Resumen 74600629

Carlos Fernando Becerril Gutiérrez 74600629
Ingeniería Metabólica
Resumen de clases finales
13/11/2022
 Metabolismo de energía
La glucolisis es una ruta metabólica presente en diversos organismos que
comprende todas aquellas reacciones bioquímicas que dan lugar a que la glucosa
pueda convertirse en piruvato y para esto existen principalmente 3 mecanismos
siendo la ruta Embdem-Meyernof-Parnas, Pentosa fosfato y Entner-Doudoroff;
estas rutas a su vez tienen como entrada común a tres hexosas monofosfatos
inconvertibles siendo estas la glucosa-1-fosfato, la glucosa-6-fosfato y la fructosa-
6-fosfato.
Las reacciones que describen los mecanismos anteriormente mencionados son
las siguientes:
- EMP:
- PF: Su estequimetría depende de la cantidad de carbono que será

recirculado al EMP y su uso como bloque de construcción, presentando dos
funciones:
- ED:
A su vez se podrán encontrar a tres intermediarios para la ruta de EMP (GAP,

3PG y PEP), mientras que para la ruta PF habrán dos (Rib5P y Eri4P) que
funcionarán respectivamente como metabolitos precursores para la síntesis de
aminoácidos y ácidos nucleicos.
Una diferencia importante entre las rutas EMP y PF recae en que el flujo relativo
de estas depende de los requerimientos de energía y el poder reductor en la forma
de NADH o NADPH y los metabolitos precursores; otro de los puntos importantes
es que el punto de control se puede encontrar en la entrada de fosfofructo cinasa
para el caso de la EMP y la G6P deshidrogenasa para la PF.
Los factores NADH y NADPH tienen propósitos distintos ya que el primero es
usado para la producción de energía y el segundo es usado para la biosíntesis de
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bloques de construcción; el poder reductor de estos dos factores serán regulados

de manera independientes pero existe la posibilidad de que las dos coenzimas
puedan ser interconvertidas por medio de la NMN transhidrogenasa.
Posteriormente el piruvato podrá seguir diferentes rutas dependiendo del estado
redox y energético de la células por lo que para el caso de los organismos
aerobios la mayoría entrará en el ciclo del citrato para ser oxidado a CO2 y agua,
sin embargo en condiciones de poco oxígeno o completamente anaerobio el
piruvato entrará en diversas rutas fermentativas tales como la fermentación láctica.
La energética de crecimiento se refiere a la relación existente entre la generación
y consumo de energía libre de Gibbs relacionando principalmente el transporte, las
reacciones de producción de energía, las reacciones de biosíntesis y las
reacciones de polimerización, con esto se puede utilizar una fórmula que relaciona
el coeficiente de producción de masa y una relación lineal entre la producción y
consumo de ATP.
 Procesos de transporte
Existen 3 tipos de transporte transmembranal siendo estos la difusión libre, la
difusión facilitada y el transporte activo, siendo los dos primeros procesos pasivos
ya que no necesitan fuentes adicionales de energía libre; para el caso de
transporte sencillo se puede identificar un modelo sencillo a través de una
membrana que comprende 3 pasos siendo el primero la transferencia de la
sustancia del medio externo a la membrana plasmática, el segundo la difusión del
compuesto a través de la bicapa lipídica y el tercero la transferencia del
compuesto de la bicapa al medio intracelular, siendo los pasos 1 y 3 prácticamente
idénticos debido a las propiedades fisicoquímicas altamente similares del exterior
y el citoplasma. La difusión es descrita por la primera ley de Fick que relaciona el
flujo en una determinada dirección a través de un área transversal y la constante
de difusión, mientras que para condiciones estacionarias se dependerá del grosor
de la membrana y la fase lipídica. Otro cálculo importante es en relación a las
concentraciones en las dos superficies de las membranas, posibles mediante el
cálculo del equilibrio de partición, además uno de los puntos importantes es el
coeficiente de permeación que a su vez es dominado por el coeficiente de
partición debido a la hidrofobicidad de la sustancia en cuestión; mediante la
difusión pasiva se podrá dar el transporte de sustancias tales como gases, ácidos
grasos, algunos alcoholes y ácidos orgánicos en su forma no disociada.
Los ácidos orgánicos verán que su grado de disociación depende de los cambios
del pH y debido a que en diversos organismos se puede encontrar un gradiente de
pH en la membrana plasmática el transporte de este tipo de ácidos resulta en un
ingreso neto de protones al citoplasma; con todo lo anterior se podrán encontrar
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las siguientes condiciones: pH extracelular de 6.5 da lugar a una acumulación

pequeña del ácido, un pH extracelular de 5.0 la acumulación es significativa y que
el ingreso de la forma no disociada será igual al egreso de la forma disociada.
Otro tipo de difusión es la facilitada y que a diferencia de la difusión libre se usarán
acarreadores específicos para las moléculas, teniendo como principal similitud que
las moléculas se transportan según un gradiente de concentración; su modelo
consta principalmente de 4 pasos siendo el primero la unión de un sustrato al
acarreador, el segundo la difusión libre en la membrana al transportar la molécula
a la otra interfase, el tercero la disociación del sustrato del acarreador y finalmente
la difusión de regreso a través de la membrana. Dependiendo del modelo de
transporte se dependerá de una difusión de las moléculas acarreadoras a través
de la membrana mientras que otros describirán proteínas transmembranales y de
igual manera la unión del sustrato al acarreador será una etapa importante.
En comparación a los mecanismo anteriores el transporte activo dependerá
directamente de ir en contra del gradiente de concentración, razón por la que se
necesitará una fuente de energía libre ya sea por ATP, con-transporte o un
sistema de fosfotransferasas.
 Balances y consistencia de datos
Debido a que el análisis cuantitativo del metabolismo requiere datos será
necesario asegurar la calidad de estos como por ejemplo la determinación de
flujos, su distribución y las medidas de control; su calidad podrá ser asegurada
mediante las repeticiones, uso de múltiples sensores, calibraciones cuidadosas y
la redundancia de los datos para aumentar la confidencia de los datos y de igual
manera identificar posibles errores. Con los análisis correctos se logrará que los
datos estén completos y libres de ruido para lo cual son usados principalmente
dos métodos siendo el primero el modelo de caja negra, que principalmente
reduce la bioquímica a una sola reacción (usando un gráfico en el que la caja
negra permite el intercambio de material con el ambiente) y la introducción de
detalles bioquímicos para hacer análisis más finos y reales.
A partir de los modelos generados se podrán hacer los balances correspondientes,
para el caso del modelo de caja negra se constará de M+N+1 variables que
comprenden coeficientes de rendimiento, tasas específicas y que no serán del
todo independientes ya que deben satisfacer diversas limitaciones. Los
respectivos balances elementales podrán escribirse de forma vectorial mediante
una matriz E, donde la primera columna se refiere a la composición de la biomasa,
las columnas 2 a M+1 a los productos metabólicos y las columnas M+2+N+1 a los
sustratos.

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- PF: Su estequimetría depende de la cantidad de carbono que será

A su vez se podrán encontrar a tres intermediarios para la ruta de EMP (GAP,

bloques de construcción; el poder reductor de estos dos factores serán regulados

las siguientes condiciones: pH extracelular de 6.5 da lugar a una acumulación

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