2

CAPÍTULO
Las bases químicas de la vida
EL ORIGEN QUÍMICO DE LA VIDA

Hace alrededor de 4 600 millones de años, nuestro siste-

ma solar se formó a partir de una enorme nube giratoria de
gas y polvo. Durante sus primeros 1 000 millones de años, la
Tierra fue un lugar tumultuoso, con violentas erupciones vol-
cánicas y colisiones casi constantes con asteroides. Sin em-
bargo, es durante este periodo que los científicos creen que
la vida, en forma de células primitivas, apareció por primera
vez en el planeta. Se cree que los microbios antiguos crearon
formaciones rocosas estratificadas, llamadas estromatolitos,
lo que sugiere que la vida pudo haber proliferado hace
3.5 000 millones de años.
Los investigadores han planteado la hipótesis de que las
células más antiguas (llamadas protocélulas) eran muy sim-
ples, formadas solo por ácidos nucleicos (como el DNA o el
RNA) rodeados por una membrana, y que estas células pue-
den haberse formado en charcos de agua cálida o en el Construir la vida desde el principio: la representación por compu-
océano cerca de los respiraderos de aguas profundas. Sin tadora de una protocélula, una vesícula lipídica artificial que contie-
embargo, un dilema central ha sido comprender cómo las ne ácidos nucleicos autorreplicantes. La capacidad de tales proto-
moléculas de ácido nucleico y de membrana se formaron es- células para autoensamblarse y replicarse cuando se les suministra
pontáneamente en un planeta tan joven: cómo, en esencia, la combinación correcta de bloques de construcción químicos su-
la biología nació de la química. braya el papel crítico de la química en los orígenes de la vida.
En 1952, Harold Urey y su estudiante graduado, Stanley FUENTE: Imagen creada por Janet Iwasa. Usada con permiso.
Miller, diseñaron un experimento para probar si las condicio-
nes en la Tierra primitiva favorecieron la síntesis espontánea
de moléculas biológicas. Ellos simularon la atmósfera primiti-
va de la Tierra haciendo circular agua, metano, amoniaco e

(continúa)

BOSQUEJO DEL CAPÍTULO

2.1 Enlaces covalentes 2.9 Estructuras primarias y secunda- 2.14 VÍAS EXPERIMENTALES:
2.2 PERSPECTIVA HUMANA: rias de las proteínas Las proteínas que ayudan a los
¿Los radicales libres causan en- 2.10 Estructura terciaria de las proteí- chaperones alcanzan su estado
nas plegado correcto
vejecimiento?
2.3 Enlaces no covalentes 2.11 Estructura cuaternaria de las pro- 2.15 Proteómica e interactómica
2.4 Ácidos, bases y tampones
teínas 2.16 Ingeniería de las proteínas
2.5 La naturaleza de las moléculas
2.12 Plegamiento de las proteínas 2.17 Adaptación y evolución de las
2.13 PERSPECTIVA HUMANA: proteínas
biológicas
2.6 Carbohidratos El plegamiento incorrecto de las 2.18 Ácidos nucleicos
2.7 Lípidos proteínas puede tener conse- 2.19 La formación de estructuras ma-
cuencias mortales cromoleculares complejas
2.8 Bloques de construcción de pro-
teínas

ERRNVPHGLFRVRUJ
 32 hidrógeno en un aparato de vidrio sellado e introduciendo las adicionales, incluidos los ribonucleótidos y los ácidos gra-
energía en forma de calor y electricidad (que imitaba el efecto sos, los componentes básicos del RNA y las membranas.
del rayo). En el transcurso de dos semanas, el vidrio se recu- Algunos laboratorios están tratando de encontrar condiciones
brió con compuestos orgánicos que incluían una variedad de que permitan la formación de protocélulas.
CAPÍTULO 2 ӝ Las bases químicas de la vida

aminoácidos y azúcares, lo que apoya la idea de que las con- Hay muchos misterios que aún permanecen. Las moléculas
diciones en el joven planeta pueden haber sido ideales para creadas por el experimento de Miller-Urey tienden a ser una
crear los compuestos orgánicos que finalmente se incorpora- mezcla uniforme de isómeros izquierdos y diestros (que son
ron a las células tempranas. imágenes especulares entre sí), pero toda la vida en la Tierra
En los últimos años, los investigadores han encontrado usa solo aminoácidos zurdos y azúcares diestros. ¿Cómo y por
vías prebióticamente factibles para crear una serie de molécu- qué surgió esta selección?

posterior si se va a romper el enlace. La energía requerida para

2.1 Enlaces covalentes dividir los enlaces covalentes C—H, C—C o C—O es bastante gran-
1
de, típicamente entre 80 y 100 kilocalorías por mol (kcal/mol) de
Comenzaremos este capítulo con un breve examen de la base
moléculas. En comparación, la energía térmica de una molécula
atómica de la materia viva. El nivel de organización celular está
es de solo 0.6 kcal/mol. Las vibraciones térmicas que actúan so-
solo a un pequeño paso del nivel atómico, como será evidente
bre una molécula son demasiado débiles para romper un enlace
cuando examinemos la importancia del movimiento de unos po-
covalente, lo que hace que estos enlaces sean estables en casi to-
cos átomos de una molécula durante actividades como la contrac-
das las condiciones. En este capítulo, cuando hablamos de que los
ción muscular o el transporte de sustancias a través de las mem-
enlaces son fuertes, queremos decir que la energía requerida para
branas celulares. Las propiedades de las células y sus organelos
romper el enlace es mucho mayor que la energía térmica de la
derivan directamente de las actividades de las moléculas de las
molécula. Por el contrario, cuando hablamos de que los enlaces
que están compuestas. Considérese un proceso como la división
son débiles, nos referimos a que la energía requerida para romper
celular, que se puede observar con gran detalle bajo un simple
el enlace es de la misma magnitud o más pequeña que la energía
microscopio óptico. Para comprender las actividades que ocurren
térmica.
cuando una célula se divide, se necesita saber, por ejemplo, sobre
En muchos casos, dos átomos pueden unirse por enlaces en
las interacciones entre el DNA y las moléculas proteicas que ha-
los que se comparten más de un par de electrones. Si se compar-
cen que los cromosomas se condensen en estructuras empaque-
ten dos pares de electrones, como ocurre en el oxígeno molecular
tadas semejantes a un bastón que se pueden separar en diferentes
(O2), el enlace covalente es un enlace doble, y si se comparten tres
células; la construcción molecular de microtúbulos que contienen
pares de electrones (como en el nitrógeno molecular, N2), se trata
proteínas que les permite desensamblarse en un momento en la
de un enlace triple. Los enlaces cuádruples no ocurren. El tipo de
célula y volver a ensamblarse al siguiente momento en una ubica-
enlace entre los átomos tiene importantes consecuencias para de-
ción celular completamente diferente; además de las propiedades
terminar las formas de las moléculas. Por ejemplo, los átomos
de las moléculas de los lípidos que hacen que la membrana celu-
unidos por un enlace simple son capaces de rotar uno con respec-
lar externa sea deformable, de modo que pueda ser arrastrada
to al otro, mientras que los átomos del enlace doble (y triple) ca-
hacia el centro de una célula y así, divida la célula en dos. Es im-
recen de esta capacidad. Como se ilustra en la figura 6-6, los do-
posible incluso comenzar a comprender la función celular sin un
bles enlaces pueden funcionar como centros de captura de
conocimiento razonable de la estructura y las propiedades de los
energía, impulsando procesos vitales como la respiración y la fo-
principales tipos de moléculas biológicas. Este es el objetivo del
tosíntesis.
presente capítulo: proporcionar una comprensión de la química
Cuando los átomos del mismo elemento se unen entre sí, co-
que permite que ocurran los eventos biológicos, dando lugar a la
mo en H2, los pares de electrones de la capa externa se compar-
vida. Comenzaremos considerando los tipos de enlaces que los
ten por igual entre los dos átomos unidos. Sin embargo, cuando
átomos pueden formar entre sí.
dos átomos diferentes están unidos covalentemente, el núcleo
Los átomos que componen una molécula están unidos por
con carga positiva de un átomo ejerce una mayor fuerza de atrac-
enlaces covalentes en los que pares de electrones se comparten
ción sobre los electrones externos que el otro. En consecuencia,
entre pares de átomos. La formación de un enlace covalente entre
los electrones compartidos tienden a estar ubicados más cerca del
dos átomos se rige por el principio fundamental de que un átomo
átomo con mayor fuerza de atracción, es decir, el átomo más
es más estable cuando se llena su capa externa de electrones. En
electronegativo. Entre los átomos más comúnmente presentes
consecuencia, el número de los enlaces que un átomo puede for-
en las moléculas biológicas, el nitrógeno y el oxígeno son fuerte-
mar depende del número de electrones necesarios para llenar su
mente electronegativos.
capa exterior.
La estructura electrónica de varios átomos se muestra en la
FIGURA 2-1. La capa externa (y única) de un átomo de hidrógeno
o helio se llena cuando contiene dos electrones; las capas exterio-
res de los otros átomos en la figura 2-1 se llenan cuando contie- 1
Una caloría es la cantidad de energía térmica requerida para elevar la
nen ocho electrones. Por tanto, un átomo de oxígeno, con seis
temperatura de un gramo de agua en un grado celsius. Una kilocaloría (kcal)
electrones de capa externa, puede llenar su cubierta externa al equivale a 1 000 calorías (o una gran caloría). Además de las calorías, la
combinarse con dos átomos de hidrógeno, formando una molé- energía también se puede expresar en julios, que es un término que se uti-
cula de agua. El átomo de oxígeno está unido a cada átomo de lizó históricamente para medir la energía en forma de trabajo. Una kilocalo-
hidrógeno por un único enlace covalente (denominado H:O o ría equivale a 4 186 julios. Por el contrario, 1 julio = 0.239 calorías. Un mol
H—O). La formación de un enlace covalente se acompaña de la es igual al número de Avogadro (6 × 1023) de moléculas. Un mol de una
liberación de energía, que debe reabsorberse en algún momento sustancia es su peso molecular expresado en gramos.

booksmedicos.org
 33

+1

2.1 ӝ Enlaces covalentes

H
Primera capa
de electrones

+3
+6 +8 +9 +10

Li
C O F Ne
Segunda capa
de electrones

+11 +14 +16 +17 +18

Na Si S Cl Ar
Tercera capa
de electrones

–1 +4 +2 +1 0
Elementos
Electrones que necesitan los átomos en cada columna para lograr la estabilidad
inertes

FIGURA 2-1 Una representación de la disposición de electrones en varios átomos comunes. Los electrones están presentes alrededor del núcleo de
un átomo en “nubes” u orbitales que están aproximadamente definidos por sus límites, que pueden tener una forma esférica o de pesa. Cada orbital con-
tiene un máximo de dos electrones, por lo que los electrones (puntos oscuros en el dibujo) se agrupan en pares. La capa más interna contiene un único
orbital (por tanto, dos electrones), la segunda capa contiene cuatro orbitales (por tanto, ocho electrones) y la tercera capa también contiene cuatro orbita-
les. El número de electrones de la capa externa es el determinante principal de las propiedades químicas de un elemento. Los átomos con una cantidad
similar de electrones de capa externa tienen propiedades similares. El litio (Li) y el sodio (Na), por ejemplo, tienen un electrón externo, y ambos son meta-
les altamente reactivos. Los átomos de carbono (C) y de silicio (Si) pueden unirse con cuatro átomos diferentes. Sin embargo, debido a su tamaño, un
átomo de carbono puede unirse a otros átomos de carbono, formando moléculas orgánicas de cadena larga, mientras que el silicio es incapaz de formar
moléculas comparables. El Neón (Ne) y el argón (Ar) tienen completa su órbita externa, lo que hace que estos átomos sean apenas reactivos; se los cono-
ce como gases inertes.

Moléculas polares y no polares otro una carga positiva parcial. Esto generalmente se denota en la
ilustración.
Examinemos una molécula de agua. El único átomo de oxígeno
Las moléculas, como el agua, que tienen una distribución asi-
del agua atrae a los electrones con mucha más fuerza que cual-
métrica de carga (o dipolo) se denominan moléculas polares. Las
quiera de sus átomos de hidrógeno. Como resultado, se dice que
moléculas polares de importancia biológica contienen uno o más
los enlaces O—H de una molécula de agua están polarizados, de
átomos electronegativos, generalmente O, N y/o S. Se dice que
modo que uno de los átomos tiene una carga negativa parcial y el
las moléculas que carecen de átomos electronegativos y enlaces
fuertemente polarizados, como moléculas formadas solo por
átomos de carbono e hidrógeno, son no polares. La presencia de
enlaces muy polarizados es de suma importancia para determinar
δ– Extremo cargado negativamente la reactividad de las moléculas. Las moléculas no polares grandes,
como las ceras y las grasas, son relativamente inertes. Algunas de
las moléculas biológicas más interesantes, incluidas las proteínas
O y los fosfolípidos, contienen regiones polares y no polares, que se
comportan de manera muy diferente.

H H Ionización
Algunos átomos son tan fuertemente electronegativos que pue-
δ+ δ+ Extremos cargados
den capturar electrones de otros átomos durante una reacción
positivamente
química. Por ejemplo, cuando los elementos sodio (un metal de

扯潫獭敤楣潳⹯牧
 34 color plateado) y cloro (un gas tóxico) se mezclan, el electrón in- ducir una especie altamente reactiva, llamada radical libre. La
dividual en la capa externa de cada átomo de sodio migra al áto- estructura de los radicales libres y su importancia en la biología
mo de cloro con deficiencia de electrones. Como resultado, estos se consideran en la sección adjunta “Perspectiva humana”.
dos átomos se transforman en iones cargados.
CAPÍTULO 2 ӝ Las bases químicas de la vida

REPASO
2 Na + Cl Cl 2 Na Cl 2 Na+ + 2 Cl –
1. Los átomos de oxígeno tienen ocho protones en su núcleo.
¿Cuántos electrones poseen? ¿Cuántos orbitales hay en la
Debido a que el ion cloruro tiene un electrón extra (relativo al
– capa interna de electrones? ¿Cuántos electrones hay en la
número de protones en su núcleo), tiene una carga negativa (Cl ) capa exterior? ¿Cuántos electrones puede contener la capa
y se denomina anión. El átomo de sodio, que ha perdido un elec- exterior antes de completarse?
+
trón, tiene una carga positiva adicional (Na ) y se denomina ca- 2. Compare y confronte: un átomo de sodio y un ion de sodio;
tión. Cuando están presentes en cristales, estos dos iones forman un enlace simple y un enlace doble; un átomo de baja electro-
cloruro de sodio o sal de mesa. negatividad y otro de alta; la distribución de electrones alrede-
+ –
Los iones Na y Cl representados anteriormente son relativa- dor de un átomo de oxígeno unido a otro átomo de oxígeno, y
mente estables porque poseen capas externas rellenas. Una dis- un átomo de oxígeno unido a dos átomos de hidrógeno.
posición diferente de electrones dentro de un átomo puede pro-

2.2 PERSPECTIVA HUMANA

¿Los radicales libres causan envejecimiento?

Durante el transcurso de este libro de texto, discutiremos varios les hidroxilo es probablemente una de las principales razones
factores biológicos diferentes que se cree que contribuyen al por las cuales la luz del sol es tan dañina para la piel.
proceso del envejecimiento. Aquí consideraremos a un actor que En 1956, Denham Harman, de la Universidad de Nebraska,
durante mucho tiempo se ha imaginado que conduce el enve- propuso que el envejecimiento resulta del daño tisular causado
jecimiento: la acumulación gradual de daños en los tejidos de por los radicales libres. Debido a que el tema de los radicales
nuestro cuerpo. Esta idea es atractiva porque introduce un ele- libres no era uno con el que los biólogos y los médicos estuvie-
mento natural del tiempo: siempre que el daño ocurra a una tasa ran familiarizados, la propuesta no generó un interés significativo.
constante baja, cuanto más tiempo viva, más daño acumulará. Luego, en 1969, Joe McCord e Irwin Fridovich de la Universidad
Pero aunque esta idea es atractiva, en realidad, probarla requie- de Duke descubrieron una enzima, la superóxido dismutasa
re conocer el origen del daño y luego preguntar si el cambio (SOD, superoxide dismutase), cuya única función era la destruc-
–-
en la tasa de daño realmente altera el envejecimiento. ¿Qué se ción del radical superóxido (O2 ), un tipo de radical libre que se
está dañando y qué está provocando ese daño? El daño más forma cuando el oxígeno molecular aumenta un electrón extra.
destructivo probablemente ocurre con el DNA. Las alteraciones La SOD cataliza la siguiente reacción:
en el DNA conducen a la producción de mensajes genéticos de-
– – Ԍ
fectuosos que promueven el deterioro celular gradual. ¿Cómo O2ӝ ԌL2ӝ ԌE y H2O2ԌL2
ocurre el daño celular, y por qué debería ocurrir más rápidamen- peróxido
te en un animal con una vida más corta, como un chimpancé, de hidrógeno
que un humano? La respuesta puede residir en el nivel atómico.
Los átomos se estabilizan cuando sus capas están llenas de El peróxido de hidrógeno también es un agente oxidante poten-
electrones. Las capas de electrones consisten en orbitales, cada cialmente reactivo, por lo que a menudo se usa como desinfec-
uno de los cuales puede contener un máximo de dos electro- tante y agente blanqueador. Si no se destruye rápidamente, el
nes. Los átomos o moléculas que tienen orbitales que contienen H2O2 puede descomponerse para formar radicales hidroxilo que
un solo electrón no pareado tienden a ser altamente inestables, atacan las macromoléculas de la célula. El peróxido de hidróge-
se llaman radicales libres. Los radicales libres pueden formarse no normalmente se destruye en la célula por la enzima catalasa
cuando se rompe un enlace covalente de modo que cada parte o glutatión peroxidasa.
conserva la mitad de los electrones compartidos, o se pueden La investigación posterior ha revelado que los radicales su-
formar cuando un átomo o molécula acepta un único electrón peróxido se forman dentro de las células durante el metabolismo
transferido durante una reacción de oxidación-reducción. Por oxidativo normal y que una superóxido dismutasa está presente
ejemplo, el agua se puede convertir en radicales libres cuando en las células de diversos organismos, desde las bacterias has-
se expone a la radiación del sol: ta los humanos. De hecho, los animales poseen tres versiones
diferentes (isoformas) de SOD: una isoforma citosólica, una mito-
H2O yELӝԌEӝ condrial y otra extracelular. Se estima que entre el 1-2% del oxí-
radical hidroxilo geno tomado en las mitocondrias humanas se puede convertir
ҚӂӝӃbh\b[XohlX\b[XeebZl]қ en peróxido de hidrógeno en lugar de agua, el producto final
normal de la respiración. La importancia de la SOD se revela más
Los radicales libres son extremadamente reactivos y capaces de claramente en estudios de bacterias mutantes y levaduras que
alterar químicamente muchos tipos de moléculas, incluidas pro- carecen de la enzima; estas células no pueden crecer en presen-
teínas, ácidos nucleicos y lípidos. Esto se ilustra por el hecho de cia de oxígeno. Del mismo modo, los ratones que carecen de la
que ciertas células del sistema inmune generan radicales libres versión mitocondrial de la enzima (SOD2) no pueden sobrevivir
dentro de su citoplasma como un medio para matar las bacterias relativamente más de una semana después de nacer. Por el con-
que estas células inmunes han ingerido. La formación de radica- trario, los ratones que han sido modificados genéticamente para

扯潫獭敤楣潳⹯牧
 que sus mitocondrias contengan niveles elevados de la enzima jli`lXgX\iӃҮko]jimnoeXko]eimil`XhbmgimaXh\]mXllieeX\i 35
catalasa que destruye el H2O2 viven un 20% más de tiempo, en mecanismos para inducir su propia disminución después de que
promedio, que los controles no tratados. Este hallazgo, reporta- hayan pasado la edad reproductiva. El grado en que el daño
do en 2005, marcó la primera demostración de que las defensas de los radicales libres determina el envejecimiento es, por tanto,

2.3 ӝ Enlaces no covalentes

antioxidantes mejoradas pueden aumentar la vida útil de un ma- una pregunta abierta.
mífero. Aunque el potencial destructivo de los radicales libres, Un área relacionada de investigación se refiere al estudio
como los radicales superóxido e hidroxilo, es incuestionable, la de sustancias llamadas antioxidantes que pueden destruir los ra-
importancia de estos agentes como factor en el envejecimiento dicales libres en el tubo de ensayo. La venta de estas sustancias
continúa siendo controvertida. En algunos casos, se descubrió proporciona una importante fuente de ingresos para la industria
que las perturbaciones que aumentan los radicales de oxígeno de las vitaminas y los suplementos. Los antioxidantes comunes
aumentan la vida útil en lugar de disminuirla. Además, el concep- que se encuentran en el cuerpo incluyen al glutatión, las vitami-
to de que el envejecimiento involucra la acumulación de daño nas E y C, y el betacaroteno (el pigmento naranja en las zanaho-
aleatorio ha sido cuestionado por el descubrimiento de genes rias y otras verduras). Aunque estas sustancias pueden resultar
específicos en organismos modelo como la levadura y los gusa- beneficiosas en la dieta debido a su capacidad para destruir los
nos nematodos que, cuando están mutados, permiten que el or- radicales libres, los estudios con ratas y ratones no han brindado
ganismo viva mucho más tiempo. La existencia de tales genes ha pruebas convincentes de que retrasen el proceso de envejeci-
llevado a una teoría competitiva conocida como “envejecimiento miento o aumenten la duración máxima de la vida.

2.3 Enlaces no covalentes

H
H
O
H

H
O O H
Los enlaces covalentes son enlaces fuertes entre los átomos que H

componen una molécula. Las interacciones entre moléculas (o H Na+

Na+
Cl– Na+ O H H
entre diferentes partes de una molécula biológica grande) están O O
Cl– Na+
H
gobernadas por una variedad de enlaces más débiles llamados H H
Cl– O
Cristal Na+ H
enlaces no covalentes. Los enlaces no covalentes no dependen de NaCl Cl– Na+
H

de electrones compartidos, sino de fuerzas atractivas entre áto- Cl– H

Na+
mos que tienen una carga opuesta. Los enlaces no covalentes in- Cl– O
H
dividuales son débiles (aproximadamente de 1 a 5 kcal/mol) y,
O
por tanto, se rompen y se reforman fácilmente. Como será evi- H H
dente a lo largo de este libro, esta característica permite que los O H H O
enlaces no covalentes medien las interacciones dinámicas entre H H
Cl –
las moléculas de la célula. H H
Aunque los enlaces individuales no covalentes son débiles, O
H H O
cuando un gran número de ellos actúa en concierto, como entre H H
O
las dos cadenas de una molécula de DNA o entre diferentes par-
tes de una proteína grande, sus fuerzas atractivas son aditivas.
Tomadas en conjunto, proporcionan a la estructura una estabili- FIGURA 2-2 La disolución de un cristal de sal. Cuando se les coloca en
dad considerable. Examinaremos varios tipos de enlaces no cova- el agua, los iones Na+ y Cl– de un cristal de sal se rodean de moléculas de
lentes que son importantes en las células. agua, rompiendo los enlaces iónicos entre los dos iones. A medida que la
sal se disuelve, los átomos de oxígeno cargados negativamente de las
moléculas de agua se asocian con los iones de sodio cargados positiva-
Enlaces iónicos: atracciones entre mente, y los átomos de hidrógeno con carga positiva de las moléculas de
agua se asocian con los iones cloruro de carga negativa.
átomos cargados
Un cristal de sal de mesa se mantiene unido por una atracción Enlaces de hidrógeno
+ –
electrostática entre el Na cargado positivamente y los iones Cl
cargados negativamente. Este tipo de atracción entre los compo- Cuando un átomo de hidrógeno se une covalentemente a un áto-
nentes completamente cargados se llama enlace iónico (o puente mo electronegativo, particularmente un átomo de oxígeno o ni-
salino). Los enlaces iónicos dentro de un cristal de sal pueden ser trógeno, el único par de electrones compartidos se desplaza en
bastante fuertes. Sin embargo, si un cristal de sal se disuelve en gran medida hacia el núcleo del átomo electronegativo, dejando
agua, cada uno de los iones individuales se rodea de moléculas al átomo de hidrógeno con una carga positiva parcial. Esto se
de agua, lo que impide que los iones cargados opuestamente se ilustra en la página 33 para la molécula de agua. Como resultado
acerquen lo suficiente como para formar enlaces iónicos de este cambio de carga, el núcleo desnudo, positivamente carga-
(FIGURA 2-2). Debido a que las células están compuestas princi- do del átomo de hidrógeno, puede acercarse lo suficiente a un par
palmente de agua, los enlaces entre los iones libres son de poca no compartido de electrones externos de un segundo átomo elec-
importancia. Por el contrario, los enlaces iónicos débiles entre tronegativo para formar una interacción de atracción (FIGURA 2-4).
grupos de moléculas biológicas grandes cargados opuestamente Esta débil interacción se llama enlace de hidrógeno. Los enlaces
son de considerable importancia. Por ejemplo, cuando los átomos de hidrógeno entre o dentro de las moléculas en solución tienen
de fosfato cargados negativamente en una molécula de DNA es- una energía de aproximadamente 1 kcal/mol, que es similar en
tán estrechamente asociados con grupos cargados positivamente magnitud a la energía térmica. Como resultado, los enlaces de
en la superficie de una proteína (FIGURA 2-3), los enlaces iónicos hidrógeno en las moléculas biológicas se rompen fácilmente.
entre ellos ayudan a mantener unido el complejo. La fuerza de los Los enlaces de hidrógeno se producen entre las moléculas
enlaces iónicos en una célula es generalmente débil (alrededor de más polares y son particularmente importantes para determinar
3 kcal/mol) debido a la presencia de agua, pero en el interior del la estructura y las propiedades del agua (se discutirá más adelan-
núcleo de una proteína, donde a menudo se excluye el agua, tales te). Los enlaces de hidrógeno también se forman entre los grupos
enlaces puede ser mucho más fuertes. polares presentes en moléculas biológicas grandes, como ocurre

扯潫獭敤楣潳⹯牧
 36 Enlace de hidrógeno
δ+ δ– δ+ δ–
C
Enlace C O H N
O iónico
CAPÍTULO 2 ӝ Las bases químicas de la vida

H
O P O– N+ C
δ+ δ– δ+ δ–
H H
O C O H O
C

C δ– δ+ δ–

N H N
Proteína
C
Enlace de
hidrógeno FIGURA 2-4 Enlaces de hidrógeno formados entre un átomo electronega-
C tivo unido, como el nitrógeno o el oxígeno, que tiene una carga negativa
DNA parcial, y un átomo de hidrógeno unido, que tiene una carga positiva par-
N H O
cial. Los enlaces de hidrógeno (aproximadamente 0.18 nm) son típicamen-
te alrededor de dos veces más largos que los enlaces covalentes mucho
más fuertes.

que minimiza su exposición al entorno polar (FIGURA 2-5). Esta

asociación de moléculas no polares se denomina interacción hi-
drofóbica. Esta es la razón por la que las gotitas de las moléculas
de grasa reaparecen rápidamente en la superficie de la sopa de
res o de pollo incluso después de que el líquido se agita con una
cuchara.
Las interacciones hidrofóbicas del tipo que acabamos de des-
cribir no se clasifican como enlaces verdaderos porque no son el
resultado de una atracción entre las moléculas hidrofóbicas, sino
más bien de un impulso energético para excluir el agua de las
2
superficies hidrofóbicas. Además de este tipo de interacción, los
grupos hidrofóbicos pueden formar enlaces débiles entre sí en
función de las atracciones electrostáticas. Las moléculas polares
se asocian porque contienen distribuciones de carga asimétricas
FIGURA 2-3 Los enlaces iónicos no covalentes desempeñan un papel permanentes dentro de su estructura. Un examen más detallado
importante al mantener la molécula de proteína a la derecha (átomos de de los enlaces covalentes que componen una molécula no polar
color amarillo) en la molécula de DNA a la izquierda. Se forman enlaces
(como H2 o CH4) revela que las distribuciones de electrones no
iónicos entre los átomos de nitrógeno con carga positiva en la proteína y
los átomos de oxígeno con carga negativa en el DNA. La molécula de
siempre son simétricas. La distribución de electrones alrededor
DNA en sí misma consiste en dos cadenas separadas unidas por enlaces de un átomo en un instante dado es un asunto estadístico y, por
de hidrógeno no covalentes. Aunque un único enlace no covalente es re- tanto, varía de un instante a otro. En consecuencia, en un mo-
lativamente débil y se rompe fácilmente, un gran número de estos enlaces mento dado, la densidad de electrones puede ser mayor en un
entre dos moléculas, como entre dos cadenas de ADN, hace que el com- lado de un átomo, incluso si el átomo comparte los electrones por
plejo general sea bastante estable.
igual con algún otro átomo. Estas asimetrías transitorias en la dis-
FUENTE: Cortesía de Stephen Harrison, Departamento de Bioquímica de tribución de electrones resultan en separaciones momentáneas
Harvard.
de carga (dipolos) dentro de la molécula. Si dos moléculas con
dipolos transitorios están muy cerca la una de la otra y orientadas
entre las dos cadenas de una molécula de DNA (véase figura 2-3). de la manera apropiada, experimentan una fuerza de atracción
Debido a que su fuerza es aditiva, la gran cantidad de enlaces de débil, llamada fuerza de Van der Waals, que las une. Además,
hidrógeno entre las cadenas hace que la doble cadena de DNA la formación de una separación temporal de carga en una molé-
sea una estructura estable. Sin embargo, debido a que los enlaces cula puede inducir una separación similar en una molécula adya-
de hidrógeno individuales son débiles, las dos cadenas pueden cente. De esta forma, se pueden generar fuerzas de atracción
separarse parcialmente para permitir el acceso de las enzimas a adicionales entre las moléculas no polares. Una sola fuerza de
las cadenas individuales de la molécula de DNA. Van der Waals es muy débil (0.1 a 0.3 kcal/mol) y muy sensible a
la distancia que separa los dos átomos (FIGURA 2-6a). Como ve-
Interacciones hidrofóbicas y fuerzas remos en capítulos posteriores, sin embargo, las moléculas bioló-
de Van der Waals gicas que interactúan entre sí —por ejemplo, un anticuerpo y una
Debido a su capacidad para interactuar con el agua, las moléculas 2
polares, como azúcares y aminoácidos (descritas brevemente), Esta afirmación refleja una hipótesis aceptada de que las interacciones
hidrofóbicas son impulsadas por el aumento de la entropía (desorden).
son hidrofílicas o “amantes del agua”. Las moléculas no polares,
Cuando un grupo hidrofóbico se proyecta en un solvente acuoso, las
como las moléculas de esteroides o grasas, son esencialmente in- moléculas de agua se ordenan en forma de caja alrededor del grupo hi-
solubles en agua porque carecen de las regiones cargadas que los drofóbico. Estas moléculas de disolvente se desordenan cuando el grupo
atraerían a los polos de las moléculas de agua. Cuando los com- hidrofóbico se retira del disolvente circundante. Se puede encontrar una
puestos no polares se mezclan con agua, las moléculas no polares discusión sobre este y otros puntos de vista en Nature 2005;437:640 y en
e hidrófobas (“temerosas del agua”) se congregan a la fuerza, lo Curr Opin Struct Biol 2006;16:152.

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 Separación entre los centros de los átomos (Å) 37
Enlace de hidrógeno
2 4 6 8

2.3 ӝ Enlaces no covalentes

Repulsión
Energía
0

Atracción
Interacciones hidrofóbicas
Óptima interacción
de Van der Waals
a)

Fuerzas de
Van der Waals

FIGURA 2-5 En una interacción hidrofóbica, las moléculas no polares (hi-

b)
drofóbicas) se reúnen en agregados, lo que minimiza su exposición a las
moléculas de agua circundantes.
FIGURA 2-6 Fuerzas de Van der Waals. a) Cuando dos átomos se aproxi-
man entre sí, experimentan una fuerza de atracción débil que aumenta
proteína en la superficie de un virus— a menudo poseen formas hasta una distancia específica, típicamente alrededor de 4 Å. Si los áto-
complementarias. Como resultado, muchos átomos de las mo- mos se acercan más de cerca, sus nubes de electrones se repelen entre
sí, haciendo que los átomos se separen. b) Aunque las fuerzas individua-
léculas que interactúan pueden tener la oportunidad de aproxi- les de Van der Waals son muy débiles y transitorias, se pueden formar
marse de manera muy cercana (figura 2-6b), haciendo que las grandes fuerzas atractivas si dos macromoléculas tienen una superficie
fuerzas de Van der Waals sean importantes en las interacciones complementaria, como se indica esquemáticamente en esta figura (la figu-
biológicas. ra 2-40 presenta un ejemplo).

Las propiedades del agua

de hidrógeno se forma cuando el hidrógeno parcialmente carga-
que mantienen la vida do positivamente de una molécula de agua se alinea junto a un
La vida en la Tierra depende totalmente del agua, y el agua puede átomo de oxígeno cargado parcialmente negativo de otra molécu-
ser esencial para la existencia de la vida en cualquier parte del la de agua. Debido a su extenso enlace de hidrógeno, las molécu-
universo. A pesar de que contiene solo tres átomos, una molécu- las de agua tienen una tendencia inusualmente fuerte a adherirse
la de agua tiene una estructura única que le da a la molécula
3
propiedades extraordinarias. Lo más importante:
1. El agua es una molécula muy asimétrica con el átomo de oxí- + + Hidrógeno
geno en un extremo y los dos átomos de hidrógeno en el ex-
tremo opuesto. -- Oxígeno
2. Cada uno de los dos enlaces covalentes en la molécula está
altamente polarizado. Enlace de
3. Los tres átomos en una molécula de agua son eficientes para hidrógeno
formar enlaces de hidrógeno.
Los atributos del agua para mantener la vida provienen de estas
propiedades.
Cada molécula de agua puede formar enlaces de hidrógeno
con hasta cuatro moléculas de agua más, produciendo una red de
moléculas altamente interconectadas (FIGURA 2-7). Cada enlace

3
Una forma de apreciar la estructura del agua es comparándola con el H2S.
Al igual que el oxígeno, el azufre tiene seis electrones de capa externa y
forma enlaces simples con dos átomos de hidrógeno. Pero debido a que el
azufre es un átomo más grande, es menos electronegativo que el oxígeno, y FIGURA 2-7 Formación de enlaces de hidrógeno entre las moléculas de
su capacidad para formar enlaces de hidrógeno se reduce enormemente. A agua contiguas. Cada átomo de H de la molécula tiene aproximadamente
temperatura ambiente, H2S es un gas, no un líquido. De hecho, la tempera- cuatro décimas de una carga positiva completa, y el único átomo de O tie-
tura debe bajar a –86 °C antes de que el H2S se congele en un sólido. ne aproximadamente ocho décimas de una carga negativa completa.

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 38 REPASO
1. Describa algunas de las propiedades que distinguen los enla-
ces covalentes y no covalentes.
2. ¿Por qué las moléculas polares, como el azúcar de mesa, se
CAPÍTULO 2 ӝ Las bases químicas de la vida

disuelven tan fácilmente en el agua? ¿Por qué se forman goti-

tas de grasa en la superficie de una solución acuosa? ¿Por
qué la sudoración ayuda a refrescar el cuerpo?

2.4 Ácidos, bases y tampones

Los protones no solo se encuentran dentro de los núcleos atómi-
cos, sino que también se liberan en el medio cada vez que un
átomo de hidrógeno pierde un electrón compartido. Considere el
ácido acético —el ingrediente distintivo del vinagre— que puede
experimentar la siguiente reacción, descrita como una disociación.
Subunidad A Subunidad B H O H O
Moléculas de agua HC C HC C + H+
entre subunidades H O H O –
H
FIGURA 2-8 La importancia del agua en la estructura de la proteína. Las Ácido Ion de Protón
moléculas de agua (cada una con un solo átomo de oxígeno en color rojo acético acetato (ion de hidrógeno)
y dos átomos de hidrógeno más pequeños en color gris) se muestran en
sus ubicaciones ordenadas entre las dos subunidades de una molécula Una molécula que es capaz de liberar (donar) un ion de hidró-
de hemoglobina de almeja. geno se denomina ácido. El protón liberado por la molécula de
FUENTE: Tomada de Martin Chaplin. Nature Revs Mol Cell Biol 2006;7:864. ácido acético en la reacción previa no permanece en estado libre;
© 2006; por Macmillan Publishers Limited. en cambio, se combina con otra molécula. Las posibles reacciones
que involucran un protón incluyen:
● Combinación con una molécula de agua para formar un ion
entre sí. Esta característica es más evidente en las propiedades +
hidronio (H3O ).
térmicas del agua. Por ejemplo, cuando el agua se calienta, la
mayor parte de la energía térmica se consume interrumpiendo los H+ + H2O y H3O+
enlaces de hidrógeno en lugar de contribuir al movimiento mole- ● Combinación con un ion hidroxilo (OH–) para formar una
cular (que se mide como un aumento de la temperatura). Del mis- molécula de agua.
mo modo, la evaporación del estado líquido al gaseoso requiere
que las moléculas de agua rompan los enlaces de hidrógeno que H+ + OH– y H2O
las mantienen unidas a las moléculas contiguas, por eso se nece-
● Combinación con un grupo amino (—NH2) en una proteína
sita tanta energía para convertir el agua en vapor. Los mamíferos
para formar una amina cargada.
aprovechan esta propiedad cuando sudan porque el cuerpo ab-
H++ –NH2 y –NH3
+
sorbe el calor necesario para evaporar el agua, que se enfría.
El pequeño volumen de fluido acuoso presente dentro de una
célula contiene una mezcla notablemente compleja de sustancias Cualquier molécula que sea capaz de aceptar un protón se define
disueltas o solutos. De hecho, el agua puede disolver más tipos de como una base. Los ácidos y las bases existen en pares o parejas.
sustancias que cualquier otro solvente. Pero el agua es más que Cuando el ácido pierde un protón (como cuando el ácido acético
solo un solvente; determina la estructura de las moléculas bioló- abandona un ion de hidrógeno), se convierte en una base (en
gicas y los tipos de interacciones en las que pueden participar. El este caso, ion acetato), que se denomina base conjugada del ácido.
agua es la matriz fluida alrededor de la cual se construye la es- Del mismo modo, cuando una base (como un grupo —NH2) acep-
+
tructura insoluble de la célula. También es el medio a través del ta un protón, forma un ácido (en este caso —NH3), que se deno-
cual los materiales se mueven de un compartimiento de la célula mina el ácido conjugado de esa base. Por tanto, el ácido siempre
a otro; es un reactivo o producto en muchas reacciones celulares, contiene una carga positiva más que su base conjugada. El agua
y protege la célula de muchas maneras, desde calor excesivo, frío es un ejemplo de una molécula anfótera, es decir, una que puede
o radiación dañina. servir tanto como un ácido como una base:
+ + – +
El agua es un factor tan importante en una célula porque es H3O W H + H2O W OH + H
capaz de formar interacciones débiles con tantos tipos diferentes Ácido Molécula Molécula
anfótera base
de grupos químicos. Recuerde de la página 35 cómo las molécu-
las de agua, con sus enlaces O—H fuertemente polarizados, for- Discutiremos otro grupo importante de moléculas anfóteras, los
man una cubierta alrededor de los iones, separando los iones de aminoácidos, en la página 49.
los otros. De manera similar, las moléculas de agua forman enla- Los ácidos varían notablemente en la facilidad con la que
ces de hidrógeno con moléculas orgánicas que contienen grupos abandonan un protón. Cuanto más fácil se pierde el protón, es
polares, como aminoácidos y azúcares, que aseguran su solubili- decir, cuanto menos fuerte es la atracción de una base conjugada
dad dentro de la célula. El agua también desempeña un papel para su protón, más fuerte es el ácido. El cloruro de hidrógeno es
clave en el mantenimiento de la estructura y función de las ma- un ácido muy fuerte, que transferirá fácilmente su protón a las
cromoléculas y los complejos que forman (como las membranas). moléculas de agua. La base conjugada de un ácido fuerte, como
La FIGURA 2-8 muestra la disposición ordenada de las moléculas HCl, es una base débil (tabla 2-1). El ácido acético, por el contra-
de agua entre dos subunidades de una molécula de proteína. Las rio, es un ácido relativamente débil porque en su mayor parte
moléculas de agua están unidas por enlaces de hidrógeno entre sí permanece sin disociarse cuando se disuelve en agua. En cierto
y con aminoácidos específicos de la proteína. sentido, uno puede considerar el grado de disociación de un áci-

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