INFORME N°9-Extracción de ADN

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“AÑO DE LA UNIDAD, LA PAZ Y

EL DESARROLLO”
UNIVERSIDAD NACIONAL PEDRO RUIZ
GALLO
FACULTAD DE CIENCIAS BIOLOGICAS

ASIGNATURA:

Biotecnología

DOCENTE:

MSc. Mblgo Jhon García López

ESTUDIANTES:

Guerrero Mestanza, Lisbeth (185012A)

TAREA:

EXTRACCION DE ADN DE MUCOSA LABIAL

PERIODO ACADÉMICO:

2023-I

CICLO DE ESTUDIOS:

FECHA DE ENTREGA:

22-07-2023

LAMBAYEQUE-PERÚ
I. MARCO TEORICO

Tradicionalmente, el ADN utilizado para análisis genéticos individuales ha


sido derivado comúnmente de muestras de sangre periférica, siendo ésta una
excelente fuente de grandes cantidades de ADN. Pero entre otras alternativas
son la saliva y el frotis bucal, los cuales en los últimos años han sido estudiados
derivado de su potencial como muestras de diagnóstico, mostrándose como un
método sencillo y menos invasivo en comparación con métodos tradicionales.
Posteriormente a elegir la fuente de obtención de ADN se debe seleccionar el
método de extracción más apropiado con base a las necesidades del análisis
genético, manteniendo así las características de un ADN purificado de alta
calidad y concentración (Gil, 2018).

Como se sabe, la saliva contiene información genética. Principalmente,


esta información proviene del núcleo de células del tejido epitelial que se
desprenden del revestimiento interior de la boca, siendo posible la extracción
de muestras de ADN de una persona a partir de su saliva. Sus aplicaciones
prácticas más frecuentes son: pruebas de paternidad y detección de si existe
una predisposición hacia determinada enfermedad genética. Otras aplicaciones
frecuentes son descubrir orígenes personales y estudiar la compatibilidad
farmacológica. Esto es, la eficacia o ineficacia de determinados medicamentos
en una persona determinada (Ampligen, 2021).

Entonces la saliva es definida como un líquido segregado por las


glándulas salivales, de viscosidad variable, según el estado de hidratación y la
fase digestiva; de composición parecida a la del plasma, contiene agua, iones,
mucina, proteínas plasmáticas, leucocitos y detritos celulares. Sirve para lubricar
los alimentos, facilitando su masticación y la formación del bolo alimenticio e
inicia la digestión del almidón gracias a su contenido en α-amilasa, además
presenta una función protectora de las mucosas de la cavidad oral y vías
respiratorias superiores; presenta una función digestiva, así como una función
vehiculizadora de la sensación gustativa. Considerándose a esta no sólo como
una herramienta diagnóstica, sino que puede ser una forma fácil de monitorizar
la salud y tener un alto potencial para revolucionar el futuro (Martínez, 2018).
Así pues, el ADN que se encuentra en el interior del núcleo de las células
eucariotas rodeado de proteínas (histonas) que lo mantienen unido y
compactado. Para poder aislarlo y observarlo se deben deshacer la membrana
plasmática y la envoltura nuclear y también se precisa la desnaturalización de
las proteínas Por esta razón, el uso de algunos materiales en el caso de una
extracción casera, los detergentes; el alcohol; sal o bicarbonato, etc.; es
primordial en el procedimiento. Ya que el primero ayuda a romper la bicapa de
fosfolípidos de las membranas plasmáticas y la envoltura nuclear, el segundo
permite que el ADN al ser una molécula polar se vuela apolar e insoluble en el
etanol formándose un precipitado justo entre la capa con etanol líquido y la capa
con el extracto (Martín, 2017).

Por otra parte, la extracción consiste en el aislamiento y purificación de


moléculas de ADN y se basa en las características fisicoquímicas de la molécula.
El ADN está constituido por dos cadenas de nucleótidos unidas entre sí formando
una doble hélice. La unión de los nucleótidos ocurre entre el grupo fosfato y el
azúcar, mediante enlaces fosfodiéster, dando lugar al esqueleto de la molécula.
Los grupos fosfato están cargados negativamente y son polares, lo que le
confiere al ADN una carga neta negativa y lo hace altamente polar,
características que son aprovechadas para su extracción, estos tienen una fuerte
tendencia a repelerse, debido a su carga negativa, lo que permite disolver al ADN
en soluciones acuosas y formar una capa hidratante alrededor de la molécula.
Pero, en presencia de etanol, se rompe la capa hidratante y quedan expuestos
los grupos fosfato. Bajo estas condiciones se favorece la unión con cationes
como Na+ que reducen las fuerzas repulsivas entre las cadenas de nucleótidos
y permiten que el ADN precipite (Alejos Velázquez et al, 2017).

No obstante, el método más usado es fenol-cloroformo y en algunos casos


la extracción con kit comercial como QUIAGEN®; sin embargo, ha sido
ampliamente documentado que el método de fenol-cloroformo, aunque es simple
y eficiente, tiene componentes muy tóxicos para los investigadores y el ambiente.
Por ello existen otros métodos de extracción que toman y aprovechan ciertas
capacidades de algunos materiales para absorber el ADN y tienen importantes
ventajas que evitan la degradación química y física del ADN durante la
purificación, haciendo al ADN menos susceptible a la degradación enzimática y
maximizando la degradación de proteínas (contaminantes). Por ejemplo, los kits
de extracción basados en tecnologías de sílica, son un método con una buena
relación entre costos y resultados, con un proceso de extracción orgánica fácil y
rápida; otra técnica ampliamente usada es la separación por resinas magnéticas
(Salazar‐Moscoso et al, 2022).

Pero tambien existen otros metodos para extraer ADN de muestras de


mucosa salival. Estos métodos generalmente incluyen pasos como la
recolección de la muestra, lisis celular para liberar el ADN, purificación y
cuantificación del ADN obtenido. Algunas técnicas populares incluyen el método
de precipitación con alcohol, columnas de sílice y la extracción con fenol-
cloroformo, este ultimo, es el metodo mas usado para porder extraer el ADN
salival. Es asi como la extracción de ADN de mucosa salival presenta diversas
ventajas, como la fácil obtención de muestras no invasivas, la posibilidad de
recolectar muestras de manera repetida en el tiempo y la alta estabilidad del ADN
en saliva. Sin embargo, también tiene algunas limitaciones, como la posibilidad
de contaminación de la muestra con ADN ambiental y la cantidad limitada de
ADN recuperable en comparación con otras fuentes, como la sangre (González,
2017).

Se describe un método mejorado para la extracción de ADN de la saliva


humana utilizando nanopartículas magnéticas no recubiertas (MNP) destinadas
a resolver los problemas. Las nanopartículas magnéticas no recubiertas
utilizadas en este estudio facilitan la unión reversible del ADN y, debido a la
ausencia de recubrimiento superficial, el tamaño de partícula sigue siendo
pequeño, lo que proporciona una mayor relación superficie-volumen para la
unión al ADN. Las muestras de saliva humana almacenadas en el tampón de
preservación de saliva se mantuvieron estables hasta 160 días a temperatura
ambiente sin ningún crecimiento bacteriano o fúngico y la calidad del ADN
genómico estaba intacta. (Bhati, et al., 2021)

Asi mismo, otro estudio determino si la saliva que coincide con el


conductor principal de un vehículo está presente en las áreas que rodean
inmediatamente la sección del conductor. Detectando α-amilasa salival en el
53% de todas las muestras recogidas de vehículos. Las muestras positivas de
saliva arrojaron estadísticamente significativamente (p<0,05) más ADN que las
muestras de saliva negativa. Se observó que el volante tenía el mayor número
de muestras positivas de saliva (80%). El perfil de ADN del conductor se detectó
en el 72% del total de muestras tomadas. Demostrando que la saliva puede
persistir durante al menos diez días en vehículos de uso diario. Este estudio ha
producido un conjunto de datos útil que puede ser utilizado bajo ciertas
condiciones por los investigadores forenses (Kelly, et al., 2021).

Por último, un estudio evaluo los efectos potenciales de la microbioma


salival utilizando diferentes métodos de recolección, almacenamiento y
extracción de gDNA de saliva. Se recolectaron tres tipos de fracciones de saliva
de individuos sanos con o sin él tampón estabilizador de gDNA. Posteriormente,
se evaluaron tres tipos de métodos de extracción de gDNA para determinar las
eficiencias de extracción de gDNA a partir de muestras de saliva. La pureza del
gDNA bacteriano total se evaluó utilizando la proporción de globina β humana a
PCR 16S rRNA bacteriana, mientras que la secuenciación del gen amplón 16S
rRNA se llevó a cabo para identificar los perfiles bacterianos presentes en estas
muestras. La cantidad y la calidad del gDNA extraído fueron similares entre los
tres métodos de extracción de gDNA y no hubo diferencias estadísticamente
significativas en los perfiles bacterianos entre las diferentes fracciones de saliva
a nivel de género de la clasificación taxonómica. En conclusión, el muestreo de
saliva, el procesamiento y la preparación de gDNA no tienen una gran influencia
en los perfiles de microbioma (Lim, et al., 2017).

II. OBJETIVO:
Reconocer e identificar las etapas y el procedimiento de extracción de ADN
de la mucosa salival.
III. MATERIALES:

 Alcohol metílico 98º


 Bicarbonato de sodio
 Cloruro de sodio
 Jabón líquido
 Agua destilada o mineral hielo
 Gaza
 Probeta
 Vaso de precipitación
 Baguete
 Pipetas graduadas
EQUIPO
 Refrigeradora

 Balanza
IV. PROCEDIMIENTO
1. SOLUCIÓN DE EXTRACCIÓN
 En primer lugar, se pesó 1,5 g de cloruro de sodio y 5 g de bicarbonato
de sodio. Estos fueron pesados con la ayuda de la balanza sobre un
papel, para luego ser echados a la solución.

A B

Figura 1. A. Pesó del de cloruro de sodio y B. Bicarbonato de


sodio.
 Luego se midió con ayuda de la probeta 120 ml de agua destilada,
pero en este caso se ultimó agua mineral, seguidamente se midió 5
ml de detergente líquido con la ayuda de la pipeta graduada.

A B

Figura 2. A. Medida del agua mineral y B. Jabón liquido

 Después con la ayuda de la bureta se mezclaron todos estos


componentes en un vaso de precipitación para poder generar la
solución de extracción, esta mezcla se hizo cuidadosamente para que
no se generara espuma, y finalmente se llevó a la refrigeradora por 2
minutos.

A B
D C

Figura 3. Elaboración de la solución de extracción donde


primero se le hecha al agua destilada A. Jabón líquido, B.
Cloruro de Sodio, C. Bicarbonato de Sodio, luego se realiza una
D. Agitación de la solución. Y se genera la E. Solución de
extracción.
2. EXTRACCIÓN

 Para esta parte de la práctica, se tuvo primero que colocar 5ml de


saliva en un tubo de ensayo. Donde la compañera mastico una gaza
y fue extrayendo la saliva que quedaba en esta para depositarla luego
en el tubo de ensayo.

Figura 4. Muestra de saliva

 Una vez obtenida la muestra en otro tubo de ensayo con la ayuda de


la pipeta se colocó 2,5 ml de la saliva, después se le añadió la misma
cantidad de la solución de extracción fría con cuidado de no generar
espuma.

A B

Figura 5. A. Traslado de la muestra y B. Solución de


extracción fría
 Luego se le agrego 5 ml de alcohol totalmente frío, pero dejando
escurrir lentamente el alcohol, por la cara interna del tubo, teniendo
este inclinado para no generar espuma y se dejó en reposo, para
poder observar la separación y las hebras de ADN.

A B

Figura 6. A. Extracción del alcohol frio y B. Mezcla del


alcohol a la muestra salival
V. RESULTADOS:

Figura 7. Separación de
soluciones

Después de la mezcla de la
solución a la muestra de la
mucosa bucal (saliva) se pudo
visualizar a simple vista la
separación de las dos soluciones

Separación de
(alcohol y el detergente), como
las soluciones una pequeña mancha acuosa o
de alcohol y
detergente blanquecina.

Figura 8. Hebras de
ADN

Hebras de ADN

Al colocar los 5ml de alcohol en el laboratorio no


se pudo observó las hebras de ADN, pero al
colocar más alcohol, unos 5ml más, en total 10ml,
se pudo apreciar las hebras de ADN en la
interface o en el centro y un pequeño
desprendimiento en la parte superior como se
observa en la figura 8 realizado en casa.
VI. DISCUSIÓN:

Los resultados reportados en este estudio muestran, que por medio de


materiales caseros se puede obtener la separacion del ADN de las muestras
bucales (saliva), asi como la observacion de la separacions de los procesos
fisicos del alcohol y deterngentes. Por ende, Esteban Gallego et al (2019),
señalan que la extracción de ADN con materiales cotidianos es una práctica muy
atractiva que se realiza habitualmente, ya que normalmente es realizada
siguiendo un sencillo protocolo permitiendo mostrar la sencillez de uno de los
métodos clave de la biotecnología actual. Y esto se confimra en la practica
elborada en clase, con los materiales caceros, en donde se pudo apreciar la
extraccion del ADN como unas pequeñas hebras, asi como en la practica
elaborada por López (2018) el cual tambien trabajo con saliva en donde aprecio
en la interfase pequeños hilos o fibras blanquecinas (ADN). Y esto se dio acabo
por su materiales.

Entonces López (2018), indica que la sal en disolución actúa


disminuyendo la solubilidad de las proteínas, lo que hace que precipiten y se
separen más fácilmente del ADN para poder obtenerlo con una mayor pureza,
luego el detergente líquido se encarga de destruir las membranas celulares del
tejido vivo que estamos utilizando, ya que este disuelve las grasas o lípidos, que
es el componente principal de la membrana plasmática y nuclear de las células.
Y al romperse las membranas celulares se permite la salida del ADN al exterior.
Por otro lado, el alcohol es también un componente principal en este
procedimiento, ya que permite que la molécula de ADN al ser muy larga tienda
a ser fácil aislarla. Entonces el ADN precipita en alcohol, ya que el ADN es
soluble en agua, pero cuando se encuentra en alcohol precipita. Por este motivo,
nuestras hebras de ADN comienzan a hacerse visibles en la interfase entre la
mezcla y el alcohol.

Otro informe que concuerda con los resultados es el del Betancourt


(2022), en donde extrajo el ADN de las muestras vegetales, pero el ADN
obtenido no fue puro, ya que, entremezclado con él, había fragmentos de ARN.
El menciona que para realizar una extracción pura, el detergente lauril sulfato de
sodio, el cual remueve grasas y proteínas, actué de la misma manera en
el protocolo de extracción de ADN, separando las grasas (lípidos) y las proteínas
que constituyen las membranas que rodean la célula y el núcleo. Una vez que
estas membranas se han roto, el ADN es liberado de la célula, para que luego
este se precipite en el alcohol fuera de la solución, donde puede ser visto.
Además de permitirnos ver el ADN, el alcohol separa el ADN de otros
componentes celulares, los cuales son dejados en la solución acuosa.

Así mismo, Martín (2017), también extrajo de forma cacera el ADN de un


plátano, pero para este procedimiento realizo una etapa extra que fue el del baño
caliente y preparación del zumo de piña, al final pudo observar tres capas bien
diferenciadas. Donde el alcohol se encuentraba encima y debajo de este se
presentaron todos los restos celulares (membranas, orgánulos) del plátano y los
otros componentes de la solución y, en la interfase observó una especie de hilos
blancos rodeados de burbujas, el cual sería la presencia del ADN. Respecto al
baño caliente señala que se usó con el fin de liberar el DNA de sus barreras
protectoras, es decir, acelero el proceso de rotura de las membranas y ayudo a
disolver la bicapa de fosfolípidos mediante la desnaturalización de las proteínas,
mientras que el zumo de piña se usó para separar las histonas del ADN y obtener
un ADN más puro, debido que este material presenta una enzima capaz de
hidrolizar las proteínas denominada bromelaína.

Por otro lado, extracción del ADN se puede realizar con métodos mucho
mejores es ahí donde Cadavid Sánchez et al (2017) evaluan dos métodos para
la extracción de ADN en plantas del género Solanum, con el fin de obtener ADN
disponible y de buena calidad para la obtención de secuencias. Al final evaluaron
dos productos comerciales el DNeasy® Plant Mini Kit en donde se comparó con
un método que incluye el uso de una solución tampón de lisis. Para este último
método también evaluaron si el rendimiento mejoraba cuando las muestras se
maceraron previamente con nitrógeno líquido. Los resultados en términos de
calidad (A260/A280) no mostraron diferencias significativas entre los métodos de
extracción (índice < 1,5). Sin embargo, se encontraron diferencias en la
concentración de ADN obtenida (prueba de Dunnet, p<0,05) y en los porcentajes
de amplificación mediante PCR (Χ2, p<0,05). Los mejores resultados, en cuanto
al éxito en la PCR (89%), se obtuvieron con el producto comercial, sin embargo,
la dilución 1:100 de las muestras obtenidas con el método de solución de lisis,
permitió obtener resultados de PCR comparables.
Donde, Murata, et al., (2019), señalan que los métodos para la extracción
de ADN y la purificación de la saliva sobre la metilación del ADN se estudiaron
utilizando Illumina Infinium HumanMethylation450 BeadChip. Utilizando 386 661
sondas, se examinaron las diferencias de metilación del ADN entre la sangre y
la saliva de 22 voluntarios sanos, y sus características funcionales y
estructurales. Los sitios de CpG con niveles de metilación del ADN que muestran
grandes variaciones interindividuales en la sangre se evaluaron utilizando
perfiles de metilación del ADN de la saliva, donde se mostró un perfil de
metilación del ADN de calidad similar al derivado del protocolo proporcionado
por el fabricante. De acuerdo con estudios previos, los perfiles de metilación del
ADN de la sangre y la saliva mostraron altas correlaciones, además de la alta
correlación en los perfiles de metilación del ADN.

Concordando con Bruinsma, et al. (2018) indican que la idoneidad del


ADN extraído de la saliva para el genotipado molecular de alto rendimiento y las
plataformas de metilación del ADN comparando su rendimiento con el del ADN
extraído de la sangre. El perfil de metilación de todo el genoma, utilizando la
matriz Infinium HumanMethylation450 Beadchip (Illumina, San Diego, CA), se
midió para 20 muestras de ADN. Se midió la variación genética común, utilizando
el Infinium HumanCore Beadchip (Illumina, Se obtuvieron datos de metilación del
ADN de alta calidad tanto de la saliva como del ADN sanguíneo, con valores p
de detección promedio para cada muestra que oscilaron entre 0,001 y 0,006. Se
observaron niveles de metilación global del ADN ligeramente más altos en el
ADN de la sangre total que en el ADN de la saliva.

A diferencia de Samson et al. (2020) que analizaron las alineaciones de


los grupos de variantes anómalas utilizando Integrative Genomics Viewer (IGV)
revelando un subconjunto de lecturas emparejadas (20-50 % en estos sitios) con
propiedades inusuales que se superponen al locus de la variante. En algunas
regiones, se denominaron variantes de un solo nucleótido (SNV) de novo en la
región de identidad de secuencia con el genoma de referencia; diferenciación de
Karagianni et al. (2021) incluye la recolección de saliva de pacientes con SS e
individuos sanos, la extracción de ADN genómico y la evaluación de la
metilación. El perfil epigenético de cada locus genético se correlacionará con las
características clínicas de los pacientes con SS y se explorará la posibilidad de
loci genéticos con diferencias diferenciales en la metilación para ser utilizados
como posibles biomarcadores diagnósticos.

En cambio Garbieri et al. (2017) extrajo la saliva que estuvo fresca o


congelada durante tres, seis y doce meses utilizando cinco protocolos diferentes
de extracción de ADN: protocolo 1 - Kit comercial Oragene™, protocolo 2 - MINI
kit QIAamp DNA, protocolo 3 - extracción de ADN utilizando acetato de amonio,
protocolo 4 - Instagene™ Matrix y protocolo 5 - Instagene™ Matrix diluido 1: 1
usando proteinasa K y 1% SDS.; los investigadores Nishitani et al. (2018)
extrajo el ADN de la saliva e indico que es una mezcla de ADN bacteriano y
humano derivado de células epiteliales e inmunes en la boca. Por lo tanto,
existen desafíos únicos para el uso de ADN salival en estudios de metilación que
pueden influir en la calidad de los datos. Este estudio evalúa: (1) cuantificación
del ADN humano después de la extracción; (2) delineación del ADN humano y
bacteriano; (3) conversión de bisulfito (BSC); (4) cuantificación del ADN BSC; (5)
amplificación por PCR del ADN BSC de la saliva y; (6) cuantificación de la
metilación del ADN con un ensayo dirigido.

VII. CONCLUSIÓN:

La extracción de ADN con material cotidiano es una actividad práctica


interdisciplinaria, ya que para determinar cómo extraer ADN de una muestra
biológica es preciso relacionar conceptos químicos, físicos y biológicos. Por ello,
al realizar el procedimiento de extracción del ADN adecuadamente, es que se
pudo observar unas fibrillas o hebras de ADN de un color blanco precipitado por
sobre el alcohol (mezcla Heterogénea) con esto podemos saber cómo es el
procedimiento del extracto del ADN de una forma fácil y sencilla. Además, su
fácil obtención y la información genética que contiene hacen que sea una
herramienta útil en estudios genéticos, diagnóstico de enfermedades y
aplicaciones forenses.

VIII. REFERENCIAS BIBLIOGRAFICAS:

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