Biología General EncuentroFinal Paola Ramírez

BIOLOGÍA GENERAL 2021
Docente: Isabel Cristina Castellanos Taller - Encuentro Final
CRONOGRAMA DE ACTIVIDADES
HORA ACTIVIDAD ESTRATEGIAS DE APRENDIZAJE
8am Bienvenida Cada participante realiza la práctica de

manera remota
8:30am Introducción DNA – Genes y Genomas Cada participante realiza de manera
Bases de datos – DNA, formato de archivo individual el taller al tiempo se desarrolla
FASTA. cada temática.
Practica No 2. Genoma COVID 19 - Plantas Apoyo por parte de docentes
transgénicas
10am Break
10:30am Introducción Proteínas y Estructura Apoyo por parte de docentes

tridimensional Cada participante realiza de manera
Bases de datos – Proteínas, formato de archivos individual el taller al tiempo se desarrolla
PDB cada temática.
Practica No 3. Albinismo en Gorilas, calculo
computacional de estructuras tridimensionales.
12:30pm Finalización Trabajo autónomo para terminar taller.
TOPICOS EN BIOINFORMATICA
Nombre del estudiante: Yerly Paola Ramirez Zapata
Pre grado: Ingeniería industrial
ADN - RNA
1. Ingrese a la base de datos de NCBI y localice en la base datos GENOME el genoma del retrovirus
COVID 19. Revise la información general del mismo y complete la siguiente tabla:
Nombre completo del “organismo” Coronavirus del síndrome respiratorio agudo severo 2[1]
Número de nucleótidos (bases) 29.9 (Kb)
% GC (porcentaje Guanina –
Citocina) 38.0
Número de genes 11
Fecha de publicación 18 de julio 2020
BIOLOGÍA GENERAL – ENCUENTRO FINAL - VIRTUAL

Isabel Cristina Castellanos [email protected]
2. Ingrese a la base de datos de NCBI y localice en la base datos GENE el gen con ID AT3G52905.
Revise la información general del mismo y complete la siguiente tabla:
tamaño, organismo, posición en el genoma, posible función en la célula de la proteína que
codifica, los codones de inicio y terminación del gen, el número de intrones y gráficamente su
posición en el gen.
Propiedad Descripción
Tamaño del gen (nt) 1.748 nt
Organismo al cual pertenece Arabidopsis thaliana (ecotipo: Columbia)
Hebra codificante Antisentido 3´ - 5´
Posición en el genoma Cromosoma: 3; NC_003074.8
(19614007..19615754, complemento)
Número de Exones 7
Función de la proteína que codifica y ubicación dentro FUNCIONES EN: actividad hidrolasa,
de la célula (Núcleo, citoplasma, membrana celular) actuando sobre enlaces éster, unión a ácidos
nucleicos; INVOLUCRADO EN: Reparación
del ADN, respuesta al estímulo de daño del
ADN, nucleobase, nucleósido, proceso
metabólico de nucleótidos y ácidos nucleicos,
recombinación del ADN; SITUADO EN:
citoplasma
Número de acceso a la base de datos del mRNA y de la NM_001084805.3 → NP_001078274.1
proteína del gen.
3. La predicción computacional del número de intrones para el gen con ID AT3G52905 del punto 1
será realizada con el paquete de software dotmatcher. El procedimiento general que seguiremos
en la práctica se muestra en el siguiente diagrama.
✓ Obtenga la secuencia de nucleótidos del gen y del mRNA en formato FASTA.

✓ Abra el software Dotmatcher disponible on line.
✓ En la primera casilla pegue la secuencia del mRNA, en la segunda casilla pegue la secuencia
del gen.
✓ Ajuste los siguientes parámetros para mejorar el cálculo:
✓ Pegue aquí una captura de pantalla del resultado.

✓ Un dotplot es una representación gráfica de las regiones de similaridad que presentan dos
secuencias y que se visualizan como líneas diagonales. Para este ejercicio las zonas en común
entre el mRNA y el gen corresponden a los exones. Recuerde que los intrones en el proceso de
splicing son removidos para dejar únicamente los exones. ¿Cuántos exones y cuantos intrones
contiene el gen de acuerdo al Dotplot? ¿Concuerda con el reporte del gen en la base de datos del
ncbi? 6 Intrones y 7 Exones, si concuerda el resultado es el mismo.
4. Realizar la traducción del gen a proteína en los 6 marcos de lectura usando el software
TRANSLATE en el siguiente vinculo: https://web.expasy.org/cgi-bin/translate/dna_aa. Pegue
una captura de pantalla del resultado obtenido.

✓ Identifique el marco de lectura que con mayor probabilidad la célula traducirá a proteína,
exponga las razones por las cuales realizó su elección
Es la traducción más larga la cual no cuenta con codos intermedios
✓ ¿Cuántos aminoácidos tendrá la proteína que traduce el gen?
170 aminoácidos
5. A continuación, consultará el genoma humano, para ello acceda a la base de datos de genomas
con la entrada Homo sapiens. Tome una captura de pantalla.

• Tome una captura de pantalla para mostrar gráficamente el tamaño y número de cromosomas.
• En esta entrada consulte la siguiente información: en general cual es el rango de % de

abundancia de los nucleótidos GC. En una nueva ventana localice el genoma de E coli;
determine el rango de % GC ¿cuál es la diferencia? ¿Por qué?
Homo sapiens: GC%: 40.4
E coli: GC%: 50.6
Es diferente porque está relacionada con la información que guarda la célula, es como una
huella digital. Representa la cantidad de pares Guanina-Citosina en la molécula de ADN o
genoma.

• ¿El genoma de E coli contiene cromosomas? Explique su respuesta.
Como es una bacteria solo contiene 1 cromosoma circular
PROTEÍNA – ESTRUCTURA 3D
Copito de Nieve fue capturado en el año 1966 en Guinea Ecuatorial cuando

tan sólo era un pequeño gorila de aproximadamente unos 2 años de edad.
Su pelo era blanco; su piel, rosada y sin pecas, y tenía los ojos azules.
Cuando llegó al Zoo de Barcelona se le realizó un examen dermatológico y
biopsias de su piel, a partir de las que se determinó que presentaba las
características propias del albinismo oculocutáneo de tipo IA (OCA1A).
1. Consulte en la base de datos de las enfermedades genéticas (OMIM) en
el ncbi la descripción de la enfermedad (albinism OCA1A en inglés).
Registre la descripción.
El albinismo oculocutáneo es un trastorno congénito
genéticamente heterogéneo caracterizado por una pigmentación
disminuida o ausente en el cabello, la piel y los ojos. El término
"albinismo" incluye cambios oculares específicos que son el resultado de cantidades
reducidas de melanina en el ojo en desarrollo; estas anomalías en el ojo y el sistema óptico
son específicas y necesarias para el diagnóstico. Además de la disminución del pigmento en
el iris y la retina, los cambios ópticos incluyen disminución de la agudeza visual, desvío de
los nervios ópticos en el quiasma y nistagmo(King et al., 2001).
Aunque la OCA causada por mutaciones en el gen TYR se conocía clásicamente como
OCA "tirosinasa negativa", Tripathi et al. (1992) señalaron que algunos pacientes con OCA
"tirosinasa positiva" pueden tener mutaciones TYR que resultan en actividad enzimática
residual. Estos pacientes se pueden clasificar como OCA1B.
2. En el genoma de copito de nieve el gen que registró la mutación asociada a su fenotipo de el gen
con ID 101148846 en la base de datos del ncbi.
A continuación, por favor registre las siguientes características del gen extrayendo la información de
la base de datos del ncbi.
Nombre del Gen TYR - gen de la tirosinasa

Cromosoma en el que se ubica Un
Tamaño del gen (en nucleótidos) 118.838 nt
Hebra codificante Sentido
Número de exones 5
Número de acceso de la Proteína (XP..) XP_030862103.1

3. Abra en una ventana la página de UniprotKB. Y usando el número de acceso de la proteína busque
en esta base de datos la proteína que es codificada por este gen.
Nombre de la proteína Tirosinasa

Tamaño de la Proteína (en aminoácidos) 529
¿Existe reporte de estructura terciaria? No
¿La Proteína posee péptido señal? Si. 1-18
4. Consulte en la base de datos de PDB la estructura 3D de la Tyrosinase humana.
• Tome una captura de pantalla de la estructura y del formato PDB

• ¿Cuál es la estructura secundaria predominante en esta proteína?
La estructura predomínate es la Alfa hélice
5. Predicción estructura terciaria. En este punto realizaremos la predicción de la estructura terciaria

de la proteína usando el método de modelamiento por homología.
• De la entrada de Uniprot obtenga la secuencia de aminoácidos de la proteína en formato FASTA.

Copiar.
>sp|P14679|TYRO_HUMAN Tyrosinase OS=Homo sapiens OX=9606 GN=TYR PE=1

SV=3
MLLAVLYCLLWSFQTSAGHFPRACVSSKNLMEKECCPPWSGDRSPCGQLSGRGSC
QNILL
SNAPLGPQFPFTGVDDRESWPSVFYNRTCQCSGNFMGFNCGNCKFGFWGPNCTER
RLLVR
RNIFDLSAPEKDKFFAYLTLAKHTISSDYVIPIGTYGQMKNGSTPMFNDINIYDLFV
WMH
YYVSMDALLGGSEIWRDIDFAHEAPAFLPWHRLFLLRWEQEIQKLTGDENFTIPYW
DWRD
AEKCDICTDEYMGGQHPTNPNLLSPASFFSSWQIVCSRLEEYNSHQSLCNGTPEGPL
RRN

PGNHDKSRTPRLPSSADVEFCLSLTQYESGSMDKAANFSFRNTLEGFASPLTGIADA
SQS
SMHNALHIYMNGTMSQVQGSANDPIFLLHHAFVDSIFEQWLRRHRPLQEVYPEAN
APIGH
NRESYMVPFIPLYRNGDFFISSKDLGYDYSYLQDSDPDSFQDYIKSYLEQASRIWSW
LLG
AAMVGAVLTALLAGLVSLLCRHKRKQLPEEKQPLLMEKEDYHSLYQSHL
✓ Diríjase al servidos SWISSMODEL en https://swissmodel.expasy.org/ e inicie el modelling.

Seleccione las plantillas y calcule el mejor modelo: Mayor Cobertura y mayor QMEAN.
• Copie una captura de pantalla de la estructura terciaria calculada y una evidencia de su

evaluación (diagrama de Ramachandran).


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✓ Pegue aquí una captura de pantalla del resultado.

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Es la traducción más larga la cual no cuenta con codos intermedios

✓ ¿Cuántos aminoácidos tendrá la proteína que traduce el gen?

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• En esta entrada consulte la siguiente información: en general cual es el rango de % de

Homo sapiens: GC%: 40.4

E coli: GC%: 50.6

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Como es una bacteria solo contiene 1 cromosoma circular

Copito de Nieve fue capturado en el año 1966 en Guinea Ecuatorial cuando

Nombre del Gen TYR - gen de la tirosinasa

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Nombre de la proteína Tirosinasa

4. Consulte en la base de datos de PDB la estructura 3D de la Tyrosinase humana.

• Tome una captura de pantalla de la estructura y del formato PDB

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La estructura predomínate es la Alfa hélice

5. Predicción estructura terciaria. En este punto realizaremos la predicción de la estructura terciaria

• De la entrada de Uniprot obtenga la secuencia de aminoácidos de la proteína en formato FASTA.

>sp|P14679|TYRO_HUMAN Tyrosinase OS=Homo sapiens OX=9606 GN=TYR PE=1

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• Copie una captura de pantalla de la estructura terciaria calculada y una evidencia de su

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