à l’autre)
d’une population montrent les effets des forces évolutives.

Conclusion :

Au cours de l’évolution biologique, la composition génétique des populations d’une espèce change de génération en
génération.
Le modèle mathématique de Hardy-Weinberg utilise la théorie des probabilités pour décrire le phénomène aléatoire de
transmission des allèles dans une population. En assimilant les probabilités à des fréquences pour des effectifs de
grande taille (loi des grands nombres), le modèle prédit que la structure génétique d’une population de grand effectif
est stable d’une génération à l’autre sous certaines conditions (absence de migration, de mutation et de sélection).
Cette stabilité théorique est connue sous le nom d’équilibre de Hardy-Weinberg.

Les écarts entre les fréquences observées sur une population naturelle et les résultats du modèle s’expliquent
notamment par les effets de forces évolutives (mutation, sélection, dérive, etc.).
Exercices d’application :

Doc 1 : Reproduction d’une plante à fleur, le muflier

1) Indiquer le caractère étudié dans le document et les différents phénotypes possibles.

Le caractère étudié est le caractère « couleur de la fleur », les différents phénotypes sont, rouge, rose et blanche.

2) Indiquer les génotypes associés à chaque phénotype observé.

Phénotype rouge Génotype (R//R)
Phénotype rose Génotype (R//r)
Phénotype blanc Génotype (r//r)

3) Calculer les fréquences génotypiques et les fréquences alléliques la première année et 4 ans plus tard.

Première année : Quatrième année :

40 fleurs rouges 178 fleurs rouges
20 fleurs blanches 190 fleurs roses
Fréquences des génotypes R/R, R/r et r/r : 52 fleurs blanches
f(R/R) = 40 / 60 Fréquences des génotypes R/R, R/r et r/r :
= 0.666 = 66.6 % f(R/R) = 178 / (178 + 190 + 52)
f(r/r) = 20 / 60 = 0.423 = 42.3 %
= 0.333 = 33.3 % f(r/r) = 52 / (178 + 190 + 52)
f(R/r) = 0 / 60 = 0.123 = 12.3 %
=0=0% f(R/r) = 190 / (178 + 190 + 52)
Fréquences des allèles R et r : = 0.452 = 45.2 %
f(R) = f(R/R) + 1/2 f(R/r) Fréquences des allèles R et r :
= 66.6 + 1/2X0 f(R) = f(R/R) + 1/2 f(R/r)
= 66.6 % = 42.3 + 1/2X45.2
= 64.9 %
f(r) = f(r/r) + 1/2 f(R/r)
= 0.333 + 1/2X0 f(r) = f(r/r) + 1/2 f(R/r)
= 33.3 % = 12.3 + 1/2X45.2
= 34.9 %

4) Déterminer si la population est à l'équilibre de Hardy-Weinberg.

La population semble être à l'équilibre de Hardy-Weinberg, il y a en effet peu de différences de fréquences allélique entre les
deux générations.
III- Conséquences des activités humaines sur la biodiversité
Problème : Quelles sont les conséquences des activités humaines sur la biodiversité et quelles précautions pourraient
permettre de la préserver ?

TES T3 CI III

Conséquences des activités humaines sur la biodiversité

Les pollutions de l’atmosphère, de l'eau et des sols, l'usage intensif de pesticides (substance utilisée pour lutter contre une
espèce considérée comme nuisible) et de fertilisants, la surexploitation de ressources naturelles, l'urbanisation croissante et le
réchauffement climatique ont modifié la biodiversité dans tous les écosystèmes.
Des analyses portant sur plus d'un million d'Arthropodes (animaux à squelette externe articulé tels que les insectes, araignées,
myriapodes, acariens) (2 700 espèces) ont montré une diminution globale de 78 % de l'abondance et de 34 % du nombre
d'espèces dans les prairies d'Allemagne entre 2008 et 2017. Ce déclin affecte particulièrement les espèces rares qui tendent
donc à disparaître.
Source : Seibold, Nature, 2019
Doc 1 : Déclin des Arthropodes dans les prairies en Allemagne

De nombreux Oiseaux sont généralistes ; les autres espèces, dites spécialistes, occupent des niches écologiques spécifiques.
Du fait de leurs exigences écologiques plus strictes que les espèces généralistes, ces espèces sont plus affectées par les
perturbations de leur habitat.
Source : Observatoire National de la Biodiversité, 2017

Doc 2 : Graphique de l’évolution comparée de l'abondance des populations d'oiseaux communs spécialistes et
généralistes en fonction du temps

Doc 3 : Graphique de l’évolution des surfaces artificialisées en France métropolitaine en fonction du temps
Une espèce est déclarée menacée par l'UICN (Union Internationale pour la Conservation de la Nature) si elle répond à au
moins un des critères suivants :
- Réduction des effectifs d'au moins 70 % sur 10 ans ou 3 générations si les causes de cette diminution sont connues,
réversibles et ont cessé, ou d'au moins 50 % si les causes ne sont pas certaines, non réversibles ou encore présentes.
- Zone d'occupation de moins de 500 km2, avec une population en déclin, très fluctuante ou fragmentée.
Population totale de moins de 2 500 individus matures et en déclin continu.
- Population totale de moins de 250 individus matures.
Probabilité d'extinction de l'espèce d'au moins 20 % dans les 20 ans ou 5 générations à venir.

Doc 4 : Espèces menacées

Dérive génétique : modification aléatoire des fréquences alléliques au sein d’une population du fait de phénomènes liés au
hasard.

Modélisation de la fréquence d’un allèle dans une grande Modélisation de la fréquence d’un allèle dans une petite
population population
Chaque courbe de chaque graphique correspond à une simulation (on a donc des superpositions de simulation)

Doc 5 : Conséquences génétiques de la fragmentation d’une population

Doc 6 : Préservation de la biodiversité en milieu urbain

Questions :

1) Décrire l’évolution de l’abondance des espèces d’Arthropodes et d’oiseaux observée dans les docs 1 et 2.
A l’échelle global, on peut constater que l’abondance des Arthropodes à subit un déclin très important, que ce soit en termes de
nombre d’espèces ou d’abondance au sens strict. Il en est de même pour les oiseaux spécialisés, ou on voit leur nombre
diminué de plus de 20% en 30 ans. Pour les oiseaux généralistes, leur nombre, après une diminution importante dans les
années 2000 a augmenté puis a de nouveau diminué pour se retrouver à un niveau identique à celui de 1989.

2) Prévoir les modifications de la biodiversité pouvant être envisagées dans le futur d’après les données des docs 1, 2 et 3.
Les modifications de la biodiversité pouvant être envisagées dans le futur d’après les données des docs 1, 2 et 3 sont une
diminution du nombre d’espèces à cause de leur disparition. Les espèces seront également de moins en moins spécialisés et
de plus en plus banale.

3) Calculer la fréquence du caractère « jaune » dans la population globale avant fragmentation puis dans les 9 sous-
population. Conclure.
Fréquence du caractère « jaune » dans la population globale avant fragmentation :
5 jaunes
41 au total
Donc f(j) 5/41 = 0.12

f(j) = 0/4 = 0 f(j) = 0/3 = 0 f(j) = 1/4 = 0.25

f(j) = 1/4 = 0.25 f(j) = 0/5 = 0 f(j) = 0/6 = 0
f(j) = 2/5 = 0.4 f(j) = 1/4 = 0.25 f(j) = 0/6 = 0
Le caractère jaune à complètement disparu dans cinq sous-population (perte de diversité génétique) et, dans tous les cas, la
composition génétique de la population est modifiée par apport à celle de départ.

4) Comparer la dérive génétique dans le cas d’une grande et d’une petite population (La petite population correspond à une
fragmentation).
On constate que les fréquences alléliques restent plus proche de des fréquences initiales lorsque la population à un plus grand
effectif. Les situations de fixation ou de disparition d’un allèle sont moins fréquente dans le cas d’une grande population.

5) Identifier les différentes mesure prises pour maintenir la biodiversité dans l’Eurométropole de Strasbourg.
Les mesures prises pour maintenir la biodiversité consistent à :
- éviter l’usage de pesticides qui détruisent différentes espèces sensibles et polluent l’environnement ;
- végétaliser de façon diversifiée pour entretenir la richesse spécifique ;
- respecter des corridors écologiques, permettant une communication des organismes entre réservoirs de biodiversité.
L’ensemble des sous-populations peut ainsi fonctionner comme une grande population globale et la baisse de diversité
génétique générée par dérive génétique est amoindrie.

Conclusion :

Les activités humaines (pollution, destruction des écosystèmes, combustions et leurs impacts climatiques,
surexploitation d’espèces…) ont des conséquences sur la biodiversité et ses composantes (dont la variation
d’abondance) et conduisent à l’extinction d’espèces.
La fragmentation d’une population en plusieurs échantillons de plus faibles effectifs entraîne par dérive génétique un
appauvrissement de la diversité génétique d’une population.
La connaissance et la gestion d’un écosystème permettent d’y préserver la biodiversité.