LES PROTIDES

2e partie : les peptides

2020/2021
EBI
 SOMMAIRE

LES PROTIDES
Deuxième partie : les peptides

INTRO :........................................................................................................................................ 2
1. La liaisons peptidique ............................................................................................................ 2
2. Nomenclature des chaînes peptidiques .................................................................................... 3
3. Propriété physicochimiqes des peptides................................................................................... 4
3.1. Propriété physiques ........................................................................................................ 4
3.2. Propriétés chimiqes ........................................................................................................ 4
3.3. Propriétés ioniques......................................................................................................... 5
4. Détermination de la structure d’un peptide .............................................................................. 5
4.1. Détermination de la composition en AA ........................................................................... 5
4.2. Determination de la séquence peptidique ......................................................................... 5
4.2.1. Hydrolyse acide....................................................................................................... 5
4.2.2. Hydrolyse alcaline ................................................................................................... 6
5. Quelques peptides d’interêt biologique....................................................................................10
5.1. Hormones peptidiques et neuropeptides .........................................................................10
5.2. Le glutathion................................................................................................................. 11
5.3. Les antibiotiques ........................................................................................................... 12
5.4. L’aspartame .................................................................................................................. 13
6. La synthèse peptidique .......................................................................................................... 13

1
IN TRO :
Le peptide n’a pas d’arrangement dans l’espace car c’est une macromolécule qui contient un nb faible
d’AA. Tandis que les protéines en ont un.
Peptide = polymère d’AA
Ils contiennent entre 2 et 50 AA
Les AA sont liés entre eux par des liaisons peptidiques
Oligopeptide : 2 et 10 AA
Polypeptide : 11 et 50 AA
(Protéines : + de 50 AA)

1. LA LIAIS ON S PEPTIDIQUE

Elle se fait toujours entre COOH et NH2.

C’est une réaction chimique qui est thermiquement défavorable, en effet cette formation de liaison
peptidique nécessite un apport d’énergie.
Caractère de double liaison partielle

→
PROPRIETE DE LA LIAISON PEPTIDIQUE
Liaison plane = on a 6 carbones dans un même plan
Structure rigide => pas de rotation entre le C (de CO) et le N (NH)
impliqués dans la liaison peptidique.
liaison peptidique = double liaison PARTIELLE

CONFIGURATION TRANS CONFIGURATION CIS

Configuration la plus favorable ; de façon

à mettre le + loin possible les chaînes
latérales des AA.

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 DIAGRAMME DE RAMACHANDRAN

Avec ce diagramme on peut avec les configuration favorables (zone foncé) et défavorable (zone claire)

2. N OMEN CLATURE DES CHAIN ES PEPTIDIQUES

Quelque définition…
Résidu = c’est un AA impliqué dans une chaîne peptidique.
Séquence peptidique = c’est l’enchaînement des AA dans un peptide (ou protéine). C’est l’ordre dans
lequel on va retrouver les AA.
Résidu N-Terminal = AA de la chaîne peptidique qui a le groupement αNH 2 libre
Résidu C-Terminal = AA de la chaîne peptidique qui a le groupement αCOOH libre
NOMENCLATURE DES CHAINES PEPTIDIQUES
1. Repérer les C*
2. Surligner les liaisons peptidiques
3. Identifier les résidus
Toujours un C* ; un CO ; un NH
Résidu N et C- terminal (par convention N-term à gauche et C-term à droite

3
 Ici 5 résidus = pentapeptides
Séquence peptidique :
YGGFL
Tyr-Gly-Gly-Phe-Leu
Nom peptide (acide carboxylique→acyle)
Tyrosylglycylclycylphenilalanylleucine
TROP LOURD on utilise à une lettre !

TYPES DE CHAINES PEPTIDIQUES

➔ Peptides linéaires= toujours 1 résidu N-term et 1 résidu C-term

➔ Peptides ramifiés = 1 résidu N-term et plusieurs C-term
OU
1 résidu C-term et plusieurs N-term
➔ Peptides cycliques = AUCUN résidu C-term ni N-term

3. PROPRIETE PHYS ICOCHIMIQES DES PEPTIDES

3. 1 . PRO PRIE TE PH YSIQ UE S

→Solubilité des peptides : Soluble dans l’eau. Elle dépend de la composition en résidu du peptide
→Pouvoir rotatoire : présence de C*
→Absorption dans l’UV : TOUS les peptides absorbent la lumière entre 180 et 230 nm
Absorption lumière UV aux alentours de 280 nm si le peptide contient Y
ou/et W
→ Peptides sont fluorescents s’ils contiennent Y(tyrosine) ou W(tryp tophane)

3. 2. PRO PRIE TE S CH IMIQ E S

Ce sont des modifications post traductionnelles

Dépendent de la composition en AA du peptide qui dépend de la chaîne latérale des résidus
➔ Si on a une fonct° alcool sur la chaîne latérale d’un résidu :
o Estérification (réaction de la fonct° alcool avec la fonct° acide carboxylique)
o Phosphorylation
o O-glycosylation (formation de liaisons O-osidiques avec un glucide)
➔ Si on a une fonct° amide sur la chaîne latérale d’un résidu :
o N-glycosylation
➔ Si on a une fonct° thiol sur la chaîne latérale d’un résidu (C) :
o Pont disulfure
Réaction du biuret : Technique analytique
➔ Formation de complexe violet avec les ions cuivriques en milieu alcalin

4
 ➔ Dosage colorimétrique à 540nm  méthode quantitative.
Biuret = CuSO 4 (sulfate de Cu) + milieu alcalin => réaction des ions de Cuivre avec les C=O (présence
de charge partielle) et NH (e- pour l’N)
Biuret en abs peptide = BLEU Biuret + peptide = VIOLET
L’intensité de coloration violette est proportionnelle à la concentration en peptide dans l’échantillon.

3. 3. PRO PRIE TE S IO NIQ UE S

LE Peptide est une molécule amphotère

C’est le pH pour lequel le peptide à une charge nulle = pI (point isoélectrique)
Le pI = moyenne des valeurs de pKa qui entourent le peptide de charge nulle (comme pour les AA)
Groupements ionisables rencontrés sur un peptide :
• αNH3+ résidu N-term
• αCOOH résidu C-term
• Groupements chaîne latérales des résidus qui constituent le peptide.

4 . DETERMIN ATION DE LA S TRUCTURE D’UN PEPTIDE

4. 1 . DE TE RMINATIO N DE LA CO MPO SITIO N E N AA

Pour déterminer la composition en AA (résidus) d’un peptide il est nécessaire de rompre la totalité des
liaisons peptidiques => on isole les AA composant le peptide (cela donne une idée sur la taille du
peptide ainsi que sur la structure de sa séquence =>Nb d’AA)

Hydrolyse acide :

On plonge le peptide dans une solution d’HCl 6M à 100°C pendant 2 à 3 jours. On obtient alors un
mélange d’AA individualisés. On réalise alors une détection et identification : par CCM/
Chromatographie échangeuse d’ions / HPLC (Chromatographie liquide à haute pression), dans la
colonne phase stationnaire) plutôt hydrophobe) on fait alors passer un liquide (phase mobile à haute
pression → cala affine la détection) Détermination de la structure peptidique

Les résultats d’HPLC nous donne des graphiques :

On exprime ces résultats soit en gAA/100

4. 2. DE TE RMINATIO N DE LA SE Q UE NCE PE PTIDIQ UE

4. 2. 1 . H YDRO LYSE ACIDE

Se fait par appareil automatique = SEQUENCEUR.

Méthode d’Edman :

Ordre des résidus dans le peptide = SEQUENCE

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Séquençage de l’extrémité N-term à l’extrémité C-term

C’est une méthode récurrente.

Le peptide est fixé sur un support inerte par son extrémité C-term. On met en contact le peptide avec
PTH, il créer une liaison avec C-term. On a ensuite rupture de cette liaison en milieu acide (entre N-
term marqué et le reste du peptide). On a alors une libération d’un PTH - [insert résidu concerné]. C’est
RECURENT car le reste du peptide refait le mm cycle. A la sortie on met un……

Inconvénients :

• Uniquement sur peptides linéaires

• Limité à 50 AA

4. 2. 2. H YDRO LYSE ALCALINE

RUPTURE DES LIAISO NS CO VALENTES : CAS DES PO NTS DISULFURES

Insuline humaine = 51 résidus.

Pour séquencer ce peptide, on a créé une rupture des ponts S-S : en utilisant un agent dénaturant (β-
mercaptoéthanol et dithiothréitol). => réduction pont S-S (S-S → 2 SH)

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Réduction des ponts disulfures par du β-mercaptoéthanol ou du dithiothréitol (DTT)

Méthode enzymatique : résumé des actions

EXOPEPTIDASES :
Aminopeptidase => agit sur la liaison peptidique à partir de l’extrémité N-term
Carboxypeptidase => agit sur la liaison peptidique à partir de l’extrémité C-term
ENDOPEPTIDASE
Dégradation des liaisons peptidiques à l’intérieur de la chaîne peptidique
EX O PEPTIDASE
À partir de l’extrémité N-term

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 À partir de l’extrémité C-term

Carboxypeptidase A : hydrolyse la liaison peptidique sauf si l’AA C-term est Arg, Lys ou Pro
Carboxypeptidase B : hydrolyse la liaison peptidique seulement si l’AA C-term est Arg ou Lys.
HY DRO LY SES PARTIELLES ENZY MATIQ UES

Réactifs de Résidus x (engagé Résidu y (engagé Action

coupure par COOH) par NH2)
Enzymes Pepsine (estomac) Aromatiques :
Phe, tyr, trp
Trypsine (enzymes Basique : Très spécifique n’agit
pancréatiques) Arg ou lys pas si y = pro

Chymotrypsine Aromatique : Agit aussi si x = leu,

met, asn, his
Phe, tyr, trp
Protéase V8 Acide : Tres spécifique
(Staphylococcus aureus) Asp ou Glu
Thermolysine Apolaires : Spécifique de la série
indiquée
(Bacillus thermolyticus) Ala, Val, leu, ile, met
Protéase de Pro
Flavobacterium
mrningosepticum
Agents chimiques Hydrolyse acide asp Pro
ménagée
Bromure de cyanogène Met Très spécifique
(CNBr)
Hydroxylamine Asn Cly
2-nitro-5- cys
thiocyanobenzoate
(NTCB)

EXEMPLE D’ETUDE DE SEQUENCE PEPTIDIQUE

Gly-Tyr-Ile-Glu-Lys-Val-Met-Asn-Phe-Arg-Cys-Lys-Pro-Leu
Aminopeptidase => résidu N-term = Gly
Carboxypeptidase (A et B) => Résidu C term = Leu
Pepsine => Gly
Tyr-Ile-Glu-Lys-Val-Met-Asn
Phe-Arg-Cys-Lys-Pro-Leu
Trypsine => Gly-Tyr-Ile-Glu-Lys
Val-Met-Asn-Phe-Arg
Cys-Lys-Pro-Leu
Chymotrypsine => Gly-Tyr

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 Ile-Glu-Lys-Val-Met
Asn
Phe
Arg-Cys-Lys-Pro-Leu

SPECRTO METRIE DE MASSE

On cherche à déterminer le rapport masse/charge du peptide. Ci-dessus spectromètre de masse

1. Génération des ions (l’échantillon est transformé en ions).

2. Séparation des différents ions par le rapport masse/charge.
3. Détecteur qui permet d’identifier les ions qui sortent de l’analyseur.

Qu’est-ce qu’on obtient à la sortie ?

On obtient un spectre de masse !

Découpe le peptide de façon aléatoire en fraction Sens de lecture du spectre

+ ou – long. Plus les fragments sont de grande
taille plus leur masse est grande. Chaque petit
tiret est caractéristique d’un petit fragment du
peptide que l’on étudie et la position du tiret
permet de déterminer l’AA constituant le peptide.

On prend le rapport qu’une fois que le peptide a

été ionisé ; on prend uniquement

[Peptide]

Bombardé par gaz rare

Fragments de taille ≠

Analyseur

Tri des fragments en fonction de m/z

Détecteur

Spectre de masse

On obtient des ions soit qui contiennent l’extrémité N-term soit C-term

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C’est automatisé, cela permet d’avoir du séquençage de m de très grande taille et la précision est bien
plus importante que la méthode d’Edman.

5. QUELQUES PEPTIDES D’IN TERET BIOLOGIQUE

5. 1 . H O RMO NE S PE PTIDIQ UE S E T NE URO PE PTIDE S

HO RMO NES HY PO PHY SAIRES :

Ocytocine

Stimule la contraction des muscles lisses (utérus, glandes mammaires). C’est un Nonapeptide.

Vasopressine

Augmente la pression artérielle => effet antidiurétique (diminue le volume d’urine / jour)

On remarque que ces 2 hormones diffèrent uniquement de quelque résidu (3&8) pourtant cela leur
confère des fonctions totalement différentes.

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 HO RMO NES PANCREATIQ UES :

Insuline
Sécrété au niveau du pancréas => diminution de la glycémie (hypoglycémiante)

Glucagon
Petit peptide sécrété au niveau du pancréas (29 résidus) => Augmentation de la glycémie
(hyperglycémiante)

NEURO PEPTIDES ET AUTRES MEDIATEURS :

Neuropeptides
Enképhalines et endorphines => contrôle de la douleur
Le même tétrapeptide N-terminal : Tyr-Gly-Gly-Phe (par son intermédiaire, il y a des interactions avec
des récepteurs au niveau cérébrale.)

Angiotensine II
Asp-Arg-Val-Tyr-Ile-His-Pro-Phe => régulation circulation sanguine nettement de la pression
artérielle (effet vasoconstricteur). C’est un octapeptide.

5. 2. LE GLUTATH IO N

Tout petit peptide fait de 3 résidus.

Glutathion =γ-glutamyl-cystéyl-glycine
C’est une molécule ayant un rôle important dans le corps.

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Rôle dans les réactions d’oxydo-réduction.

En présence de Vitamine C = forme réduite GSH

5. 3. LE S ANTIB IO TIQ UE S

Ce sont des molécules active produite par des bactéries ou des champignons. Elles empêchent le
développement de bactérie le plus souvent pathogène
Les pénicillines
Produites par des moisissures : PENICILLIUM. C’est un dipeptide analogue de D-Ala-D-Ala
(association de 2 AA). Présent dans la paroi bactérienne. Elle se met à la place de la bactérie qui ne
peux pas résister. Le cycle beta-lactame est caractéristique de la pénicilline.

La bacitracine A
Produit par une bactérie Bacillus

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 5. 4. L’ASPARTAME

Edulcorant = molécule ayant

une saveur sucrée mais sans
apport d’énergie. (Car il n’est
pas métabolisé/ dégradé)
L’aspartame E951 est un
dipeptide

6 . LA S YN THES E PEPTIDIQUE
Synthèse peptidique = synthèse chimique
Méthode de Merifield
Elle se fait par fixation du peptide sur support inerte.
La synthèse se fait du C vers le N-term
Nécessite la préparation des AA
• Activation groupement αCOOH
Fixation d’un groupement sur le COOH de manière qu’il soit plus réactif à ce
• Protection groupement αNH2
Elle se fait par fixation sur le groupement NH2 de façon
qu’uniquement COOH puisse faire une liaison avec le
support
Préparation des groupements NH2 et COOH
• NH2 est bloqué par du t-butyloxycarbonyl (t-BOC)
• COOH est activé par du dicyclohexyl carbodiimide (DCC)

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BILAN CHAPITRE PEPTIDES
❖ Être capable d’écrire une chaîne peptidique (ligne brisée, orientée , alternance R des résidus).
❖ Connaitre les caractéristiques de la liaison peptidique (angles Φ et ψ).
❖ Connaitre les propriétés optiques d’un peptide dans objectif de détection.
❖ Être capable d’apporter des modifications post-traductionnelles en fonction des chaînes latérales des AA.
❖ Connaitre la méthode du Biuret (méthode quantit ative permettant de faire un dosage analytique).
❖ Être capable d’identifier les groupements ionisables sur un peptide => permet de déterminer la charge du
peptide à un pH donné, calculer son Pi.
❖ Être capable de déterminer la séquence d’un peptide par ≠ méth odes :
o Edman
o Hydrolyse enzymatique
o Spectre de masse
❖ Connaitre les peptides d’intérêt biologique avec leur fonction et leur origine.
❖ Être capable de décrire les ≠ étapes de la synthèse peptidique chimique (protection/activation).

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