Ltude des champignons : La mycologie, a mane dune branche de la botanique.

Pendant longtemps les champignons ont t considrs comme appartenant au rgne vgtal : * organismes statiques qui puisent du sol leau et des nutriments ncessaire a leur survie. Les botanistes, les premiers se sont intresss ltude de leur diversit, de

leur structure ou bien encore de leur cycles de dveloppement. Les champignons sont des thallophites cryptogames cellulaires :

Cryptogames : absence de fleurs et de graines Cellulaires : absence de vaisseaux et de racines Thallophytes : absence de feuilles et de tige. Le thalle est llment caractristique de toute forme fongique il est forme de cellules cylindriques LES HYPHES lensemble des hyphes constitue le MYCELIUM.

La classification en deux groupes (vgtal / animal) a volu pour aboutir la constitution des cinq rgnes du vivant. Lie une culture, un tat donn d'avancement des connaissances, toute classification doit obligatoirement voluer et donc varier avec l'volution des socits elles-mmes.

A u X I X s i c le , le s c r it r e s d e d if f r e n c ia t io n e n t r e p la n t e s e t a n im a u x v o lu e n t . R g n e v g t a l: * ph ototroph es * a utotroph es R g n e a n im a l: * c h im io t r o p h e s * h trotroph es

* En 1866 Haeckel propose alors lexistence dun troisime rgne : celui des protistes.

Milieu des annes 1900 (1945-1960), grce la microscopie lectronique, qui permet de visualiser les structure cellulaires, la classification des organismes volue. Il existe deux grands types dorganismes, non pas les vgtaux et les animaux, mais les eucaryotes et les procaryotes.

* Les procaryotes sont unicellulaires, et leur matriel gntique nest pas enferm dans un noyau. Ils se multiplient par scissiparit. * Tous les autres organismes sont appels des eucaryotes. Leur matriel gntique est enferm dans un noyau; ils possdent des organites cellulaires, la multiplication cellulaire a lieu par mitose et ils prsentent souvent une reproduction de type sexue. Les eucaryotes peuvent tre unicellulaires ou pluri-cellulaires. _ Les eucaryotes unicellulaires sont appels des protistes et _ Les eucaryotes pluricellulaires sont les vgtaux chlorophylliens et les animaux pluricellulaires , les champignons,

La classification scientifique traditionnelle en cinq rgnes :

Les PROCARYOTES (bactries et archobactries) les PROTISTES (eucaryotes unicellulaires) les CHAMPIGNONS (eucaryotes multicellulaires) les VEGETAUX les ANIMAUX

La classification scientifique traditionnelle en cinq rgnes :

Evolution de la classification au cours du temps :

Haeckel (1894) Whittaker (1969) Trois rgnes Cinq rgnes Protiste Bactrie Protiste Vgtal Champignons Animal

Woese (1977) Six rgnes Eubactrie Archaebactrie Protiste Vgtal Champignons Animal

Woese (1990) Trois domaines Eubactrie Archaebactrie Eucaryotes

Vgtal Animal

* Les archaebactrie ont t dcouvertes la fin des annes 1970. Au dbut, les arches furent considres comme faisant partie des procaryotes Les analyses plus dtailles ont montr que les arches taient aussi diffrentes des eubactries que celles-ci des eucaryotes, ce qui donne la classification en trois domaines du vivant. La branche des eucaryotes avec 4 rgnes : animal, vgtal, champignons, et protistes

Les champignons :

Ce que nous appelons couramment champignon ou macro-champignon ou macromycte (le plus souvent muni d'un pied et d'un chapeau) n'est qu'une sorte de fruit, plus exactement un sporophore (appareil portant les spores et permettant la reproduction). Le reste du champignon (le myclium) tant souvent souterrain est invisible.

Mais il existe des champignons microscopiques tels que les rouilles, les levures, les moisissures encore appels micro-champignon ou micromyctes. Les champignons sont trs rpandu dans la nature, il existe environ 50 000 espces connues de moisissures. Les champignons microscopiques, comme les bactries jouent un rle cologique important on les retrouve dans de nombreux biotopes et ils interviennent dans des grands cycles biologiques comme le cycle du carbone ou de lazote.

Caractristique des champignons : 1 - Eucaryotes : ils peuvent tre multinucl (homo ou htrocaryotique) ou uninucl. Ils sont ltat vgtatif haplodes, pour la plupart. Au cours de leur cycle de dveloppement on rencontre des formes dicaryotiques et diplodes.

2 - Thallophytes : cest a dire ne possdant pas de racine, ni de tiges, ni de feuille, htrotrophes : incapables d'utiliser l'nergie solaire, ils utilisent de nombreuses molcules carbones fabriques par d'autres tres vivants. non

photosynthtique.

3 - Leur paroi contient de la chitine et des polysaccharides (glucane).

4 Ils se reproduisent et se multiplient par lintermdiaire de spores de natures diverses, issues d'une reproduction asexue ou sexue.

= Les Eumycota

Rappel de taxonomie :

Pour quun organisme soit formellement reconnu par les taxonomistes il doit tre nomm selon des rgles internationales prcises : cest a dire un nom gnrique (nom de genre avec majuscule) suivi dun nom despce (lensemble forme ce que lon appelle le nom binomial dun organisme). Un genre peut contenir plusieurs espces. Les genres sont regroups en familles, les familles en ordres, les ordres en classes, et les classes embranchements. Un rgne regroupe plusieurs embranchements.

La classification actuelle des champignons distingue quatre divisions (ou embranchements) : * Chytridiomycota, ou Chytridiomyctes espces aquatiques, qui produisent des spores flaglles * Zygomycota ou Zygomyctes espces qui produisent des spores flaglles. Leur cellules ne sont pas compartimentes. CHAMPIGNONS DITS INFERIEURS. * Ascomycota ou Ascomyctes espces qui produisent des spores qui sont regroupes lintrieur de sacs (les asques). * Basidiomycota ou Basidiomyctes : Les spores se dveloppent lextrieur de cellules spcialises : les basides. CHAMPIGNONS DITS SUPPERIEURS

Cette classification est base sur la morphologies des spores produites au cours des cycles de reproduction sexue des champignons

Basidiomycota : des cellules spcialises, les basides, produisent les spores. Gnralement 4 spores sont produites par baside.

Ascomycota : les spores produites sont regroupes dans des asques. Gnralement 8 spores sont produites par asque.

Kingdom: Fungi ou EUMYCOTA Phylum: Zygomycota Class: Zygomycetes Order: Mucorales Phylum: Chytridiomycota Class: Chytridiomycetes Order: Chytridiales Phylum: Ascomycota Order: Leotiales, Onygenales, Erysiphales Phylum: Basidiomycota Class: Basidiomycetes Order : Stereales, Cantharellales, Agaricales, Cortinariales, Boletales, Lycoperdales Class: Teliomycetes Order: Uredinales Phylum: Deuteromycota Asexually reproducing fungi.

Classification et nomenclature :

Rgne fongique = EUMYCOTA Division Classe Ordre Famille Genre Espce -mycota -myctes -ales -aceae Sordariales Ascomycota Zygomycota Zygomyctes Mucorales Mucoraceae

Neurospora crassa

Mucor mucedo

La classification des champignons : * Zygomycota ou Zygomyctes espces qui produisent des spores flaglles. Leur cellules ne sont pas compartimentes. CHAMPIGNONS DITS INFERIEURS. * Ascomycota ou Ascomyctes espces qui produisent des spores qui sont regroupes lintrieur de sacs (les asques). * Basidiomycota ou Basidiomyctes : Les spores se dveloppent lextrieur de cellules spcialises : les basides. CHAMPIGNONS DITS SUPPERIEURS

CHAMPIGNONS SUPPERIEURS VERSUS CHAMPIGNONS INFERIEURS

Myclium cloisonn VERSUS Myclium non cloisonn

CHAMPIGNONS SUPPERIEURS

CHAMPIGNONS INFERIEURS

Une levure est un champignon unicellulaire apte provoquer la fermentation des matires organiques, animales ou vgtales, utilis pour la fermentation alcoolique des solutions sucres ou pour faire lever la pte du pain.

Les levures : Les levures ont t dcouvertes au XIXe sicle par Pasteur qui dmontrera leur rle dans la transformation des sucres en alcools.

Les levures ont un appareil vgtatif rduit une seule cellule. Dans certaines conditions de culture, ces cellules s'arrangent en files, mimant le myclium des champignons. Les levures sont des organismes non chlorophylliens. Elles n'utilisent donc pas la lumire comme source d'nergie et le gaz carbonique comme source de carbone. Elles tirent leur nergie de la dcomposition des matires organiques mortes. La plupart des levures sont saprophytes. Quelques-unes sont parasites.

Les levures sont des champignons unicellulaires, gnralement de forme ovale. De nombreuses levures se multiplient par bourgeonnement (reproduction asexue). La reproduction sexue n'existe que lorsque les levures se retrouvent dans des conditions trs dfavorables de milieu. Selon le mode de reproduction sexue, on distingue les levures ascomyctes ou levures vraies (Saccharomyces, Kluyveromyces, Pichia, Hansenula), les levures basidiomyctes (Sporobolomyces) et les levures imparfaites ou fungi imperfecti.

Hmiascomyctes classe des Ascomycotina caractrise par des asques libres.

Chez les champignons filamenteux, les asques sont regroupes dans des ascocarpes.
un exemple d'apothcie

un exemple de pritce

Il existe au moins 300 espces d'hmiascomyctes. Ces organismes ne forment pas de structures de fructification et la plupart sont des levures qui se divisent par bourgeonnement. Cependant, elles peuvent produire des pseudohyphes dans certaines conditions. L'espce la plus clbre de ce groupe est bien videmment Saccharomyces cerevisiae ou levure de boulanger ou de bire ! C'est la cellule eucaryote sur laquelle on connat "le plus de choses".

Reproduction asexue : bourgeonnement.

Reproduction sexue, production de spores dans des asques libres.

Cycle cellulaire de S. cerevisiae

Reproduction sexue, production de spores dans des asques libres.

Dans ce groupe, on trouve aussi les Candida contenant une dizaine despces de pathognes opportunistes de lhomme. Ces Candida causent des infections cutanes ou systmiques transmissibles. L'espce actuellement la plus importante est Candida albicans qui est le champignon pathogne de l'homme le plus rpandu. Outre des levures, elles produisent des pseudohyphes ou des hyphes assez efficacement. Elle peuvent aussi former des chlamydospores (des spores qui se forment l'extrmit des hyphes.

S. pombe diffre de la levure de brasserie et de boulangerie, S. cerevisiae, non seulement par la forme des cellules, allonges et cylindriques, mais aussi par de nombreuses autres caractristiques biologiques (mode de division, enzymes produites).

Si S. cerevisiae est l'un des organismes modles parmi les plus utiliss en gntique et le premier eucaryote dont le gnome complet fut squenc (en 1996), S. pombe est galement devenu un organisme modle pour les biologistes et est utilis notamment pour lucider les mcanismes de contrle du cycle cellulaire.

S. pombe est appele aussi levure fissipare. En effet, contrairement S. cerevisiae, elle ne se multiplie pas par bourgeonnement mais par fission transversale comme on peut lobserver sur le clich ci-dessous montrant des cellules de S. pombe colores par le bleu de mthylne et photographies au microscope diffrents stades du cycle cellulaire.

Cycle cellulaire de S. pombe et taille des cellules

S. pombe descend des Archaeascomyctes, une branche ancienne des champignons ascomyctes qui sest spare de celles des Hmiascomyctes (S. cerevisiae) et des Euascomyctes (Neurospora, Aspergillus) il y a environ un milliard dannes.
La sparation des lignes de S. pombe, de S. cerevisiae et de la ligne dont descend lhomme remonte peu prs la mme poque. Or, malgr ces centaines de millions d'annes d'volution indpendante, des gnes cls pour la vie de la cellule, en particulier des gnes impliqus dans le contrle du cycle cellulaire, se sont transmis au cours des gnrations sans modification majeure.

Les gnes qui traversent des centaines de millions d'annes d'volution sans accumuler beaucoup de mutations correspondent gnralement des protines stratgiques dont les modifications sont incompatibles avec la vie des cellules.