Ramachandran-kuvaaja

Ramachandran-kuvaaja (eli Ramachandran-diagrammi, phi-psi-kuvaaja tai kiertokulmadiagrammi) kuvaa proteiinin pääketjun φ (phi)-kiertokulmia ψ (psi)-kiertokulmiin nähden. Kuvaajan x-akselilla on φ-kulmat ja y-akselilla ψ-kulmat. Kuvaajan kehitti intialainen Gopalasamudram Narayana Ramachandran.

Ramachandran-kuvaajasta nähdään esimerkiksi proteiinin sisältämiä sekundäärirakenteita, sillä eri sekundäärirakenteet (alfa-kierre ja beta-laskos) sijoittuvat eri kohtiin Ramachandran -kuvaajaa. Kuvaajan avulla voidaan myös arvioida kolmiulotteisesti mallinnetun proteiinimallin onnistuneisuutta.

Eri aminohapot näkyvät Ramachandran-kuvaajassa eri tavalla rakenne-erojensa vuoksi. Pienimpien aminohappojen glysiinin ja alaniinin lyhyillä sivuketjuilla on suuri kiertymismahdollisuus, ja niiden sijoittuminen Ramachandran kuvaajassa vaihtelee. Proliini taas on konservatiivisin sijoittumisessaan kuvaajaan.

Aiheesta muualla

• (englanniksi) Uppsalan yliopiston Ramachandran-sivu, jossa voi valmistaa Ramachandran-kuvaajan (Arkistoitu – Internet Archive)
• (englanniksi) Esimerkki Ramachandran-kuvaajasta (Arkistoitu – Internet Archive)
• (englanniksi) Lisätietoa Ramachandran-kuvaajasta