GÉNIE

FERMENTAIRE

S4_IAB3 / S4_GE2
 Modules S4IAB3 et S4GE2
Génie génétique (GE + IAB) Mr Bennasroune

Cours : 12h

TD : 6h

TP : 8h
Biodégradations (GE) : Mr Flambeau

Cours : 4h

TD : 2h
Génie fermentaire (GE + IAB) : moi

Cours : GE : 12h IAB : 14h

TD : GE : 6h IAB : 8h

TP : GE : 8h IAB : 20h
 Evaluation
génie fermentaire

1 note = 4 IE début de cours (4x5pts)

1 note IE fin de module (≈ fin mars, coef 2)
1 note (GE) / 3 notes (IAB) de TP
 Méthodes, particularités

synthèse de diverses disciplines

visée pratique

documents
prise de notes

bibliographie :
Biotechnologies, R. Scriban
 Génie fermentaire

Introduction
 Définition

BIO-
-TECHNOLOGIE
Utilisation d'éléments du vivant à
des fins d'applications industrielles,
agricoles ou médicales

OCDE (1980) : mise en œuvre de

matériel biologique pour une
production de biens et de services.
Biotechnologies
Génie
fermentaire

Micro-organismes

Génie OGM
Plantes
génétique
Animaux

Génie
ENZYMES
enzymatique
Un peu d’histoire…

Pffouuu, la
barbe… Je hais
l’histoire…


Quelques milliers d’années plus
tôt…
Fin XIXe : relation microorganismes /
fermentation

1861
Première moitié XXe : premières
productions industrielles
Première guerre mondiale : glycérine
 Première moitié XXe : premières
productions industrielles

1928

Deuxième guerre mondiale : pénicilline

Depuis 1973 : génie génétique
Applications actuelles
Applications environnementales : dépollution
Dépollution de
sols

Dépollution des rejets gazeux (COV) Production de bio gaz par

méthanisation de déchets

Dépollution des eaux

 Applications : productions
Médicaments : protéines Bioéthanol
recombinantes

Médicaments : antibiotiques
 Applications : production
Additifs alimentaires
Enzymes : chymosine

Bioplastiques : PLA…
 Avantages du vivant

spécificité des réactions

 Avantages

diversité des réactions

 Avantages

conditions réactionnelles douces

auto entretien des cellules

 Inconvénients

complexité de mise en œuvre

rentabilité
variabilité
 Outils du génie fermentaire

microbiologie
dosages biochimiques et chimiques
automatisme
génie industriel
modélisation mathématique
…

synthèse de divers champs de connaissances

 Etapes
Génie
génétique

obtenir le micro-organisme
• sélection
• ‘création’ par modification ADN
développer le procédé à petite échelle
• faisabilité
• rentabilité
mettre en œuvre à l ’échelle industrielle
Génie
fermentaire
Laboratoire

Industriel

Pilote
CHAPITRE 1 : cinétiques microbiennes

1. Objectifs
 Cinétiques…

Acquérir :

X

S

P
X
S
temps X S P
P

temps
calculer

comparer
 sélectionner
 optimiser

X
S

dX/dt = f (t, T, pH, S…)

-dS/dt = f (t, X, S…)
dP/dt = f (t, X, S…)
temps
modéliser

prévoir et contrôler

dN/dt = rN(1-N/Nmax)(1-Nmin/N)c
Laboratoire

Industriel

Pilote
CHAPITRE 1 : cinétiques microbiennes

1. Objectifs
2. Vue d’ensemble
 T, pH, pot redox…

P
Notion de maintenance

‘’On ne se baigne jamais deux fois

dans le même fleuve’’ Héraclite
 Utilisation du substrat

P
S

Répartition m/P/X dépend : …

 Utilisation du substrat
P
S

X
Rendements :

Yx/s = g de X formé / g de S consommé

Yp/s = g de P formé / g de S consommé

m = g de S consommé / g de X
 Rendements

S X
Rendement global ou
P
final:
P - Po X - Xo
So – S So - S

S X
Rendement instantané :
P
dP/dt
Soit dP/dS, dX/dS
dS/dt
CHAPITRE 1 : cinétiques microbiennes

1. Objectifs
2. Vue d’ensemble
3. Cinétique de la biomasse
3.1 courbe de croissance
LnX

LnXf

LnX2

LnX1
LnXo
 Milieu non renouvelé (batch)

Au moins 1 paramètre
Ln du nombre de cellules

limitant...
Croissance
non limitée

Adaptation
au milieu Temps
CHAPITRE 1 : cinétiques microbiennes

1. Objectifs
2. Vue d’ensemble
3. Cinétique de la biomasse
3.1 courbe de croissance
3.2 paramètres de la croissance
 Rappels
g population
X individu

16 ; 16X g

8 ; 8X g

(t 2 − t1 ). ln 2 4 ; 4X
g=
g

(ln X 2 − ln X 1 )
2 ; 2X
g
1;X
g
temps
 Détermination graphique de g
Biomasse X

X2=2X1

X1

t1 g t2 Temps Ln X

Ln(2X1) = LnX1 + Ln2

Ln2
ln(X1)

t1 g t2 Temps
 Vitesse de croissance

expression d’une vitesse :

quantité / unité de temps : km/h, pizzas/jour

dX / dt = biomasse formée / h

c’est une vitesse instantanée
Vitesse spécifique de croissance
 Vitesse spécifique de croissance

exercice préparatoire ☺ :
Cinétique de la production de frites dans deux cabanes à frittes
concurrentes

Temps production production

cabane 1 cabane 2

11h00-14h00 120 kg 180 kg

 Vitesse spécifique de croissance

exercice préparatoire ☺ :
Cinétique de la consommation de frites dans deux cabanes à frittes
concurrentes

Temps conso conso vitesse de vitesse de

cabane 1 cabane 2 production production

11h00-14h00 120 kg 180 kg 40 kg/h 60 kg/h

Dans quelle cabane les

employés fabriquent-ils le
plus de frittes chacun ?
Lesquels je vais virer ???
 Vitesse spécifique de croissance
Temp Vitesse Vitesse Nombre Nombre Prod. Prod
s de de d’emplo d’emplo Par par
conso conso yés yés emplo employ
cabane cabane cabane cabane yé é
1 2 1 2 Caban Caban
e1 e2

Cas a 3 40kg/h 60kg/h 2 3 20 20

Cas b 3 40kg/h 60kg/h 1 2 40 30
Cas c 3 40kg/h 60kg/h 2 2 20 30

dX 1
Vitesse spécifique
de croissance = µx
µx = .
dt X
Vitesse spécifique de croissance (µx)

croissance = réaction d’ordre 1

dX
rx = = µ x .X
dt

dX 1
D'où : µx = . En h-1 ou mn-1
dt X En fait : g de X / g de X / h
 dX 1
µx = .
dt X
?

Le X de 1/X = X moyen sur un dt petit

X

Ne représente
Représente
pas la valeur
bien la
moyenne
valeur
moyenne

temps

Bien vérifier que X varie linéairement sur le dt choisit

 Évolution de µx

lnX

µ x max µx dépend de :
- la souche
µx
- le milieu
- la T
- le pH
-……….
en intégrant de t1 à t2
(ln X 2 − ln X 1 )
µx =
(t 2 − t1 )
Ln X

Ln X2 Méthode la
plus simple et
Ln X1 la plus fiable
Pente = µ pour calculer
Temps µx.
t1 t2
 Relation entre g et µx

(ln X 2 − ln X 1 ) (t 2 − t1 ). ln 2
µx = g=
(t 2 − t1 ) (ln X 2 − ln X 1 )

ln 2
g=
µx
 Exploitation des mesures

Temps 0 1 2 3 4 5 6

Biomasse X 20 20 30 50 90 80 90

ln X 2,996 2,996 3,401 3,912 4,5 4,382 4,5

Ln X

Temps
 Mesure du temps de latence

LnX0

0
Temps de latence
 Ln X

µx demandé :

Pente = µ

Temps
Ln nombre de
cellules

g demandé :
ln2

g Temps
 Conseils importants

Par le calcul
(t 2 − t1 ). ln 2
g=
(ln N 2 − ln N1 )

(ln X 2 − ln X 1 )
µx =
(t 2 − t1 )

Graphiquement
 Paramètres de croissance à déterminer

durée phase de latence : lag

vitesse spécifique de croissance : µx
temps de génération : g

Eventuellement :
concentration initiale : Xo
concentration finale : Xmax
CHAPITRE 1 : cinétiques microbiennes

1. Objectifs
2. Vue d’ensemble
3. Cinétique de la biomasse
3.1 courbe de croissance
3.2 paramètres de la croissance
3.3 influence de la température
 EFFET de la TEMPÉRATURE sur la
CROISSANCE

Optimale
Topt
Vitesse de croissance µx

Maximale
Minimale
Tmax
Tmin

Température
 En fonction Topt
cryophiles
psychrophiles
mésophiles
thermophiles
hyperthermophiles
µx

pH ou T°
CHAPITRE 1 : cinétiques microbiennes

1. Objectifs
2. Vue d’ensemble
3. Cinétique de la biomasse
3.1 courbe de croissance
3.2 paramètres de la croissance
3.3 influence de la température
3.4 influence du pH
 EFFET du pH sur la CROISSANCE

Gamme de pH
3 à 4 U pH

µx pH optimal

pHmin pHmax pH
 En fonction du pHopt

alcalinophiles
neutrophiles
acidophiles

µx

pH ou T°
CHAPITRE 1 : cinétiques microbiennes

1. Objectifs
2. Vue d’ensemble
3. Cinétique de la biomasse
3.1 courbe de croissance
3.2 paramètres de la croissance
3.3 influence de la température
3.4 influence du pH
3.5 autres facteurs de variation
 Autres facteurs

composition nutritive du milieu

teneur en eau / P osmotique (= aw)
Po2 / potentiel redox
densité de population dX = µX (1 − X )
dt X f
CHAPITRE 1 : cinétiques microbiennes

1. Objectifs
2. Vue d’ensemble
3. Cinétique de la biomasse
4. Cinétique du substrat
4.1 vitesse spécifique de consommation
réaction d’ordre 1
dS
rs = = µ s .X
dt

dS 1
D'où : µs = . En h-1 ou mn-1
dt X En fait : g de S / g de X / h
 Détermination de µs
S
X

dS
X2

X1

X = (X1+X2)/2

dt

dS 1
µs = .
dt X
CHAPITRE 1 : cinétiques microbiennes

1. Objectifs
2. Vue d’ensemble
3. Cinétique de la biomasse
4. Cinétique du substrat
4.1 vitesse spécifique de consommation
4.2 équation de Pirt

C’est pirt
que tout !!!
 Vitesse de consommation de S
BIOMASSE

SUBSTRAT MAINTENANCE

PRODUIT(S)

Vitesse de Vitesse de Vitesse de

Vitesse de consomm
consomm consomm
consomm = + ation du S +
ation du S ation du S
ation du S pour la
pour faire pour faire
X maintenan P
ce
 Equation de Pirt

dS 1 1 1
µS = . = .µ X + m + .µ P
dt X Y ' X / S Y 'P / S
µ s = g de S consommés par h et par g de biomasse

Y’ = rendement particulier / théorique ≠ Y

C6H12O6  2 CH3CH2OH + 2 CO2
180g 2x46 = 92g
Y’p/s = 92/180 = 0,511
CHAPITRE 1 : cinétiques microbiennes

1. Objectifs
2. Vue d’ensemble
3. Cinétique de la biomasse
4. Cinétique du substrat
4.1 vitesse spécifique de consommation
Ch’est
4.2 équation de Pirt trè bon,
Hips
4.3 influence de S sur µx … ouaip !
Le
shhubstra
t…
 Loi de Monod S
µ x = µ x max
Ks + S + ( S 2 / K I )
Inhibition par le substrat
µxmax

µxmax/2

S
µ x = µ x max
Ks + S

Ki
 Intérêt de Ks

espèce A : Ks = 1 mM ; µx = 0,5 h-1

max

espèce B : Ks = 0,1mM ; µx = 0,5 h-1

max

si S = 0,5 mM : …
si S = 10 mM : …
CHAPITRE 1 : cinétiques microbiennes

1. Objectifs
2. Vue d’ensemble
3. Cinétique de la biomasse
4. Cinétique du substrat
5. Cinétique du produit
5.1 vitesse spécifique de production

5 en 4 ans,
faudrait que
ça cesse !
 dP 1
µp = .
dt X
µ p = g de P formés par h et par g de biomasse

Détermination : comme pour µs

CHAPITRE 1 : cinétiques microbiennes

1. Objectifs
2. Vue d’ensemble
3. Cinétique de la biomasse
4. Cinétique du substrat
5. Cinétique du produit
5.1 vitesse spécifique de consommation
5.2 association avec la croissance
 Association avec la croissance

En réacteur fermé : 3 cas

X
Associé à la croissance
dP
P
= métabolite primaire
= YP / X .µ X .X
ex : éthanol (levures) dt
temps

X Non associé à la
dP
= β .X
croissance = métabolite
secondaire
P dt
ex : antibiotiques
temps

X
dP
Association mixte = α .µ X .X+β.X
+ β .X
P dt
temps
CHAPITRE 1 : cinétiques microbiennes

1. Objectifs
2. Vue d’ensemble
3. Cinétique de la biomasse
4. Cinétique du substrat
5. Cinétique du produit
5.1 vitesse spécifique de consommation
5.2 association avec la croissance
5.3 inhibition de la croissance par les produits
 S KI
µ = µ max .
KS + S KI + P
I

exemples : éthanol (levures), acétate (E. coli)

CHAPITRE 1 : cinétiques microbiennes

1. Objectifs
2. Vue d’ensemble
3. Cinétique de la biomasse
4. Cinétique du substrat
5. Cinétique du produit
6. Productivité
 Calcul de la productivité en biomasse

Productivité volumique horaire = (Xf - Xo) / durée

totale
X (g/L) g de X / L / h

Xf

Xo
Temps
0 V, N, R, S culture t (h)

ensemencement

Durée totale du process = V : vidange ; N : nettoyage ; R :

remplissage ; S : stérilisation ; culture
 Calcul de la productivité en produit

Productivité volumique horaire = (Pf - Po) / durée

totale
P (g/L) g de P / L / h

Pf

Po
Temps
0 V, N, R, S culture t (h)

ensemencement

Durée totale du process = V : vidange ; N : nettoyage ; R :

remplissage ; S : stérilisation ; culture
 Productivité horaire totale

productivité horaire totale = ….

CHAPITRE 1 : cinétiques microbiennes

1. Objectifs
2. Vue d’ensemble
3. Cinétique de la biomasse
4. Cinétique du substrat
5. Cinétique du produit
6. Productivité
7. ‘Modes’ de culture
7.1 discontinu = batch
 Batch
Vf

milieu Vf Xo, So, Po

Xo, So, Po
inoculum

culture

Vf
Xo  Xf
Vf
So  Sf (0 en général)
Xf, Sf, Pf
Po  Pf
CHAPITRE 1 : cinétiques microbiennes

1. Objectifs
2. Vue d’ensemble
3. Cinétique de la biomasse
4. Cinétique du substrat
5. Cinétique du produit
6. Productivité
7. ‘Modes’ de culture
7.1 discontinu = batch
7.2 discontinu alimenté = fed-batch
 Fed-batch
Vf

remplissage partiel Vo

Xo, So, Po
inoculum Vo

culture Xo  X
So  0 Vf

Po  P
Vo
alimentation X, S=0, P

Vo  Vf Vf
X  Xf
S~0 Vo

P  Pf Xf, S=0, Pf
 Alimentation en S
débit constant V

Temps

palier V

Temps
variation continue du
V
débit (en fonction de X par
ex.)
Temps
Influence du débit d’alimentation sur X
 Intérêts du fed-batch

évite inhibition par S

diminue latence

meilleure productivité

permet changements de composition

CHAPITRE 1 : cinétiques microbiennes

1. Objectifs
2. Vue d’ensemble
3. Cinétique de la biomasse
4. Cinétique du substrat
5. Cinétique du produit
6. Productivité
7. ‘Modes’ de culture
7.1 discontinu = batch
7.2 discontinu alimenté = fed-batch
7.3 continu
 continu
Vf

milieu Vf Xo, So, Po

Xo, So, Po
inoculum

culture en batch

Vf
Xo  X
Vf
So  S (0 en général)
X, S, P
Po  P
alimentation + soutirage : V constant

Vf

X, S, P

Mode
Mode continu
batch
 V constant = même débit entrée et sortie

Débit d’entrée F (l/h) Débit de sortie F (l/h)

So ≈ P
X, S (≈0),

Vf

X, S, P
Temps de séjour = V / F

Taux de dilution D = F / V
 Jusqu’à...

Production voulue

Contamination

Dérive de la souche
microbienne

Problème technique : colmatage...

 Avantages

productivité élevée
pas d’inhibition S ou P
CHAPITRE 1 : cinétiques microbiennes

1. Objectifs
2. Vue d’ensemble
3. Cinétique de la biomasse
4. Cinétique du substrat
5. Cinétique du produit
6. Productivité
7. ‘Modes’ de culture
7.1 discontinu = batch
7.2 discontinu alimenté = fed-batch
7.3 continu
7.4 comparaison
Batch Fed batch Continu
 Pompe de soutirage
Pompe ou surverse
d’alimentation Pompe
d’alimentation

Plic !

Ploc !

FED BATCH CONTINU CSTR

 BATCH FED-BATCH CONTINU
- productivité > batch
- pas de problème
d'inhibition par le S
P -simple
- contrôle possible du
O - souple d'utilisation - productivité très élevée
métabolisme par variation
U - peu de problème - fonctionne en continu
du S en cours
R d'inhibition par le P - peu d’inhibition S/P
d'alimentation
- reste assez simple et
souple

- risques de contamination ou
- productivité faible - inhibition possible par les
CONTRE de dérive de la souche
- inhibition possible par le S P
- complexe à mettre en œuvre

U O - petites productions
T N - process lents
I S (fermentations alimentaires, - traitement d'un S en continu
L biodégradation sur plusieurs - tout type de production (STEP…)
I T jours…) - manipulation de gros
industrielle
S Y - précultures pour volumes à traiter ou à
A P bioréacteur industriel produire)
T E - S solides (dépollution des
I S sols…)
CHAPITRE 1 : cinétiques microbiennes

1. Objectifs
2. Vue d’ensemble
3. Cinétique de la biomasse
4. Cinétique du substrat
5. Cinétique du produit
6. Productivité
7. ‘Modes’ de culture
8. Méthodes de mesure de X, S et P
 Vue d’ensemble / cas général

Mesures in situ (si Prélèvement

capteurs) et/ou

Mesure de X Centrifugation

Mesure de S et
P sur le
surnageant
CHAPITRE 1 : cinétiques microbiennes

1. Objectifs
2. Vue d’ensemble
3. Cinétique de la biomasse
4. Cinétique du substrat
5. Cinétique du produit
6. Productivité
7. ‘Modes’ de culture
8. Méthodes de mesure de X, S et P
8.1 Mesure de la biomasse
 Mesure du trouble

absorbance à 500-650 nm
• zone de linéarité étroite
• rapide
• peu coûteux
sonde turbidimétrique (capteur)
• linéarité plus étendue
• pas de prélèvement à faire
• enregistrement en continu
 Mesure directe de la biomasse

microscopie (cellules eucaryotes)

ufc
matière sèche
• prélever V mL
• collecter les micro-organismes (filtration, centri)
• laver le culot
• sécher → masse constante
 Mesure d’une activité

consommation d’O2 (capteur)

production de CO2 (capteur)
CHAPITRE 1 : cinétiques microbiennes

1. Objectifs
2. Vue d’ensemble
3. Cinétique de la biomasse
4. Cinétique du substrat
5. Cinétique du produit
6. Productivité
7. ‘Modes’ de culture
8. Méthodes de mesure de X, S et P
8.1 Mesure de la biomasse
8.2 Mesure de S et P
 Mesure de S et P

capteur quand disponible

méthode chimique / biochimique sur
surnageant de culture
Fin
Comparer