BIOLOGÍA MOLECULAR DE LA CÉLULA

José Pedro Vaqué, [email protected]

 BMC_PARTE 1:EXPRESIÓN GENÉTICA Y ORGANIZACIÓN
Capítulo 1: Secuencia del DNA y organización del genoma.
Estructura del DNA structure. Genoma y cromosomas. Organización del genoma de eucariotas: intrones,
exones y DNA repetitivo. Empaquetamiento del DNA. EL nucleosoma. Condensación de la cromatina,
centrómeros y telómeros.

C. 1: Estructura del material

genético.
 BMC_PARTE 1:EXPRESIÓN GENÉTICA Y ORGANIZACIÓN
Capítulo 2: Replicación y reparación del DNA.
Principios generales de la replicación. DNA polimerasas. Otras enzimas y factores implicados.
Replicación del DNA en Procariotas y en Eucariotas. Activaciópn dela replicación. Telómeros.
Reparación del DNA: Agentes, tipos de lesiones y mecanismos.

C. 1: Estructura del material

genético.

C. 2: Cómo la información genética

se transmite y repara,
 BMC_PARTE 1:EXPRESIÓN GENÉTICA Y ORGANIZACIÓN
Chapter 3: Transcripción génica
Tipos funcionales de RNA. Transcripción por la RNA polimerasa II. Genes transcritos por la RNA Pol II.
El promotor. Inicio, elongación y terminación de la transcripción. Procesamiento del pre-mRNA. Splicing.
Transcripción a cargo de la RNA polimerasa I. Procesamiento del pre-rRNA. Transcripción a bargo de la RNA
polimerasa III.

C. 1: Estructura del material

genético.

C. 2: Cómo la información genética

se transmite y repara.

C. 3: Cómo se transcribe la
información para formar proteínas.
 BMC_PARTE 1:EXPRESIÓN GENÉTICA Y ORGANIZACIÓN
Chapter 4: Regulación de la expression genética
Niveles de control de la expresión. Secuencias reguladoras, proteínas activantes y represoras. Factores de
transcripción y dominios de union al DNA. Mecanismos moleculares de activación/represión. Epigenética:
Modificación de histonas, cromatina y complejos de remodelación, metilación del DNA.

C. 1: Estructura del material

genético.

C. 2: Cómo la información genética

se transmite y repara.

C. 4: Cómo se regula la expresión

del genoma?

C. 3: Cómo se transcribe la
información para formar proteínas.
 SEÑALIZACIÓN INTRACELULAR Y EL CONTROLS DE LA TRANSCRIPCIÓN
Capítulo 4: Regulación de la expresión genética
FACTORES SOLUBLES, PÉPTIDOS, LUZ, LÍPIDOS, HORMONAS
MEMBRANE RECEPTORS
• RTKs: EGFR, MET, KIT
• GPCRs: LPAR, GRPR, GRM

ADAPTORS
SURFACE PROTEINS OTHER
GTPases
• E-CADHERIN CYTOSKELETON EFFECTORS
•
•
ACTIN
TUBULIN
KINASES
(MAPK)
EFFECTOR EFFECTOR
KINASES KINASES

• Ca2+
• cAMP
CO-TRANSCRIPTION
FACTORS
TRANSCRIPTION
FACTORS

REGULATION OF TRANSCRIPTION

ACTIVIDAD NORMAL INTERACCIONES CON EL

(EQUILIBRIO) MICROAMBIENTE CELULAR

COMO LAS SEÑALES SE TRANSMITEN Y SE INTEGRAN EN FORMA DE RESPUESTA BIOLÓGICA

 ALTERACIONES GENETICAS Y MECANISMOS DE ENFERMEDAD
Capítulo 4: Regulación de la expresión genética
FACTORES SOLUBLES, PÉPTIDOS, LUZ, LÍPIDOS, HORMONAS
MEMBRANE RECEPTORS
• RTKs: EGFR, MET, KIT
• GPCRs: LPAR, GRPR, GRM

ADAPTORS
SURFACE PROTEINS OTHER
GTPases
• E-CADHERIN CYTOSKELETON EFFECTORS
•
•
ACTIN
TUBULIN
KINASES
(MAPK)
EFFECTOR EFFECTOR
KINASES KINASES

• Ca2+
• cAMP
CO-TRANSCRIPTION
FACTORS
TRANSCRIPTION
FACTORS

REGULATION OF TRANSCRIPTION

EFECTOS SISTEMICOS ACTIVIDAD ABERRANTE MODIFICACION DEL

(DESBALANCEADA) MICROAMBIENTE CELULAR
 CAPÍTULO 4: REGULACIÓN DE LA EXPRESIÓN GENÉTICA

CLASE 4.1.

1. Regulación de la expresión genética: Visión general

2. Elementos de regulación en el DNA

3. Factores de transcripción (activadores, represores, mediador

4. Epigenética (Modificaciones de histonas, metilación del DNA)

5. Regulación postranscripcional de la expresión genética.

Capítulo 4: Regulación de la expresión genética

 REGULACIÓN DE LA EXPRESIÓN GENÉTICA: ASPECTOS BÁSICOS
•Una mayor complejidad de cualquier sistema, implica un mayor número de
participantes en los mecanismos de regulación.
• En sistemas complejos, el equilibrio se consigue de la interacción resultante entre
los diferentes constituyentes de dicho sistema.
• Cada tipo de célula tiene un patrón diferencial de genes expresados.
• Sólo una fracción (~1/2) de los genes es expresada en una célula madura, y lo hace a
niveles diferentes
• Un tejido se define por el conjunto de genes que expresa, siendo éste el resultado
de una regulación compleja de la expresión genética.

Capítulo 4: Regulación de la expresión genética

 REGULACIÓN DE LA EXPRESIÓN GENÉTICA: ASPECTOS BÁSICOS
Genoma-transcriptoma-proteoma
Unas 1013 Las células contienen todos …Pero cada células sólo expresa entre 10-
células los genes por duplicados 20.000 genes y alrededor de la mitad de los
(alelos) mismos son diferentes en cada caso
dependiendo del tejido

mRNAs

GENOMA: Todos los genes

Proteíns
de una especie

TRANSCRIPTOMA: el conjunto de PROTEOMA: El conjuinto de

mRNAs expresados por una proteínas expresados por una
células específica de tejido. células específica de tejido.

EXISTEN UNOS 200 TIPOS DE CÉLULAS, DEFINIDAS POR SU TRANSCRIPTOMA

Capítulo 4: Regulación de la expresión genética
 REGULACIÓN DE LA EXPRESIÓN GENÉTICA: ASPECTOS BÁSICOS
TODAS las células somáticas contienen toda la información genética (genoma) , pero
solo expresan una fracción de los genes de dicho genoma
Los genes se expresan diferencialemnte dependiendo de:
• El tejido
• La estapa del Desarrollo/estadio de diferenciación
• Fase del ciclo celular
• La respuesta a estímulos (hormonas, citokinas, neurotransmisores, calor,
stress, daño en el DNA, etc)
• En respuesta a requerimientos hormonales

GENES DE EXPRESIÓN CONSTITUTIVA ~ ó genes Housekeeping: Mucho menos regulados

• Enzimas de procesos metabólicos importantes
• Proteínas del citoesqueleto
• ProteÍnas ribosomales
• Algunas proteínas de membrana
OTROS GENES ESTÁN PERMANENTEMENTE INACTIVADOS POR ESTAR LOCALIZADOS EN LA
HETEROCROMATINA

Capítulo 4: Regulación de la expresión genética

 REGULACIÓN DE LA EXPRESIÓN GENÉTICA: ASPECTOS BÁSICOS

… y en cada situación un gen se puede expresar a diferentes niveles

Ningún gene está completamente s completa e

irreversiblemente silenciado
Hay niveles de expresión génica
Alberts et al. Figure 6-3 Molecular Biology of the Cell (© Garland Science 2008)

Capítulo 4: Regulación de la expresión genética

 REGULACIÓN DE LA EXPRESIÓN GENÉTICA: ASPECTOS BÁSICOS
PUNTOS DE REGULACIÓN DE LA EXPRESIÓN GENÉTICA

mRNA
degradado

Degradación
(miRNAs)
Gen inactivo Gen activo pre-mRNA mRNA mRNA
Cromatina accesible Transcripción Splicing
Traducción (CAP. 5)
epigenetica Iniciación & elongación (SFs)
(mi RNAs) Proteina
(TFs) Proteina degradada
Degradación
(CAP. 7)
Proteina
Proteina modificada (plegada)
Modificación
Post-traduccional
Interacciones con otras proteínas / otras moléculas

ACTIVIDAD BIOLOGICA
Capítulo 4: Regulación de la expresión genética
 MECANISMOS MOLECULARES COORDINADOS: PROLIFERACIÓN

LAS ETAPAS INICIALES DEL CICLO CELULAR Y EL CONTROL DE LA TRANSCRIPCIÓN

REPLICACIÓN
DNA-SINTESIS
TOMA DE DECISIONES MOLECULARES COMPROMISO IRREVERSIBLE
START

•ANALIZAR EL ENTORNO (ESPACIO) •VULNERABLE (APOPTOSIS/TERAPIA)

•TESTAR MIS POSIBILIDADES (ENERGIA)
•CREAR MIS OPCIONES (REGULACIÓN GÉNICA)

Capítulo 4: Regulación de la expresión genética

 mitogen growth factor
receptor

REQUIERE CAMBIOS EN:

Rac Rac P Ras Ras
JIP1 GEF -ARQUITECTURA DE LA
GEF
CROMATINA,TRANSCRIPCIÓN
MLK3 RAF
& TRADUCCION
Capítulo 4: Regulación de la expresión genética

MKK7
MEK
JNK
ERK
P
ERK
P P
JNK
P

P P
JNK ERK
P P
P
P
JNK ERK P
P P
c-Jun c-Fos P RSK2
c-Myc MSK

P P
P P P
P P P P
c-jun c-fos c-Jun c-Fos c-myc
Jun SRF c-Myc P P

c-jun AP-1 SRE AP-1 Myc-regulated genes or CYC-D1

Immediate early gene expression 15´ to 1 hour Delayed gene expression from 3 to 12 hours
Adapted from Turjanski G, Vaqué JP ad Gutkind JS oncogene 2007
 EXPRESIÓN TEMPRANA VS. RETRASADA EN RESPUESTA PROLIFERATIVA
C-FOS mRNA
mRNA
5000
mRNA expression (fold)

4000

3000

2000

1000

0
0 0.5 1 2 3 4 6 9 12 Time (h)
Capítulo 4: Regulación de la expresión genética

20 C-JUN mRNA
mRNA expression (fold)

15

10

0
0 0.5 1 2 3 4 6 9 12 Time (h)

15 C-MYC mRNA
mRNA expression (fold)

10

5 PROTEINAS
0
0 0.5 1 2 3 4 6 9 12 Time (h)

10 CYCD1 mRNA
mRNA expression (fold)

0
0 0.5 1 2 3 4 6 9 12 Time (h)
Feng X & Vaqué JP unpublished results
 MITOGENIC CONTROL OF GENE EXPRESSION: EXPRESSION OF CYCLINS
Feng X & Vaqué JP unpublished
EL CICLO CELULAR (CAP. 10; PROF. J.NAVAS)

cyc-D1
cyc-B1
genética
gene expression
de laofexpresión

ESTIMULO cyc-E
mRNA expression. Fold induction
4: Regulation

4.5
4 cyc-D1
4: Regulación

3.5 cyc-E
3
cyc-B1
Chapter

2.5
Capítulo

2
1.5
1
0.5
0
0 5' 1h 3h 6h 9h 12h 15h 18h 21h Time
LOS DATOS MUESTRAN EXPRESIÓN DE mRNA EN UN EXPERIMENTO DE RT-PCR (PRÁCTICAS DE LAB.!!)
 CAPÍTULO 4: REGULACIÓN DE LA EXPRESIÓN GENÉTICA

1. Regulación de la expresión genética: Visión general

2. Elementos de regulación en el DNA

3. Factores de transcripción (activadores, represores, mediador

4. Epigenética (Modificaciones de histonas, metilación del DNA)

5. Regulación postranscripcional de la expresión genética.

Capítulo 4: Regulación de la expresión genética

 SECUENCIAS REGULADORAS DE LA EXPRESIÓN DE LOS GENES

Regiones reguladoras 5’
(mayor en animales que en levaduras Región transcrita

Transcription start site (+1)

AP-1 Inr
DPE
ATG

-10 / -100 kb -0.1 / -10 kb -30 pb

1st intron 2nd intron
Enhancer / Enhancer /
JUN/FOS BRE TATA
CACGTG CCAAT silencer
silencer JUN/ATF2

Secuencias
reguladoras Promotor basal o core promoter (CAP. 3)
distales Promotor proximal
Delgado, MD and León, J Clinical Translational Oncology (2006) 8:780

EJEMPLO USANDO EL PROMOTOR DE C-MYC

Capítulo 4: Regulación de la expresión genética

 CONTROL DEL INICIO DE LA TRANSCRIPCIÓN
Depende de

1. Secuencias reguladoras cortas en el DNA (“boxes” ó “elementos”)

-ESPECIFIOS DE CADA FACTOR DE TRANSCRIPCIÓN:

AP-1 (JUN/FOS Ó JUN/ATF2): TGACATCA

C-MYC/MAX: CACGTG

2. Factores de transcripción = Proteínas que se unen a dichas secuencias y que

intervienen en el reclutamiento de la RNA pol II
- AP-1 OR C-MYC

3. El nivel de empaquetamiento de la cromatina

-más adelante

 Determina qué genes y a qué nivel se vana a expresar (Regulación dinámica))

 El inicio es el proceso mejor entendido y probablemente el más importante mecanismo de

regulación de la expresión en eucariotas.

Capítulo 4: Regulación de la expresión genética

 SECUENCIAS REGULADORAS DE LA EXPRESIÓN DE LOS GENES

Regiones reguladoras 5’
(mayor en animales que en levaduras Región transcrita

Transcription start site (+1)

AP-1 Inr
DPE
ATG

-10 / -100 kb -0.1 / -10 kb -30 pb

1st intron 2nd intron
Enhancer / Enhancer /
JUN/FOS BRE TATA
CACGTG CCAAT silencer
silencer JUN/ATF2

Delgado, MD and León, J Clinical Translational Oncology (2006)

Promotor proximal:

• Alrededor de 10 kb upstream del TSS (Si bien los límites no están establecidos)

• Ejemplos de secuencias comunes en promotores de genes regulados por la RNA pol II :

• CCAAT box
• GC box
• MYC BOX (CACGTG)
• etc

• Otros elementos de unión de TFs varían en número tipo y localización.

EJEMPLO USANDO EL PROMOTOR DE C-MYC

Capítulo 4: Regulación de la expresión genética
 SECUENCIAS REGULADORAS DE LA EXPRESIÓN DE LOS GENES

Regiones reguladoras 5’
(mayor en animales que en levaduras Región transcrita

Transcription start site (+1)

AP-1 Inr
DPE
ATG

-10 / -100 kb -0.1 / -10 kb -30 pb

1st intron 2nd intron
Enhancer / Enhancer /
JUN/FOS BRE TATA
CACGTG CCAAT silencer
silencer JUN/ATF2

Enhancers & silencers: Delgado, MD and León, J Clinical Translational Oncology (2006)

• Pueden mapear a distancias muy largas en 5’ respecto del TSS ó 3’ respecto de la señal de Poli-As
incluso en intrones.

• Pueden unir a más de 1 TF, que pueden actuar de activadores ó represores

• Permiten la expresión de genes específicos de tejido, del tipo y grado de diferenciación, etc

• No existe una diferencia muy clara (la vida real) entre los enhancers & los elentos del promotor
proximal que unen FTs específicos, excepto quizás la habilidad de los enhancers de intervenir desde 3´y
la habilidad para unir lncRNAs.
EJEMPLO USANDO EL PROMOTOR DE C-MYC
Capítulo 4: Regulación de la expresión genética
 LOS ENHANCERS SE SITUAN EN 5’ Ó 3’ DISTALES RESPECTO DEL TSS

Enhancer

Enhancer

Enhancer

Cooper and Hausman The Cell, 5 ed.

Capítulo 4: Regulación de la expresión genética
 INSULATORS
Insulators

• Secuencias de DNA que establecen límites entre genes y/ó regiones de la

cromatina, actuando como barreras para la extensión de la heterocromatina.

• Protegen a los genes de ser regulados por elementos reguladores de otros

genes cercanos.

ON

Ins

OFF

Heterochromatin Euchromatin
Cooper and Hausman The Cell, 5 ed.

Bloquean la acción de activadores. Barreras de heterocromatina

Capítulo 4: Regulación de la expresión genética

 UN GENOMA EN 3D: PAPEL DE LOS INSULATORS

Un fragmento enorme de muchas

Mb del genoma.

Agrupado experimentalmente con

Capítulo 4: Regulación de la expresión genética

ayuda de la bioinformática en
regiones con alta frecuencia de
interacción (cuanto más rojo)

Estructuras denominadas TADs:

Topology associated domains que
marcan una fuerte interacción (misma
regulación en la expresión?) entre
diversas regiones del genoma.

CTCF (marcas negras) es un insulator

que limita los genes incluidos en estas
regiones (no siempre). Resolución de
40kb.

Los genes pueden ser activados o

reprimidos en el contexto de estas
estructuras, estamos intentando
comprenderlo.
Rowley MJ and Corces VJ. Nat. Rev. Gen., 2018
 CAPÍTULO 4: REGULACIÓN DE LA EXPRESIÓN GENÉTICA

CLASE 4.2.

1. Regulación de la expresión genética: Visión general

2. Elementos de regulación en el DNA

3. Factores de transcripción: activadores, represores & mediador

4. Epigenética (Modificaciones de histonas, metilación del DNA)

5. Regulación postranscripcional de la expresión genética.

Capítulo 4: Regulación de la expresión genética

 LOS FACTORES DE TRANSCRIPCIÓN

• Factores de transcripción generales: TBP, TFIID, TFIIC, etc (CAP. 3)

• Activadores & represores

• Modificadores de la cromatina.
-Complejos de remodelación
-Modificadores de histonas

• DNA metilasas/demetilasas

Capítulo 4: Regulación de la expresión genética

 FACTORES DE TRANSCRIPCIÓN Y SECUENCIAS DE DNA
Los TFs “abren la cromatina” para que se pueda formar el complejo de pre-iniciación
 se una la RNA Pol-II y se inicie la transcripción

Activadores: Aumentan la afinidad de la RPII & TFs generales por el

promotor.

Represores: Bloquean la unión de la RPII & TFs generales al promotor

TFIID
TFIIB
TFs GENERALES TFIIF
TFs ESPECÍFICOS TFIIE
TFIIH

RNA pol II

GGGCGG TGTGGT CACGTG BRE TATA

Exon 1 Exon 2

SECUENCIAS REGULADORTAS -30 +1

PROMOTOR BASAL O CORE PROMOTER

REGIÓN TRANSCRITA
REGIÓN REGULADORA
Capítulo 4: Regulación de la expresión genética
 FACTORES DE TRANSCRIPCIÓN ACTIVADORES. RESUMEN
1. Alrededor de 2000 TFs coficados en el genoma humano
(~7% de genes)
2. Se unen a secuencias del DNA denominadas elementos (de 4-8 bp)
3. Contienen
a) Dominio de unión al DNA.
b) Dominio de transactivación.
c) Habitualmente dominios de dimerización. Sueken actuar
como homodímeros ó heterodímeros
5. Deben se activados por estímulos externos/señales internas.
6. Cada promotor une varios TFs y cada TF se une a múltiples (20-
200) genes.
7. Muy a menudo, se produce COOPERACIÓN entre TFs unidos a
elementos cercanos
8. Su función incluye el reclutamiento de:
a) Mediator
b) TFIID
c) Co-activadores ó co-represores
9. Los remodeladores, co-activadores ó co-represores son
considerados como TFs pero NO se unen específicamente al Cooper and Hausman, The Cell, A Molecular Approach. 5ed.

DNA.
Capítulo 4: Regulación de la expresión genética
 ACCIÓN DE LOS REPRESORES TRANSCRIPCIONALES

Activadores: Aumentan la afinidad de la RPII & TFs

generales por el promotor.

Represores: Bloquean la unión de la RPII & TFs

generales al promotor

Dominios de unión al DNA

Capítulo 4: Regulación de la expresión genética
 EJEMPLOS DE DOMINIOS DE UNIÓN AL DNA

Capítulo 4: Regulación de la expresión genética

 EJEMPLO: C-MYC

MYC
** * NLS *
N I II III B HLH-LZ C
439 aa

NLS

N B HLH-LZ C

MYC 151

MAX MAX

CACGTG
GTGCAC
Capítulo 4: Regulación de la expresión genética
 EJEMPLO: C-MYC

La red Myc-Max y la regulación transcripcional .

- Represión de la transcripción - Activación de la transcripción.

P300/CBP
TRRAP/TIP60
SIN3/HDAC TIP-48/GCN5

Max Mad - Max Myc +

E-BOX E-BOX RNA pol II
CACGTG CACGTG

SIN3/HDAC son deacetilasas P300/CBP acetil transferase

(histonas SIN –CH2-CH3) (histonas CON -CH2-CH3)

MÁS ADELANTE VEMOS LA REGULACIÓN DE LA CROMATINA

Capítulo 4: Regulación de la expresión genética
 EJEMPLO: C-MYC

La red Myc-Max y la regulación transcripcional .

- Represión de la transcripción - Activación de la transcripción.

P300/CBP
TRRAP/TIP60
SIN3/HDAC TIP-48/GCN5

Max Mad - Max Myc +

E-BOX E-BOX RNA pol II
CACGTG CACGTG

SIN3/HDAC son deacetilasas P300/CBP acetil transferase

(histonas SIN –CH2-CH3) (histonas CON -CH2-CH3)

MÁS ADELANTE VEMOS LA REGULACIÓN DE LA CROMATINA

Capítulo 4: Regulación de la expresión genética
 EJEMPLO: C-MYC

La red Myc-Max y la regulación transcripcional .

- Represión de la transcripción - Activación de la transcripción.

P300/CBP
TRRAP/TIP60
SIN3/HDAC TIP-48/GCN5

Max Mad - Max Myc +

E-BOX E-BOX RNA pol II
CACGTG CACGTG

SIN3/HDAC son deacetilasas P300/CBP acetil transferase

(histonas SIN –CH2-CH3) (histonas CON -CH2-CH3)

MÁS ADELANTE VEMOS LA REGULACIÓN DE LA CROMATINA

Capítulo 4: Regulación de la expresión genética
 EJEMPLO: C-MYC
Capítulo 4: Regulación de la expresión genética
La red Myc-Max y la regulación transcripcional .

- Represión de la transcripción - Activación de la transcripción.

P300/CBP
TRRAP/TIP60
SIN3/HDAC TIP-48/GCN5

Max Mad - Max Myc +

E-BOX E-BOX RNA pol II
CACGTG CACGTG

SIN3/HDAC son deacetilasas P300/CBP acetil transferase

(histonas SIN –CH2-CH3) (histonas CON -CH2-CH3)
 FACTORES DE TRANSCRIPCIÓN ACTIVADORES. RESUMEN
1. Alrededor de 2000 TFs coficados en el genoma humano Capítulo 4: Regulación de la expresión genética

(~7% de genes)
2. Se unen a secuencias del DNA denominadas elementos (de 4-8 bp)
3. Contienen
a) Dominio de unión al DNA.
b) Dominio de transactivación.
c) Habitualmente dominios de dimerización. Sueken actuar
como homodímeros ó heterodímeros
5. Deben se activados por estímulos externos/señales internas. : i.e.
Mitogenos & señalización MAPK sobre JUN, FOS, MYC & CycD1
6. Cada promotor une varios TFs y cada TF se une a múltiples (20-200)
genes.
7. Muy a menudo, se produce COOPERACIÓN entre TFs unidos a
elementos cercanos
8. Su función incluye el reclutamiento de:
a) Mediator
b) TFIID
c) Co-activadores ó co-represores
9. Los remodeladores, co-activadores ó co-represores son considerados

como TFs pero NO se unen específicamente al DNA.

 FACTORES DE TRANSCRIPCIÓN ACTIVADORES. RESUMEN
1. Alrededor de 2000 TFs coficados en el genoma humano Capítulo 4: Regulación de la expresión genética

(~7% de genes)
2. Se unen a secuencias del DNA denominadas elementos (de 4-8 bp)
3. Contienen
a) Dominio de unión al DNA.
b) Dominio de transactivación.
c) Habitualmente dominios de dimerización. Sueken actuar
como homodímeros ó heterodímeros
5. Deben se activados por estímulos externos/señales internas.
6. Cada promotor une varios TFs y cada TF se une a múltiples (20-200)
genes. Cooperación
7. Muy a menudo, se produce COOPERACIÓN entre TFs unidos a
elementos cercanos
8. Su función incluye el reclutamiento de:
a) Mediator
b) TFIID
c) Co-activadores ó co-represores
9. Los remodeladores, co-activadores ó co-represores son
considerados como TFs pero NO se unen específicamente al

DNA.
 FACTORES DE TRANSCRIPCIÓN ACTIVADORES. RESUMEN
1. Alrededor de 2000 TFs coficados en el genoma humano Capítulo 4: Regulación de la expresión genética

(~7% de genes)
2. Se unen a secuencias del DNA denominadas elementos (de 4-8 bp)
3. Contienen
a) Dominio de unión al DNA.
b) Dominio de transactivación.
c) Habitualmente dominios de dimerización. Sueken actuar
como homodímeros ó heterodímeros
5. Deben se activados por estímulos externos/señales internas.
6. Cada promotor une varios TFs y cada TF se une a múltiples (20-200)
genes.
7. Muy a menudo, se produce COOPERACIÓN entre TFs unidos a
elementos cercanos
8. Su función incluye el reclutamiento de:
a) Mediator
b) TFIID
c) Co-activadores ó co-represores
9. Los remodeladores, co-activadores ó co-represores son
considerados como TFs pero NO se unen específicamente al

DNA.
 ACTIVITY OF TRANSCRIPTIONAL ACTIVATORS. SUMMARY

8. Su función incluye el reclutamiento de:

a) Mediator
b) TFIID
c) Co-activadores ó co-represores

Alberts et al. Figure 7-44 Molecular Biology of the Cell (© Garland Science 2008)

Capítulo 4: Regulación de la expresión genética

 ACTIVITY OF TRANSCRIPTIONAL ACTIVATORS. SUMMARY

8. Su función incluye el reclutamiento de: Watch: https://www.youtube.com/watch?v=SMtWvDbfHLo

a) Mediator: Se une a la polimerasa y al complejo de pre-iniciación

b) TFIID
c) Co-activadores ó co-represores: Los enhancers liberan el complejo y se inicia la
transcripción,

Alberts et al. Figure 7-44 Molecular Biology of the Cell (© Garland Science 2008)

Capítulo 4: Regulación de la expresión genética

 ACTIVITY OF TRANSCRIPTIONAL ACTIVATORS. SUMMARY

8. Su función incluye el reclutamiento de: Watch: https://www.youtube.com/watch?v=SMtWvDbfHLo

a) Mediator: Se une a la polimerasa para formar el complejo pre-iniciador

b) TFIID
c) Co-activadores ó co-represores: Los enhancers liberan el complejo y se inicia la
transcripción,

• El complejo mediador está formado por

22-28 subunidades

• Une el complejo RPII con los activadores.

Capítulo 4: Regulación de la expresión genética Alberts et al. Figure 7-44 Molecular Biology of the Cell (© Garland Science 2008)
 ACTIVANDO UN GEN

ESTÍMULO
↓
1. Activación y unión de los FT al DNA
DNA demetilasas Enzimas modificadoras
↓ de histonas LO VEMOS AHORA
Complejos de
remodelación dela
cromatina
2. Remodelamiento y apertura de la cromatina
Mediador TFIID, IIB, etc
↓
3. Unión de TFIID y del Mediator CAPÍTULO 3
TFIIE, F, H RNA pol II
↓
↓
4. Recrutamiento de la RPII y ensamblaje del
complejo de pre-iniciación
↓
Fosforilación de CTD
↓
INICIO DE LA TRANSCRIPCIÓN
Capítulo 4: Regulación de la expresión genética
 CAPÍTULO 4: REGULACIÓN DE LA EXPRESIÓN GENÉTICA

CLASE 4.3.

1. Regulación de la expresión genética: Visión general

2. Elementos de regulación en el DNA

3. Factores de transcripción: activadores, represores & mediador

4. Epigenética (Modificaciones de histonas, metilación del DNA)

5. Regulación postranscripcional de la expresión genética.

Capítulo 4: Regulación de la expresión genética

 LOS FACTORES DE TRANSCRIPCIÓN

• Factores de transcripción generales: TBP, TFIID, TFIIC, etc (CAP. 3)

• Activadores & represores

• Modificadores de la cromatina.
-Complejos de remodelación
-Modificadores de histonas

• DNA metilasas/demetilasas

Epigenética = Modifican la cromatina sin alterar la secuencia de bases

del DNA.

Induce cambios en la expresión génica.

Modificaciones heredadas por las células hijas.

Capítulo 4: Regulación de la expresión genética
 FACTORES DE TRANSCRIPCIÓN ACTIVADORES. RESUMEN
1. Alrededor de 2000 TFs coficados en el genoma humano
(~7% de genes)
2. Se unen a secuencias del DNA denominadas elementos (de 4-8 bp)
3. Contienen
a) Dominio de unión al DNA.
b) Dominio de transactivación.
c) Habitualmente dominios de dimerización. Sueken actuar
como homodímeros ó heterodímeros
5. Deben se activados por estímulos externos/señales internas.
6. Cada promotor une varios TFs y cada TF se une a múltiples (20-200) genes.
7. Muy a menudo, se produce COOPERACIÓN entre TFs unidos a elementos
cercanos
8. Su función incluye el reclutamiento de:
a) Mediator
b) TFIID
c) Co-activadores ó co-represores
9. Los remodeladores, co-activadores ó co-represores son considerados

como TFs pero NO se unen específicamente al DNA.

Capítulo 4: Regulación de la expresión genética

 CROMATINA ACTIVA Y TRANSCRIPCIÓN

Eucromatina. Fibras de 30 nM (activas)

“Cromatina activa”

Molecular Biology of the Cell. e5. Garlan Science 2008

Heterocromatina. Muy intensamente

empaquetada, densa e “inactiva”.
LA EXPRESIÓN GÉNICA TIENE LUGAR EN ZONAS DE CROMATINA DESCONDENSADA
Capítulo 4: Regulación de la expresión genética
 HETEROCROMATINIZACIÓN Y EUCROMATINA
Proteínas de heterochromatina
TF unido a insulator
HP1 HP1 HP1
MeC MeC MeC
me me me

H3K9 K9 K9
CTCF
Capítulo 4: Regulación de la expresión genética

ac me ac me

H3/H4 H3K4 H3/H4 H3K4

Ins
Eucromatina
Heterocromatina
Altamente empaquetada Menos empaquetada o condensada
Transcripcionalmente inactiva Ocupa la mayor área del núcleo, pero solo una
Poca acetilación de histonas parte está active en un momento dado = ACTIVE
Alta metilación de Citosinas CHROMATIN
• Constitutiva.
• Facultativa.

Curso de biología celular

LA EXPRESIÓN GÉNICA TIENE LUGAR EN ZONAS DE CROMATINA DESCONDENSADA

 EL “SWITCH” DE LA ACETILACIÓN DE HISTONAS
Ebeharter, EMBO Rep, 3:224, 2002
Capítulo 4: Regulación de la expresión genética

Histone deacetylases Histone acetyl transferases

(HDACs) (HATs)

Histone methyltransferases
(HMTs)

Heterochromatin Protein 1

LA EXPRESIÓN GÉNICA TIENE LUGAR EN ZONAS DE CROMATINA DESCONDENSADA

 EL “SWITCH” DE LA ACETILACIÓN DE HISTONAS
Capítulo 4: Regulación de la expresión genética

LA EXPRESIÓN GÉNICA TIENE LUGAR EN ZONAS DE CROMATINA DESCONDENSADA

 EL “SWITCH” DE LA ACETILACIÓN DE HISTONAS
Las colas de las histonas localizadas en N-terminal se pueden modificar post-
traducción:
• Acetilaciones (Lisina, Lys, K)
• Metilaciones (Arginina, Arg, N)
• Fosforilaciones (Serina y/ó Treonina, Ser ó Thr, S ó T)
• EXPLORA en los datos de esta clase para una 4ª modificación que afecta a las Lys.
H2A x 2
H2B x 2
Histone octamers
Capítulo 4: Regulación de la expresión genética

H3 x 2 N-terminal
H4 x 2 tails

DNA

H1

10 nm

LA EXPRESIÓN GÉNICA TIENE LUGAR EN ZONAS DE CROMATINA DESCONDENSADA

 EL “SWITCH” DE LA ACETILACIÓN DE HISTONAS
Las colas de las histonas localizadas en N-terminal se pueden modificar post-
traducción:
• Acetilaciones (Lisina, Lys, K)
• Metilaciones (Arginina, Arg, N)
• Fosforilaciones (Serina y/ó Treonina, Ser ó Thr, S ó T)
• EXPLORA en los datos de esta clase para una 4ª modificación que afecta a las Lys.

(Dr. Uta Bauer, http://www.imt.uni-marburg.de/bauer/research.html )

Capítulo 4: Regulación de la expresión genética

Cooper and Hausman The Cell, 5 ed. Fig 7.35

LA EXPRESIÓN GÉNICA TIENE LUGAR EN ZONAS DE CROMATINA DESCONDENSADA

 EL “SWITCH” DE LA ACETILACIÓN DE HISTONAS
Capítulo 4: Regulación de la expresión genética

Acetyl Co-A

HAT = Histone Acethyl Transferases

HDAC = Histone Deacethylases

Cooper and Hausman The Cell, 5 ed.Fig 7.34

LA EXPRESIÓN GÉNICA TIENE LUGAR EN ZONAS DE CROMATINA DESCONDENSADA

 EL “SWITCH” DE LA ACETILACIÓN DE HISTONAS

Histone acetyl trasferase Histone deacetylase

Capítulo 4: Regulación de la expresión genética

Cooper and Hausman The Cell, 5 ed. Fig 7.34

Las colas acetiladas de las histonas confieren una condormación de cromatina abierta que es
accessible a los TFs. Disminuyen la carga (+) de las Lysinas y favorecen que el DNA se enrolle menos
Lys(+)  (-)DNA

LA EXPRESIÓN GÉNICA TIENE LUGAR EN ZONAS DE CROMATINA DESCONDENSADA

 EL CÓDIGO DE LAS HISTONAS: FOCO EN LA HISTONA H3
By Yong Zhong Xu, Cynthia Kanagaratham and Danuta Radzioch.Biochemistry, Genetics and Molecular
Biology » "Chromatin Remodelling", book edited by Danuta Radzioch, ISBN 978-953-51-1087-3,
Capítulo 4: Regulación de la expresión genética

LA EXPRESIÓN GÉNICA TIENE LUGAR EN ZONAS DE CROMATINA DESCONDENSADA

 EL CÓDIGO DE LAS HISTONAS: FOCO EN LA HISTONA H3
Capítulo 4: Regulación de la expresión genética

Hongzheng Dai and Zhibin Wang. Env. Epigenetics, 2014

GENE EXPRESIÓN TAKES PLACE IN AREAS OF “DECONDENSED CHROMATIN”

 FACTORES DE REMODELACIÓN DE LA CROMATINA (REM)

•Los REM, Son reclutados por los TFs e

interaccionan con el DNA a través de
marcas epigenéticas como metilaciones y
acetilaciones en las colas de histonas.
•Los REM desplazan los nucleosomas de
forma que permiten la unión de los TFs
generales al complejo de pre-iniciación.

REVERSIBLE
• Algunas subunidades son ATPases:
remodelan DNA mientras consumen ATP.
• Los REM remodelan Nucleosomas en 5’
& 3’ respecto de la posición de la RNA
polimerasa.
• Los REM desplazan nucleosomas a lo
largo del DNA ó los desensamblan.
•Varios complejos conocidos de REM en
células animales.
Ej: SWI/SNF, ISWI.

Cooper and Hausman The Cell Fig. 7.37

Capítulo 4: Regulación de la expresión genética

 FACTORES DE REMODELACIÓN DE LA CROMATINA (REM)

-Desplazan nucleosomas

-Cambian histonas

-Eliminan nucleosomas

-Ensamblan nucleosomas

-Reorganizan nucleosomas
Becker PB et al. Cold Spring Harb Perspect Biol. 2013

Capítulo 4: Regulación de la expresión genética

 CÓMO
SUMMARY
ACTIVAROF
LATRANSCRIPTIONAL
EXPRESIÓN DE UN ACTIVATION
GEN: RESUMEN

ELEMENTO,
Lugar de unión
ACT ACT
de un TF.
1
REM
TFIID
HAT
Capítulo 4: Regulación de la expresión genética

REM
Promotor basal HAT
2 3
ó Acetilación
Nucleosomas
core promoter de histonas

ACT Complejo de pre-

MED
iniciación
MED
Pol II REM Pol II
HAT P
REM TFIID P P
HAT TFIIF
TFIIH
TFIIA
TFIID TFIIE TFIIB
4 5
Histona acetilada

Delgado, MD and León, J Clinical Translational Oncology (2006) 8:780

INICIO DE LA TRANSCRIPCIÓN

ACT = FT activador
REM = Remodelador de la cromatina
HAT = Histone acetyl transferase
MED = Mediador
 DNA METIL-TRANSFERASAS (DNMTs)

CLASE 4.3.
Citosina

• El DNA se puede metilar en las citosinas dispuestas en

dímeros 5’-CG-3’ (= CpG) a través de las DNA metil-
transferasas (DNMTs)
SAM

DNMT • 2 tipos de DNMTs

a) DNMTs que reproducen el patrón de metilación del

DNA después de la replicación (DNMTs de mantenimiento)
b) DNMTs “de novo”

5-metil-citosina
Capítulo 4: Regulación de la expresión genética
 EL PATRÓN DE METILACIÓN SE CONSERVA DEPUÉS DE LA REPLICACIÓN

DNA methyl transferases

Sustrato de una DNMT de mantenimiento

Cooper and Hausman The Cell, 5 e Fig. 7.41

*Metilado en C5

Capítulo 4: Regulación de la expresión genética

 THE METHYLATION PATTERN IS CONSERVED AFTER DNA REPLICATION
ISLAS CpG
THROUGH THE ACTIVITY OF DNMTS

Las secuencias CG aparecen en el genoma de

vertebrados con una frecuencia de 1/5 respecto a si
tuvieran una distribución al azar. La mayoría de las Cs
están metiladas

Las “islas CpG” son regiones en el DNA de 300-3000

bp con 5-veces más CGs (respecto de la frecuencia
esperable) y 60-80% de las mismas NO tienen
Alberts et al. Molecular Biology of the Cell (© Garland Science 2008) metilación en Cs

Capítulo 4: Regulación de la expresión genética

 LAS ISLAS CpG SE CONCENTRAN EN REGIONES REGULADORAS

Capítulo 4: Regulación de la expresión genética

 ISLAS CpG
Alrededor de 20.000 en el genoma humano. 10.000 islas en el ~50% de los genes,
mapeando 0-2 kb en 5’ respecto del TSS

Isla CpG Resto del genoma

1-2 kb
CH3 CH3 CH3

~80% de GCs con C ~80% de GCs con Cm

La metilación de C en las islas CpG provoca el Sin3

silenciamiento de dicho gen a través e : MeC
me
•Bloquear la unión de TFs al DNA
•Promover la nión de proteínas que reclutan HDACs

Metilación+HDAC
http://www.youtube.com/watch?v=29doT6Hf2MI&NR=1&feature=endscreen
Capítulo 4: Regulación de la expresión genética
 EL PATRÓN DE METILACIÓN SE CONSERVA DEPUÉS DE LA REPLICACIÓN
SUMARY: https://www.youtube.com/watch?v=nygyUMODV7Y
Parental chromatin

Los nucleosomas parentales se

distribuyen a las DNAs hijas

Incorporación de nuevos
nucleosomas

Los nucleosomas perentales inducen las

mismas modificaciones a los nuevos
nucleosomas

El estatus de metilación en CpG es

heredado en la nueva cromatina.

Cooper and Hausman The Cell, 5 e Fig. 7.36

Capítulo 4: Regulación de la expresión genética

 EL PATRÓN DE METILACIÓN
PATRONES GLOBALES
SE CONSERVA
DE METILACIÓN
DEPUÉS DE LA REPLICACIÓN
La metilación en CpG afecta:
• Silenciamiento génico  p.e. Durante la diferenciación celular
• Hetero-cromatinización p.e. cromosoma X

X chromosome and histone modified realistic : https://www.youtube.com/watch?v=mHak9EZjySs

Capítulo 4: Regulación de la expresión genética
 CAPÍTULO 4: REGULACIÓN DE LA EXPRESIÓN GENÉTICA

1. Regulación de la expresión genética: Visión general

2. Elementos de regulación en el DNA

3. Factores de transcripción (activadores, represores, mediador

4. Epigenética (Modificaciones de histonas, metilación del DNA)

5. Regulación postranscripcional de la expresión genética.

Capítulo 4: Regulación de la expresión genética

 RESUMEN: TIPOS FUNDAMENTALES DE RNA & RNA-POLIMERASAS

mRNAs Messenger RNAs. Code for proteins RNA pol II

RNA pol I
rRNAs Ribosomal RNAs. Structure of ribosomes RNA pol III
(5sRNA)
Transfer RNAs. Amino acid-mRNA adaptors in the
tRNAs RNA pol III
protein synthesis
Non-coding RNAs

Small RNAs. Several functions, including the RNA pol II

snRNAs
splicing of pre-mRNA. RNA pol III (U6)
RNA pol II
snoRNAs Small nucleolar RNAs. Processing of rRNAs.

RNA pol II
miRNAs MicroRNAs. Gene expression regulation.

Other non- RNA pol II

coding RNAs:
Not well known functions for most of them, but
lncRNA likey involved in regulation of gene expression
scRNAs, RNA pol III
piRNAs (scRNA)

Xist, a lncRNA (long non-coding RNA) involved in X

chromosome inactivation
Capítulo 4: Regulación de la expresión genética
 REGULACIÓN DE LA EXPRESIÓN A CARGO DE LOS miRNAs
• RNA de 20-22 nt de doble cadena
• Unos 1000 genes de miRNAs en el genoma humano
• Sintetizados comoprecursores (pre-miRNAs) por la RNA pol II
• Cada miRNA puede interferir en la expresión de 10-100 genes
• Un gen puede ser silenciado por varios miRNAs (poca especificidad!)
•Los genes humanos regulados por los miRNAs aumenta (hasta ½ de los mRNAs)

69
Capítulo 4: Regulación de la expresión genética
 REGULACIÓN DE LA EXPRESIÓN A CARGO DE LOS miRNAs
Cooper & Hausman The Cell, 5e, 2010 Fig 8.19
• El miRNA maduro es un dúplex de 20-22 nt con
secuencia complementaria al mRNA diana
• Los miRNAs se unen al complejo RISC (4-5 prots.)
• El complejo se une al mRNA diana e induce su
~ 70 nt
degradación (…y previeniendo su traducción)
• Muy utilizado en investigación para silenciar genes
(ojo inespecificidad!).
(RNAse, nucleo)
• Tiene utilidad clínica?: Diagnóstico?, tratamiento?
RISC = RNA-induced
silencing complex
(citoplasma)
(RNAsa+ helicasa, en
citoplasma)

20-22 nt

Una hebra se degrada y la otra

se incorpora al complejo RISC.
70
Capítulo 4: Regulación de la expresión genética
CHAPTER 2: SOCRATIVE QUESTIONS

ROOM NUMBER: VQVDUSXD