CAPÍTULO 9: Metabolismo aerobio I: ciclo del ácido cítrico

Las enzimas del ciclo del ácido.

cítrico son

1) citrato sintasa

2) aconitasa

3) isocitrato deshidrogenasa

4) cetoglutarato α deshidrogenasa

5) succinil CoA sintetasa

6) succinato deshidrogenasa

7) fumarasa

8) malato deshidrogenasa.

Los componentes de la cadena de transporte de electrones de la membrana interna son

9)NADH deshidrogenasa, 10) coenzima Q, 11) citocromo bc1 reductasa, 12) citocromo oxidasa
y 13) ATP sintasa.

Los organismos modernos se clasifican en función

de las estrategias que utilizan para hacer frente a ROS o utilizan O2 en la generación de energía:

1. Los anaerobios obligados son organismos que crecen sólo en ausencia de O2 (es decir, viven
en ambientes con bajo contenido de oxígeno como

el suelo) y utilizan la fermentación para generar energía.

2. Los anaerobios aerotolerantes dependen de la fermentación, pero poseen enzimas y

moléculas antioxidantes que desintoxican las ROS.

3. Los anaerobios facultativos no sólo poseen los mecanismos bioquímicos necesarios para
desintoxicar las ROS, sino que también pueden usar

O2 como un aceptor de electrones cuando el gas está disponible.

4. Los aerobios obligatorios dependen mucho del O2 para la producción de energía. Se protegen
de las ROS con mecanismos desintoxicantes

elaborados que están compuestos de enzimas y numerosas moléculas antioxidantes endógenas

y exógenas.

El metabolismo aerobio consta de tres procesos bioquímicos: el ciclo del ácido cítrico, la vía de
transporte de electrones y la fosforilación oxidativa, En los organismos eucariotas, estos procesos
ocurren dentro de la mitocondria.
  El ciclo del ácido cítrico es una vía metabólica en la que los fragmentos de dos carbonos
derivados de las moléculas orgánicas de combustible se oxidan para formar CO2, y las
coenzimas NAD+ y FAD se reducen para formar NADH y FADH2, respectivamente.
 La vía de transporte de electrones, también llamada cadena de transporte de electrones,
es un mecanismo mediante el cual los electrones se transfieren de NADH y FADH2 a una
serie de portadores de electrones que se reducen secuencialmente y luego se oxidan. El
aceptor de electrones terminal es el O2.
 En la fosforilación oxidativa, la energía liberada por el transporte de electrones se
captura en forma de un gradiente de protones que impulsa la síntesis de ATP, la energía
actual de los organismos vivos.

Panorama general del metabolismo aerobio.

La glucosa, los ácidos grasos y algunos aminoácidos se degradan para formar acetil-CoA que
ingresan al ciclo dl ácido cítrico.

El O2 es el aceptor final de electrones en el metabolismo aeróbico se combina con protones

para formar moléculas de agua.

Metabolismo aerobio en la mitocondria.

En las células eucariotas, el metabolismo aerobio ocurre dentro de la mitocondria. La
acetil-CoA, el producto de la oxidación del piruvato, los ácidos. Ocurre en la matriz
mitocondrial, interior de la mitocondria.

grasos y ciertos aminoácidos (no mostrados) se oxidan por las reacciones del ciclo del ácido
cítrico dentro de la matriz mitocondrial. Los principales

productos del ciclo son las coenzimas reducidas, NADH y FADH2, y CO2.

ATP sintasa, el complejo enzimático responsable de la síntesis de ATP.

9.1 REACCIONES DE OXIDACIÓN­REDUCCIÓN

en reacciones redox. Nótese que estas ocurren cuando los electrones se transfieren entre un
donante de electrones (un agente reductor) y un aceptor de electrones (un agente oxidante). En
algunas reacciones redox, sólo los electrones son transferidos.

Los organismos vivos utilizan coenzimas redox como transportadores de electrones de alta
energía.

Coenzimas redox

Las formas de coenzima de las moléculas de las vitaminas ácido nicotínico y riboflavina son
portadoras universales de electrones. Sus propiedades estructurales y funcionales son las
siguientes.

ÁCIDO NICOTÍNICO: Existen dos formas de coenzima del ácido nicotínico: dinucleótido de
nicotinamida y adenina (NAD, nicotinamide adenine dinucleotide) y fosfato de dinucleótido de
nicotinamida y adenina (NADP, nicotinamide adenine dinucleotide phosphate). Estas coenzimas
se presentan en formas oxidadas (NAD+ y NADP+) y reducidas (NADH y NADPH). Las estructuras
de NAD+ y NADP+ contienen adenosina y el derivado N-ribosil de la nicotinamida (derivado de
la vitamina niacina B3), los cuales están unidos entre sí a través de un grupo pirofosfato.

Dinucleótido de nicotinamida y adenina (NAD).

a) Nicotinamida y NAD(P)+. b) Reducción reversible de NAD+ a NADH. Para simplificar la

ecuación, sólo se muestra el anillo de nicotinamida. El resto de la molécula se designa R.

RIBOFLAVINA

La riboflavina (vitamina B2) es un componente de dos coenzimas: el mononucleótido de flavina

y el dinucleótido de flavina y adenina.

El FMN y el FAD funcionan como grupos prostéticos unidos fuertemente a una clase de enzimas
conocida como flavoproteínas. Las flavoproteínas son un conjunto diverso de enzimas redox;
funcionan como deshidrogenasas, oxidasas e hidroxilasas. Como un donador o aceptor de dos
átomos de hidrogeno.

9.2 CICLO DEL ÁCIDO CÍTRICO

El ciclo del ácido cítrico es una serie de reacciones bioquímicas que los organismos aerobios usan
para liberar energía química almacenada en el grupo acetilo de dos carbonos de la acetil-CoA.
La acetil-CoA está compuesta por un grupo acetilo derivado de la descomposición de
carbohidratos, lípidos y algunos aminoácidos que está enlazado a la molécula transportadora de
acilo coenzima A

RESUMEN DE LAS COENZIMAS DEL CICLO DEL Funciones

ÁCIDO CITRICO.
Pirofosfato de tiamina (TPP) Descarboxilación y Transferencia de grupo
aldehído
Ácido lipoico Transportador de hidrogeno o grupos acetilo
NADH Transportador de electrones
FADH2 Transportador de electrones
Coenzimas A (CoASH) Transportador de grupo acetilo
Reacciones del ciclo del ácido cítrico

El ciclo del ácido cítrico se compone de ocho reacciones que ocurren en dos etapas:

1. El grupo acetilo de dos carbonos de acetil-CoA ingresa en el ciclo al reaccionar con el

compuesto de cuatro carbonos oxaloacetato (OAA); posteriormente se liberan dos moléculas de
CO2.

2. El OAA se regenera, por lo cual puede reaccionar con otra acetil-CoA (reacciones 5–8).

Las enzimas que catalizan estas reacciones se asocian a través de interacciones no covalentes en
los metabolones (6.5 Regulación de enzimas), los complejos multienzimáticos que aseguran una
canalización eficiente del producto de cada reacción a la siguiente enzima de la vía.

Las reacciones del ciclo del ácido cítrico son las siguientes:

A. Introducción de dos carbonos como acetil­CoA. El ciclo del ácido cítrico comienza con
la condensación de acetil­CoA con el oxaloacetato para formar el citrato:

La enzima citrato sintasa es un homodímero con un sitio activo en la hendidura entre las dos
subunidades. Cuando el oxaloacetato se une a la forma abierta de la enzima, se produce un
cambio estructural que induce una transición a la forma cerrada, al mismo tiempo que se une la
acetil-CoA al sitio activo. Durante esta reacción, la enzima elimina un protón del grupo metilo de
la acetil-CoA, convirtiéndolo en un enol. Luego, el enol ataca al carbono carbonilo C2 del
oxaloacetato, formando el producto citroil-CoA. Este producto se hidroliza rápidamente para
generar citrato y CoASH.

B. El citrato se isomeriza para formar un alcohol secundario que puede oxidarse

fácilmente.

En la reacción catalizada por la aconitasa en el ciclo de Krebs, el citrato se convierte de manera

reversible en isocitrato. La aconitasa inicia la reacción protonando el grupo hidroxilo C3 con
una histidina, liberando agua. Luego, una serina extrae un protón de C2 para formar el doble
enlace en el intermediario cis-aconitato. Después de invertir este intermediario, la enzima
cataliza la hidratación del doble enlace con una histidina básica, generando isocitrato. Aunque
la isomerización de citrato tiene un cambio de energía libre estándar positivo, la reacción se
impulsa hacia adelante gracias a la rápida eliminación del isocitrato por la siguiente etapa del
ciclo.

C. El isocitrato se oxida para formar cetoglutarato α y CO2

En la descarboxilación oxidativa del isocitrato, catalizada por la isocitrato deshidrogenasa, se
generan NADH o NADPH según la isoenzima (IDH1, IDH2 o IDH3). El NADH producido se
conecta al ciclo del ácido cítrico y la fosforilación oxidativa. La reacción comienza con la
desprotonación del grupo hidroxi carbono α (C2) del isocitrato, formando el oxalosuccinato. Se
extrae un ion hidruro del carbono α, donándolo a NAD(P)+ para producir NAD(P)H. Un cofactor
de manganeso facilita la polarización del grupo cetona, seguido por la descarboxilación del
oxalosuccinato. La reorganización rápida del enol intermediario forma cetoglutarato α, un
cetoácido α.

D. El cetoglutarato α se oxida para formar una segunda molécula de NADH y una de

CO2.

. La conversión de cetoglutarato α en la succinil-CoA se cataliza por las actividades enzimáticas

en el complejo de cetoglutarato α deshidrogenasa: la cetoglutarato α deshidrogenasa, la
dihidrolipoil transsuccinilasa y la dihidrolipoil deshidrogenasa. Otras similitudes entre los dos
complejos multienzimáticos son que requieren el mismo cofactor (TPP, CoASH, ácido lipoico,
NAD+ y FAD) y los mismos o similares efectores alostéricos son inhibidores. La cetoglutarato α
deshidrogenasa se inhibe por succinil-CoA, NADH, ATP y GTP. Una diferencia importante entre
los dos complejos es que el mecanismo de control del complejo cetoglutarato α
deshidrogenasa no está involucrado con la modificación covalente.

E. La escisión de la succinil­CoA está acoplada a una fosforilación a nivel de sustrato.

La succinil-CoA, se escinde reversiblemente para formar succinato mediante la succinil-CoA

sintetasa. La reacción involucra el desplazamiento de CoASH para producir succinil fosfato,
seguido por la transferencia del fosfato a un nucleósido difosfato. En mamíferos, se acopla a la
fosforilación a nivel de sustrato de ADP o GDP, siendo la reacción general reversible con un. Hay
dos formas de la enzima, específicas para ATP o GTP, y la dirección de la reacción depende de
las concentraciones relativas de nucleósidos difosfatos y nucleótidos trifosfatos. El GTP se
utiliza para la síntesis de ARN, ADN y proteínas en las mitocondrias, y su grupo fosforilo
también puede donarse a ADP en una reacción reversible catalizada por la nucleósido difosfato
cinasa.

F. La molécula de cuatro carbonos succinato se oxida para formar fumarato y FADH2.

El succinato deshidrogenasa cataliza la oxidación reversible del succinato para formar el

fumarato:

La succinato deshidrogenasa, ubicada en la membrana mitocondrial interna, utiliza FAD para

oxidar succinato a fumarato en el ciclo del ácido cítrico. La enzima consta de subunidades ShdA,
ShdB (con grupos hierro-azufre), y ShdC y ShdD (anclaje en la membrana). La reacción genera
FADH2. Se activa por altas concentraciones de succinato, ADP y Pi, pero se inhibe por OAA y
malonato, un análogo del succinato. Hans Krebs utilizó malonato en sus estudios pioneros en el
ciclo del ácido cítrico.

G. Hidratación del fumarato.

El fumarato se convierte en L-malato en una reacción de hidratación estereoespecífica reversible

catalizada por la fumarasa,La fumarasa es una liasa que cataliza una hidratación
estereoespecífica. Una base general de la enzima desprotona una molécula de agua que luego
ataca el doble enlace para formar un grupo hidroxilo en C-2 y un carbanión en C-3.
Posteriormente, un ácido general protona el carbanión para producir L-malato.

H. El malato se oxida para formar OAA y un tercer NADH.

Finalmente, el OAA se regenera con la oxidación del L-malato por la malato deshidrogenasa:

La malato deshidrogenasa, con una cadena lateral de histidina en el sitio activo, elimina un
hidrógeno del grupo hidroxilo C-2 de L-malato, generando NADH simultáneamente. Aunque la
reacción es endergónica, se completa debido a la eliminación posterior de oxaloacetato en el
ciclo del ácido cítrico. Hay dos formas isoenzimáticas de malato deshidrogenasa: una en la matriz
mitocondrial y otra en el citoplasma, que participa en la lanzadera malato-aspartato.

Coenzima A

La coenzima A es un portador de grupos acilo que varían de tamaño desde el grupo acetilo hasta
los ácidos grasos de cadena larga.

Debido a que el grupo SH reactivo forma enlaces tioester con los grupos asilo, la coenzima A
suele abreviarse como CoASH.

CITRATO SINTASA.

La citrato sintasa, la primera enzima del ciclo del ácido cítrico, forma citrato a partir de acetil-
CoA y oxaloacetato (OAA)

La citrato sintasa está inhibida por su producto, el citrato.

Las concentraciones de estas dos moléculas son bajas en la mitocondria en relación con la
cantidad de la enzima.
ISOCITRATO DESHIDROGENASA

La isocitrato deshidrogenasa, clave en el metabolismo del citrato, es estimulada por altas

concentraciones de ADP y NAD+ pero inhibida por ATP y NAD(P)H.

Metabolón

Es la organización supramolecular transitoria y dinámica de una ruta metabólica.

Ventajas Fisiológicas

Control del flujo de algunas vías metabólicas

Transporte eficiente de sustratos entre sitios activos

Estabilidad a enzimas individuales

Producción y difusión rápida de sustratos

Flexibilidad metabólica: Adaptación

CETOGLUTARATO α DESHIDROGENASA

La actividad de la cetoglutarato α deshidrogenasa esta estrictamente regulada debido a la

importancia del cetoglutarato α en varios procesos metabólicos.

Oxidación: Perdida de electrones o un aumento en el número de oxidaciones.

Reducción: Ganancia de electrones o disminución en el número de oxidaciones.