FACULTAD DE FARMACIA

UNIVERSIDAD COMPLUTENSE

TRABAJO FIN DE GRADO

Actualidad y perspectivas futuras en el diagnóstico y
tratamiento farmacológico de las enfermedades raras:
Impacto de las nuevas tecnologías de secuenciación del
DNA `Next Generatión Sequencing´

Autor: Alba Rodríguez Rius

D.N.I.: 05337984-Y

Tutor: María Jesús Miró Obradors

Convocatoria: Junio 2015

 ÍNDICE

RESUMEN ............................................................................................................................................................. 2

I. INTRODUCCIÓN Y ANTECEDENTES ................................................................................................... 2

II. OBJETIVOS .................................................................................................................................................. 3

III. METODOLOGÍA ......................................................................................................................................... 4

IV. RESULTADOS Y DISCUSIÓN................................................................................................................... 5

1. SITUACIÓN ACTUAL: DIAGNÓSTICO Y TRATAMIENTO .................................................................................. 5

Diagnóstico ..................................................................................................................................................... 5
Medicamentos huérfanos ................................................................................................................................ 6
Tratamiento farmacológico ............................................................................................................................. 7
Problemática en el desarrollo de nuevas terapias .......................................................................................... 8
2. PERSPECTIVAS FUTURAS: IMPACTO DE LAS NUEVAS TÉCNICAS DE SECUENCIACIÓN .................................... 9
Nuevas técnicas de secuenciación NGS .......................................................................................................... 9
Aplicaciones de las técnicas NGS en enfermedades raras. ........................................................................... 11
Limitaciones en la aplicación a la práctica clínica ...................................................................................... 12
Proyectos en marcha ..................................................................................................................................... 13
3. PERSPECTIVAS FUTURAS: DESAFÍOS Y HERRAMIENTAS BÁSICAS EN DESARROLLO ..................................... 14
Registros de pacientes ................................................................................................................................... 15
Bancos de muestras biológicas ..................................................................................................................... 15
Modelos biológicos ....................................................................................................................................... 15
Biomarcadores .............................................................................................................................................. 16
Diseño de los ensayos clínicos ...................................................................................................................... 16

V. CONCLUSIONES ....................................................................................................................................... 17

BIBLIOGRAFÍA ................................................................................................................................................. 18
Resumen

Las enfermedades raras suponen un conjunto de 5000-8000 enfermedades poco comunes que
en total afectan a 29 y 30 millones de personas en Europa y Estados Unidos respectivamente.
La mayoría son crónicas, progresivas, degenerativas, con altas tasas de letalidad y, por su
marcado carácter genético, pueden beneficiarse de los avances en secuenciación génica. En
este estudio se analiza la situación actual y las perspectivas futuras de estas enfermedades en
cuanto a diagnóstico y tratamiento farmacológico, prestando especial atención al impacto las
técnicas de secuenciación NGS (Next Generation Sequencing). Se ha llevado a cabo a partir
de la revisión, documentación e investigación bibliográfica, el análisis de los resultados
obtenidos y su discusión. El ámbito del estudio abarca el contexto mundial, profundizando en
el marco Europeo y en la situación particular de España. La situación actual queda
caracterizada por la demora diagnóstica y la escasez de tratamientos disponibles. Se describen
las características y aplicaciones de las técnicas NGS y su relación con un aumento
exponencial en el número de causas genéticas identificadas y de test diagnósticos disponibles.
El desarrollo de nuevas terapias no avanza al mismo tiempo, pero existen medidas puestas en
marcha para cambiar esta situación (modelos biológicos, optimización de los diseños de
ensayos clínicos, etc.). Como conclusión del estudio, se puede afirmar que las NGS han
tenido un gran impacto en el avance científico sobre el conocimiento de estas enfermedades,
si bien será necesaria la colaboración internacional y el apoyo institucional para que dicho
impacto se traslade, de manera más efectiva, a la práctica clínica.

I. Introducción y Antecedentes

El concepto de “enfermedades raras” surge como forma de agrupar las enfermedades

poco comunes, entendiendo que requieren de un abordaje tanto político como científico
distinto al que necesitan aquellas patologías más frecuentes. El termino rare disorder se
introduce en la legislación por primera vez en Estados Unidos, en el Orphan Drug Act of
1984, a raíz de las peticiones de un tratamiento gubernamental específico para estas
patologías por parte de la asociación de pacientes National Organization of Rare Disorders
(NORD) [1]. En Europa, el concepto se define por primera vez en 1999, introduciéndose en la
legislación la definición epidemiológica de las mismas y estableciendo las acciones básicas a

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desarrollar [2]. En 2007, la Comisión Europea señala las enfermedades raras como una
prioridad de los programas de Salud Pública, y supone el impulso necesario para que
empiecen a desarrollarse planes estratégicos de acción a nivel nacional [3].

Según las definiciones adoptadas, las enfermedades raras son aquellas que afectan a
menos de 5 personas por cada 10.000 habitantes en Europa, o a menos de 200.000 personas
en Estados Unidos (aproximadamente, 7,5:10.000). Suponen un conjunto de entre 5.000 y
8.000 enfermedades que afectan a diversos sistemas, cuya prevalencia en conjunto se estima
en 29 millones de personas en la Unión Europea. El 80% de estas enfermedades son
genéticas, mientras que el 20% restante se debe a causas infecciosas o ambientales. La
mayoría son patologías crónicas, progresivas y degenerativas con gran impacto sobre la
calidad de vida de los pacientes, causantes de discapacidad y con altas tasas de letalidad [4].

La baja prevalencia de cada enfermedad supone una dificultad importante para su

investigación, tanto a nivel de financiación como en el acceso a pacientes y/o a sus muestras
biológicas para la investigación básica sobre sus causas o desarrollo natural. El poco
conocimiento científico de muchas de estas enfermedades supone una gran limitación en el
diagnóstico de las mismas, que además es especialmente difícil cuando no existen centros de
referencia ni protocolos que lo guíen [5]. A su vez, estas enfermedades comparten una gran
problemática en cuanto al tratamiento farmacológico, cuya investigación y comercialización
no es rentable y depende en muchos casos de financiación particular, de asociaciones de
pacientes, o de políticas específicas de estímulo [4].

Dado el marcado carácter genético de estas enfermedades, tanto la investigación como

el diagnóstico y el tratamiento de las mismas puede beneficiarse de los avances científicos en
el área de la secuenciación génica. En este contexto, las nuevas técnicas de secuenciación
(Next Generation Sequencing), suponen un salto cualitativo en tiempo, coste y aplicaciones
respecto a la secuenciación clásica. El empleo de estas técnicas en la investigación de
enfermedades raras es ya un hecho y supone un tema de interés creciente, que está abriendo
nuevas puertas en la práctica clínica [6].

II. Objetivos

1. Analizar la situación actual de las enfermedades raras en cuanto a diagnóstico y

tratamiento farmacológico, en el contexto mundial, profundizando en el marco Europeo y
en la situación concreta de España.

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2. Analizar las perspectivas futuras del diagnóstico y tratamiento:
2.1 Describir el impacto que pueden tener las nuevas técnicas de secuenciación,
2.2 Describir los retos y expectativas que se plantean, así como otras herramientas y
medidas en desarrollo.

III. Metodología

1. Revisión, documentación e investigación bibliográfica.

1.1. Búsqueda y selección de las fuentes principales de información en bibliotecas y
servidores online.
1.2. Investigación bibliográfica en las fuentes de información seleccionadas:
1.2.1. Sitios web de entidades y asociaciones dedicadas a las enfermedades raras:
EURORDIS (Rare Diseases Europe – www.eurordis.org), IRDiRC (International
Rare Diseases Research Consortium – www.irdirc.org), Orphanet (Portal for rare
diseases and orphan drugs – www.orpha.net), CIBERER (Centro de Investigación
Biomédica en Red de Enfermedades Raras) y FEDER (Federación Española de
Enfermedades Raras – www.enfermedades-raras.org).
1.2.2. Sitios web de entidades relacionadas con la genética y las NGS: EuroGenTest
(www.eurogentest.org) y NCBI (National Center for Biotechnology Information -
www.ncbi.nlm.nih.gov)
1.2.3. Bases de datos bibliográficas accesibles online: PubMed (del NCBI) y
ScienceDirect.
1.2.4. Sitios web institucionales: FDA (Food and Drug Administration - www.fda.com)
y EMA (European Medicines Agency - www.ema.europe.eu)
2. Selección y estudio de las páginas web, informes y artículos más acordes a los objetivos
del estudio partir de las fuentes de información investigadas.
3. Análisis de los resultados obtenidos, discusión de los mismos y obtención de conclusiones
en base a los objetivos.
4. Redacción del trabajo. Se plantea siguiendo una estructura que permite cumplir con
claridad los objetivos marcados, así como la normativa establecida para el Trabajo de Fin
de Grado por la Facultad de Farmacia.
5. Bibliografía. Se recoge al final del trabajo, siguiendo el orden cronológico de aparición en
el texto, dónde se cita la referencia numérica.

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 IV. Resultados y Discusión

1. Situación actual: diagnóstico y tratamiento

Diagnóstico

En función de las características de la enfermedad y del conocimiento científico que se

tenga de la misma, el diagnóstico de una enfermedad rara puede realizarse mediante análisis
de metabolitos (por espectrometría o cromatografía), análisis de función y/o expresión de
proteínas, estudios genéticos o a través de pruebas funcionales [7].

El diagnóstico de una enfermedad rara es un proceso complejo debido, principalmente,

a la falta de información científica tanto sobre el diagnóstico como sobre la clínica y a la
inexistencia de protocolos y/o centros de referencia para el diagnóstico [8]. El tiempo medio
de diagnóstico desde la aparición de los síntomas en Reino Unido es de 5,5 años, mientras que
en Estados Unidos (EEUU) se estima en 7,6 años [9] y en España en 5 años [8]. Sin embargo,
para valorar los tiempos medios de diagnóstico debe tenerse en cuenta que:

(i) Hay enfermedades que, pese a ser raras, tienen un síntoma característico fácilmente
reconocible mientras que otras son más inespecíficas y difíciles de diagnosticar en
base a la clínica.
(ii) El tiempo de diagnóstico es mucho menor si éste se realiza en el marco de un
diagnóstico precoz que si se realiza una vez manifestada la enfermedad [4].
(iii) Dentro de las enfermedades raras hay grandes diferencias de prevalencia y de
información clínica disponible. Por ello, es difícilmente comparable, por ejemplo,
el proceso diagnóstico de paquioniquia congénita, con más de 1000 casos descritos,
con el de Síndrome de Sillence, con apenas 5 casos descritos [10].

Estos tres conceptos llevan a una gran dispersión en los tiempos de diagnóstico, que
supone que el 38% de los pacientes tarden menos de un año en tener un diagnóstico correcto
en España, mientras que un 20% tarda más de 10 años [8]. En este tiempo, los pacientes
consultan de media a 8 especialistas distintos y reciben una media de 3 diagnósticos erróneos
hasta conseguir el diagnóstico certero [9]. A su vez, en España, casi el 50% de los pacientes
refiere haber tenido que desplazarse a otra provincia, mientras que cerca del 8% ha tenido que
desplazarse a otro país [8].

Esta demora diagnóstica, tiene graves consecuencias sobre la salud del paciente. Por
una parte, durante todo el tiempo que dure el diagnóstico, el paciente ya está manifestando

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una enfermedad para la que no está siendo tratado, lo que resulta en secuelas tanto físicas (por
el avance de la enfermedad y/o por complicaciones de la misma) como psicológicas. Por otra
parte, el paciente puede tener descendencia sin saber que tiene una enfermedad genética ni los
riesgos que ello puede conllevar para los hijos. Esto lleva, además, a que los pacientes
consideren especialmente importante las consecuencias de la demora diagnóstica en el ámbito
social, destacando el comportamiento inapropiado de familiares (por ejemplo, que no
reconocen que el paciente sufre una enfermedad) y la desconfianza que les ha generado el
sistema sanitario [4].

En esta situación, cabe destacar el papel esencial que juegan las asociaciones de
pacientes y otras entidades sociales, que ofrecen en sus sitios web formas de contacto y
programas especializados para ayudar a aquellos pacientes que aun no tienen un diagnóstico.
A modo de ejemplo, FEDER (Federación Española de Enfermedades Raras) tiene un Servicio
de Información y Orientación gratuito que tiene, como uno de sus objetivos principales,
ayudar y orientar a dichos pacientes en la búsqueda de centros de referencia y recursos
específicos. Por su parte, GlobalGenes, una organización sin ánimo de lucro fundada a partir
de asociaciones de pacientes internacionales, tiene en marcha el proyecto “Undiagnosis
Patients Program”, cuyo objetivo es poner a disposición de los pacientes que no tienen un
diagnóstico confirmado las técnicas genéticas de diagnóstico a las que no han tenido acceso a
través del sistema sanitario de su país de origen.

Medicamentos huérfanos

En Europa, los “medicamentos huérfanos” se definen en el reglamento CE/141/2000

[11] como ``aquellos destinados a diagnosticar, prevenir o tratar una afección que ponga en
peligro la vida o conlleve una incapacidad crónica y que no afecte a más de 5 personas por
cada 10.000 de la Comunidad, o que, sin cumplir este criterio epidemiológico, resulte
improbable que su comercialización, sin incentivos, genere suficientes beneficios como para
justificar la inversión necesaria´´. Esta definición es similar a la adoptada previamente en
EEUU, en 1983, o en Japón en 1993. Al tiempo que se introduce esta definición, los citados
reglamentos establecen la creación de comisiones encargadas de la autorización y registro de
estos medicamentos, así como del desarrollo de políticas de estímulo para incentivar su
investigación y comercialización. Dichos incentivos incluyen la exclusividad comercial (10
años en Europa y Japón, 7 en EEUU), la exención total o parcial de tasas en todo el proceso

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de desarrollo y comercialización, así como subvenciones públicas para la investigación, y un
sistema acelerado de comercialización [12].

Tanto la FDA como la EMA disponen de un registro actualizado de medicamentos

huérfanos a disposición del público, desarrollados desde los años 1983 y 2000
respectivamente. En Enero de 2015, el listado Europeo [13] reúne 1153 medicamentos
huérfanos, frente a los 3297 de la FDA [14]. Para la comparación de datos entre Europa y
EEUU hay que considerar que el criterio epidemiológico que se usa en Europa para la
designación de medicamento huérfano es más restrictivo. Los datos de nuevos medicamentos
registrados cada año se recogen en la Figura 1, donde se puede observar la tendencia al
aumento en el número de nuevos medicamentos huérfanos registrados. Solo en la primera
quincena de enero de 2015, se han registrado 22 nuevos en Europa y 24 en EEUU, por lo que
cabe suponer que la tendencia creciente se va a mantener.

Estos registros permiten, a su vez, acotar la búsqueda a aquellos fármacos que estén ya
comercializados. En Mayo de 2015, tienen autorización de comercialización 91medicamentos
huérfanos en Europa y 156 en Estados Unidos.

Tratamiento farmacológico

De manera muy general podemos englobar los medicamentos utilizados para el

tratamiento de enfermedades raras en cuatro grupos según su situación administrativa [15]:

350
310
Número de nuevos medicamentos

300
UE
250 EEUU

200 187

150 119

100 70 76

50
5
0

Figura 1 – Evolución del número de medicamentos huérfanos registrados cada año.

Datos obtenidos de los registros de EMA y FDA.

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(i.) Medicamentos aprobados para la indicación en cuestión, comercializados en el país
de origen, que pueden ser medicamentos huérfanos o sin esta designación (101
medicamentos no huérfanos indicados para una enfermedad rara en Europa en Abril
de 2015 [16]).
(ii.) Medicamentos aprobados para la indicación en cuestión pero no comercializados en
el país de origen, que deben obtenerse según la política de medicamentos extranjeros.
(iii.) Medicamentos en fase de investigación, a los que pueden acceder a través de
inclusión en ensayos clínicos o por el procedimiento de uso compasivo.
(iv.) Medicamentos no aprobados para la indicación en cuestión. La prescripción para un
uso no aprobado es responsabilidad del médico que lo prescribe, y puede ser
reevaluada por la Gestión del hospital o autoridad sanitaria competente,

El estado a nivel administrativo del tratamiento afecta tanto a la facilidad de acceso al

mismo como al coste económico que tenga para el paciente. En España, el 17,43% de los
pacientes dice tener dificultades para acceder a los productos farmacéuticos y sanitarios que
necesita, y un 9,48% dice no poder acceder a los mismos. Respecto al coste, solo el 27,21%
declara que la Seguridad Social cubre todos los productos que necesita, y un 4,99% dice que
no cubre ninguno de los productos que necesita [8].

Problemática en el desarrollo de nuevas terapias

En base a los datos aportados anteriormente, apenas el 3% de las enfermedades raras tienen
algún medicamento disponible. Este dato encuentra justificación en las limitaciones a las que
se enfrenta el desarrollo de nuevas terapias en tres ámbitos distintos:

(i) Limitaciones técnico-científicas, como son la falta de información sobre la causa

genética, las implicaciones bioquímicas o la historia natural de las enfermedades, entre
otras. Identificar dianas terapéuticas o abrir nuevas vías de investigación aplicada es
difícil de llevar a la práctica cuando aun no existe un nivel de desarrollo suficiente en
la investigación básica [17].
(ii) Falta de financiación, siendo esta la principal limitación que encuentran los grupos y/o
entidades que plantean una investigación al respecto de estas enfermedades [18].
(iii) Dificultad en el planteamiento de un ensayo clínico. La comparación entre ensayos
clínicos sobre enfermedades raras y otras enfermedades arroja diferencias
significativas como son el menor número de participantes, la menor aleatorización,
menor enmascaramiento y mayor tiempo de duración. Con estos factores, en muchos

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 casos, pese a que una terapia arroje resultados positivos, es difícil demostrar el nivel
de evidencia suficiente como para justificar una autorización comercial [19].

2. Perspectivas futuras: Impacto de las nuevas técnicas de secuenciación

Nuevas técnicas de secuenciación NGS

El método de terminación de cadena de Sanger surge en 1977 y se establece como

método de referencia de secuenciación del DNA. En sus inicios, la secuenciación se hacía de
forma manual y abarcaba lecturas de apenas 80 pares de bases (pb). A medida que la
secuenciación del DNA, y especialmente del genoma humano, se convierte en un tema de
interés central de la ciencia a nivel mundial, la técnica se va optimizando, hasta desarrollarse
los secuenciadores automáticos que permitían analizar a la vez 96 muestras de ADN con una
longitud de lectura de entre 500-1000 pb [20]. Sin embargo, el coste de la secuenciación era
inasumible, lo que impulsó el desarrollo de nuevas técnicas de secuenciación (Next
Generation Sequencing), que podemos englobar en dos grupos: las de segunda generación, de
secuenciación masiva en paralelo, y los de tercera generación [21].

Las principales plataformas de secuenciación de segunda generación comparten las

líneas generales del proceso. En primer lugar, se fragmenta el DNA y se unen dichos
fragmentos a secuencias adaptadoras in vitro. A continuación, los fragmentos se aíslan y se
amplifican por PCR. Por último, se secuencian los fragmentos mediante ciclos enzimáticos,
obteniendo la información sobre las bases incluidas en cada ciclo de secuenciación mediante
imagen [20, 20]. Las tres principales plataformas (454 de Roche, Solexa de Illumina y SOLiD
de Applied Biosystems) difieren en la metodología de aislamiento y copia, la enzima utilizada
y la técnica de generación de imágenes. Las características específicas de cada plataforma, así
como sus especificaciones técnicas principales se recogen en la Tabla 1.

Estas nuevas técnicas han cambiado totalmente la situación de la secuenciación

genética tanto en la investigación básica como en la aplicada a la clínica, aumentando de
forma notable tanto la magnitud como la velocidad de las lecturas, lo que en la práctica
supone poder obtener mucha más información, de forma mucho más rápida, con una cantidad
de DNA que era impensable con el método de Sanger. Sin embargo, la principal característica
de estas técnicas es su bajo coste [25]. Según el National Human Genome Research Institute,
el coste de secuenciación del genoma humano (estimado en 3000MB y teniendo en cuanta
también los costes indirectos) se ha reducido de los más de 95 millones de dólares en 2001, a
4.905 dólares en Julio de 2014, manteniéndose constante la reducción durante los últimos 5
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años, a medida que se optimizan los secuenciadores y toda la metodología asociada a la
secuenciación.

La principal limitación de estas plataformas es la correcta interpretación de los datos

que permiten obtener. La variabilidad inherente al genoma humano hace que la aplicación de
estos métodos de secuenciación a la investigación o diagnóstico de enfermedades dependan
totalmente del desarrollo paralelo de plataformas de bioinformática (como OMIM del NCBI)
y software (como MAQ) capaces de analizar la información, filtrando aquellas variantes que
son ``normales´´. Para ello, es necesario establecer un criterio de ``normalidad´´, para lo que
los recursos más habituales son la comparación del DNA de estudio con otro DNA de
referencia, ya sea en busca de coincidencias o de diferencias, y aplicándolo a sujetos
individuales o a grupos de sujetos que comparten la presencia o ausencia de una enfermedad.
Una vez obtenidas las secuencias a comparar, las plataformas de bioinformática permiten
filtrar las variantes identificadas, descartando, por ejemplo, aquellas que tengan alta tasa de
variabilidad o las que se hayan leído más de una vez. Una vez reducido el número de
variantes ``de riesgo´´, debe aplicarse un criterio de plausibilidad biológica que permita,
finalmente, identificar la variante causal [26].

454/Roche Solexa/Illumina SOLiD /AB

Aislamiento y copia PCR emulsión PCR en puente PCR emulsión

Enzima Polimerasa Polimerasa Ligasa

Generación imagen Sulfurilasa y Desoxi-NTs NTs fluorescentes en

luciferasa fluorescentes octámeros
Secuenciador GS FLX+ Hi Seq 4000 SOLiD 4

Longitud de lectura >1000 pb 50 pb 50 pb

Tiempo de carrera 23 días 1-3.5 días 6-8 días

Lecturas por carrera >1 millón 2.1-2.5 billones >700 millones

Secuencia 700 Mb 215-250 Gb 40-50 Gb

Tabla 1 – Especificaciones y características de las principales plataformas NGS. Datos

obtenidos de las fichas de los secuenciadores de Roche, Illumina y Applied Biosystems [22,
23 y 24].

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Aplicaciones de las técnicas NGS en enfermedades raras.

Las enfermedades raras son, junto al cáncer, el grupo de patologías que más se están
beneficiando de estas nuevas técnicas. Los métodos de aplicación abarcan dos técnicas
principales [27]:

(i) Secuenciación del exoma. El exoma es la parte codificante del DNA y supone
aproximadamente el 1,5% del genoma humano. Esta técnica consiste en secuenciar el
exoma completo o una región del mismo con el fin de identificar una mutación genética
como causantes de una patología. Es por tanto la principal aplicación en investigación
básica, fundamental para el desarrollo tanto de test diagnósticos como de nuevos
tratamientos.
(ii) Paneles para la detección de una mutación por re-secuenciación dirigida. Esta técnica es la
principal aplicación en la práctica clínica, permitiendo el diagnóstico genético de una
determinada patología cuya causa genética ya está establecida. Supone la secuenciación
de uno o varios genes o regiones para la búsqueda de una o varias mutaciones, ya
descritas previamente como causantes de dicha patología. Puede aplicarse a varias
patologías a la vez, diseñándose paneles que buscan distintas mutaciones.

La investigación básica es, por tanto, uno de los campos de aplicación más
importantes. En este sentido, en los últimos 5 años, cuando las NGS se han convertido en
técnicas de referencia, el número de enfermedades raras para las que se ha encontrado una
variante causal ha ido ascendiendo exponencialmente. Actualmente, aproximadamente 3500
de estas enfermedades se han relacionado directamente con un gen [6]. Cuando se conoce la
función del gen en cuestión, establecer dicha relación permite profundizar en el mecanismo
molecular de la patología, en su historia natural y, sobre todo, abre una vía importante a la
búsqueda de terapia, que en muchos casos puede tratarse simplemente de compensar el
desequilibrio bioquímico generado por la variante genética (administrar una enzima
deficitaria, inhibir vías metabólicas sobreestimuladas, etc.)

Sin embargo, la aplicación más directa de la identificación de la variante genética

causal es, sin duda, el desarrollo de test diagnósticos mediante la búsqueda de esa variante.
Este hecho, sumado a que las NGS permiten acercar las técnicas diagnósticas a la práctica
clínica habitual (dadas sus características de precio, tiempo, etc.) está suponiendo,
actualmente, el incremento constante, cada vez a una velocidad mayor, del número de test
genéticos disponibles para enfermedades raras [6]. En la Figura 2 se recoge la evolución en el

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número de test diagnósticos disponibles y en el número de causas genéticas descubiertas
durante los últimos 5 años.

Por otra parte, el diseño de paneles que permiten el diagnóstico de varias patologías
distintas es especialmente interesante en estas enfermedades, en las que los síntomas no están
siempre bien descritos. Así, por ejemplo, el laboratorio GeneDx ofrece un panel de
diagnóstico de desórdenes neuromusculares que mediante la re-secuenciación de 76 genes
distintos permite buscar el diagnóstico de 12 enfermedades neuromusculares raras diferentes.

Limitaciones en la aplicación a la práctica clínica

Pese a la cantidad de test diagnósticos ya desarrollados, el acceso de los pacientes a

estos test en la práctica clínica habitual está limitado. La problemática asociada puede
enmarcarse en dos grandes áreas: marco legislativo y consideraciones éticas.

En cuanto a la legislación, no hay un criterio de validación y regulación común para

estas técnicas. EuroGenTest es un proyecto de la Comisión Europea que nace con la intención
de armonizar y regular los test genéticos en Europa, mediante la creación de registros de
laboratorios y test, así como el desarrollo de guías de buenas prácticas. En Diciembre de 2014
publican el borrador final de “Guidelines for diagnosis next generation sequencing” [27], si
bien no son normas de obligado cumplimiento y cada país se rige por una legislación propia,
en la mayoría de los casos poco concreta y aún no adaptada al impacto de las NGS. En
Estados Unidos, la situación es similar, siendo el informe del American College of Medical
Genetics and Genomics (ACMG), “ACMG clinical laboratory standars for next-generation
sequencing” [28], las recomendaciones de referencia para la aplicación de estas técnicas, si
bien tampoco son de obligado cumplimiento.

Figura 2 – Evolución en el número de genes relacionados con una enfermedad rara y en

el número de test diagnósticos disponibles. Fuente de las imágenes: IRDiRC

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 Respecto a las consideraciones éticas, es necesario valorar que los test genéticos
pueden aportar mucha más información de la que se esperaba encontrar (por ejemplo,
mutaciones que se hayan relacionado con un aumento considerable del riesgo de un
determinado cáncer), lo que supone un dilema ético y profesional, entre el derecho a la
intimidad en base a la información que se recogía en el consentimiento informado previo al
test y el derecho del sujeto a conocer información clínica que pueda tener trascendencia en su
vida [29]. Por otra parte, los laboratorios ofrecen estos test directamente a los pacientes, lo que
en ocasiones puede suponer que no intervenga un profesional de la salud en el proceso, lo que
conlleva riesgos en la interpretación de la información. Es necesario, por tanto, que la
regulación específica de la aplicación de estas técnicas aborde también estas cuestiones.

Proyectos en marcha

Actualmente EURORDIS está colaborando en el proyecto “Genetic Clinic Of the

Future” (CGOF), cuyo objetivo es recoger la opinión de pacientes y profesionales acerca de la
mejor manera de implementar estas técnicas NGS en la práctica clínica, para publicar un
Libro Blanco al respecto, en base a las necesidades y expectativas que se discutan durante el
desarrollo del proyecto.

Paralelamente, se están llevando a cabo proyectos de secuenciación masiva cuyos

objetivos no se limitan al descubrimiento de causas genéticas sino que se centran también en
la aplicación de estos conocimientos a la práctica clínica.

Uno de ellos se está llevando a cabo en Reino Unido, desde Octubre de 2013. Es el
proyecto “UK10K”, coordinado por la Universidad de Cambridge, con la colaboración de
Illumina y Genomics England. En este proyecto, se está secuenciando el DNA de 10.000
personas que sufren enfermedades raras, con el objetivo, no solo de identificar causas
genéticas, sino de desarrollar y optimizar la aplicación de la secuenciación al diagnóstico en la
práctica clínica habitual.

A su vez, en España, la Junta de Andalucía, con la colaboración de Roche, está

llevando a cabo el Proyecto Genoma Médico (PGM). En este proyecto están secuenciando el
genoma de personas afectadas por diversas enfermedades raras mediante 11 equipos de
secuenciación de alto rendimiento (7 GS-LX de Roche y 4 SolidTM 4 de Applied
Biosystems), con el objetivo final de identificar 50 nuevos genes relacionados con estas

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 patologías. Además pretende, entre otros, desarrollar nuevas herramientas de bioinformática y
establecer nuevas Terapias Avanzadas.

3. Perspectivas futuras: desafíos y herramientas básicas en desarrollo

El International Rare Diseases Research Consortium (IRDiRC), en su documento

``Police and guideleness´´ [30], de 2013, plantea una serie de objetivos a alcanzar en los
próximos años. En el ámbito del diagnóstico, establece la meta de que 6000 enfermedades
raras tengan un diagnóstico clínico accesible en 2020. En cuanto al tratamiento, presenta
como objetivo que en el periodo 2010-2020 se hayan desarrollado 200 nuevas terapias.

Las técnicas NGS serán fundamentales para cumplir estos objetivos, tanto como
herramientas diagnósticas como en el ámbito de la investigación básica. Sin embargo, la
relación directa entre la identificación de causas genéticas y el desarrollo de test diagnóstico,
no se cumple en el caso del desarrollo de nuevas terapias, existiendo una importante brecha
entre ambos conceptos [6]. Es, por tanto, necesario, desarrollar otras medidas y herramientas
que faciliten el desarrollo y evaluación de nuevas terapias, así como la investigación básica.
La interrelación entre estas herramientas, los requisitos básicos para su desarrollo y los
objetivos marcados quedan reflejados en la Figura 3.

Figura 3 – Objetivos 2020 y herramientas básicas para alcanzarlos. Aspectos básicos

necesarios remarcados por el IRDiRC y el Institute Of Medicine of the National Academies
(IOM).

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Registros de pacientes

La creación de registros de pacientes es un elemento fundamental para las

enfermedades raras, desde la investigación básica o el desarrollo de medicamentos [17], hasta
el establecimiento de medidas políticas o administrativas [31]. Actualmente, existe un gran
número de registros de pacientes, desarrollados por asociaciones de pacientes, investigadores
o instituciones. Por ejemplo, Orphanet identifica activos [32], solo en España, 46 registros
distintos relacionados con enfermedades raras, con distintos niveles de cobertura: regional
(11), nacional (31), europeo (3) y global (1)

En este sentido, es necesario establecer un criterio común tanto sobre la denominación

y clasificación de las enfermedades [31], como sobre qué información de los pacientes es
conveniente registrar. Además, teniendo en cuenta que la baja prevalencia lleva a una gran
dispersión demográfica de los pacientes, es necesario fomentar la cooperación internacional,
para facilitar el intercambio de la información recogida en los mismos [30]

Bancos de muestras biológicas

Los bancos de muestras biológicas específicos de enfermedades raras son otra

herramienta fundamental tanto para la investigación básica como aplicada. EuroBioBank
surge en 2003 financiado por la Comisión Europea con el objetivo de la creación de un
catálogo de muestras, tanto DNA, cómo células y tejidos, de pacientes con enfermedades
raras. Actualmente, 25 miembros de 7 países distintos forman parte del proyecto, cuya
colección recoge ya 130.000 muestras distintas. Para los próximos años, EuroBioBank tiene
como objetivo aumentar la diversidad de muestras, implementar estrategias que faciliten su
uso por parte de los investigadores y conseguir la colaboración de nuevos miembros y países.
Estos objetivos son similares a los planteados por IRDiRC [30], que añade la necesidad de
establecer una regulación común para los bancos biológicos facilitando con ello el
intercambio de información, y la necesidad de garantizar la sostenibilidad de estos bancos.

Modelos biológicos

El uso de modelos biológicos experimentales, como son levaduras, ratones o el pez

cebra, permite tanto el estudio de causas genéticas y mecanismos moleculares de las
enfermedades como la identificación de dianas terapéuticas y la evaluación de la eficacia y
seguridad de nuevas terapias. En el caso de las enfermedades raras, la utilización de estos
modelos supone una vía fundamental para que los estudios pre-clínicos de nuevas terapias

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permitan alcanzar un nivel de evidencia suficiente como para autorizar un ensayo clínico [17].
Por ello, Orphanet destaca como infraestructuras de utilidad en enfermedades raras [33]
distintos proyectos y entidades dedicados a obtener y coleccionar modelos experimentales,
principalmente ratones, con mutaciones genéticas relacionadas con enfermedades humanas.

Biomarcadores

Los biomarcadores se definen como características biológicas medibles, que pueden

utilizarse como indicadores de procesos biológicos normales o patogénicos. La aplicación
principal de estos biomarcadores supone usarlos como predictores de los resultados en salud
de una determinada intervención en ensayos clínicos, permitiendo optimizar dichos ensayos,
aspecto que cobra especial importancia en estas enfermedades, cuyas características dificultan
la toma de decisiones sobre el éxito o fracaso de las terapias en investigación mientras se lleva
a cabo la intervención [30].

Para que sean útiles, no solo es necesario identificarlos, sino que deben ser validados y
regulados. En este sentido, el IOM insta a la FDA a regular estos biomarcadores prestando
especial atención a la flexibilidad necesaria en los requisitos de validación para aquellos
biomarcadores de utilidad en patologías crónicas potencialmente mortales, como son las
enfermedades raras [17].

Diseño de los ensayos clínicos

Los ensayos clínicos aleatorizados con grupo control y de intervención son, sin duda,
los que permiten obtener una evidencia más robusta. Sin embargo, en estas enfermedades, no
solo es difícil el planteamiento de este tipo de ensayos desde un punto de vista logístico-
técnico, sino que además suponen un dilema ético importante [34]. El diseño cruzado, el N=1
o el factorial permiten mantener la aleatorización y reducen parte de la problemática ética ya
que todos los pacientes reciben, antes o después, las mismas intervenciones. Otra opción, a
combinar con los diseños anteriores, es utilizar el concepto de early-scape y/o play-the-
winner [35]. Para que estos diseños y sus combinaciones permitan obtener una evidencia
estadística suficiente es primordial que la elección del diseño sea la optima teniendo en cuenta
las características individuales de cada enfermedad y de cada intervención a realizar. Para
ello, se están desarrollando modelos de simulación de ensayos clínicos.

Un ejemplo de estas nuevas herramientas de simulación es el proyecto CRESim

(Child-Rare-Euro-Simulation), que está llevando a cabo el PrioMedChild. Este proyecto tiene

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como objetivo la creación de una plataforma que permita la simulación de ensayos clínicos
para identificar el diseño óptimo para la evaluación de medicamentos en desarrollo para
enfermedades raras en niños. En primer lugar, recogen toda la información disponible sobre la
enfermedad para caracterizar su historia natural. Paralelamente, utilizan los modelos ya
existentes para el estudio de farmacocinética y farmacodinamia de medicamentos y los
integran en un único modelo que permita, virtualmente, predecir el efecto de los
medicamentos. Por último, llevan a cabo una simulación de ensayos clínicos teniendo en
cuenta las distintas opciones de diseño, realizando un análisis estadístico de estas en cuanto a
número de paciente, potencia, variabilidad de resultados, etc. Con ello pretenden, finalmente,
obtener una evidencia estadística sobre el diseño de ensayo clínico óptimo para cada
enfermedad y cada medicamento.

V. Conclusiones

La situación actual de las enfermedades raras se caracteriza por la demora diagnóstica

y la escasez de tratamientos. Las nuevas técnicas NGS han cambiado radicalmente la
situación y expectativas de estas enfermedades. Sus distintos ámbitos y métodos de aplicación
son remarcados en prácticamente todas las revisiones y publicaciones sobre estas
enfermedades de los últimos 5 años. El impacto de las NGS y las diferentes herramientas
citadas en este estudio, han supuesto una reducción drástica de las limitaciones técnico-
científicas en la investigación, con un aumento exponencial en el número de causas genéticas
conocidas y test diagnósticos disponibles. Las iniciativas en marcha para seguir impulsando
estas herramientas permiten suponer que dicha tendencia se mantendrá en los próximos años,
y que aumentará también el ritmo de desarrollo de nuevas terapias. No obstante, para que
dicho cambio se refleje de manera más eficaz en el ámbito clínico-asistencial, será
imprescindible la cooperación internacional y el apoyo institucional, permitiendo garantizar
tanto el avance en el desarrollo de test diagnósticos y terapias, como el acceso de los pacientes
a los mismos.

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