Biologie Cellulaire

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Biologie cellulaire 

La membrane plasmique :

Définition : La membrane plasmique est une enveloppe continue qui


sépare le milieu intracellulaire et le milieu extracellulaire. Elle interagit
localement non seulement avec la matrice extracellulaire qui la baigne,
mais aussi avec la membrane plasmique de cellules voisines. Elle reçoit
des signaux chimiques émis par des cellules proches ou lointaines, «
traduit » et transmet (transduction) ces signaux au cytoplasme et au
noyau.

La membrane plasmique présente cinq caractéristiques :


 C’est une bicouche de lipides. Son épaisseur est d'environ 7,5 nm. La
membrane cytoplasmique est qualifiée de "dynamique" de par son
constant renouvellement.
 Des édifices macromoléculaires de nature protéique et/ou glycoprotéine
sont insérés dans la bicouche.
 La membrane plasmique est organisée de manière asymétrique.
 La membrane plasmique ne présente pas une composition chimique
homogène : Cette composition chimique varie d’un type cellulaire à un
autre, mais aussi, pour une cellule donnée, au niveau de régions ou
domaines membranaires différents.
 La membrane plasmique est en continuité transitoire avec le système
endomembranaire (réticulum endoplasmique, appareil de Golgi…), dont les
membranes d’enveloppe ont une organisation très comparable et qui
contribue à sa biosynthèse et à son renouvellement.

La fluidité de la membrane plasmique :


-Dépend de la composition lipidique et de la température environnante ;
-Augmente avec la proportion d’acides gras insaturés car les doubles liaisons
provoquent une altération de la structure semi-cristalline de la membrane.

La membrane est composée de lipides de glucides et de protéines.


1- Les Lipides : Le cholestérol est aussi un composé abondant des
membranes plasmiques, avec 17 % en poids des lipides dans la membrane de
l’hépatocyte, 23 % dans celle des globules rouges. Le cholestérol intervient dans
la fluidité et la stabilité mécanique (dans les situations de changement de
température) de la membrane. C’est l’un des constituants des radeaux lipidiques.
Il est également utilisé comme marqueur de la membrane plasmique car les
membranes des organites cellulaires en contiennent très peu.

2- Les Protéines : Les protéines constituent elles aussi environ la


moitié du poids sec de la membrane plasmique. On distingue trois classes de
protéines membranaires :
-Lesprotéines transmembranaires (intégrales ou épingles à cheveux) ;
-Les protéines ancrées partiellement dans la bicouche lipidique (par 1 ou
plusieurs AG)
-Les protéines de surface (périphérique)
Elles ne sont détachables de la bicouche lipidique que sous l’action
des détergents ou de solvants organiques qui la déstabilise, synthétisées
par le réticulum endoplasmique granulaire.

3- Les Glucides : Ils existent sous forme de motifs glucidiques. Ainsi,


quand ils sont liés à des protéines, on parle de glycoprotéines et quand ils
sont liés aux lipides, on parle de glycolipides.
Le glycocalix : Ensemble des oligosaccharides (glycolipides et
glycoprotéines) présent sur une membrane plasmique forme une véritable
forêt à la surface de la cellule et est l’équivalent d’une barrière de
protection
La formation des ponts disulfures nécessite un environnement
oxydant comme la lumière du RE et le milieu extérieur (différent du milieu
cytosolique = environnement réducteur)
Au sein de la membrane plasmique on trouve des micros domaines
lipidiques (riche en cholestérol et glycolipides (= gangliosides), en
sphingolipides et en glycoprotéines ancrées par un glycosyl-phosphatidyl-
inositol (GPI) => ces micro domaines sont appelés « radeaux lipidique».
Ces derniers ne sont pas désorganisés par l’action des détergents. Cette
propriété les différencie du reste de la bicouche lipidique.
Certains de ces radeaux comportent des dimères d’une protéine
membranaire en épingle à cheveux spécifique, la cavéoline dont les
extrémités N et C-terminales constituent un revêtement sur la face
cytosolique de la membrane plasmique.
Ces radeaux peuvent bourgeonner des vésicules ; les cavéoles. Ces
dernières sont très abondantes dans les cellules endothéliales et
musculaires des ceintures (épaules et hanches)

Les phospholipides présentent trois types de mouvement :


• La diffusion latérale : dans le plan du feuillet lipidique ; un lipide peut
échanger de place avec son voisin 107 fois par seconde
• La rotation sur place des lipides
• Le flip-flop des lipides = changement de feuillet lipidique => ce
phénomène en mouvement est contrôlé par certaines protéines
membranaires spécialisées (EX : la scramblase transporte les
phospholipides du feuillet cytosolique au feuillet extracellulaire ou
l’inverse. Elle homogénéise la concentration des deux feuillets). Son action
nécessite la présence d’ions Ca2+ dans le cytosol

Trois facteurs conditionnent la fluidité de la bicouche lipidique


• La température : son augmentation entraine l’accélération des
mouvements
• La quantité de cholestérol : En effet, le noyau polycyclique stérol baisse la
fluidité de la membrane
• La nature des phospholipides : les acides gras insaturés facilitent la
fluidité de la bicouche (les acides gras saturés au contraire la rigidifient)

Mouvement des protéines intrinsèques


Ces mouvements peuvent être étudiés in vivo par des méthodes de
marquage de protéines en immunofluorescence
• Diffusion latérale ; c’est le mouvement le plus important dans le cas des
protéines intrinsèques
• Rotation sur place

Les molécules d’adhérence (CAM ou SAM) sont :


 La superfamille des Immunoglobulines (Ex : NCAM = Neural Cell Adhesion
Molecule)
 La superfamille des Cadhérines (Ca 2+ ) 1 domaine trans membranaire
 La superfamille des Sélectines (Ca2+ ) 1 domaine trans membranaire
 La superfamille des Intégrines sont formées par l’association de deux
sous-unités glycoprotéiques α et β possédant chacune un seul domaine
transmembranaire

Les jonctions représentent des zones d’interaction entre la membrane


plasmique et le cytosquelette
3 types communs dans les cellules animales :
• jonction serrée / étanche
• jonction adhésive / d’ancrage (Desmosomes, Hémidesmosomes)
• jonction gap / communicante
1 seul dans les cellules végétales : les plasmodesmes

L’osmose, transport passif, est un phénomène de diffusion à travers une


membrane semi-perméable, sous l'action d'un gradient de concentration.

Cinq types d’endocytose :


• L’endocytose par des vésicules recouvertes de clathrine et de protéines
d’adaptation
• L’endocytose par des vésicules dont le revêtement est constitué de
cavéoline,
• L’endocytose par des vésicules qui ne présentent aucun revêtement
visible en microscopie électronique en transmission. Il est possible que ces
vésicules présentent un revêtement non encore identifié à ce jour Le
détachement de ces 3 premiers types de vésicules fait intervenir la
dynamine (protéine G monomérique, l’hydrolyse du GTP par la dynamine
permet le détachement de la vésicule qui a bourgeonné à partir de la
membrane plasmique).
• L’endocytose par des vésicules dépourvues de revêtement cytosolique
visible, mais dont le détachement est indépendant de la dynamine
• La phagocytose (du grec phagein, manger). La vacuole de la phagocytose
ou phagosome se détache de la membrane plasmique sans intervention de
la dynamine. Elle concerne l’endocytose des particules volumineuses
Le compartiment cytosolique :

Le cytoplasme de la cellule eucaryote peut être subdivisé en deux groupes de


compartiments :
Le premier comprend 3 types d’organites délimités par une membrane
d’enveloppe
 Ceux constituant le système endomembranaire : RE, Appareil de Golgi,
Endosomes + Phagosomes, Lysosomes.
 Mitochondries
 Peroxysomes
Le deuxième est constitué par le cytosol = surnageant restant après
sédimentation de tout le matériel particulaire.

Le cytosol et la mitochondrie sont les 2 sites de production d’énergie dans les


cellules animales. La production d’énergie est faite par glycolyse (La glycolyse se
déroule entièrement dans le cytosol), par synthèse de glycogène ou par voie de
pentoses.
-Glycolyse : Après le transport du glucose au travers de la membrane
plasmique par des perméases (passives et actives), le glucose est phosphorylé
par l’hexokinase en glucose-6-phosphate avec consommation d’1 molécule
d’ATP.
-Voie des pentoses : Par une série de réactions enzymatiques, cette voie
métabolique convertit le Glucose-6-Phosphate (molécule en C6) en ribose 5
Phosphate (molécule en C5), qui sera utilisé pour la synthèse des nucléosides, et
donc des nucléotides et des acides nucléiques.
-La synthèse du glycogène : Dans le cytosol, le Glucose 6 Phosphate,
isomérisé en Glucose 1 Phosphate, est polymérisé par une suite de réactions
enzymatiques en glycogène sous la forme de particules visibles en microscopie
électronique en transmission.
Les 3 voies métaboliques, glycolyse, voies des pentoses et synthèse de
glycogène existent simultanément dans le cytosol de toutes les cellules
eucaryotes, mais une importante variable selon le type cellulaire.
Le cytosol a aussi un rôle dans le métabolisme lipidique, L’intervention du
cytosol dans le métabolisme des lipides se traduit par la présence d’inclusions
lipidiques (constituées à partir du RE).

Il est aussi impliqué dans la synthèse de protéines et dans leurs modifications,


Le cytosol est le siège du phénomène d’activation des acides aminés, étape
préalable à leur utilisation lors de la synthèse protéique.
- Chaque acide aminé est lié à un ARNt spécifique au cours d’une réaction
enzymatique qui consomme de l’énergie.
- La synthèse de toutes les protéines débute toujours dans le cytosol  ; que ce
soit des protéines cytosolique (environ la moitié, sans "peptide signal")... ou des
protéines destinées au REG (avec "peptide signal").
De plus en plus d’exemples montrent que les protéines néo synthétisées
possèdent une séquence d’adressage (comportant un ou plusieurs fragments) qui
permet de les orienter vers des compartiments spécifiques.
Des facteurs cytosolique spécialisés reconnaissent les séquences d’adressage
de certaines protéines et interviennent dans leur orientation vers leur destination
finale.
Les modifications, dans le cytosol, des protéines pendant et après la
traduction ont lieux.
La phosphorylation et la déphosphorylation sont parmi les modifications post
traductionnelles les plus importantes Chacune d’elle est réversible et sert à
réguler l’activité fonctionnelle de près de 10% des protéines des cellules
animales. Catalysées par les kinases et les phosphatases, ces modifications
concernent en particulier les résidus sérine, thréonine et tyrosine de nombreuses
protéines cytosolique ou du domaine cytosolique de glycoprotéines
transmembranaire, comme par exemple le récepteur de l’insuline.
La modification de l’extrémité N-terminale et/ou de l’extrémité C-terminale
des protéines : Chez les Eucaryotes, le premier aminoacide, la méthionine, de la
séquence de nombreuses protéines est souvent éliminé. Nous verrons plus loin
que la nature du premier aminoacide de la séquence d’une protéine est un
facteur de contrôle de la durée de vie de la protéine intéressée.
L’O-glycosylations de protéines cytosolique est un phénomène rare :
l’arborisation sucrée est accrochée sur l’oxygène porté par des résidus sérine et
thréonine. La majeure partie des glycosylations concerne des protéines entrées
dans le système endomembranaire :
- Elles sont N-glycosylées dans la lumière du REG, par accrochage de
l’arborisation sucrée sur l’azote (N) de l’asparagine.
-Elles sont O-glycosylées dans la lumière des citernes de l’appareil de Golgi
par accrochage de l’arborisation sucrée sur l’oxygène (O) porté par la sérine ou la
thréonine.
Le cytosol est aussi le site de dégradation de protéines. Dans la cellule
eucaryote, la dégradation des protéines ou protéolyse est observée
principalement au niveau de deux sites. Plusieurs compartiments du système
endomembranaire, dans lesquels la protéolyse fait appel à des hydrolases
fonctionnant à pH acide :Les Endosomes, pour les protéines importées par les
eucaryotes à partir du milieu extracellulaire : leur dégradation débute dans les
Endosomes avant de se poursuivre dans les lysosomes, pour les protéines
importées par endocytose ou phagocytose ; les vacuoles d’autophagie, faisant
aussi partie du système lysosomal, pour du matériel d’origine intercellulaire.
La protéolyse est totale dans le système lysosomal. Le cytosol, où coexistent
2 types de systèmes de protéases fonctionnant à pH neutre : les protéasomes,
complexes enzymatiques présents dans le cytosol, visibles au microscope
électronique et non limités par une membrane d’enveloppe. La protéolyse peut
être totale ou partielle, d’autres enzymes non organisées en protéasomes
(exopeptidases) et activées par les ions Ca++, comme la calpaïne. La
dégradation par les protéasomes est dite ubiquitine- et ATP-dépendante. Les
peptides produits par le protéasome sont dits peptides antigéniques

Le signal qui contrôle la durée de vie des protéines cytosolique est très simple
puisque c’est la nature du premier aminoacide de la séquence. Il existe des
aminoacides hautement déstabilisants (l’isoleucine par exemple qui donne à la
protéine une demi-vie de 2 minutes...), déstabilisants (la leucine : demi-vie
protéique de 10 minutes) ou au contraire stabilisants (la méthionine, la glycine :
demi-vie protéique supérieure à 20 heures)
L’adressage, les modifications Co- et post traductionnelles, la dégradation des
protéines sont des phénomènes qui dépendent des protéines de choc thermique
(en anglais Heat shock proteins, Hsp) On distingue 2 catégories de Hsp :
- Les unes sont présentes, à l’état normal, dans toutes les cellules : elles sont
dites Hsp constitutives. L’ubiquitine est l’une d’entre elles.
- Les autres sont absentes dans les cellules à l’état normal. Un choc thermique
conduit au déclenchement de la transcription de leurs gènes et à leur synthèse :
elles sont dites Hsp inductibles.

Quelques fonctions des protéines chaperonnent :


-Acquisition de la conformation des protéines cytosolique néo synthétisées
-Adressage des protéines dans la mitochondrie et dans le REG.
- Déshabillage des vésicules recouvertes de clathrine.
Le système endomembranaire :

Plusieurs critères définissent le système endomembranaire


Présent uniquement dans les cellules eucaryotes, c’est un complexe fait
de plusieurs cavités, de vésicules, tubules ou canalicules.
Il est constitué, par l’ensemble de compartiments intracellulaires limités par une
membrane d’enveloppe, à l’exception des mitochondries (des chloroplastes dans
les cellules végétales) et des peroxysomes.
Chacun des compartiments possède 2 types d’éléments constitutifs qui peuvent
passer d’un compartiment à un autre par l’intermédiaire de vésicules, tubules,
canalicules.

Ils possèdent des caractéristiques morphologiques et fonctionnelles propres


qui permettent de les distinguer.
Le réticulum endoplasmique : dépourvu de ribosomes, c’est le réticulum
endoplasmique lisse (REL), ou porteur de ribosomes sur sa face cytosolique, c’est
le réticulum endoplasmique granulaire (REG), L’enveloppe nucléaire, région
différenciée du RE sera étudiée avec le noyau, L’appareil de Golgi, Les
Endosomes (phagosomes) et les lysosomes, une population très hétérogène de
vésicules, de canalicules, de tubules et de vacuoles transitant entre les
compartiments ci-dessus et entre ces compartiments et la membrane plasmique.

Les « flux membranaires » assurent un transport simultané des


membranes d’enveloppe et du contenu des cavités. Un flux membranaire se
définit à partir de plusieurs critères : - Le ou les compartiments de
départ et le ou les compartiments d’arrivée afin de définir l’orientation des
transportés ;
-La nature du matériel transporté.
Ces quatre flux se confondent sur une partie de leur trajet.

-Le flux membranaire vectoriel permanent représente la référence à


laquelle les autres flux sont comparés : le RE est la principale porte d’entrée
de ce flux, à partir du RE, les membranes d’enveloppe et leur contenu sont
transportés vers l’appareil de Golgi ; l’appareil de Golgi est le carrefour du flux
membranaire vectoriel permanent. A partir du Golgi, le matériel transporté
peut emprunter deux voies :

- vers la membrane plasmique : ce sont les 2 types de sécrétions, régulée


et constitutive.
- vers les Endosomes, puis des Endosomes vers les lysosomes.
-flux membranaire reliant le Golgi au RE : Ce flux, de sens opposé au flux
vectoriel permanent, est aussi un phénomène permanent, nécessaire au
retour de l’appareil de Golgi vers le RE de protéines spécifiques à ce
compartiment.
-Un troisième ensemble de flux membranaires a pour carrefour les
Endosomes : Les phénomènes d’endocytose (phagocytose) à partir de la
membrane plasmique délivrent des vésicules aux Endosomes (phagosomes):
cette partie du transport se déroule selon une direction opposée à celle du
flux membranaire vectoriel et permanent. Les Endosomes (phagosomes)
peuvent délivrer des membranes d’enveloppe et leur contenu à quatre
compartiment différents : 1- La membrane plasmique, lors du recyclage de
récepteurs membranaires 2- Les lysosomes : ce trajet est aussi
celui de l’une des branches du flux vectoriel et permanent 3- L’appareil de
Golgi, dans une direction opposée au flux vectoriel et permanent, 4- Le
cytosol.
-Flux reliant la membrane plasmique et le RE par l’intermédiaire des
cavéoles et des cavéosomes : Du matériel d’origine extracellulaire (virus,
toxines) est endocyté dans des cavéoles. Il gagne les cavéosomes, organites
ressemblant aux Endosomes mais possédant un revêtement de cavoline A partir
des cavéosomes, le matériel peut gagner le RE (et l’enveloppe nucléaire) par
deux voies différentes de transport : une voie directe sans passer par le Golgi ou
une voie indirecte via le Golgi en provenance des cavéosomes avec ou non un
passage dans les Endosomes. Le matériel sort du RE et passe dans le cytosol.
Les transports entre compartiments du système endomembranaire se
déroulent en 5 étapes successives. Ces étapes consomment de l’énergie, font
intervenir le cytosquelette et ses protéines motrices et de nombreuses molécules
cytosolique, par exemple des protéines G monomériques.
1- A partir d’un compartiment membranaire dit « donneur », on observe le
bourgeonnement de vésicules (tubules, canalicules) possédant sur leur face
cytosolique un revêtement protéique :2 types différents de revêtement protéique
d’origine cytosolique sont connus :la clathrine et plusieurs types de protéines
d’adaptation,es coatomères.
2- Les vésicules (tubules, canalicules) se détachent du compartiment
donneur sous l’action de protéines spécialisées, dont la dynamine.
3- Ces vésicules perdent très tôt leur revêtement cytosolique qui se
dépolymérise : Le revêtement cytosolique interdit les interactions entre les
protéines de la membrane d’enveloppe des vésicules et le cytosquelette (MAP
motrices…). Sans ce déshabillage, les étapes suivantes de transport et de fusion
membranaire sont impossibles.
4- Les vésicules déshabillées sont transportées, dans le cytosol, d’un
compartiment à l’autre : Ce transport fait intervenir le cytosquelette
(microtubules et MAP motrices sur de grandes distances, MF d’actine et myosines
sur de courtes distances) et consomme de l’énergie
5- La membrane d’enveloppe des vésicules fusionne avec celle du compartiment
« receveur » : La fusion fait intervenir des facteurs cytosolique (dont des
protéines G monomériques) et des protéines membranaires de la membrane
d’enveloppe des vésicules et celle du compartiment « receveur ».
Le réticulum endoplasmique :

C’est un ensemble de canalicules et de vésicules qui constituent un réseau


très développé dans les cellules eucaryotes adultes.

Le RE est en continuité avec l’enveloppe nucléaire qui fait partie du RE. Le


RE porte ou non, sur sa surface des ribosomes, ce qui permet de distinguer le
REG (ou RER) du REL et Dans une cellule donnée, la présence ou l’absence des
ribosomes correspond à deux phénomènes :
1- L’importance quantitative de la synthèse protéique réalisée par une
cellule donnée.
2- Les étapes successives de la protéosynthèse : Les ribosomes
s’attachent à la membrane du RE (qui devient temporairement granulaire) au
début de la synthèse d’une protéine et s’en détachent (le RE redevient
localement lisse) à la fin.

Les fonctions du RE dans les cellules eucaryotes :


Synthèse et translocation de protéines solubles, transmembranaires, ou
ancrées par un groupement glycosyl-phosphatidyl-inositol (GPI) au feuillet liminal
de la membrane d’enveloppe : Les protéines solubles synthétisées par le RE
peuvent avoir 3 destinations: la membrane plasmique( les protéines
périphériques externes, à) ;le milieu extracellulaire: les protéines sécrétées en
général ; les autres compartiments du système endomembranaire situés en aval
du RE dans le flux membranaire vectoriel et permanent (Golgi, Endosomes et
lysosomes): par exemple, les enzymes lysosomal.
N- et C- glycosylation des protéines et élagage leur arborisation sucrée
mise en place de la conformation spatiale des protéines et « contrôle de qualité »
avant leur exportation vers le golgi,
Production de facteurs de régulation de la transcription (FRT) à partir de
protéines membranaires : importés dans le nucléoplasme, ils régulent l’activité
de transcription du génome ,
Stockage et libération du calcium,
Production du glucose par déphosphorylation du glycose-6-Phosphate
importé de cytosol,

Les Fonctions du RE dans des cellules spécialisées :


-Synthèse des lipides destinés à l’exportation
-Détoxification par hydroxylation et solubilisation de molécules par le REL : Les
molécules hydroxylées devenues plus hydrophiles ont deux voies d’élimination
dans le milieu extérieur : Certaines sont transloquées dans la lumière du REL ;
D’autres molécules restent dans le cytosol. Leur hydro solubilité est augmentée
en particulier par sulfatation.
L’appareil de golgi :

L’appareil de golgi est un ensemble de vésicules et de saccules aplatis et


organisés comme une pile d’assiettes. Chacune de pile de saccule constitue un
dictyosome, Chaque dictyosome est environné de vésicules, tubules ou
canalicules qui assurent les transports du RE à dictyosome, entre les saccules
golgiens et à partir du dictyosome vers la membrane plasmique, les lysosomes et
les Endosomes.
Selon le type et l’état fonctionnel de la cellule, l’appareil de Golgi est formé
par un ou plusieurs dictyosomes.
Il présente une localisation précise :
-A proximité du noyau : l’appareil de Golgi contribue à la définition de la polarité
cellulaire. Il est situé sur un plan fonctionnel entre le RE et la membrane
plasmique vers laquelle se dirige le flux membranaire vectoriel et permanent.
-A proximité du centre cellulaire (ou centrosome), c’est-à-dire proche de la région
organisatrice des microtubules.
Chaque dictyosome comporte :

-Des saccules de la face cis ou face d’entrée alimentés par du matériel


provenant du RE ;
-Des saccules de la région médiane ;
-Des saccules de la face trans ou face de sortie, en continuité avec un
réseau de canalicules constituant le réseau trans-golgien (ou TGN, trans Golgi
Network)

Les fonctions de l’appareil de Golgi sont ; recevoir du matériel néo


synthétisé en provenance du RE, le modifie puis l’exporte vers d’autres
compartiments dans le cadre du flux membranaire vectoriel et permanent.
Le Golgi est aussi un carrefour pour les flux membranaires de sens opposé à celui
du flux vectoriel et permanent.
La O-glycosylation dans le Golgi présente 3 analogies et 3 différences avec
la N-glycosylation des protéines qui se déroule dans le RE.
1-Les 3 analogies
- Les sucres sont synthétisés dans le cytosol et apportés sous forme activée,
liés à des nucléotides : Ex : l’UP couplé au galactose (UDP-Gal), le CMP
couplé à l’acide N-acétyl Neuraminique (N-acétyl Neuraminic Acid ou
NANA) (CMP-NANA).
- L’O-glycosylation concerne à la fois le domaine luminale des protéines
transmembranaires ou des protéines solubles, des protéoglycannes
contenus dans le Golgi.
- Les sucres sont accrochés aux protéines, dans la lumière des saccules
golgiens grâce à des O-glycosyl-(protéine)-transférases, dans la lumière du
RE grâce à des N- ou des C-glycosyl-(protéine-) transférases.

2-Les 3 différences
- Le précurseur nucléotide-sucre pénètre dans la lumière du saccule via une
perméase spécifique de type antiport (ce même précurseur ne pénètre pas
dans la lumière du RE)
- Le sucre est accroché par une O-glycosyl-(protéine)-transférase sur
l’oxygène porté par le radical d’un acide aminé, qui est soit la sérine, soit
la thréonine, d’où le nom de O-glycosylation.

Les modifications des chaînes oligosaccharidiques portées par les


protéines concernent les protéines transmembranaires ou solubles déjà
modifiées par la N- ou(C-) glycosylation (dans le RE) et ou par la O-glycosylation
(dans le Golgi).
-La phosphorylation des résidus mannose. Cette modification est indispensable à
la maturation des enzymes solubles des lysosomes et à leur adressage vers ce
compartiment.
-L’enlèvement des résidus mannose sous l’action des mannosidases.
-L’addition de nouveaux résidus sucrés e complément de l’arborisation générée
par la N-glycosylation ou en remplacement de cette dernière

L’addition de nouveaux résidus sucrés e complément de l’arborisation


générée par la N-glycosylation ou en remplacement de cette dernière
- L’addition de galactose (Gal), N-acétyl-glucosamine (GlcNAc), acide N-
acétyl-neuramique (NANA) se déroule comme dans le cas de l’O-
glycosylation
- Les enzymes responsables sont impliquées dans des maladies humaines
acquises et congénitales.
Ex : la bactérie Helicobacter pylori, inhibe l’UDP-galactosyl-transférase
golgienne et perturbe la glycosylation de mucines gastriques dont le rôle est
de protéger l’épithélium de surface gastrique, ce qui favorise l’apparition
d’ulcères gastriques.
Les sphingolipides sont synthétisés sur le feuillet luminale de la membrane
d’enveloppe du Golgi cis et médian. Les précurseurs traversent la membrane
d’enveloppe des citernes golgiennes par des perméases et sont polymérisés en
plusieurs étapes selon un mécanisme de synthèse progressive semblable à celui
de la synthèse des phospholipides dans le RE, mais qui se déroule sur la face
luminale du Golgi.
Le Golgi comporte des protéases, Les unes fonctionnent à pH neutre et
sont localisées dans les citernes proximales et d’autres fonctionnent à pH acide
dans les citernes ditales (trans et TGN)
Le Golgi est l’un des sites cellulaires de stockage des ions calcium :
Comme le RE, les citernes golgiennes comportent une Ca 2+-ATPase, une protéine
fixant les ions Ca2+ dans la lumière et un canal de libération de type récepteur de
l’IP3. Ces protéines membranaires sont en route vers la membrane plasmique.
Le réseau trans-golgien ou TGN (Trans Golgi Network) présente des
caractéristiques qui le rendent différent des autres citernes golgiennes :
1-Le TGN est un compartiment très proche des endosomes et des
lysosomes :
- L’acidité du pH de sa lumière est assurée par une ATPase à protons (H +-
ATPase) non fonctionnelle dans les autres citernes.
- Le TGN contient la phosphatase acide, enzyme membranaire marqueur du
compartiment lysosomal. Cette enzyme est active dans le TGN en raison
du pH acide de sa lumière, alors que l’enzyme (synthétisée par le REG et
transportée par le flux membranaire vectoriel et permanent) est inactive
en amont du TGN en raison du pH non acide.
- Le TGN est en continuité avec la citerne membranaire qui donne
naissance à la membrane d’enveloppe de la vacuole autophagique.

2-Deux autres édifices moléculaires sont présentes dans le TGN :


Des protéases membranaires ou solubles, qui sont capables de cliver à pH
acide des protéines solubles ou membranaires en transit ; des perméases
de type ATPase responsables du transport de cuivre du cytosol dans la
lumière du TGN.
Le flux membranaire permanent vectoriel exporte deux types de
vésicules « recouvertes » à partir du TGN (ou des citernes trans):
- Le matériel destiné aux endosomes, aux lysosomes et à la sécrétion
régulée est emballé dans des vésicules de transport recouvertes de
molécules de clathrine et de plusieurs types de protéines d’adaptation. En
particulier elles sont différentes de celles des vésicules à clathrine nées
par endocytose au niveau de la membrane plasmique. Ce revêtement
transitoire se dépolymérise.
- Des vésicules riches en cholestérol, en sphingolipides, en glycoprotéines
liées par un GPI et comportant un revêtement de cavéoline bourgeonnent
aussi du TGN et se dirigent vers la membrane plasmique dans laquelle
sont insérés par exocytose ces micro domaines riches en lipides. Ces
vésicules conservent leur revêtement de cavéoline, protéine
transmembranaire.

En dehors des maladies génétiques concernant les enzymes ou leur


substrat, le Golgi est impliqué dans plusieurs pathologies acquises
Des maladies auto-immunes, Des maladies virales, Des maladies induites par
des toxines bactériennes.
Endosomes-phagosome :

C’est le compartiment vers lequel se dirigent les véhicules nés de la


membrane plasmique par endocytose
Les endosomes sont aussi alimentés par des vésicules de transport ayant
bourgeonné du TGN et du Golgi trans, ces vésicules apportent entre autres
des enzymes solubles et membranaires et la H +-ATPase.
La lumière de ce compartiment présente un pH de plus en plus acide, qui
permet de distinguer plusieurs classes d’endosomes.

-Les endosomes précoces, directement alimentés par l’endocytose,


présentent un pH proche de celui du milieu extracellulaire (7,4).
-Les endosomes tardifs présentent un pH plus acide (6,5) intermédiaire
entre le pH de endosomes précoces et celui des très acide des lysosomes (5).
Les endosomes contiennent des hydrolases : Les unes fonctionnent
à pH acide et proviennent du TGN via des vésicules recouvertes de
clathrine puis déshabillées. D’autres sont des protéases insérées dans la
membrane plasmique, en particulier les endoprotéases assurant la
maturation du matériel de la sécrétion régulée ou constitutive. Ces
enzymes commencent dans les endosomes l’hydrolyse de certaines des
molécules endocytées, phénomène qui pourra se poursuivre dans le
compartiment lysosomal.
Le compartiment endosomal constitue un carrefour entre la
membrane plasmique, le cytosol, le TGN et les lysosomes.
Le compartiment endosomal exporte du matériel vers la membrane
plasmique et le milieu extracellulaire) Les endosomes assurent le
recyclage à la membrane plasmique des protéines membranaires
préalablement endocytées (récepteurs pour des signaux chimiques
extracellulaires…):
-Le domaine cytosolique de ces protéines membranaires peut avoir
été mono-ubiquitinylé, ce qui est un signal d’endocytose.
-Les récepteurs fixent leur ligand à la surface cellulaire ce qui induit
l’endocytose du complexe ligand-récepteur (pour certains via des vésicules
recouvertes de clathrine et de protéines d’adaptation), si le récepteur n’est
pas immobilisé dans la membrane plasmique.
-Les récepteurs se détachent de leur ligand dans les endosomes
sous l’effet du pH acide endosomal.
-Les protéines membranaires sont reprises par des vésicules
bourgeonnant des endosomes (possédant un revêtement cytosolique de
clathrine), puis sont exocytés à la membrane plasmique, après avoir été
éventuellement dé-ubiquitinylés

Le compartiment endosomal joue un rôle capital dans le phénomène


de « présentation des antigènes » et l’activation du lymphocyte T. Ce
phénomène fait intervenir les deux types I et II du Complexe Majeur
d’Histocompatibilité (CMH) appartenant à la superfamille des
immunoglobulines. Il est le point de départ de la réponse immunitaire.
Dans toutes les cellules, le CMH de type I fixe les peptides
antigéniques produits par les protéasomes dans le cytosol puis par les
peptidases ERAP de la lumière du RE :
Les cellules spécialisées dites « présentatrices d’antigènes »,
appartenant à la famille des macrophages, sont en plus capable de fixer
des peptides antigéniques sur le CMH de types II dans les endosomes
(phagosomes)
Le Golgi trans fournit aux endosomes des vésicules (d’abord
recouvertes de clathrine et de protéines d’adaptation), qui transportent les
hydrolases acides et la H+-ATPase. Grâce à cet apport continu, les
endosomes se transforment progressivement en lysosomes.
Lysosomes :

C’est un compartiment de morphologie très hétérogène, visualisable en


microscopie optique ou électronique par la détection cytoenzymologique de la
phosphatase acide. Les lysosomes contiennent des hydrolases fonctionnant à pH
acide (pH 5)
Ces enzymes (nucléases, protéases, glycosidases, phosphatases, lipases,
sulfatases, phospholipases…) sont capables d’hydrolyser l’ensemble des familles
de molécules biologiques. Elles ne sont actives qu’à pH acide.
La membrane lysosomal comporte 4 groupes de glycoprotéines
transmembranaires. Elles possèdent, dans leur domaine cytosolique, un signal
d’adressage vers les lysosomes. -Les glycoprotéines non
enzymatiques, -Les
glycoprotéines enzymatiques : phosphatase acide, utilisé aussi comme marqueur
de ce compartiment)
-Une ATPase à protons (H+- ATPase): elle transporte des ions H+ du cytosol vers la
lumière lysosomal et est responsable de son acidification.
-Des perméases autres que l’ATPase à protons : Les unes exportent de la lumière
des lysosomes vers le cytosol les produits finaux du catabolisme lysosomal
(acides aminés, cholestérol…).D’autres (appartenant à la famille ABC) permettent
l’entrée directe, du cytosol dans la lumière des lysosomes, de matériaux à
hydrolyser.

La biosynthèse de ces enzymes suit le schéma général des glycoprotéines


solubles :
- Biosynthèse de la chaîne protéique dans le REG
-N-Glycosylation puis modification de l’arborisation sucrée dans le
REG
-Transport par le flux membranaire vectoriel t permanent au Golgi
- Modification dans le Golgi de l’arborisation sucrée qui conduit à la
synthèse d’un mannose-6-phosphate.

Les enzymes lysosomales solubles utilisent donc un mécanisme d’adressage


indirect à 2 composantes : le mannose-6-Phosphate (M-6-P) et Le récepteur du M-
6-P, transmembranaire qui possède dans son domaine cytosolique le signal
d’adressage vers les endosomes
L’autophagie : C’est un mécanisme général utilisé par les cellules pour
dégrader leurs propres organites et molécules et assurer leur renouvellement .
Les lysosomes résultent de la fusion d’une ou plusieurs vésicules de transport
et d’une vésicule ou vacuole (endosome, phagosome) renfermant des matériaux
à dégrader.
Les ostéoclastes (macrophages du tissu osseux), les chondroclastes
(macrophages du tissu cartilagineux) sont capables de sécréter localement le
contenu de leurs lysosomes pour détruire la matrice osseuse ou cartilagineuse,
processus normal et indispensable au renouvellement ou au remodelage de ces
tissus.

Quatre types de mécanismes provoquent l’accumulation dans le lysosome


de molécules non dégradées ou de leur produit de dégradation :
-L’absence d’hydrolyse de molécules biologiques par absence ou anomalie
fonctionnelle d’une ou de plusieurs enzymes.
-Une anomalie des perméases qui ne permettent plus le passage dans le cytosol
des métabolites produits par l’hydrolyse.
-L’absence d’hydrolyse de molécules biologiques parce que le pH lysosomal n’est
pas assez acide.
-La présence dans le lysosome de matériaux non biologiques qui ne peuvent être
hydrolysés par les enzymes lysosomales

Le flux Membranaire se fait en quatre étapes qui sont :

1. Le bourgeonnement, le détachement de vésicules recouvertes, la perte


de leur revêtement.
2. Transport et adressage du matériel transporté.
3. Fusion : membrane d’enveloppe des vésicules déshabillées vs
compartiment « receveur »
4. Flux membranaire vectoriel permanent
Le peroxysome :

Le peroxysome est un organite délimité par une seule membrane


d’enveloppe et sont présents dans toutes les cellules eucaryotes (levures ->
vertébrés supérieurs). Comme les mitochondries, les peroxysomes existent à la
fois sous forme d’organites isolés et sous forme d’un réseau dynamique et ne
font pas partie du système endomembranaire.
Le peroxysome utilise l’O2 dans 3 voies métaboliques :
- La β-oxydation des acides gras à très longue chaîne
-la production puis la dégradation du peroxyde d’hydrogène (H 2O2)
-l’hydroxylation des molécules
Deux séries d’observations démontrent que la membrane des
peroxysomes ne provient pas de celle du REL :
- Les protéines de la membrane d’enveloppe des peroxysomes ne sont pas N-
glycosylées : elles sont synthétisées entièrement dans le cytosol au niveau de
polysomes libres (non fixés à la membrane d’enveloppe du RE) puis adressées à
la membrane des peroxysomes. - La composition
en phospholipides permet de différencier la membrane des peroxysomes de la
membrane d’enveloppe du RE.
1. Les peroxysomes se déplacent dans les cellules avec participation du
cytosquelette (microfilaments d’actine ou microtubules et leurs protéines
motrices associées). 2. Les constituants des peroxysomes sont
soumis à un renouvellement permanent. 3. Comme les mitochondries,
les peroxysomes sont détruits par autophagie dans le compartiment lysosomal.
La mitochondrie :

La mitochondrie possède une double membrane d’enveloppe et son


organisation structurale et moléculaire de la mitochondrie est identique chez tous
les eucaryotes (animaux et végétaux). Les bactéries ne possèdent pas de
mitochondries.

La mitochondrie exerce plusieurs fonctions principales :


-Production d’Energie (ATP) par phosphorylation oxydative
1- Phosphorylation de l’ADP en ATP en présence d’O2 ;
2- Siège de la respiration cellulaire ( O2 et CO2)
- Déclenchement et régulation de la mort cellulaire (apoptose)
-Intervient dans d’autres voies métaboliques
1- Synthèse de certains phospholipides membranaires et dans les cellules
endocrines spécialisées, elle synthétise des hormones stéroïdes.
2- Synthèse de l’hème, constituant de certains éléments de la chaîne
respiratoire, de l’hémoglobine et de la myoglobine.
3 - Régulation de la concentration en ion Ca 2+ dans le cytosol en association
avec les sites de stockage (RE, Golgi, Enveloppe nucléaire)
4- Production et catabolisme d’ions superoxyde O 2- toxiques pour la cellule

La mitochondrie possède son propre génome. L’ADN mitochondriale


contrôle la synthèse dans la matrice mitochondriale de 13 protéines
mitochondriales, les autres protéines sont synthétisées dans le cytosol (~ 500 P)
sous le contrôle du génome nucléaire. Il existe un système d’import (signal
d’adressage et pore de translocation)

La membrane externe de la mitochondrie est une bicouche lipidique de 5 à


7 nm d’épaisseur qui a une composition proche de celle de la MP. Elle contient 50
à 60 % de protéines et 50 à 40 %, est riche en porine et perméable aux ions et
molécules de masse inferieure a 10 KDa. Elles ne laissent pas passer les H+ qui
s’accumulent dans l’EIM. L’espace
inter membranaire est de 4 à 7 nm dense et contient des H+ (rôle dans la
phosphorylation), des molécules du cytochrome C (rôle dans l’apoptose)
molécules de masse inferieure à 10 KDa. Les H+ proviennent du fonctionnement
de la chaine respiratoire. En plus des cyt, cet espace contient également des
procaspases, jouant toutes un rôle dans l’apoptose. Dans le cytosol, les cyt C
clivent les procaspases en caspases. La
membrane interne quant à elle est une bicouche lipidique de 5 à 6 nm avec une
organisation très différente de celle de la membrane externe aves 80 % des
protéines et 20 %des lipides, riche en cardiolipine. Elle comporte des replies
complexe appelés crêtes mitochondriales projetées dans la matrice. Cette
membrane est peut fluide (passage actif). Le nombre et la surface des crêtes
sont corrélés avec la demande en ATP de la cellule. L’ATP synthase joue un rôle
dans la morphologie des crêtes.La matrice mitochondriale est finement
granuleuse et contient des mitoribosomes, de l’ADN circulaire, de nombreux
système enzymatiques.

Il existe 4 complexes protéiques enzymatiques de la chaîne


respiratoire (CR). Les composés oxydés comme le NADH et le FADH2 cèdent leurs
électrons à la chaîne respiratoire.
1- NADH => Complexe I
2- FADH2 => Complexe II
3- Les électrons en provenance du cytosol apporté par la
navette glycérol/phosphate => Complexe III
Les complexes I, III et IV prennent en charge les électrons et les H + à
l’intérieur de la membrane interne. Tandis que le complexe II transporte
uniquement les électrons. Les électrons sont transportés entre
complexes enzymatiques de la CR par 2 molécules de petites tailles :
- L’ubiquinone
(ou Coenzyme Q10), entre les complexes I et III ou II et III - Le
cytochrome C, entre les complexes III et IV.
Les 3 types de molécules produites par le cytosol et utilisées par la
mitochondrie pour la synthèse d’ATP :
1- Le pyruvate qui provient du catabolisme des aminoacides et des sucres simples,
Le pyruvate produit par la glycolyse cytosolique entre rapidement dans les
mitochondries où il sera complètement oxydé en CO 2 et H2O + une quantité
maximale d’ATP.
2- La navette malate-aspartate cède les e- au NADH matriciel, qui les
apporte au complexe I (ou NADH-déshydrogénase) de la CR, générant 3
molécules d’ATP/2e-.
3- Des acides gras à chaîne courte, certains produits par les peroxysomes,
entrent aussi dans la matrice mitochondriale.

Les étapes mitochondriales de la respiration cellulaire :


1. Le pyruvate, les acides gras, l’ADP et les ions phosphates traversent la
membrane externe des mitochondries par l’intermédiaire des porines,
perméases de type passif pour ces molécules. => Leur concentration dans
l’espace inter membranaire est équivalente à leur concentration dans le
cytosol.
2.Ces mêmes molécules sont transportées dans la matrice mitochondriale
au travers de la membrane interne par d’autres perméases de type actif
(consommation d’énergie). => Cette énergie est fournie par le transport
simultané ou Co-transport d’une autre molécule dans le sens de son gradient
de concentration. 3.
Deux voies métaboliques de la matrice mitochondriale produisent l’acétyl-
CoA.
 Point de convergence des réactions de catabolisme cytosolique
 Voie d’entrée obligatoire dans le « métabolisme mitochondrial »
Les acides gras sont oxydés à l’intérieur de la matrice mitochondriale en
acétyl-CoA avec production de NADH et de FADH 2 (Flavine Adénine Dinucléotide
réduit).
 L’ensemble des réactions de la β-oxydation des acides gras constitue l’hélice
de Lynen. Le pyruvate provenant du catabolisme des protéines et des sucres
est aussi converti en acétyl-CoA, avec production de CO 2 et de NADH.

1 molécule de l’Acétyl-CoA  1 cycle de Krebs => - 3 NADH


- 1 FADH 2
- GTP
- CO 2 et H2O

La liaison phosphate de haute énergie du GTP produit, est utilisée pour


produire de l’ATP à partir du GTP et du phosphate.

5. Des électrons de haute énergie sont transférés à l’oxygène par


l’intermédiaire des complexes enzymatiques de la chaîne respiratoire, insérés
dans la membrane interne des mitochondries. L’ubiquinone (ou Coenzyme Q10) :
amène les électrons des complexes I ou II ou au complexe III. Le cytochrome C :
amène les électrons du complexe III au complexe IV.
Les électrons perdent de l’énergie à chaque étape: Cette énergie est utilisée
par 3 des 4 complexes de la chaîne respiratoire pour exporter des H + de la
matrice au travers de la membrane interne dans l’espace inter membranaire où
ils s’accumulent créant ainsi un gradient de protons entre l’espace inter
membranaire et la matrice.
6. Le gradient de protons : Ce gradient est utilisé comme source d’énergie
par 2 types d’édifices moléculaires de la membrane interne ;
- Le complexe de l’ATP-synthase qui utilise ce gradient pour produire de l’ATP à
l’intérieur de la matrice mitochondriale
<=> le phénomène de la phosphorylation oxydative permet l’établissement
d’une liaison de forte énergie entre l’ADP et l’ion phosphate, produisant de l’ATP.
-3 symports qui assurent le transport actif des métabolites indispensables et des
ions H+. => La mitochondrie contrôle l’utilisation de ce gradient de protons.
7. Le gradient de protons est dissipé par les protéines de découplage (UCP)
8. Devenir des produits du métabolisme mitochondrial en relation avec la
production d’énergie L’ATP est stocké dans la matrice mitochondriale ou
transporté dans l’espace inter membranaire par l’intermédiaire de l’antiport ADP/
ATP. Il traverse ensuite la membrane externe de manière passive au travers des
porines et diffuse dans le cytosol vers les sites de son utilisation. Le CO 2 et l’H2O
produits quittent la mitochondrie en traversant les deux membranes
mitochondriales. Les métabolites du cycle de l’acide citrique peuvent être
exportés vers le cytosol pour d’autres synthèse (ex : acides aminés)
9. La mitochondrie produit aussi des métabolites réactifs de l’oxygène : Toute
fuite d’électrons en présence d’oxygène conduit à la formation d’ERO (Espèces
Réactives de l’Oxygène, ROS pour Reactive Oxygen Species)

La mitochondrie coopère avec les autres compartiments cellulaires


Le RE, les mitochondries et le cytosol interagissent dans :
-la biosynthèse des stéroïdes, phospholipides, acides aminés, hème,
etc.
- les mouvements des ions calcium, qui participent à la signalisation
entre les mitochondries et le noyau.
La mitochondrie catabolise les acides gras à chaîne courte produits dans les
peroxysomes.

La mitochondrie et le cytosol coopèrent pour la synthèse de l’hème elle


commence dans la mitochondrie (à partir du dérivé d’un métabolite du cycle de
l’acide citrique), se poursuit dans le cytosol et se termine dans la matrice
mitochondriale (site de l’incorporation de l’atome de fer).
Les mitochondries et le RE coopèrent dans le contrôle de la concentration
cytosolique en ions calcium. Ca2+ => mis en jeu des kinases et phosphatases qui
activent certains facteurs de régulation de la transcription comme NF-kb. Les ions
Ca2+ participent au contrôle du métabolisme mitochondrial car ils activent
plusieurs enzymes du cycle de Krebs et contrôlent la production de NAD(P)H et
d’ATP.

Les mitochondries proviennent de la division, de la fragmentation et/ou de la


fusion de mitochondries préexistantes
a) La fusion se déroule en 2 étapes :
-La fusion des membranes externes qui fait intervenir 2 protéines G
monomériques insérées dans les membranes externes, les mitofusines MFN 1 &
2.
-Ensuite, la fusion des membranes internes qui fait intervenir une protéine G
monomérique, OPA1 (Optic Atrophy 1) dont le site actif est localisé dans l’espace
intermembranair.
b) La fragmentation des mitochondries se fait grâce à l’intervention d’une
protéine G monomérique, Drp 1 (Dynamin-related protein1), qui est recrutée
dans le cytosol et interagit avec la membrane externe.
-Drp1 intervient dans la fragmentation du réseau de peroxysome.
-Les mutations de certaines de ces protéines sont responsables de maladies
humaines.

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