RESUMEN DEL CAPITULO 7 DE BIOLOGIA MOLECULAR: DEL ADN A LA PROTEINA (HERLAN CATALAN)

Primer paso de la expresión génica es la transcripción, el paso de ADN a ARN.

El RNA puede dirigir la síntesis, o traducción, de muchas moléculas proteicas idénticas

El RNA es un polímero lineal compuesto por cuatro subunidades nucleotídicas diferentes unidas por enlaces
fosfodiéster, difiere del DNA en dos aspectos:
1.- los nucleótidos del RNA son ribonucleótidos contienen el azúcar ribosa
2.- contiene las bases adenina (A), guanina (G) y citosina (C), tiene uracilo (U) en
lugar de la timina (T)
El DNA siempre está presente en las células como una hélice bicatenaria, sin
embargo, el RNA es, monocatenario.
TRANSCRIPCIÓN comienza con la apertura de un fragmento de la doble hélice de
DNA para exponer las bases de cada una de sus hebras.
Estas hebras actúan como molde para la síntesis de ARN, en donde se agregan
ribonucleótidos, uno por uno, a la cadena de RNA en crecimiento gracias a la ARN
polimerasa, esta cadena tiene secuencia de nucleótidos complementaria de la
hebra de DNA utilizada como molde.

A diferencia de una hebra de DNA recién formada, la

hebra de RNA no se mantiene unida por enlaces de
hidrógeno, si no que es desplazada a medida que se
forma.
La ARN polimerasa, catalizan la formación de los enlaces
fosfodiéster entre los nucleótidos y forman el esqueleto
azúcar-fosfato de la cadena de RNA, esta enzima se
mueve a lo largo del DNA y desenrolla la doble hélice del
DNA por delante para exponer una nueva región de la
hebra molde para el apareamiento de bases, con los rrinucleótidos entrantes. También pueden comenzar una
cadena de RNA sin un cebador y no corrigen con exactitud su trabajo
La cadena de RNA en crecimiento se extiende en dirección 5 a 3'.
Los genes que especifican la secuencia de aminoácidos se copian en RNA mensajeros ELLOS suele transportar
información transcrita de un único gen, que codifica una sola proteína
A veces el producto final de otros genes es el propio RNA “RNA no codificantes” con funciones reguladores,
estructurales y catalíticos de las células, por ejemplo
RNA ribosómicos (rRNA) Forman el centro de la estructura del ribosoma y catalizan la síntesis proteica
RNA de transferencia (tRNA) Actúan como adaptadores entre el mRNA y los aminoácidos durante la síntesis de
proteínas
micro-RNA (miRNA) Regulan la expresión génica
Para iniciar la transcripción, la RNA polimerasa debe ser capaz de reconocer el comienzo de un gen y de unirse
firmemente. Conocido como “sitio de inicio de la transcripción”
En las bacterias la RNA polimerasa choca en forma aleatoria con una molécula de DNA se adhiere y se desliza hasta
encontrar al promotor una secuencia específica de nucleótidos, cuando se une abre la doble hélice por delante del
promotor después una hebra actúa como molde para el apareamiento de bases con los ribonucleósidos trifosfato
entrantes, continúa la elongación hasta que la enzima encuentra una segunda señal en el DNA, el terminador (o
sitio de terminación) se detiene y libera el molde de DNA, y el trascripto de RNA.

DNA solo será transcrito si tiene un promotor

En las bacterias, una subunidad de la RNA polimerasa el factor sigma (o) es el que reconoce la secuencia del
promotor en el DNA, cada base presenta características únicas hacia el exterior de la doble hélice, permiten que sea
identificado, la ARN polimerasa utiliza la hebra de DNA orientada en dirección 3' a 5' como molde.
La iniciación de la transcripción de genes eucariontes:
1.- encontramos 3 ARN polimerasas: RNA polimerasa I RNA polimerasa II y RNA polimerasa III.
Las RNA polimerasas I y III transcriben los genes que codifican RNA de transferencia, RNA ribosómico y otros con
funciones estructurales y catalíticas.
La RNA polimerasa II transcribe aquellos que codifican proteínas: ARN mensajero
2.- las RNA polimerasas requieren la ayuda de grupo de proteínas “los factores de transcripción general”
3.- a lo largo del DNA, encontramos segmentos de hasta 100 000 pares de nucleótidos entre un gen y el siguiente,
llamados ADN no codificante.
 Los factores de transcripción general se ensamblan en el promotor, donde
posicionan a la RNA polimerasa y separan la doble hélice, se inicia con la unión del
factor TFIID a un segmento corto de DNA compuesto, por los nucleótidos T y A se
conoce como caja TATA (alrededor de 30 nucleótidos en dirección 5') reconocida
por una subunidad del TFIID la proteína de unión a TATA (TBP), distorsiona la
estructura y sirve como punto de referencia para otras proteínas.
La unión de TFIID permite la unión adyacente de TFIIB, EI TFIIH separa la doble
hélice en el punto de inicio de la transcripción, utilizando la energía de hidrólisis del
ATP, también fosforila la RNA polimerasa II, lo que libera a la polimerasa de la
mayoría de los factores de transcripción general, el sitio de fosforilación es una
larga "cola" polipeptídica de la polimerasa, la mayoría de los factores de
transcripción general se liberan del DNA; la excepción es el TFIID.
De esta manera la unión de TFIID a la caja TATA, ensamblan los otros factores,
junto con la RNA polimerasa II, para formar un complejo de iniciación de la
transcripción
Cuando la RNA polimerasa II termina de transcribir un gen, también es liberada
del DNA; los fosfatos de la cola son eliminados por fosfatasas y la polimerasa está
preparada para un nuevo promotor.
La transcripción en una eucariota se da en el núcleo y la traducción en el citosol, en
donde están los ribosomas.
Por lo que el mRNA debe ser transportado fuera del núcleo a través de pequeños
poros de la envoltura nuclear, pero antes pasa por un procesamiento del RNA
Comprenden: encapuchamiento (adición de casquete), corte y empalme, y
poliadenilación, Estos pasos se producen mientras se está sintetizando el RNA.
Las enzimas responsables cabalgan sobre la "cola" fosforilada de la RNA polimerasa
II.
El encapuchamiento y poliadenilación se producen en todos los transcritos de RNA
destinados a mRNA.
1.- El encapuchamiento del RNA modifica el extremo 5 del transcrito de mRNA, esta capucha o casquete contiene
un nucleótido atípico: un nucleótido de guanina (G) con un grupo metilo unido al extremo 5' del RNA. Tiene lugar
cuando el ARN en crecimiento llega alrededor de 25 nucleótidos.
2.- La poliadenilación genera un mRNA recién transcrito con una estructura especial en su extremo 3. Antes primero
es recortado por una enzima después una segunda enzima que agrega una serie de nucleótidos de adenina
formando asi la cola de poli-A.
Estas modificaciones facilitan su exportación del núcleo al citosol y marcan al ARN como ARNm.
Además de estas modificaciones el mRNA debe atravesar otro paso de procesamiento antes de ser funcionales, el
corte y empalme del RNA.
Los genes que codifican proteínas tienen sus secuencias de codificación (secuencias expresadas o exones)
interrumpidas por secuencias interpuestas no codificantes “intrones” Los intrones varían de un solo nucleótido a
más de 10 000 nucleótidos de longitud.
El mRNA se transcribe incluyendo intrones como los exones, después del encapuchamiento, y mientras la RNA
polimerasa continúa transcribiendo el gen, comienza el corte y empalme del RNA. En donde se eliminan los intrones
y se unen entre sí los exones. Por último, cada transcrito recibe una cola de poli-A (en muchos casos, pero también
puede ser antes) aquí el ARNm ya es funcional.
Antes de que se completen estos pasos, el transcrito de RNA se conoce como precursor de mRNA o, pre-mRNA.

El proceso de corte y empalme se lleva cabo por RNA nucleares pequeños (snRNA), empaquetadas con proteínas
para formar ribonucleoproteínas nucleares pequeñas (snRNP). Estos reconocen sitio de corte y empalme a través
del apareamiento de bases con el pre-ARNm.
En conjunto, estas snRNP forman el centro del empalmosoma (ayustosoma), el corte y empalme alternativo
permite producir mu chas proteínas diferentes a partir del mismo gen.
las RNA polimerasas y las proteínas de procesamiento del RNA también forman agregados moleculares
“condensados intracelulares”
Los mRNA maduros son exportados, este transporte selectivo es mediado por complejos del poro nuclear, para la
exportación mRNA debe estar unida a un grupo de proteínas
Estas proteínas comprenden las proteínas de unión a poli-A, un complejo de unión a la capucha y las proteínas que
se unen al mRNA, que han sido cortados y empalmados de manera apropiada.

mRNA finalmente es degradada a nucleótidos por las ribonucleasas (RNAsas) presentes en el citosol, el tiempo de
vida varia 10 horas y menos de 30 minutos.
Período de vida son controladas por secuencias nucleotídicas del propio mRNA mayormente las de la porción del
RNA denominada región 3' no traducida

TRADUCCIÓN del RNA a proteína

La secuencia de nucleótidos de la molécula de mRNA se lee en grupos de tres nucleótidos que se denomina codón,
esta secuencia de mRNA puede traducirse en cualquiera de tres marcos de lectura, pero solo uno especifica la
proteína correcta.
Los codones no se une de manera directa al aminoácido, lo hacen mediante un
RNA de transferencia (tRNA) con alrededor de 80 nucleótidos de longitud.
Cuatro segmentos cortos del tRNA plegado son hélices dobles, lo que genera
una estructura que se asemeja a una hoja de trébol, si se pliega aún más forma
una estructura compacta en forma de L gracias a los enlaces de hidrogeno
Dos regiones de nucleótidos no apareados en cada extremo de la molécula en
forma de L
1.- Una forma el anticodón, un grupo de tres nucleótidos que se unen por
apareamiento de bases al codón del ARNm
2.- La otra es una región monocatenaria corta en el extremo 3 donde el
aminoácido se une de manera covalente.

Algunos aminoácidos tienen más de un tRNA, algunos tRNA solo requieren un apareamiento de bases en las dos
primeras posiciones del codón y tolera un apareamiento erróneo en la tercera posición. Por eso muchos codones
solo difieren en su tercer nucleótido.

El reconocimiento y la unión del aminoácido al extremo 3´ del ARNt depende de la aminoacil-tRNA sintetasas utiliza
energía por hidrólisis del ATP, para formar un enlace covalente de alta energía entre el aminoácido y el extremo 3’
en total existen 20 sintetasas.
Cada sintetasa reconoce a su
aminoácido, los nucleótidos del bucle
del anticodón y el brazo aceptor de
aminoácidos.
El mensaje del mRNA es decodificado
(descifrado) en los ribosomas
LOS RIBOSOMAS complejos compuesto por pequeñas proteínas (las proteínas ribosómicas) y RNA ribosómicos
(rRNA), cada ribosoma formado por una subunidad grande (cataliza la formación de los enlaces peptídicos que unen
en forma covalente a los aminoácidos en una cadena polipeptídica) y una subunidad pequeña (hace coincidir los
tRNA con los codones del mRNA)
Ambas subunidades se reúnen en mRNA cerca de su extremo 5' para iniciar la síntesis de una proteína
Un ribosoma eucarionte agrega 2 aminoácidos por segundo; un ribosoma bacteriano 20 aminoácidos por segundo.
Cada ribosoma contiene:
1.- un sitio de unión para mRNA
2.- tres sitios de unión de tRNA denominados sitio A, sitio P y sitio E (EPA)

Para añadir un aminoácido a una cadena peptídica

1.- un tRNA cargado ingresa en el sitio A, por apareamiento del anticodón con el
codon del ARNm.
2.- El aminoácido es unido a la cadena peptídica sostenido por el tRNA del sitio P
3.- subunidad ribosómica grande se desplaza hacia adelante, mueve al tRNA
utilizado al sitio E, para su eyección.
4.- La nueva proteína crece de su extremo amino a su extremo carboxilo hasta un
codón de terminación del mRNA y se libera la proteína.

El ribosoma es una ribozima (por su actividad catalítica, funciona como una

enzima) Los rRNA se pliegan en estructuras tridimensionales precisas y muy
compactas, que forman el centro del ribosoma las proteínas ribosómicas
localizadas en la superficie, estas proteínas ayudan a plegar y estabilizar el centro
del RNA y permitir los cambios de conformación del rRNA
El sitio catalítico (una peptidil transferasa) para la formación de enlaces peptídico
formado por el rRNA 23S de la subunidad grande

La traducción de un mRNA comienza con el codón AUG para el que se requiere

tRNA iniciador siempre transporta metionina, todas las proteínas tienen metionina
en su extremo N-terminal, eliminada más tarde por una proteasa
El tRNA iniciador ingresa sitio P de la subunidad ribosómica pequeña, junto
factores de iniciación de la traducción
Solo el tRNA iniciador es capaz de unirse al sitio P en ausencia de la subunidad
ribosómica grande
La subunidad pequeña cargada con el tRNA iniciador se une al extremo 5 de ARNm
Cuando el tRNA iniciador reconoce AUG factores de iniciación se disocian, para permitir la unión de la subunidad
grande
Proteasas; degrada con rapidez las proteínas, reconoce y elimina a las proteínas dañadas o mal plegadas. Las
proteínas son degradadas por maquinarias proteicas denominadas proteasomas, presentes tanto en el citosol como
en el núcleo
Cada extremo del proteosoma conforma los tapones que se unen a las proteínas destinadas a la degradación
Las proteasomas actúan fundamentalmente sobre las proteínas que han sido marcadas para su destrucción
mediante la unión covalente de una proteína denominada ubicuitina

La vida requiere autocatálisis

El RNA puede almacenar información y catalizar reacciones químicas
Se considera que el RNA precedió al DNA en la evolución