BIOLOGIA MOLECULAR

Carrera Bioquímica y Farmacia

Fc. Cc. Químicas-UCE
Ana Poveda
 Información de contacto:
Ana Poveda Gabaldón
[email protected]
Chat teams

Biología Molecular I. A. Poveda

 FÍSICA VIRTUAL

TÍTULO/AUTOR/AÑO EDITORIAL TÍTULO/AUTOR/AÑO URL/SEGÚN LA NORMA EDITORIAL

BIBLIOGRAFÍA POR
UNIDAD/TEMA/CAPÍTULO Genes IX / B. Lewin / 2008 / https://bvirtual.uce.edu.ec:2
McGrawHill 579/?il=939&pg=1

Karp. Biología celular y

https://bvirtual.uce.edu.ec:2
molecular / Janet Iwasa /
579/?il=9026
2019 / McGrawHill

Complementaria Se definirán artículos

actualizados en cada
Artículos científicos semestre y serán
procedentes de revistas
indexadas.
CALIFICACION:

Nota sobre 20 % de la nota Ponderación

final
Actividad grupal (artículo científico) 6 30% 6 puntos
Actividades individuales: 4 puntos 7 35% 7 puntos
Evaluación parcial (3 puntos)
Evaluación final 7 35% 7 puntos
TOTAL 20 20 puntos
 UNIDAD 1

ESTRUCTURA DEL MATERIAL GENÉTICO

-Definición de la Biología Molecular como ciencia: desarrollo histórico
-Introducción a las fuentes de información
-Composición química de los ácidos nucleicos
-puentes de hidrógeno, fuerzas de Van der Waals
-Bases púricas y pirimidínicas, nucleósidos y nucleótidos
-Bases minoritarias naturales
-Conformaciones del enlace N-glicosídico y del anillo de furanosa
-Análogos de bases y nucleósidos de interés quimioterapéutico.
-Nucleasas
-Clonación

Biología Molecular I. A. Poveda

LECTURAS:
LEWIN TEMA 1 (secciones 1.1. a 1. 6.)
Artículo original de Watson y Crick (1953)
Artículo Ussery (2002)

OPCIONAL:
Historia de la biología molecular. Claros (2003)
Ciencia reciente: inicios del siglo XX

Biología Molecular I. A. Poveda

1. ÉPOCA ROMÁNTICA (1930-1953)
Previa al descubrimiento del ADN como material genético

2. ÉPOCA DOGMÁTICA (1953-1963)

Descubrimiento de la estructura del ADN.
Se elabora el Dogma central de la Biología Molecular.
Auge de las técnicas bioquímicas.
2Se descifra el código genético.

3. ÉPOCA NORMAL O ACADEMICISTA (1963-1973)

4. ÉPOCA CONTEMPORÁNEA (1973-actualidad)

Se desarrolla la ingeniería genética

Biología Molecular I. A. Poveda

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PUBMED: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/

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¿Dónde buscar bibliografía cientifica?

Otros:

PUBMED: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/ biomédica

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Biología Molecular I. A. Poveda

 COMPOSICIÓN QUÍMICA DE LOS ÁCIDOS NUCLEICOS
-puentes de hidrógeno, fuerzas de Van der Waals
-Bases púricas y pirimidínicas, nucleósidos y nucleótidos
-Bases minoritarias naturales
-Tautomería de las bases: importancia biológica
-Propiedades ácido-base de los nucleótidos
-Conformaciones del enlace N-glicosídico y del anillo de furanosa
-Análogos de bases y nucleósidos de interés quimioterapéutico.
-Nucleasas: tipos

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1. Tipos de fuerzas intramoleculares (enlaces químicos)
- Enlace covalente: no metales entre sí y con H.
- Enlace iónico: metales con no metales

2. Tipos de fuerzas intermoleculares

- Fuerzas de Van der Waals: Puentes de hidrógeno
- Hidrofóbicas
- Otras

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1. Tipos de fuerzas intramoleculares (enlaces químicos)

- Enlace covalente: no metales entre sí y con H.

Ocurre cuando dos átomos comparten sus electrones como, por ejemplo, cuando se
unen dos moléculas de hidrógeno (H + H = H2) u otros elementos similares, como
el nitrógeno (N2), oxígeno (O2), cloro (Cl2), etc

- Enlace iónico: metales con no metales

Debido a la fuerza de atracción que se ejerce entre los iones con cargas de signo
contrario (positivas y negativas), se originan enlaces iónicos o electrovalentes, que
dan lugar a la creación de moléculas de elementos químicos compuestos

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2. Tipos de fuerzas intermoleculares

Fuerzas de Keesom Enlace o puente

(dipolo-dipolo) de hidrógeno
Fuerzas de
Fuerzas de Debye
van der Waals
(dipolo-dipolo inducido)

Fuerzas Fuerzas de dispersión London

intermoleculares (dipolo inducido instantáneo-
dipolo inducido)

Hidrofóbicas
Otras

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Biología Molecular I. A. Poveda
Gekos, nature
inspiration
Bases púricas y pirimidínicas, nucleósidos y nucleótidos

BASE AZÚCAR FOSFATO

NUCLEÓTIDO X X X
NUCLEÓSIDO X X -
BASE X - -

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BASES NITROGENADAS
Anillo imidazol

Anillo pirimidínico

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BASES NITROGENADAS

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AZÚCAR

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Biología Molecular I. A. Poveda
Biología Molecular I. A. Poveda
Biología Molecular I. A. Poveda
Formación del enlace fosfodiester:

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El modelo de doble hélice de Watson y Crick: el DNA-B

-Hélice dextrógira
-cadenas antiparalelas
-Twist:34° (cada pb con respecto al
siguiente). En realidad 34,6 °
-azúcar: -anti
-endo
-gauche-gauche
-10pb/vuelta de hélice (en
realidad 10,4 pb/vuelta)
-formas tautoméricas: ceto y
amino
-pares de bases: AT y GC.

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ESTRUCTURA DEL ADN-WATSON Y CRICK
 https://youtu.be/tgUP9J9_JXs

https://www.madrimasd.org/blogs/biocienciat
ecnologia/2010/10/02/131652
El modelo de doble hélice de Watson y Crick: el DNA-B

C.G

Distancia CG y AT
(N9-N1) es de 10,85A

10,85A
A.T

10,85A

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El modelo de doble hélice de Watson y Crick: el DNA-B

10,85 Ă

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El modelo de doble hélice de Watson y Crick: el DNA-B

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Fuerzas que estabilizan la estructura de la doble hélice

1- apareamientos entre bases

2-apilamiento de bases
3- solvatación de grupos polares
4- enlaces iónicos entre los fosfatos del esqueleto del DNA y cationes que hay fuera
de la hélice

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Fuerzas que estabilizan la estructura de la doble hélice

1- apareamientos entre bases

W-C
W-C (reverse)
H y H reverse

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Fuerzas que estabilizan la estructura de la doble hélice

2-apilamiento de bases: Fuerzas de Van der Waals

-el apilamiento es más perfecto cuando el eje de la doble hélice

pase por el centro de los pb (DNA-B)
-los apilamientos son aditivos: cuanto más largo es el DNA, más
estable es
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Fuerzas que estabilizan la estructura de la doble hélice

3- solvatación de grupos polares: es la interacción de moléculas de H2O con los grupos

más polares del DNA. Los grupos más polares son los siguientes, y en este orden.

a. los dos átomos de O2 del fosfato

b. los otros dos átomos de O2 del grupo fosfodiéster
c. el átomo de O2 del azúcar
d. el átomo de N (amino) y el O2 de las bases nitrogenadas.

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Fuerzas que estabilizan la estructura de la doble hélice

4- enlaces iónicos entre los fosfatos del esqueleto del DNA y cationes que hay fuera de
la hélice

Las cargas negativas de los fosfatos se repelen entre sí, deben estabilizarse:

-Procariotas: espermina, espermidina, protaminas

-Eucariotas: histonas
-Cationes: Mg(2+)

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Fuerzas que estabilizan la estructura de la doble hélice

Biología Molecular I. A. Poveda

Otros modelos de doble hélice

DNA-B (Watson y Crick):

-N-glicosídico anti
-azúcar C2’ endo
-C4-C5 furanosa Gauche,Gauche

Con las mismas conformaciones, se obtienen otras estructuras de hélice de

DNA con diferente % de humedad relativa:

-DNA-B 92% humedad relativa, dextrógira

-DNA-C 66% humedad relativa , dextrógira
-DNA-A 75% humedad relativa , dextrógira
-DNA-Z levógira

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Otros modelos de doble hélice

DNA-C 66% humedad relativa , dextrógira


-Twist: 38,7° (cada pb con
respecto al siguiente)
-9,3 pb/vuelta de hélice
-altura (h): 3,32 Ă
-  82°

Eje hélice
DNA-C

El DNA-C se encuentra en la naturaleza en condiciones particulares con altos

niveles de deshidratación: semillas, esporas…

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Otros modelos de doble hélice

DNA-A y RNA
Azúcar C3´-endo

*El RNA adopta estructura tipo A

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Otros modelos de doble hélice

DNA-A DNA-B DNA-Z

Sentido de giro de la Dextrógiro Dextrógiro Levógiro
hélice
pb/vuelta 11 10,4 12
Distancia entre pares 0,23 nm 0,34 nm 0,53 nm (GC)
de bases (h)
0,41 nm (GC)
Paso de hélice o 2,53 nm 3,54 nm 4,56 nm
vuelta completa
Rotación por residuo 32,7° 34,6° - 30°
(twist)
Inclinación de los pb 19° 1,2° 9°
()
Plegamiento del C3´endo C2´endo C3´endo (pur)
azúcar
C2´endo (pir)
Conformación enlace Anti Anti Anti (pir)
N-glicosidico
Syn (pur)

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Otros modelos de doble hélice: surcos mayor y menor

DNA- B DNA- A

menor

Mayor Mayor

menor

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Otros modelos de doble hélice

H
O

ESTRUCTURA DEL RNA: tipo DNA-A

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Difracción de rayos X de oligonucleótidos sintéticos

DNA-A

DNA-B

DNA-Z

dcRNA-A

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Microheterogeneidad de la estructura secundaria: predicciones

DNA-B DNA-A DNA-Z

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 TRANSCRIPCIÓN

ESTRUCTURA DEL RNA

-Características diferenciales con la estructura del DNA
-Tipos de RNA: estructura
-Pseudo nudos
-Estructura tridimensional del tRNA
-Apareamientos codón-anticodón
Otros RNA naturales: sn y hnRNA

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ESTRUCTURA 3D DEL RNA
Características diferenciales con la estructura del DNA

-El RNA puede adoptar estructura primaria, secundaria y globular.

-Tiene funciones: informativas y funcionales (~enzimas)

Características diferenciales con la estructura del DNA

1.Sustitución de la T por U
2.Azúcar:
- DNA: 2’ desoxiribosa
- RNA: ribosa. El 2’-OH confiere mayor reactividad al RNA haciéndolo mas inestable:
- el RNA es álcali-inestable
- si existen 2’ -OH, pueden existir enlaces 3’-5’ y 2’-5’
- desestabiliza la estructura DNA-B e induce la estructura DNA-A (o RNA-A d

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Características diferenciales con la estructura del DNA

Características diferenciales con la estructura del DNA

1.Sustitución de la T por U

Biología Molecular I. A. Poveda

Características diferenciales con la estructura del DNA

Características diferenciales con la estructura del DNA

1.Sustitución de la T por U

Biología Molecular I. A. Poveda

Características diferenciales con la estructura del DNA

Características diferenciales con la estructura del DNA

2. Azúcar:
- DNA: 2’ desoxiribosa

- RNA: ribosa.
El 2’-OH confiere mayor reactividad al RNA haciéndolo mas inestable: el RNA es álcali-inestable

- si existen 2’ -OH, pueden existir enlaces 3’-5’ y 2’-5’

desestabiliza la estructura DNA-B e induce la estructura DNA-A (o RNA-A dc)

Biología Molecular I. A. Poveda

Características diferenciales con la estructura del DNA

Características diferenciales con la estructura del DNA

2. Azúcar:
- RNA: ribosa. El 2’-OH confiere mayor reactividad al RNA haciéndolo mas inestable:
el RNA es álcali-inestable

2´monofosfato
+
3´monofosfato
2´,3´monofosfato cíclico

Biología Molecular I. A. Poveda

Características diferenciales con la estructura del DNA

Características diferenciales con la estructura del DNA

2. Azúcar:
- RNA: ribosa. El 2’-OH confiere mayor reactividad al RNA haciéndolo mas inestable:
- el RNA es álcali-inestable
- si existen 2’ -OH, pueden existir enlaces 3’-5’ y 2’-5’: Splicing

www.botanica.cnba.uba.ar

Biología Molecular I. A. Poveda

Características diferenciales con la estructura del DNA

Características diferenciales con la estructura del DNA

2. Azúcar:
- RNA: ribosa. El 2’-OH confiere mayor reactividad al RNA haciéndolo mas inestable:
- el RNA es álcali-inestable
- si existen 2’ -OH, pueden existir enlaces 3’-5’ y 2’-5’: Splicing

Fte: www.els.net Fte: wiki.cstl.semo.edu

Biología Molecular I. A. Poveda

Características diferenciales con la estructura del DNA

Características diferenciales con la estructura del DNA

2. Azúcar:
- RNA: ribosa. El 2’-OH confiere mayor reactividad al RNA haciéndolo mas inestable:
- el RNA es álcali-inestable
- si existen 2’ -OH, pueden existir enlaces 3’-5’ y 2’-5’: Splicing

2009, Scott K. Silverman, Dana A. Baum

Biología Molecular I. A. Poveda

Características diferenciales con la estructura del DNA

Características diferenciales con la estructura del DNA

2. Azúcar:
- RNA: ribosa. El 2’-OH confiere mayor reactividad al RNA haciéndolo mas inestable:
- el RNA es álcali-inestable
- si existen 2’ -OH, pueden existir enlaces 3’-5’ y 2’-5’: Splicing
- desestabiliza la estructura DNA-B e induce la estructura DNA-A (o RNA-A d

Estructura A
DNA-A DNA-B DNA-Z C3´endo
Anti
11pb/vuelta hélice
33º twist

Biología Molecular I. A. Poveda

Pseudo nudos (pseudoknots)

https://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0000905 Biología Molecular I. A. Poveda

https://journals.plos.org/plosbiology/article/figure?id=10.13
71/journal.pbio.0030213.g001
http://2015.igem.org/Team:BABS_UNSW_Australia/pseudoknots
Tipos de RNA: estructura

PROCARIOT EUCARIOTAS
AS tRNA 15%
tRNA 15% rRNA 80%
rRNA 80% mRNA 4-5%
mRNA 4-5% snRNA (small nuclear) 1%
sgRNA CRISPR hnRNA (heterogéneo nuclear)
scRNA (small citoplasmático)

snRNA son pequeños, no codificantes, estables, de 60 a 450 nucleótidos de largo y presentes en el núcleo de las células
eucariotas. Están asociados con proteínas específicas con las que forman complejos llamados ribonucleoproteínas
nucleares pequeñas. Ej: snRNA del splicaosoma : U1, U2, U4, U5 et U6
hnRNA: mRNA inmaduro, también conocido como pre-mRNA
scRNA: es una pequeña molécula o complejo de ARN (típicamente menos de aproximadamente 100 nt) diseñado para
interactuar y cambiar condicionalmente la transducción de señales in vitro, in situ o in vivo.

Otros (no eucariotas):

sgRNA: RNA guía que señaliza el punto de corte para las enconucleasas tipo Cas.

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Tipos de RNA:

tRNA: estructura secundaria

-70-90 nucleótidos

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Tipos de RNA:

tRNA: bases modificadas

Queuosina Ribotimidina Timidina

Metilación del OH-2´de la ribosa

http://mcmanuslab.ucsf.edu/node/273
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Tipos de RNA:

tRNA: estructura 3°

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Tipos de RNA:

tRNA: estructura 3°

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Tipos de RNA:

tRNA: estructura 3°
-también es universal

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Tipos de RNA:

tRNA: código
Codones relacionados representan aminoácidos químicamente relacionados,
lo que minimiza efectos de mutación (degeneración de la tercera base).
Diferentes taxones tienen diferentes preferencias en el uso de codones.

64 tripletes distintos (43=64)

Si fueran códigos de 2 letras → 42=16, no habría suficientes combinaciones

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Tipos de RNA:

rRNA
RNA 16S de procariotas (estructura bidimensional) ~ 70% de la subunidad pequeña

PROCARIOTA EUCARIOTAS
S
SUBUNIDAD 16S 18S
PEQUEÑA
SUBUNIDAD 23S 28S
GRANDE 5S 5S
5,8S

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Tipos de RNA:

mRNA En procariotas y virus

-Es el transcrito primario. Apenas tienen estructura secundaria ni terciaria.
-Contienen la secuencia Shine-Dalgarno, complementaria al rRNA 16S
-vida media muy corta (del orden de minutos)
hnRNA Es el pre-mRNA de eucariotas o precursor del mRNA inmaduro
-sufre procesos de splicing o maduración (se eliminan los intrones)
-se añade la caperuza al extremo 5’ (CAP)
-se añade una cola poli-A en el extremo 3’

https://oncohemakey.com/messenger-rna-processing/
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CRISPR MONTOLIU
PFIZER MONTOLIU
 EMPAQUETAMIENTO DEL DNA EN EUCARIOTAS: CROMATINA
-Estructura primaria y secundaria de las histonas
-Otras proteínas cromosomales
-Asociación de las histonas con el DNA: el nucleosoma, estructura tridimensional
-Modelos de conformación del DNA sobre el octámero de histonas
-Niveles de organización superior de la fibra cromatínica
-Epigenética

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Composición de la cromatina (peso relativo):

-DNA 1
-proteínas histonas 0,98
-proteínas no histonas 0,58
naciente
-RNA 0,6
estructural

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Niveles de organización superior de la cromatina

Núcleo: 1-10 µm
ADN: 2 m

Unidad fundamental Composición Unidad fundamental

ADN BASES NITROGENADAS

CROMOSOMAS CROMATINA NUCLEOSOMAS

Otras… fibra fibra

30nm 10nm HISTONAS AMINOACIDOS

Ana Poveda PUCE

Biología 21/02/2011
Molecular I. A. Poveda
Niveles de organización superior de la cromatina
Estructura primaria y secundaria de las histonas

-ubicuas
-pequeño peso molecular
-carácter básico (ricas en aminoácidos básicos, que le confieren carga positiva)
-presente en todos los eucariotas (excepto en dinoflagelados)
-se asocian al DNA en todas las células somáticas (en células germinales son sustituidas
por protaminas)

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Estructura primaria y secundaria de las histonas

H4 y H2B: tienen las cargas positivas fundamentalmente en la región Nt.

H3 y H2A: poseen dos colas desestructuradas, una en Ct y otra en Nt, con acumulación
de cargas positivas

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Estructura primaria y secundaria de las histonas

Evolutionary rates (amino acid change/100 sites) of

mammalian P1 protamines (Retief et al. 1993b)
compared with histones (Isenberg 1978) and other
proteins. Protamine (human/ mouse) and
(human/primate) indicate the rate of protamine P1
change between human and mouse and human and
other primates, respectively.

https://www.researchgate.net/publication/10762346_A_walk_though_vertebrate_and_invertebrate_protamines/figures?lo=1
Estructura primaria y secundaria de las histonas

2X(H2A-H2B) y 1X(H3-H4)2: core de nucleosoma

Sufren modificaciones post-traduccionales, de carácter reversible.

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Estructura primaria y secundaria de las histonas

2X(H2A-H2B) y 1X(H3-H4)2: core de nucleosoma

Sufren modificaciones post-traduccionales, de carácter reversible.

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Estructura primaria y secundaria de las histonas

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Estructura primaria y secundaria de las histonas
Nucleosomas

•147 pb ~ 1.75 vueltas

•Un tetrámero (H3-H4)2
•Dos dímeros (H2A-H2B)

H2A 14.28 kDa

H2B 14.24 kDa
H3 15.37 kDa
H4 11.37 kDa.

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 Histonas
Estructura primaria y secundaria de las histonas
Nucleosomas

N
Histone
fold

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 Histonas
Estructura primaria y secundaria de las histonas
Nucleosomas
Carácter básico y evolutivamente conservadas

Dominio
globular Ct Histone fold

Dominio Nt
no estructurado

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Estructura primaria y secundaria de las histonas
Nucleosomas

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Niveles de organización superior de la fibra cromatínica

Nucleosomas

CROMATINA

Otras… fibra fibra

30nm 10nm

Fibra de 11 nm Fibra de 30 nm Cromosoma

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Niveles de organización superior de la fibra cromatínica
Nucleosomas

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Niveles de organización superior de la fibra cromatínica
Nucleosomas

La cromatina es una estructura dinámica

La cromatina es una estructura altamente regulada

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Nucleosomas

Procesos regulados por la cromatina:

-Replicación
-Transcripción
-Reparación

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Mecanismos que regulan la actividad de la cromatina: EPIGENETICA
Nucleosomas

Modificaciones postraduccionales
de histonas

Metilación del DNA

Complejos remodeladores de
la cromatina

Variantes de histonas

ARN no codificante

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 Epigenética

Epi: en, sobre (griego)

Es la regulación de la expresión génica sin cambio en la secuencia de nucleótidos.

Los cambios epigenéticos son cambios reversibles que hace que los genes se expresen o no
dependiendo de condiciones exteriores

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Papel del medio ambiente:

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Mecanismos que regulan la actividad de la cromatina:

Modificaciones postraduccionales
de histonas

Metilación del DNA

Complejos remodeladores de
la cromatina

Variantes de histonas

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1. Modificaciones postraduccionales de histonas

-Fosforilación
-Metilación
-Ubiquitinación
-SUMOilación
-Acetilación

Upstate
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Estructura primaria y secundaria de las histonas

Metilación
No altera la carga neta

Las HMT catalizan la metilación

de lisinas y de argininas

El grupo metilo procede del S-

adenosil-L-metionina (SAM)

Existen Lisinas-desmetilasas y
argininas-desiminasas

Regulación transcripcional y
formación de heterocromatina

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Estructura primaria y secundaria de las histonas

Fosforilación
La cuatro histonas internas y H1 son susceptibles de fosforilación en residuos de serina y treonina
Condensación de cromosomas en mitosis y meiosis, reparación del DNA (gH2A), regulación de la
transcripción y apoptosis.

Implica adquisición de carga neta negativa

Fosforilación catalizada por kinasas. Defosforilación catalizada por fosfatasas. Reversible.

Estructura primaria y secundaria de las histonas

Fosforilación
Estructura primaria y secundaria de las histonas

Acetilación

Afecta a residuos de Lisina. Se transfiere un grupo acetilo procedente del acetil-coenzima A.

La lisina acetilada pierde su carga positiva

Acetilación catalizada por Histona-acetiltransferasas (HAT). Desacetilación catalizada por

Histonas-desacetilasas (HDA)

Transcripción, Recombinación, Ensamblaje nucleosomas, Reparación del ADN, ciclo celular,

apoptosis… otros

Biología Molecular I. A. Poveda

Estructura primaria y secundaria de las histonas

Acetilación

Los HATs pueden ser de dos tipos:

A: acetilan histonas ensambladas en nucleosomas. Localización nuclear.

B: acetilan histonas libres no ensambladas en nucleosomas. Localización citoplasmática.

Biología Molecular I. A. Poveda

Estructura primaria y secundaria de las histonas

Ubiquitinación
poli-Ub degradación
Conjugación covalente de ubiquitina
(proteína de 76 aa; 9 kDa) a un residuo
mono-ub regulación transcripcional
de lisina

Sumoilación
Conjugación covalente de la proteína
SUMO (small ubiquitin related modifier), represión transcripcional
de 11 kDa.

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 Nomenclatura de las modificaciones de histonas

Grupo Aminoácido Nivel de Abreviación de Ejemplos

modificador modificado modificación la modificación
Acetil- Lisina mono- ac H3K9ac
Metil- Arginina mono- me1 H3R17me1
Arginina di-, simétrico me2s H3R2me2s
Arginina di-, asimétrico me2a H3R17me2a
Lisina mono- me1 H3K4me1
Lisina di- me2 H3K4me2
Lisina tri- me3 H3K4me3
Fosforil- Serina o mono- ph H3S10ph
treonina
Ubiquitil- Lisina mono- ub1 H2BK123ub1
Lisina poli- ubn H2BK123ubn
SUMOil- Lisina mono- su H4K5su
ADP ribosil- Glutamato mono- ar1 H2BE2ar1
Glutamato poli- arn H2BE2arn

Turner, B. M. (2005)
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Molecular I. A. Poveda
 Código de histonas

Bromodominio: reconoce acetil-lisinas

Cromodominio: reconoce metil-lisinas
Dominio SANT: reconoce histonas no modificadas

Enzimas que “escriben” el código

Enzimas que interpretan el código

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Biología 21/02/2011
Molecular I. A. Poveda
Mecanismos que regulan la actividad de la cromatina:

Modificaciones postraduccionales
de histonas

Metilación del DNA

Complejos remodeladores de
la cromatina

Variantes de histonas

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2. Metilación del ADN

•Es una modificación del ADN, en la que un grupo metilo es transferido desde S-
adenosilmetionina a una posición C-5 de una citosina. El enzima que realiza la reacción es la
DNA-5 metiltrasferasa.

DMT

DMT: DNA 5 methyltransferase

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La metilación del ADN ocurre, casi exclusivamente, en dinucleótidos CpG.
Familia DNMT1: metilan DNA sintetizado de novo. Responsables de mantener la
información de generación en generación.

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CpG metiladas pueden ser reconocidas por histona-desacetilasas, que desacetilan la
cromatina adyacente provocando el silenciamiento o represión de los genes.
Regulado por la familia DNMT3.

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Resultado:
• Estados transcripcionales pueden pasar de generación en generación.

•Esta forma de herencia, conocida como “herencia epigenética”, puede ser tan
importante como la herencia normal en la determinación del fenotipo.

Laboratorios de epigenética:

Manel Esteller (Barcelona) IDIBELL

Juan Sandoval (Valencia) HOSPITAL LA FE

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Mecanismos que regulan la actividad de la cromatina:

Modificaciones postraduccionales
de histonas

Metilación del DNA

Complejos remodeladores de
la cromatina

Variantes de histonas

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3. Complejos remodeladores de cromatina

Utilizan ATP para alterar las interacciones DNA-histonas

Facilitan procesos: replicación, transcripción o reparación

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 3. Complejos remodeladores de cromatina

Cuatro familias, clasificadas en función de la subunidad ATPasa

Bromodominios
Cromodominios

Dominios SANT Actividad helicasa

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Mecanismos que regulan la actividad de la cromatina:

Modificaciones postraduccionales
de histonas

Metilación del DNA

Complejos remodeladores de
la cromatina

Variantes de histonas

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4. Variantes de histonas

Histonas canónicas (H1, H2A, H2B, H3 y H4): se expresan en fase S

Variantes histonas: se expresan durante todo el ciclo celular

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4. Variantes de histonas

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4. Variantes de histonas

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CenH3

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 CenH3

La deposición de CenH3 tiene

lugar durante la fase G2 y es
independiente de la replicación
del DNA

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 Cromosoma X activo/inactivo

Hembras de mamífero poseen

una copia del cromosoma X
activo (H2A-Bdb) y otra inactivo
(MacroH2A)

MacroH2A H2A-Bdb
inactivo activo

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Nucleasas

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Nucleasas y enzimas de restricción

FOSFATASA (mono-di-tri-) fosfomonoéster

NUCLEASA Fosfodiéster

Endonucleasa
Exonucleasa

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Nucleasas y enzimas de restricción

Especificidad:

-DNA (DNasas)

-RNA (RNasas)

-DNA/RNA (RNAsa H)

-Enzimas Restricción:
Tipo I: sitio de reconocimiento a 10000pb del sitio de corte.
Tipo II: el sitio de reconocimiento y el de corte es el mismo. Sitio de reconocimiento inversamente
palindrómico.
Tipo III: sitio de reconocimiento a 20-30pb del sitio de corte

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Nucleasas y enzimas de restricción

EXTREMOS ROMOS

EXTREMOS COHESIVOS

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Nucleasas

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Clonación

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Clonación

Sustrato X-gal

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Nucleasas

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Nucleasas

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Nucleasas

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Secuenciación

1. Maxam-Gilbert (1977)
- Toxico
- precisa de altos niveles de radiactividad
- precisa de altas cantidades de DNA

2. Sanger y Coulson (1979): Terminación de la cadena

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SECUENCIACIÓN MAXAM Y GILBERT
SECUENCIACIÓN SANGER
Secuenciación

Método radiactivo

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Secuenciación

Método fluorescente

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Secuenciación

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Secuenciación

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Diseño de oligonucleótidos

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Diseño de oligonucleótidos