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Radicado No.: 202211602345001
Fecha: 22-11-2022
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Bogotá D.C.,
URGENTE
ASUNTO: Radicado 202242302419962

Transcripción y pago de incapacidades
Radicado Ministerio de Trabajo 02EE2021410600000074128
Respetado señor xxxxxx:
Procedente del Ministerio del Trabajo, hemos recibido su comunicación, mediante la cual
manifiesta y solicita “(…) Por favor es para solicitar la orientación para la transcripción de una incapacidad
medica ya que la EPS no lo hace según ellos "por el Decreto 0019 de 2012. Artículo 12, el tramite deberá
ser adelantado, de manera directa, por el empleador ante las entidades promotoras de salud, EPS. En
consecuencia, en ningún caso puede ser trasladado al afiliado el trámite para la obtención de dicho
reconocimiento." Lo anterior fue comunicado a la empresa en la que laboro, dándome como respuesta que
ellos no hacen el tramite ya que manejan más de 40.000 empleados. Solicito muy amablemente su ayuda
ya que no sé a qué ente gubernamental dirigirme”. Al respecto, nos permitimos señalar:
En primer lugar, es preciso indicar que en el marco de las competencias otorgadas a este
Ministerio en el Decreto Ley 4107 de 20111, modificado en algunos apartes por los Decretos 2562
de 20122 y 1432 de 20163, es necesario precisar que esta Dirección tiene la competencia para
emitir conceptos jurídicos de carácter general sobre la aplicación de las normas que rigen el
Sistema General de Seguridad Social en Salud – SGSSS, sin que se nos haya otorgado la facultad
de pronunciarnos frente a casos particulares o respecto al proceder de los empleadores en cuanto
al trámite de pago y transcripción de una incapacidad general y licencias de maternidad o
paternidad.
Dicho lo anterior, en el marco de las disposiciones relativas al Sistema General de Seguridad

Social en Salud - SGSSS y lo regulado a la fecha en materia de incapacidades de origen común,
licencias de maternidad o paternidad en términos generales, se tiene lo siguiente:
1 “Por el cual se determinan los objetivos y la estructura del Ministerio de Salud y Protección Social y se integra en el
Sector Administrativo de Salud y Protección Social”
2 “Por el cual se modifica la estructura del Ministerio de Salud y Protección Social, se crea una Comisión Asesora y se
dictan otras disposiciones”
3 Por el cual se modifica la estructura del Ministerio de Salud y Protección Social”.
Carrera 13 No. 32-76 - Código Postal 110311 - Bogotá D.C

PBX: (57-601) 3305000 - Línea gratuita: 018000-960020 - Fax: (57-601) 3305050 - www.minsalud.gov.co
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La Ley 100 de 1993 en su artículo 2064, establece que para los afiliados al régimen contributivo
del Sistema General de Seguridad Social en Salud –SGSSS-, es decir los cotizantes, el sistema a
través de las Entidades Promotoras de Salud – EPS, les reconocerá la incapacidad por
enfermedad general.
El auxilio por incapacidad se define como el reconocimiento de la prestación de tipo económico y

pago de la misma que hacen las Entidades Promotoras de Salud -EPS-, a sus afiliados cotizantes
no pensionados, por todo el tiempo que estén inhabilitados física o mentalmente para desempeñar
en forma temporal su profesión u oficio habitual.
En este sentido y por regla general del –SGSSS-, la incapacidad será reconocida por la EPS una
vez ésta es expedida por el profesional adscrito o perteneciente a la misma, caso en cual, dicha
entidad deberá reconocer la prestación económica derivada de la incapacidad por enfermedad
general, en la medida en que se haya cotizado en los términos previstos en el Decreto 1427 de
20225 incorporado en el Decreto 780 de 20166,, el cual establece:
“Artículo 2.2.3.3.1 Condiciones para el reconocimiento y pago de incapacidades de origen común.

Para el reconocimiento y pago de incapacidades de origen común, deben acreditarse las siguientes
condiciones al momento del inicio de la incapacidad:
1. Estar afiliado al Sistema General de Seguridad Social en Salud, en calidad de cotizante, incluidos los
pensionados con ingresos adicionales.
2. Haber cotizado efectivamente al Sistema General de Seguridad Social en Salud, como mínimo cuatro
(4) semanas, inmediatamente anteriores al inicio de la incapacidad. El tiempo mínimo de cotización se
verificará a la fecha límite de pago del periodo de cotización en el que inicia la incapacidad.
3. Contar con el certificado de incapacidad de origen común expedido por el médico de la red de la
entidad promotora de salud o entidad adaptada o validado por esta.
No habrá lugar al reconocimiento de la prestación económica derivada de la incapacidad de origen común

cuando esta última se origine en la atención por servicios o tecnologías excluidos de la financiación con
recursos públicos asignados a la salud, según los criterios establecidos en la Ley 1751 de 2015, artículo
15, numerales a, b, c, d, e y f, y las normas que la modifiquen o regulen.
(…)”.
4 Artículo 206.-Incapacidades. Para los afiliados de que trata el literal a) del artículo 157, el régimen contributivo
reconocerá las incapacidades generadas en enfermedad general, de conformidad con las disposiciones legales
vigentes. Para el cubrimiento de estos riesgos las empresas promotoras de salud podrán subcontratar con compañías
aseguradoras. Las incapacidades originadas en enfermedad profesional y accidente de trabajo serán reconocidas por
las entidades promotoras de salud y se financiarán con cargo a los recursos destinados para el pago de dichas
contingencias en el respectivo régimen, de acuerdo con la reglamentación que se expida para el efecto.
5 Por el cual se sustituye el Título 3 de la Parte 2 del Libro 2 del Decreto 780 de 2016, se reglamentan las prestaciones
económicas del Sistema General de Seguridad Social en Salud y se dictan otras disposiciones.
6 Por medio del cual se expide el Decreto Único Reglamentario del Sector Salud y Protección Social

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Ahora, frente al trámite relacionado con la transcripción para el reconocimiento y el pago de la

prestación económica derivada de la incapacidad, éste se debe realizar directamente ante la EPS
a la cual se encuentra afiliado el paciente, conforme lo establecido por el Decreto Ley 019 de 2012
“Por el cual se dictan normas para suprimir o reformar regulaciones, procedimientos y trámites
innecesarios existentes en la Administración Pública”, en cuyo artículo 121 dispone:
“ARTÍCULO 121. TRÁMITE DE RECONOCIMIENTO DE INCAPACIDADES Y LICENCIAS DE

MATERNIDAD Y PATERNIDAD. El trámite para el reconocimiento de incapacidades por enfermedad
general y licencias de maternidad o paternidad a cargo del Sistema General de Seguridad Social en
Salud, deberá ser adelantado, de manera directa, por el empleador ante las entidades promotoras
de salud, EPS. En consecuencia, en ningún caso puede ser trasladado al afiliado el trámite para la
obtención de dicho reconocimiento.
Para efectos laborales, será obligación de los afiliados informar al empleador sobre la expedición de una
incapacidad o licencia.” (Negrillas fuera de texto)
De lo anterior se concluye que, corresponde al empleador adelantar todos los trámites ante las
EPS, por incapacidad de origen común, licencias de maternidad y paternidad, y sustraer al
trabajador de tal obligación.
Por último, debe señalarse que el usuario del SGSSS que tenga derecho a una prestación
económica, y se encuentre inmerso en una controversia por el reconocimiento de una incapacidad,
podrá acudir ante la jurisdicción ordinaria, en virtud de lo dispuesto en el artículo 6227 de la Ley
1564 de 2012 “Por medio del cual se expide el Código General del Proceso”, que conoce en sus
especialidades laboral y de seguridad social, de las controversias relativas a la prestación de los
servicios de la seguridad social que se susciten entre los afiliados, beneficiarios o usuarios, los
empleadores y las entidades administradoras o prestadoras.
Lo anterior, teniendo en cuenta que en la actualidad y por disposición de la Ley 1949 de 20198, la
Superintendencia Nacional de Salud perdió la competencia de conocer y fallar en derecho, sobre
las controversias derivadas del reconocimiento y pago de las prestaciones económicas por parte
de las EPS o del empleador.
7. ARTÍCULO 622. Modifíquese el numeral 4 del artículo 2o del Código Procesal del Trabajo y de la Seguridad Social, el cual quedará
así: (…)“4. Las controversias relativas a la prestación de los servicios de la seguridad social que se susciten entre los afiliados,
beneficiarios o usuarios, los empleadores y las entidades administradoras o prestadoras, salvo los de responsabilidad médica y los
relacionados con contratos”.
8. “Por la cual se adicionan y modifican algunos artículos de las leyes 1122 de 2007 y 1438 de 2011, y se dictan otras disposiciones”.

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Fecha: 22-11-2022
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El presente concepto tiene el efecto determinado en el artículo 28 del Código de Procedimiento

Administrativo y de lo Contencioso Administrativo, sustituido en su Título II, por el artículo 1 de la
Ley 1755 de 20159
Cordialmente,
9 Por medio de la cual se regula el derecho fundamental de petición y se sustituye un título del Código de Procedimiento Administrativo
y de lo Contencioso Administrativo.


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3 Por el cual se modifica la estructura del Ministerio de Salud y Protección Social”.

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El auxilio por incapacidad se define como el reconocimiento de la prestación de tipo económico y

“Artículo 2.2.3.3.1 Condiciones para el reconocimiento y pago de incapacidades de origen común.

No habrá lugar al reconocimiento de la prestación económica derivada de la incapacidad de origen común

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Ahora, frente al trámite relacionado con la transcripción para el reconocimiento y el pago de la

“ARTÍCULO 121. TRÁMITE DE RECONOCIMIENTO DE INCAPACIDADES Y LICENCIAS DE

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El presente concepto tiene el efecto determinado en el artículo 28 del Código de Procedimiento

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