Artículos

Digitalizador Micelial para Calcular el Área

de Hongos de Pudrición Blanca Cultivados
en Cajas Petri
Beatriz Adriana Sabino-Moxoa, José Alberto Márquez-Domíngueza, José Alfredo Sánchez-Meraza, Julio César
Hernández-Rosasa, Rubén Jiménez-Alvaradoa, Marco Antonio Islas-Lópeza

Resumen Abstract
En el presente trabajo se describe un procedimiento para calcular el This paper describes a procedure to measure areas of mycelial growth
área micelial de hongos de pudrición blanca cultivados en cajas Petri. of white rot fungi grown in Petri dishes. The scanning of crops and
El procedimiento contempla una etapa de digitalización de los cultivos the algorithm used to extract the region of interest is presented to
capturando las vistas de frente y atrás en imágenes RGB, así como la facilitate the selection of the objects contained in the images. Other
fase de aplicación del algoritmo utilizado para extraer la región de inte- systems require the user to select the edge of the object; this provides
rés y de esta manera facilitar la selección de los objetos contenidos en aninaccurate result and is a tedious task for the user. The results
las imágenes. Otros sistemas realizan el mismo proceso, pero necesi- obtained with the procedure proposed here are more accurate than
tan que el usuario seleccione manualmente el borde del objeto, lo que those calculated by hand and those obtained by other systems.
implica que obtenga resultados poco precisos y, al mismo tiempo, la Additionally, the time in which the biologist makes his measurements is
realización de una tarea que le es tediosa. Los resultados generados al reduced significantly.
ocupar las vistas de frente y atrás de la muestra son más precisos que
los calculados manualmente y que los obtenidos por otros sistemas, Keywords: color segmentation, mycelial growth, threshold.
además de reducir considerablemente el tiempo en el que el usuario
realiza sus mediciones.

Palabras clave: Segmentación a color, crecimiento micelial, umbral.

Introducción

Actualmente la necesidad de tener una estima- cantes. Los hongos son los responsables de la
ción del crecimiento de hongos en cajas Petri, se desintegración de la materia orgánica y en simbio-
ha convertido en una prioridad debido al estudio sis con determinados árboles, producen un mayor
exhaustivo de los hongos patógenos (levaduras crecimiento de éstos1.
y mohos) para observar su comportamiento y
expansión dentro del medio sembrado. La inves- La cinética de dicho crecimiento se lleva cabo por
tigación de éstos es de vital importancia para la elongación y ramificación de las hifas, la zona hifal
muchos avances tecnológicos de distintas mate- delimitada por una pared se extiende de manera
rias relacionadas con varias industrias, entre ellas ramificada para formar el micelio2. En la Figura 1
la farmacéutica, ya que a partir de los hongos se se presentan imágenes de hongos de pudrición
fabrican los antibióticos, las drogas y los tonifi- blanca cultivados en la Universidad de la Cañada.

a
Universidad de la Cañada, Carretera Teotitlán, San Antonio Correspondencia: Beatriz Adriana Sabino Moxo
Nanahuatipán Km 1.7 s/n. Paraje Titlacuatitla, C.P. 68540; Teotitlán de Universidad de la Cañada 3
Flores Magón, Oaxaca, México. Correo electrónico: [email protected]

Salud y Administración Volumen 1 Número 2 Mayo-Agosto 2014 pp. 3 - 9

 Existen procedimientos manuales para deter- acetato que contienen el contorno de la superficie
minar el área de los hongos, Hernández3 emplea a medir, sin embargo, para utilizarla es necesario
acetatos y hojas milimétricas; Tejeda1 utiliza realizar una parte del procedimiento manual;
una regla graduada en la parte media de la caja Sabino y Márquez12 presentan un algoritmo de
Petri, dependiendo de la figura formada se rea- extracción de regiones por nivel de intensidad,
liza una aproximación con la suma de áreas pero si el objeto presenta varias coloraciones es
correspondientes a polígonos regulares como: difícil realizar la distinción entre éste y el fondo de
círculos, triángulos, cuadrados, etc., los cuales la imagen, por lo que se puede obtener un resul-
se van midiendo minuciosamente; Aguinagalde4 tado erróneo; Tejeda1 propone un método que se
lleva a cabo mediciones radiales del crecimiento adapta a parámetros estáticos, como contempla
mediante hojas de acetato; Gaitán, et ál.5 mide que la imagen tiene una resolución determinada,
el diámetro micelial para estimar la tasa de cre- no es posible modificar parámetros de configura-
cimiento, misma que se calcula con una función ción de la cámara, toma como referencia que el
lineal y además trazan los dos ejes cartesianos centro de la imagen corresponde siempre al centro
sobre la tapa de la caja Petri tomando como ori- del objeto (lo cual a veces no sucede de esa forma,
gen el centro del cultivo. Los procedimientos depende de la manera en cómo se desarrolle el
anteriores requieren hacer cálculos a varios obje- hongo), el cálculo de áreas las contempla como
tos, lo cual se vuelve laborioso y cansado para la si el objeto tuviera un comportamiento circular, lo
persona que lo efectúa. cual a veces no sucede.

Por tal motivo, en este documento se da a

conocer un sistema que permite la captura de una
imagen de la muestra de cultivo de los hongos
de pudrición blanca y proporciona como salida la
medida del objeto de interés en centímetros, este
software facilitará el cálculo del área micelial.

La presente propuesta utiliza un algoritmo de

extracción de regiones por color que permite
obtener el área que se requiere medir de los
Figura 1. Ejemplos de micelio de hongo blanco cultiva- hongos de pudrición blanca cultivados en cajas
dos en cajas Petri. Petri, con la finalidad de evitar la selección manual
de los objetos, como lo realizan otras aplicaciones.
Se utiliza también un procedimiento para calcular
La disponibilidad de computadoras, software y el área de crecimiento micelial de los hongos antes
cámaras digitales ha favorecido el análisis de imá- mencionados, el cual se expone en el siguiente
genes en diferentes disciplinas como medicina apartado.
humana6, o análisis de cobertura vegetal a escalas
geográficas7. Existe software que se utiliza para el
cálculo de áreas de objetos, una desventaja que Procedimiento para la
poseen es que el usuario tiene que recorrer el medición de área micelial
contorno del objeto con el mouse, lo cual dificulta
el uso de dicho sistema y además es poco pre- Digitalización de la información
ciso para obtener el resultado requerido; algunos
están enfocados a determinar áreas foliares como En esta etapa se usó una cámara web para capturar
en: Rincón, et ál.8, Beget, et ál. 9, Rodríguez, et muestras de hongos de pudrición blanca cultivadas
ál.10. Debido a las características de la información en cajas Petri, además de una cinta métrica. Esta
contenida en la imagen que esos sistemas analizan última se utilizó como referencia para determinar
no es posible medir otro tipo de objetos, ya que el valor del área del objeto en centímetros.
se tienen valores predeterminados en función de
la información de las hojas de plantas a analizar. Para esta etapa se construyó una estructura que
permitió la captura de imágenes de las muestras
De las aplicaciones que miden el área de hongos, de cultivo, en la cual se colocó una cámara e ilumi-
4 Sabino, et ál.11 emplean la digitalización de hojas de nación blanca (Figura 2).

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 en los canales rojo, verde y azul. Posteriormente
se realiza la búsqueda de los píxeles vecinos con
similar tonalidad en los tres canales al punto P.

El algoritmo de búsqueda utilizado se describe

a continuación:

a) Se establece una semilla P; a continuación se

obtiene C a partir de P (Figura 4) y se descom-
pone en Cr, Cg y Cb.
b) -Se considera la vecindad de 4 con respecto a
P. Se analizan los vecinos P’, de tal forma que
si algún P’ tiene similar tonalidad en sus canales
(es decir, P[r] es similar a Cr; P[g] es similar a
Cg y P[b] es similar a Cb), entonces pertenece
a la región R (Figura 5) y, por consiguiente, P’
Figura 2. Captura de imágenes a color de hongos culti- es contabilizada. Posteriormente P’ se toma
vados en cajas Petri-vista frente. como semilla para realizar nuevamente el aná-
lisis, ahora con la vecindad de 4 de P’ hasta
encontrar el borde del objeto (Figura 6).

Figura 3. Captura de imágenes a color de hongos culti-

vados en cajas Petri-vista atrás. Figura 4. La semilla P es el punto elegido por el usuario
dentro del área a medir.

En el proceso de digitalización se obtuvieron

dos capturas a color RGB por cada caja Petri (vista
frente y vista atrás) como se observa en las Figuras
2 y 3. Esto se realizó para determinar cuál vista
proporcionaba mejores resultados.

Extracción de regiones por color

La extracción de regiones por color permitirá

obtener el objeto de interés y, posteriormente,
calcular su área. Una alternativa para facilitar lo
anterior consiste en que el usuario proporcione
un punto P(x,y) perteneciente al objeto, del cual
se obtiene su color C, mismo que se descompone Figura 5. Vecindad de 4 del píxel P. 5

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 Resultados y discusión

Durante el proceso de digitalización de hongos

de pudrición blanca se capturaron varias muestras
con diferente tamaño y forma, mismos que se
emplearon para las pruebas del algoritmo (Figura
8). En la Tabla 1 se observa la comparación
entre los resultados obtenidos de forma manual y
los datos obtenidos con otro sistema DS1 que no
realiza una extracción a color, sino que emplea el
nivel de intensidad de un punto dentro del objeto
y busca los vecinos parecidos a éste. DS2-A y
DS2-F muestran las medidas obtenidas mediante
el software propuesto aquí, con las capturas de
vista atrás y vista frente.

Figura 6. Región extraída para su medición.

Los píxeles P’ que conforman la región R son

determinados por la función (1):

R = { P’ є R, si P’[r] < Cr + U y P’[r] (1)

> Cr-U y P’[g] < Cg + U y P’[g]

> Cg - U y P’[b] < Cb +U

P’ [b]> Cb - U }

Donde: Figura 7. Muestras de hongo de pudrición blanca en

cajas Petri.
P’ [r], P’ [g],P’ [b]: descomposición de P’ para
cada canal.
U: umbral que define la similitud entre el valor Con base en la Tabla 1, puede observarse que el
de los canales de P y P’. error máximo entre el dato manual (DM) y DS1 es
-----Cr, Cg y Cb: valor del canal rojo verde o azul de 1.98 cm, en comparación con DM y DS2-A que
del píxel inicial seleccionado. es de 1.01 (menor en la mayoría de los casos); para
DM y DS2-F el error relativo es mayor en todos
los casos. Un ejemplo de la salida del empleo
Con la ejecución de los pasos a) y b) se obtiene del algoritmo se observa en las imágenes de la
la región total R a medir y el número de píxeles Figura 8. Además, se aplicó el algoritmo a otros
que la componen. En el siguiente apartado se objetos (hojas), en el cual se observó que realiza.
describen algunas pruebas realizadas en diferentes adecuadamente la extracción de la región del
tipos de imágenes y los resultados obtenidos. color seleccionado, como se observa en la Figura 9.
6

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 El procedimiento presentado aquí proporciona
resultados más precisos en comparación con el
método manual.

El algoritmo de extracción de regiones pro-

puesto, obtiene la zona a medir a partir de un punto
establecido por el usuario. Esta forma de selección
resulta más conveniente en comparación con otras
aplicaciones que requieren realizar la selección del
contorno del objeto a medir. Además, las imágenes
son analizadas en los canales RGB, lo que permite
realizar una búsqueda más exacta del hongo a
diferencia de la utilización de escala de grises.

En las pruebas realizadas se obtuvieron mejores

resultados con las imágenes de vista atrás de las
muestras, en un rango de error máximo de 1.01 cm,
en comparación con la vista frente, con un error
Figura 8. a) Muestra vista frente, b) Muestra vista frente de 5.96 cm, por lo que es recomendable realizar
con extracción, c) Muestra vista atrás, d) Muestra vista cálculos con la primera. A su vez, el sistema reduce
atrás con extracción. considerablemente el número de horas invertidas
en la realización de la tarea correspondiente.

Conclusiones Finalmente, este software contribuye a la investi-

gación del proyecto de investigación “Efecto de la
La aplicación de las tecnologías de la información temperatura y pH sobre el crecimiento micelial de
permite agilizar el procedimiento del cálculo del Trametes versicolor y Ganoderma lucidum” regis-
área micelial de hongos cultivados en caja Petri. trado en la Universidad de la Cañada.

Tabla 1. Comparación entre los datos obtenidos de forma manual y los obtenidos mediante el software propuesto,
en centímetros.

Dato
Error Relativo Error Relativo Error Relativo
OBJ Manual DS1 DS2-A DS2-F
DM,DS1 DM,DS2-A DM,DS2-F
(DM)

PH4.0-01 11.92 11.81 11.9 9.15 0.11 0.02 2.77

PH4.0-02 23.2 23.1 23.3 23.9 0.1 0.1 0.7

PH4.0-03 36.38 38.36 35.37 39.9 1.98 1.01 3.52

PH4.0-12 10.64 10.4 10.5 4.68 0.24 0.14 5.96

PH4.5-01 1.32 1.3 1.33 1.15 0.02 0.01 0.17

PH4.5-02 1.42 1.31 1.43 0.86 0.11 0.01 0.56

PH4.5-03 1.18 1.24 1.22 0.93 0.06 0.04 0.25

PH4.5-11 23.58 23.68 23.5 19.98 0.1 0.08 3.6

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 Figura 9. a) Hoja verde, b) Extracción de área de la hoja, c) Hoja con hongo, d) Extracción de área verde, e) Extracción de hongo.

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