Apuntes Biología Celular - Replicación y Reparación
Apuntes Biología Celular - Replicación y Reparación
Apuntes Biología Celular - Replicación y Reparación
Introducción
Sin la capacidad de propagarse, cualquier molécula biológica primitiva estaba destinada a desaparecer.
Los portadores tempranos de la información genética fueron quizá las moléculas de RNA (ácido
ribonucleico), capaces de autorreplicarse. A medida que la evolución progresó y las moléculas de RNA se
reemplazaron por moléculas de DNA como material genético, el proceso de la replicación adquirió
complejidad y requirió un gran número de componentes auxiliares. En este teórico práctico se repasará la
estructura del ADN y se revisarán los procesos de replicación y corrección de errores de apareamiento.
Los genes transportan información biológica que debe copiarse con precisión para su transmisión a la
próxima generación cada vez que una célula se divide para formar dos células hijas.
El emparejamiento regular de bases en la estructura de ADN de doble hélice sugirió a Watson y Crick
que las nuevas cadenas de ADN se sintetizarían usando las cadenas existentes (parentales) como
plantillas en la formación de nuevas cadenas hijas complementarias a las cadenas parentales.
La velocidad de polimerización del ADN es de aproximadamente 500 nucleótidos por segundo en las
bacterias y de unos 50 nucleótidos por segundo en los mamíferos. Las enzimas de replicación son exactas
y rápidas para cumplir con este proceso. La rapidez y la exactitud se consiguen mediante un complejo
multienzimático de varias proteínas que dirige el proceso y constituye una complicada “máquina de
replicación”.
En la horquilla de replicación se sintetiza el ADN de las dos hélices hijas mediante un complejo
multienzimático que contiene la DNA polimerasa.
Una horquilla de replicación tiene una estructura asimétrica. La cadena hija de ADN que se sintetiza de
manera continua recibe el nombre de cadena conductora mientras que la cadena hija que se sintetiza en
forma discontinua recibe el nombre de cadena retrasada. La síntesis de la cadena retrasada es más lenta
debido a que debe esperar la síntesis de cada uno de los fragmentos de Okazaki. La síntesis de esta
cadena retrasada en forma de “punto hacia atrás” responde a que la ADN polimerasa sólo sintestiza en
sentido 5’-3’.
A diferencia de las RNA polimerasas, las DNA polimerasas no inician una nueva cadena de nucleótidos
uniendo entre sí dos nucleótidos trifosfato: necesitan de forma absoluta la presencia de un extremo 3´-OH
de una cadena cebadora sobre la que añadir los nucleótidos siguientes. En la horquilla retrasada la DNA
primasa utiliza ribonucleósidos trifosfato para sintetizar cebadores de aproximadamente 10 nucleótidos
de longitud en eucariotas. Un sistema especial de reparación del ADN actúa para eliminar el ARN
cebador y lo substituye por ADN. Posteriormente la ligasa une el extremo 3´ de cada fragmento de ADN
con el extremo 5´ del fragmento anterior.
Para abrir la doble hélice y poner al descubierto la cadena patrón del ADN que será copiada por la DNA
polimerasa, son necesarias proteínas adicionales. Dos tipos de proteínas de replicación contribuyen con
este proceso: las DNA helicasas y las proteínas de unión al DNA monocatenario (SSB).
Las proteína SSB se unen a cadenas abiertas, sin recubrir las bases de la cadena. Colaboran con las
helicasas estabilizando la conformación desenrollada de las cadenas sencillas. Su unión cooperativa
recubre completamente las regiones de ADN de cadena sencilla de la cadena retrasada previniendo así la
formación de cortas hélices en forma de horquilla que impedirían la función de la DNA polimerasa.
La molécula de DNA polimerasa se mantiene unida al DNA mediante un anillo deslizante. Esta proteína
forma una amplio anillo alrededor de la hélice de ADN. Un lado del anillo se une a la DNA polimerasa, y
el anilllo completo se desliza libremente a medida que la polimerasa se desplaza a lo largo de la cadena
de DNA. El ensamblaje de la abrazadera alrededor del DNA requiere hidrólisis de ATP por proteínas
accesorias que se unen a la abrazadera y al DNA.
La moléculas de primasa se une directamente a la DNA helicasa, formando una unidad denominada
primosoma.
Las proteínas de replicación se mantienen unidas entre sí formando una gran unidad (masa total > 106
daltons) que se desplaza rápidamente a lo largo del ADN, permitiendo la síntesis de ADN en las dos
direcciones de la horquilla de una forma coordinada y eficiente.
La DNA topoisomerasa es una especie de nucleasa reversible que se une covalentemente a un fosfato del
ADN rompiendo un enlace fosfodiéster de una cadena de ADN.
La topoisomera 1 genera una rotura en una sola cadena (nick) que permite a las dos secciones de la hélice
del ADN a cada lado de la muesca girar libremente una respecto a otra utilizando como lugar de giro el
enlace fosfodiéster de la cadena opuesta a la que se ha producido la muesca. Cualquier tensión que se
genere en la hélice de ADN dirigirá la rotación en la dirección en la que esta tensión se disipe.
La topoisomerasa II forma una unión covalente con ambas cadenas al mismo tiempo, generando una
rotura transitoria. Estas enzimas se activan por determinadas zonas del cromosoma en la que dos hélices
se cruzan entre sí. La reacción de la Topoisomerasa II evita que se generen los graves problemas de
embrollamiento, que de otra forma, aparecerían durante la replicación del ADN.
La forma de doble hélice es consecuencia directa del apareamiento específico de las bases nitrogenadas en
los nucleótidos que forman el ADN; la adenina (A) se une a la timina (T) y la citosina (C) se une a la
guanina (G). Sin embargo, durante la replicación del ADN es posible que se inserten bases que no
corresponden, y por lo tanto ocurran errores; por ejemplo, una guanina se aparea con una timina (G/T) o
una adenina se une a una citosina (A/C).
La fidelidad de copiar ADN durante la replicación es tal que solo se produce un error por cada 109-10
nucleótidos copiados. Esta fidelidad es mucho mayor que la que se espera de la precisión del
emparejamiento de bases complementarias. En efecto, la alta fidelidad de síntesis de la ADN poliemerasa
requiere de numerosos sistemas de corrección.
La DNA polimerasa realiza el primer paso de revisión justo antes de que se agregue un nuevo nucleótido
a la cadena en crecimiento. El nucleótido correcto tiene una mayor afinidad por la polimerasa en
movimiento que el nucleótido incorrecto, porque el emparejamiento correcto es más favorable
energéticamente. Además, después de la unión del nucleótido, pero antes de que el nucleótido se agregue
covalentemente a la cadena de crecimiento, la enzima debe experimentar un cambio conformacional en el
cual sus "dedos" se aprietan alrededor del sitio activo. Debido a que este cambio ocurre más fácilmente
Figura 4. Mecanismo de edición por ADN polimerasa. Esquema de las estructuras de la ADN polimerasa complejada
con la plantilla de ADN en el modo de polimerización (izquierda) y el modo de edición (derecha). Se indican el sitio
catalítico para las reacciones exonucleolíticas (E) y de polimerización (P). En el modo de edición, el ADN sintetizado
recientemente desaparece transitoriamente de la plantilla y la polimerasa experimenta un cambio conformacional,
moviendo al sitio catalítico de edición para eliminar el nucleótido más recientemente agregado.
Un mecanismo adicional repara los errores que escapan a estos mecanismos de control. En efecto, la
reparación por mal apareamiento de las bases (MMR, por sus siglas en inglés) es el sistema encargado de
reconocer y arreglar este tipo de errores, con el fin de evitar cambios (mutaciones) en el ADN y las
proteínas codificadas (Figura 5). Para ello, resulta necesaria la presencia de un complejo enzimático que
reconozca el daño en el ADN y al mismo tiempo determine cuál de las dos cadenas se debe reparar y cuál
se usará como molde. Existe además un grupo de proteínas que, sin ser centrales en el proceso de
reparación, colaboran para hacer más eficiente el proceso. De manera general, el mecanismo detecta los
cambios en la estructura de la doble cadena del ADN y recorta un fragmento de tamaño variable que deja
en el centro a la base mal apareada. Después, una enzima denominada exonucleasa degrada el fragmento
y permite que se vuelva a sintetizar, pero ahora de manera adecuada, para que finalmente una ligasa selle
los extremos.
En bacterias y eucariotas, la proteina MutS escanea el DNA en busca de bases mal apareadas y cuando las
encuentra, genera un cambio conformacional, a la vez que recluta a MutL. En eucariotas, una vez que
MutL encuentra un nick, desencadena la degradación de la cadena que lo contiene. Debido a que la
En Escherichia coli y otras procariotas, el mecanismo es similar pero una enzima adicional (MutH) degrada
la cadena luego de que MutS y MutL encuentran la base mal apareada. El sistema de reconocimiento
depende de la metilación de determinados residuos A del DNA. Transcurrido un tiempo, se añaden
grupos metilo a todos los residuos A que se encuentren en la secuencia GATC. Debido a que únicamente
contendrán secuencias GATC no metiladas las cadenas acabadas de sintetizar y que se hallen justo detrás
de la horquilla de replicación, será posible distinguir estas cadenas de las originales que se han utilizado
como patrón.La combinación de los tres pasos que se grafican en el esquema permite la alta fidelidad en
la síntesis del ADN.
Esquema: Los tres pasos que permiten alcanzar una fidelidad de replicación de 1010
Vimos anteriormente que la síntesis de la cadena rezagada en una horquilla de replicación debe ocurrir
de forma discontinua a través de un mecanismo de “pespunte” que produce fragmentos cortos de ADN.
Los eucariotas lo resuelven de una manera ingeniosa: tienen secuencias de nucleótidos no codificante,
altamente repetitivas en los extremos de sus cromosomas llamadas telómeros. En efecto, los telómeros
contienen muchas repeticiones en tándem de una secuencia corta que es similar en organismos tan
diversos como protozoos, hongos, plantas y mamíferos. En humanos, la secuencia de la unidad de
repetición es GGGTTA, y se repite aproximadamente mil veces en cada telómero.
Las secuencias de ADN de los telómeros se reconocen mediante proteínas de unión a ADN específicas de
la secuencia que atraen una enzima, llamada telomerasa, que repone estas secuencias cada vez que una
célula se divide. La telomerasa reconoce el extremo de un telómero existente y lo alarga en dirección 5'- 3 '
usando una plantilla de ARN que es un componente de la propia enzima. La porción enzimática de la
telomerasa se asemeja a otras retrotranscriptasas, enzimas que sintetizan DNA usando una plantilla de
ARN (Figura 6). Después de la extensión de la cadena de DNA parental por la telomerasa, la replicación
de la cadena rezagada en el extremo del cromosoma puede completarse mediante las polimerasas de
ADN convencionales.
Figura 6.. Replicación de telómeros.A la izquierda, se muestran las reacciones que sintetizan las repeticiones de
secuencias ricas en G que forman los extremos de los cromosomas (telómeros) de diversos organismos eucarióticos.
El extremo 3 'de la cadena de ADN parental se extiende por la síntesis de ADN con plantilla de ARN; esto permite
que la cadena de ADN hija incompleta que se combina con ella se extienda en su dirección de 5 '. La hebra rezagada,
incompleta se completaría por la acción de una ADN polimerasa, que lleva una ADN primasa como una de sus
subunidades.
Introducción
A lo largo de la vida estamos expuestos a muchos agentes que dañan de manera importante a nuestras
células. No obstante, éstas son capaces de responder y autorrepararse en la mayoría de las ocasiones sin
ninguna repercusión. El ADN es una molécula vital para la viabilidad y funcionalidad de las células, y
por lo tanto cualquier daño en su estructura necesita ser inmediatamente corregido. Cada día ocurren
miles de accidentes que afectan al ADN, ya sea por el propio metabolismo, el contacto con fuentes de
radiación o la exposición a sustancias tóxicas; pero sólo una mínima cantidad (menos de 0.02%) se
acumula como daños permanentes, mientras que el resto es reparado cabalmente. En las células existen
diferentes maneras de reparar el ADN, dependiendo del tipo de daño y de los componentes que se
encuentren cercanos o sean más asequibles. De manera general, a los procesos encargados de resguardar
la integridad del ADN se les denomina mecanismos de reparación; éstos se pueden agrupar en aquellos
que actúan cuando existe algún daño en una sola cadena y aquellos que participan cuando se dañan
ambas cadenas. Mientras que algunas lesiones se reparan de forma directa, la gran mayoría se repara tras
una serie eventos en los que participan múltiples proteínas.
Figura 1. Las modificaciones químicas de los nucleótidos pueden producir mutaciones. (a) La desaminación de la
citosina, si no se corrige, da como resultado la sustitución de una base por otra cuando el ADN se replica. La
desaminación de la citosina produce uracilo, que difiere de la citosina en sus propiedades de emparejamiento de
bases y preferentemente complementa con adenina. La maquinaria de replicación de ADN por lo tanto agrega una
adenina cuando se encuentra con un uracilo en la cadena molde. (b) La depurinación puede conducir a la pérdida de
un par de nucleótidos. Cuando la máquina de replicación encuentra un sitio apurínico en la cadena molde, puede
pasar al siguiente nucleótido completo, produciendo así una eliminación de nucleótidos en la cadena recién
sintetizada.
2) Daños espontáneos: a 37 °C, miles de bases se pierden espontáneamente, dejando sitios apurínicos y
apirímidínicos incapaces de determinar la inserción correcta de las bases en la cadena complementaria.
En efecto, cada día se pierden unas 5000 bases púricas (adenina y guanina) debido a la destrucción
térmica de enlaces N-glucosídicos entre estas bases y la desoxirribosa (despurinación). Análogamente, se
estima que la desaminación de citosina a uracilo en el ADN se produce a una velocidad de 100 cambios
por genoma/día.
3) Daños endógenos: la mayor parte de estos cambios se producen por la generación de radicales
libres como subproductos de la respiración aerobia normal. Estos radicales que son moléculas o
fragmentos moleculares con electrones sin aparear son capaces de acelerar la ruptura de las cadenas del
DNA.
4) Daños exógenos:
a) Radiaciones ionizantes: los rayos X y γ, provocan ruptura de simple cadena, ruptura de doble cadena,
bases dañadas por ionización directa y generan radicales libres.
b) Radiaciones ultravioleta (UV): es el agente que daña el DNA más estudiado, causa la formación de
enlaces intracadenas (dimerización de pirimidinas), en orden de abundancia T·T, C·T y C·C.
1.1 Reparación por escisión de bases: La reparación por escisión de bases es el mecanismo responsable
de eliminar los nucleótidos dañados en el ADN que podrían causar mutaciones por un mal apareamiento,
o bien por la ruptura del ADN durante su replicación. Este proceso involucra a un grupo de enzimas
conocidas como ADN glicosilasas, las cuales reconocen el daño y recortan la base dañada; también
participa otra enzima conocida como AP endonucleasa, que hace un segundo corte, pero ahora entre los
azúcares, para permitir que el nucleótido completo sea eliminado y posteriormente sustituido. La
sustitución puede ser de un único nucleótido o junto con otros aledaños (de 2 a 10 nucleótidos).
1.2 Reparación por escisión de nucleótidos: La reparación por escisión de nucleótidos es particularmente
importante para remediar el daño en el ADN que ocurre por la exposición a la radiación solar por un
tiempo prolongado; una hora bajo el sol intenso puede producir hasta 100 000 lesiones en el ADN por
cada célula. No obstante, ésta no es la única fuente de daño, pues existen otros agentes que provocan
fenómenos similares. Así, durante el proceso se produce una distorsión de la doble cadena del ADN, lo
que ocasiona problemas para expresar y replicar su información. Esta distorsión permite que un complejo
enzimático reconozca el daño y corte los azúcares que lo delimitan; una helicasa empuja esta región lejos
y una ADN polimerasa repara el hueco formado al agregar los nucleótidos faltantes; finalmente, una
ADN ligasa pega los extremos.
2. Reparación de ambas cadenas del ADN: Un tipo especialmente peligroso de daño en el ADN ocurre
cuando ambas cadenas se rompen y no queda alguna que pueda servir como molde para la reparación;
esto abre la posibilidad de que se produzcan daños importantes para la célula; por ejemplo, que se pierda
información.
2.1 Reparación por unión de extremos no homólogos: La unión de extremos no homólogos (NHEJ) es el
mecanismo más simple para reparar este tipo de daños: los extremos de las cadenas se colocan juntas y se
2.2 Reparación por recombinación homóloga: Una forma más precisa de reparar las rupturas en ambas
cadenas del ADN es la recombinación homóloga (HR). Los humanos y muchos otros seres vivos
poseemos dos copias de cada cromosoma; así, este mecanismo utiliza la copia del ADN en el cromosoma
hermano como molde para reparar los daños. En este proceso, un complejo enzimático se une al ADN y
recorta los extremos de una de las cadenas; así, la otra cadena queda más larga, y a ella se une una
enzima denominada recombinasa, que ayuda para que invada al ADN del cromosoma hermano en el
punto homólogo a su secuencia; de esta manera, lo utiliza como molde para complementar su secuencia y
reparar el daño. Si bien es una manera más “limpia” y precisa de reparación, este mecanismo solamente
lo utiliza la célula durante un breve periodo después de la replicación del ADN, cuando los cromosomas
se encuentran todavía alineados y cerca uno de otro.