PARTIE I : Chapitre II / Acides aminés, Peptides et Protéines

PEPTIDES et PROTEINES

LES PEPTIDES
I. STRUCTURE DES PROTEINES………………………………………………..
II. CLASSIFICATION………………………………………………...…………..
III. DEFINITION……………………………………………………………….…..

LES PROTEINES
I. DEFINITION……………………………………………….……………….……..
II. CLASSIFICATION………………………………………..……………...……..
III. STRUCTURE DES PROTEINES………………………….…………………..
1. STRUCTURE PRIMAIRE………………………………………………...……..
2. STRUCTURE SECONDAIRE………………………………………….………..
3. STRUCTURE TERTIAIRE…………………………………………….…….…..
4. STRUCTURE QUATERNAIRE…………………………………………..……..

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LES PEPTIDES

I. DEFINITION
Les peptides sont des composés synthétiques ou naturels résultant de
l’enchaînement limité d’acides aminés unis entre eux par des liaisons peptidiques
entre – αCOOH du groupement fonctionnel et – αNH2 du groupement fonctionnel
de l’acide aminé qui suit, donc le peptide toujours porte une extrémité NH2 libre et
une autre COOH libre (ont dit que le peptide est polaire).
Par convention, on lit une séquence avec le premier acide aminé porte – αNH2
libre jusqu’au dernier qui porte – αCOOH libre

II. LA LIAISON PEPTIDIQUE (Fig. II-09)

C'est la liaison chimique entre deux acides aminés constituant une protéine;
la liaison peptidique est obtenue par action du groupement carboxylique d'un des
acides aminés avec le groupement amine de l'autre, ce qui libère une molécule d'eau
et forme un amide CO-NH (qui correspond à la liaison peptidique).
Une protéine est donc un enchaînement d'acides aminés liés par des liaisons
peptidiques, une des caractéristiques essentielles de la liaison peptidique est qu'elle
est plane, c'est a dire que le groupe carbonyle et le groupe amine se trouvent dans
un même plan.
On désigne les résidus d’acides aminés dans les chaînes polypeptidiques en
remplaçant le suffixe –ine du nom de l’acide aminé, par le suffixe –yl. Les chaînes
polypeptidiques sont décrites en commençant par le groupe amino terminal
(N-terminal ou terminus amine) et en nommant chaque résidu de la séquence
jusqu’au groupe carboxyle terminal (C-terminal ou terminus carboxyle). On donne à
l’acide C-terminal le nom de l’acide aminé qui lui correspond. Par exemple, le
composé formé de alanine + tyrosine + aspartique + glycine est nommé
l’alanyltyrosylaspartylglycine.

"Les conventions d'écriture placent la fonction N terminale à gauche, et la fonction

C terminale à droite"

Cependant, cette nomenclature devient complexe pour les chaînes

polypeptidiques de plusieurs acides aminés. C’est pourquoi que les abréviations des
acides aminés sont souvent utilisées pour identifier les chaînes polypeptidiques.
Ainsi le tétrapeptide cité au dessus s’écrit Ala-Tyr-Asp-Gly avec les abréviations à
trois lettres, et AYDG avec les symboles à une lettre. À noter que les chaînes
polypeptidiques sont toujours nommées de l’extrémité N-terminale à l’extrémité C-
terminale.

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Un composé ainsi formé de deux acides aminés est un dipeptide. En

augmentant le nombre d’acides aminés, on obtient des tripepetides, des
tétrapeptides, des pentapeptides… Lorsque le nombre d’acide aminé est élevé, on
parle de polypeptides (<100).

III. ACTIVITE BIOLOGIQUE

Les peptides sont présents dans les cellules où ont des activités très
importantes et très variées, on cite comme exemple :

 Bradykinine : hormone qui inhibe les réactions inflammatoires

 Ocytocine bovine formée par la post-hypophyse qui déclenche les contractions des
muscles lisses (utérus pour l'accouchement, glande mammaire pour la réjection du lait)

 Encéphaline pentapeptide que sécrète le cerveau, qui a une fonction de

neurotransmetteur et produit des effets antalgiques comparables à ceux de la morphine.

 TRH (thyrotropine Releasing Hormone) formée par l'hypothalamus qui stimule la

sécrétion de la thyréostimuline (TSH) et de la prolactine

acide pyroglutamique - Histidine – Proline amide

 Vasopressine, effet antidiurétique au niveau du rein (action hypertensive comme

médicament)

 Insuline (Fig. II-10): régulation de la glycémie dans le sang (hypoglycémie)

- Deux chaînes polypeptidiques de 21 et 30 aa
- reliées entre par deux ponts disulfures

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LES PROTEINES

"(...) La substance organique qui est présente dans toutes les parties du corps
animal et, comme nous allons le voir, du royaume végétal, pourrait être appelée
protéine, de protéios (au premier rang) (...)"
Gerardus Johannes Mulder
Journal für praktische Chemie 16, 129 (1839)

La cellule vivante comprend, comme constituants caractéristiques, des

macromolécules, appelées macromolécules informationnelles. Dans ce groupe on
trouve les protéines et parmi elles les enzymes, et les acides nucléiques.
Du point de vue chimique, ce sont des polymères formés par la combinaison
linéaire d’un petit nombre de types d’unités présent en grand nombre. Ainsi les
protéines sont formées d’environ 20 types d’acides aminés, les acides nucléiques, de
quatre types de nucléotides. Chaque macromolécule est caractérisée par la séquence
de ces unités formatrices.
Du point de vue biologique ces macromolécules sont généralement porteuses
d’une information, catalytique dans le cas des enzymes, génétique dans le cas des
acides nucléiques. Ces macromolécules existent en très grand nombre, avec des
structures différentes, leur potentiel informationnel est considérable et elles jouent
un rôle fondamental dans la vie cellulaire

I. DEFINITION
Les protéines sont des polymères formés de l’union d'acides aminés (>100)
avec un poids moléculaire supérieure à 10 kDa, reliés entre eux par une liaison
peptidique, c'est à dire la formation d’un amide entre la fonction acide d'un premier
acide aminé et la fonction amine d'un deuxième. Contrairement aux différents
polymères rencontrés précédemment le motif n'est pas répété selon une courte
période, mais on observe des suites variées d'acides différents, même limité à 20 le
nombre de combinaisons est fantastique car le nombre d'acides qui constituent la
protéine est lui même considérable. D'où la grande variété de protéines existantes.
Si l’on admet qu’il y a 20 acides aminés distincts, le nombre de protéines
différentes formées de 50 acides aminés pouvant exister est de 2050. Les acides
aminés sont unis par des liaisons peptidiques.

II. CLASSIFICATION
Les protéines sont de loin les composés biologiques les plus importants. Il y
a différents types de protéines ayant différentes fonctions comme les suivantes:

 Structure : Les protéines structurales sont des constituants importants de la peau, les os,
cheveux et ongles. Quelques protéines structurales importantes sont le collagène des tendons

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et cartilage, élastine des ligaments (extensible), kératine des cheveux, ongles et plumes et
fibroïne de la soie et toile d'araignée
 Catalyse : Presque toutes les réactions qui se produisent au niveau d'organismes
vivants sont catalysées par des protéines appelées enzymes. Sans les enzymes, les
réactions se produiraient trop lentement.
 Mouvement (Contractiles ou Motrice) : L'expansion et la contraction musculaire
sont impliquées dans tous les mouvements que l'on fait. Les muscles sont faits de
protéines comme l'actine et la myosine. La tubuline du cytosquelette cellulaire.
 Transport : Un grand nombre de protéines appartiennent à cette catégorie.
L'hémoglobine, une protéine du sang, transporte l'oxygène des poumons aux
cellules et le CO2 des cellules aux poumons. D'autres protéines transportent des
molécules à travers les membranes cellulaires.
 Hormones: Plusieurs hormones sont des protéines, comme l'insuline, l'ocytocine
et l'hormone de croissance.
 Protection: Lorsqu'une protéine d'une source extérieure ou une substance
étrangère (antigène) entre dans le corps humain, le corps produit ses propres
protéines (anticorps) pour détruire la protéine étrangère. C'est le principal
mécanisme auquel l'organisme fait appel pour combattre l'infection. La coagulation
sanguine est un autre mécanisme de protection déclenché par une protéine, appelée
fibrinogène.
 Stockage: Certaines protéines sont utilisées pour le stockage, de la même façon
que l'amidon et le glycogène stockent de l'énergie. La caséine du lait et
l'ovalbumine des oeufs, qui stockent des nutriments nécessaires à la croissance des
nouveaux nés et poussins, en sont des exemples. La ferritine, une protéine du foie,
stocke le fer.
 Régulation : Certaines protéines contrôlent l'expression des gènes, et
régularisent ainsi la production de certaines protéines au niveau cellulaire.

Ce ne sont pas les seules fonctions que les protéines peuvent faire (Fig. II-
11), mais ce sont les plus importantes. Une cellule typique peut contenir jusqu’à
9000 différentes protéines pour assurer un bon fonctionnement. L'être humain en
son entier peut contenir jusqu'à 100 000 différentes protéines.

Les protéines peuvent être divisées selon la forme en deux grandes

catégories: les protéines fibreuses, des chaînes polypeptidiques allongées qui sont
insolubles dans l'eau et qui sont utilisées principalement au niveau structural, et les
protéines globulaires, des chaînes polypeptidiques repliées qui sont plus ou moins
solubles dans l'eau et sont utilisées principalement pour des fonctions non
structurales. Le collagène, l'actine et la kératine sont des protéines fibreuses.
L'albumine, l'hémoglobine, et les immunoglobulines sont des protéines globulaires.

On distingue les holoprotéines ou protéines simples, composées seulement

d'acides aminés, l'insuline et les hétéroprotéines ou protéines complexes dont les
chaînes protéiques renferment d'autres groupement autres que les acides aminés

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(groupement prosthétique), généralement des cations métalliques, ce qui est le cas

de :
 Glycoprotéines : groupement prosthétique = glucides (voir Glucides).
 Lipoprotéines : groupement prosthétique = Lipides (ex. lipoprotéine du sang).
 Métalloprotéines: groupement prosthétique = métaux (ex. alcool
déhydrogénase).
 Chromoprotéines : groupement prosthétique = hème (ex. hémoglobine).
 Phosphoprotéines : groupement prosthétique = phosphate (ex. caséine du lait,
vitelline du jaune d’œuf).
 Nucléoprotéines : groupement prosthétique = acide nucléique (ex. histones).

L'importance des protéines découle de leur lien avec le code génétique. Le

décodage de l'ADN détermine l'ordre des acides aminés (entités qui forment des
chaînes peptidiques, qui eux forment des protéines). Les gènes expriment leur
information génétique via les protéines. Chaque cellule contient plusieurs milliers
de gènes et donc de protéines qui ont des fonctions très différentes

III. STRUCTURE DES PROTEINES

Les études de diffraction aux rayons X ont permis à Pauling et ses
collaborateurs de décrire la structure exacte de la liaison peptidique. De ces données,
on constate que la liaison peptidique est plane et que la distance entre NH et CO de
la liaison peptidique est de 1.32°, ce qui correspond dans une certaine mesure à une
double liaison. Le doublet libre de l'azote est conjugué avec les électrons de la
liaison Π du carbonyle, ceci empêche les rotations autour de la liaison C-N par
contre les rotations autour de la liaison N-C et C-C sont possibles (Fig. II-12).
Par ailleurs, on voit que l’oxygène du carbonyle et l’hydrogène de l’azote d’une part
et les groupements R d’autre part sont alternés de part et d’autre de la liaison
peptidique selon une isomérie de type trans.
Une protéine est souvent formée de plusieurs chaînes polypeptidiques unies
entre elles par des liaisons non peptidiques. C’est en 1953 que Sanger à Cambridge
établit pour la première fois la structure complète d’une protéine, l’insuline, de
poids moléculaire 5700.

Une protéine consiste en une longue chaîne d'acides aminés qui se replie
dans l'espace dans les trois dimensions.

1. Structure Primaire (Fig. II-13)

L'enchaînement des acides aminés résulte de la condensation de groupes α-
carboxyle et α-amino avec l'élimination d'une molécule d'eau. La séquence linéaire
de la protéine est assurée par des liaisons peptidiques covalentes.
La succession des acides aminés d’une protéine forme la structure primaire.
Seules les liaisons peptidiques autour du carbone sont libres de subir des rotations.
La liaison C-N est rigide.

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Comment déterminer la séquence d’une protéine ?

1- Hydrolyse
a) Hydrolyse chimique non spécifique
La composition brute en AA peut être déterminée par hydrolyse chimique
(HCl 6N, 105°C, 24, 48, 72 h, ampoule scellée). Le mélange obtenu est ensuite
analysé par les méthodes chromatographiques appropriées aux AA (CCM, CP,
chromatographie d’échange d’ions, électrophorèse, HPLC, etc…). Cette méthode
d’hydrolyse pose problème car elle conduit à :
- l'aminoacide acide tryptophane est entièrement détruit ;
- les amides (Asn, Gln) sont hydrolysées en aminoacides correspondants (Asp, Glu,
respectivement) ;
- certains aminoacides (Tyr, Ser, Thr) peuvent être partiellement détruits (un temps
d'hydrolyse plus faible permet de résoudre le problème).

b) Hydrolyse chimique spécifique

Certains réactifs hydrolysent une liaison peptidique avec une spécificité sur
un des aminoacides participant à la liaison :
- le bromure de cyanogène (BrCN) hydrolyse la liaison peptidique du côté
carboxyle de la méthionine : cette dernière devient alors un résidu C-terminal
transformé en résidu homosérine lactone ;
- le 2-nitro-5-thiocyanobenzoate (NTCB) hydrolyse la liaison peptidique du côté
amine de la cystéine.

c) Hydrolyse enzymatique
L'hydrolyse des liaisons peptidiques peut être réalisée par des enzymes
protéolytiques (ou protéases ou encore peptidases) qui sont des hydrolases. La
spécificité principale de ce groupe d'enzymes est l'hydrolyse des liaisons
peptidiques. Leur spécificité secondaire permet de les classer en deux groupes :

Exopeptidase
L'enzyme n'hydrolyse que la première liaison peptidique (aminopeptidase) ou la
dernière liaison peptidique (carboxypeptidase) en libérant l'aminoacide terminal.
Bien évidemment, le processus recommence sur le peptide amputé d'un aminoacide
(un temps d'hydrolyse court permet de libérer un seul aminoacide).

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Certaines exopeptidases ont des spécificités secondaires particulières. Exemples :

Type Nom Source Particularité
Aminopeptidase leucine aminopeptidase rein de porc - sauf Pro
aminopeptidase M rein de porc
aminopeptidase K moisissure - autres que basiques
- arrêtée par Pro
Carboxypeptidase carboxypeptidase A pancréas de boeuf - autres que basiques
- arrêtée par Pro
carboxypeptidase B pancréas de bœuf - Seulement Arg et Lys
carboxypeptidase C feuille de citronnier - arrêtée par Pro
carboxypeptidase P moisissure - sauf Ser et Gly

Endopeptidase
L'enzyme hydrolyse des liaisons peptidiques internes entre deux aminoacides i et
(i+1). Il peut être spécifique du résidu en position i ou (i+1). L'hydrolyse d'un
peptide par une endopeptidase donnera plusieurs fragments peptidiques : si on a m
coupures (m liaisons peptidiques hydrolysées), le peptide sera dégradé en (m+1)
fragments peptidiques.

Exemples d'endopeptidases avec leurs spécificités :

Enzyme Source Résidu i Résidu (i+1) Particularité
Trypsine pancréas de boeuf Arg, Lys sauf (i+1) = Pro
Chymotrypsine pancréas de boeuf Phe, Tyr, Trp
Clostripaïne - Arg
Sa protéase Staphylococcus Asp, Glu
aureus
Fm protéase Flavobacterium Pro
meningosepticum
Thermolysine Bacillus Ala, Val,
thermoprotéolyticus Leu, Ile, Met
D’après le tableau on peut dire que la thermolysine est une endopeptidase spécifique des
aminoacides Ala, Val, Leu, Ile, Met avec une coupure du côté amino de la liaison peptidique.
Les autres enzymes sont spécifiques des aminoacides indiqués avec une coupure du côté
carboxyle de la liaison peptidique

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2- Méthodes chimiques
a) Méthode de Sanger : Résidu N terminal.
Le dinitrofluorobenzène (NDFB) forme, avec la fonction N terminale, un
dérivé avec libération d'acide fluorhydrique. L'hydrolyse de la protéine libère
ensuite le composé dérivé, qui présente des caractéristiques propres de coloration et
de migration en chromatographie ou en électrophorèse. En comparant le résultat de
l'analyse aux standards connue et à l'hydrolyse "simple" pratiquée plus haut, on peut
connaître l'acide aminé N terminal.

b) Dansylation ou dabsylation: Résidu N terminal.

Le chlorure de 1-dinéthyl-amino-naphtalène-5-sulfonyle (chlorure de dansyle
DANS ou chlorure de dabsyle DABS) réagit avec le NH2 terminal et donne un
dérivé (dansyl-amino-acide ou dabsyl-amino-acide) décelable par sa fluorescence
jaune. La méthodologie est la même que dans le cas de la méthode de Sanger, mais
la réaction est 100 fois plus sensible. La dansylation est utilisée pour doser les
acides aminés par HPLC car elle permet une meilleure détection et une meilleure
quantification.

c) Méthode d'Edman : Résidu N terminal.

Le phénylthioisocyanate donne une phénylthiodantoine avec l'acide N
terminal. Après la formation d'un PTC-peptide à pH 9 et avec un changement de pH
(légèrement acide), il y a cyclisation et libération d'un dérivé PTH-aminoacide et
d'un peptide amputé de son aminoacide N-terminal.
En répétant ces cycles :
- action du PTC à pH 9 pour donner un PTC-peptide
- puis libération du PTH-aminoacide par passage à un pH acide, et du peptide (n-1)
amputé du côté N-terminal, on a, à chaque cycle, la libération de l'aminoacide
suivant dans la séquence du peptide original. Cette détermination est donc dite
récurrente. En l'arrêtant à temps, ou en utilisant diverses méthodes mathématiques,
on peut ainsi connaître de proche en proche la composition complète de la
molécule.
Des appareils (séquenceur) sont capables d'effecteur ces cycles automatiquement.
Toutefois l'analyse est techniquement limitée à de séquences dont le nombre
d'aminoacides est inférieur à 200.
Avec cette technique, il faudra résoudre le problème d'aminoacides qui sont cyclisés
sur l'aminoacide N-terminal.

d) Réaction à l'hydrazine : Résidu C terminal.

Un traitement à l'hydrazine à 100°C hydrolyse toutes les liaisons peptidiques,
et libère des hydrazides de tous les AA sauf le C terminal, qui se présente comme
un AA libre normal. Il est alors facile à isoler et à identifier.

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Remarques
- l'absence d'aminoacide terminal indiquera que ceux-ci ont été modifiés et sont
sûrement cycliques ou semi-cycliques
- la présence de ponts disulfure intra-chaîne posera des problèmes quant à la
composition en aminoacide. La réduction de ceux-ci par un thiol, suivie d'une
alkylation supprimera les problèmes. Toutefois il faut noter que la dénaturation de
la protéine avant l’hydrolyse est nécessaire afin de détruire toutes sorte de laissons
en gardant uniquement les liaisons peptidiques ce qui permettre de séparer les
chaine peptidique pour une protéine avec une structure quaternaire.
- la présence de plusieurs groupements N et C-terminaux indiquera que le peptide
est formé de plusieurs chaînes liées avec des ponts disulfures. La réduction de ceux-
ci par un thiol, suivie d'une alkylation, séparera les différentes chaînes.

2. Structure Secondaire
La structure secondaire est le premier degré de complexité dans l'espace d'une
chaîne peptidique. C’est l'arrangement, dans l'espace, de fragments courts de
séquences en 4 grands types de forme : Les hélices alpha (Fig. II-14-15 et 20) et les
feuillets plissés bêta (Fig. II-16-17 et 20) (formes périodiques) sont les plus
répandues mais il y a également les coudes beta et les pilôtes statistiques.
Les liaisons hydrogène (ce type de liaison non covalente se forme lorsque sont à
proximité l'un de l'autre d'une part un atome d'hydrogène lié à un azote ou à un
oxygène, et d'autre part un doublet électronique non partagé d'un autre azote ou d'un
autre oxygène.) potentielles que peuvent avoir les atomes d'oxygène (C=0) et
d'hydrogène (N-H) d'une liaison peptidique et l'impact de la géométrie de la liaison
peptidique sur la structure locale sont très importants.

 L'hélice alpha est une hélice droite dont les chaînes latérales seront orientées
vers l'extérieur. La distance projetée entre deux carbones alpha consécutifs est de
1,5 A. La périodicité de l'hélice alpha est de 5,4 A soit 3,6 acides aminés par tour
de spire. En dehors des liaisons peptidiques, il n'y a pas de liaisons covalentes
mais il existe des liaisons hydrogènes intra-chaînes entre le H d'un acide aminé et
le O de l'acide aminé d'en dessous (soit 4 acides aminés plus loin dans la séquence
primaire). Les acides aminés stabilisant l'hélice alpha sont la leucine, la
phénylalanine et le tryptophane grâce à leurs interactions hydrophobes. Les acides
aminés déstabilisant l'hélice alpha sont les diacides et les dibasiques à cause de
leurs charges ainsi que la valine, l'isoleucine et la thréonine qui sont substituées en
bêta. Il y a également la proline qui va carrément entraîner une rupture de l'hélice à
cause de sa chaîne latérale cyclisée.

 Un feuillet (brin) bêta ne pouvant être stable s'il est isolé, deux brins
s'associeront grâce à des liaisons hydrogènes inter-chaînes (entre H et O) pour la
stabilité du feuillet bêta. Ils peuvent s'associer de façon parallèle mais ils seront
plus stables s'ils sont associés de façon antiparallèle.

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On peut noter qu'un feuillet bêta peut en fait être constitué d'un seul brin en
épingle à cheveux. La distance projetée entre deux carbones alpha consécutifs est
de 3,5 A (c'est donc une structure très étirée). La périodicité du feuillet bêta est de
7 A. Les acides aminés stabilisant les feuillets bêta sont les petits acides aminés
hydrophobes qui sont flexibles et insolubles.

 Le coude : Certaines régions protéiques ne sont pas structurées dans des

conformations périodiques. Toutefois leurs structures sont semblables par le fait
qu'elles imposent un changement brusque de direction de 180°: on les appelle
coude ou tour β (β turn). La lettre β rappelle qu'ils sont indispensables pour des
feuillets de chaînes anti-parallèles. Cette structure peut être réalisée de différentes
manières, toutefois on peut dire :
- c'est un court segment peptidique de 2 à 4 résidus
- une ou deux liaisons hydrogène se forment entre le premier et le dernier résidu du
coude
- la configuration de la proline est telle qu'elle provoque un changement de direction
et peut donc être presque à elle seule un coude.

Coude β à 4 résidus

Dans le coude à 4 résidus, les résidus R2 et R3 avec des chaînes latérales portant
des charges favoriseront une telle structure (chaînes latérales à l'extérieur et
interagissant avec l'eau). Les résidus R1 et R4 avec des chaînes latérales de faible
encombrement stérique favoriseront cette structure.

 La pelote statistique : Certaines régions protéiques ne sont pas structurées dans

des conformations périodiques comme l'α-hélice ou le feuillet plissé β : leur forme
irrégulière est qualifiée de pelote statistique (random coil). Cette structure n'est
pas pour autant inorganisée, elle obéit aux contraintes locales de voisinage.

3. Structure Tertiaire (Fig. II-18 et 20)

La structure tertiaire correspond aux repliements de la chaîne protéique sur elle
même. Ces repliements sont conditionnés par la séquence primaire de la protéine.
Elle résulte des relations entre les A.A éloignés dans la structure linéaire. En effet
des AA très éloignés les uns des autres dans la séquence peuvent se trouver très
proches en raison des repliements et former des régions indispensables au

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fonctionnement de la protéine comme le site actif. Les chaînes latérales polaires

sont groupées en surface. Les radicaux hydrophobes sont rejetés vers l’intérieur de
la protéine. Ces radicaux sont unis par des liaisons hydrophobes (interactions de
type de Van der Waals).
Seules les protéines globulaires ont une structure tertiaire. Les repliements de la
protéine sont facilités au cours de la synthèse protéique par des protéines dites
chaperons qui s'en iront une fois que la protéine est correctement placée.
Il y aura ensuite stabilisation de la structure tertiaire par diverses liaisons (faibles ou
covalentes) comme des liaisons ioniques (C'est une liaison électrovalente établie
entre deux charges de signe opposé (NH3+ et COO-) ce type d'interaction permet la
liaison de deux molécules de type différent dans les hétéroprotéines), liaisons
hydrogènes, interactions hydrophobes (les chaînes latérales hydrophobes de certains
acides aminés, Ala ; Val ; Leu ; Ile ; Phe, sont repoussées par l'eau et ont donc
tendance à se rapprocher les unes des autres (interactions de type Van der Waals)),
ponts disulfures (c'est une liaison covalente forte établie entre deux résidus cystéine
appartenant à une seule chaîne ou à deux chaînes différentes).
La conformation native de la protéine est la structure tertiaire qui correspond à celle
qui exprime sa fonction biologique dans les conditions physiologiques. Un
traitement détruisant cette structure qui a pour conséquence de supprimer sa
fonction est appelé dénaturation : elle aboutit à un état plus désorganisé de la
molécule.

4. Structure Quaternaire (Fig. II-19 et 20)

La structure quaternaire est la formation d'agrégats protéiques non covalents
(liaisons faibles) ou covalents dont chaque chaine polypeptidique forme une sous
unité et ces dernières sont homologues ou non (souvent complémentaires ou deux à
deux).
Plusieurs chaînes polypeptidiques peuvent s’associer grâce à des interactions citées
au dessus ce qui confère une activité biologique au niveau du protomère (protéine
entière) qu’on ne retrouve pas au niveau de l’oligomère (une seule sous unité). Les
4 types de forces sont :
- Les liaisons électrostatiques : Ce sont des liaisons non covalentes qui s’établissent
entre un radical chargé positivement et un radical chargé négativement.
- Les liaisons hydrogènes : C’est une liaison non covalente qui se forme quand sont
à proximité un atome d’hydrogène lié à l’azote ou à l’oxygène et d’autre part un
doublet électronique non partagé d’un autre azote ou d’oxygène.
- Les liaisons hydrophobes : Les chaînes latérales hydrophobes sont repoussées par
l’eau et ont tendance à se rapprocher entre elles.
- les ponts disulfures : Les chaînes latérales SH des cystéines forment des
passerelles covalents di-sulfure (Cys-S-S-Cys)

La structure quaternaire permet une diminution du risque d'erreur lors de la synthèse

de la protéine (il vaut mieux plusieurs protéines identiques plutôt qu'une seule
grande chaîne), l'économie de l'ADN (c'est un peu pareil) ainsi qu'une diversité
fonctionnelle (cas de l'allostérie).

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